genome.fa.s2144.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002144.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  293050

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1126--1306	42	4.4	39	80	10	184	23	17	24	34	1.95
1151--1303	21	7.3	21	63	22	72	22	16	26	33	1.95
1151--1317	42	4.0	42	86	8	209	23	16	25	34	1.95
2148--2334	42	4.5	42	92	4	301	34	26	19	19	1.96
2152--2361	42	5.2	38	91	3	132	34	26	19	20	1.96
2148--2347	19	9.8	19	78	14	202	34	27	19	19	1.95
2357--2409	21	2.5	21	93	0	88	16	20	32	30	1.95
2606--2642	14	2.6	14	86	0	56	62	13	10	13	1.55
3405--3509	27	3.8	26	72	17	77	39	5	1	53	1.36
3412--3552	55	2.5	57	84	6	164	38	6	2	53	1.39
3450--3552	28	3.7	27	76	3	107	35	7	1	54	1.41
3593--3651	30	2.1	27	84	9	73	42	6	0	50	1.28
3667--3721	26	2.0	28	86	13	80	43	1	1	52	1.22
3707--3783	29	2.6	28	88	8	109	49	0	7	42	1.31
3692--3779	29	2.6	34	71	26	80	50	0	6	43	1.29
4009--4036	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
6405--6460	14	4.3	14	80	17	75	7	14	25	53	1.66
6406--6480	24	3.1	24	88	3	107	10	12	21	56	1.66
7276--7327	11	4.6	11	88	4	77	26	19	25	28	1.98
7561--7632	16	4.7	16	79	6	78	9	12	22	55	1.66
7561--7624	31	2.0	32	87	3	94	7	14	25	53	1.67
7691--7722	16	2.0	16	93	0	55	6	15	25	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8670--8739	34	2.0	35	94	2	124	40	8	14	37	1.76
10998--11246	125	2.0	124	96	2	464	36	10	10	43	1.72
11912--11950	3	14.0	3	84	15	57	66	0	0	33	0.92
11913--11950	8	4.6	8	87	6	58	65	0	0	34	0.93
11913--11950	11	3.5	11	85	7	51	65	0	0	34	0.93
11912--11946	14	2.5	14	95	0	61	68	0	0	31	0.90
18701--18745	21	2.1	22	84	12	58	44	4	0	51	1.21
22530--22578	21	2.4	21	80	19	59	53	4	6	36	1.45
23563--23660	42	2.4	40	83	8	126	50	6	3	40	1.43
25114--25169	11	5.2	10	79	14	58	60	3	0	35	1.14
25108--25165	22	2.6	22	97	0	107	60	3	1	34	1.24
25352--25397	23	2.0	23	86	0	65	60	0	2	36	1.09
25434--25489	24	2.4	23	76	8	60	50	1	1	46	1.22
26137--26799	328	2.0	332	88	4	1000	44	7	4	43	1.51
26497--26526	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
32965--33002	17	2.2	18	90	4	60	63	0	2	34	1.09
39793--39841	19	2.5	20	90	3	73	40	8	4	46	1.52
51913--52084	87	2.0	87	89	2	265	45	12	15	26	1.82
54220--54317	37	2.6	38	79	9	103	48	5	3	42	1.40
56245--56441	67	2.9	67	84	4	245	40	17	17	24	1.90
73677--73724	22	2.2	22	85	7	62	25	2	0	72	0.95
73677--73724	11	4.4	11	78	5	53	25	2	0	72	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78228--78314	43	2.0	43	95	2	158	44	12	20	21	1.85
80163--80233	31	2.3	31	81	11	85	28	1	14	56	1.47
82330--82698	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
83369--83415	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
83590--83614	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
85919--86206	19	16.4	19	77	17	320	47	18	20	14	1.83
85919--86187	33	7.8	33	80	14	248	47	18	20	14	1.83
85947--86187	52	4.6	53	88	6	327	47	17	20	14	1.83
85986--86238	123	2.1	124	94	3	449	47	17	19	15	1.83
85919--86228	52	5.9	52	82	14	258	46	18	20	14	1.83
86038--86227	71	2.7	67	76	18	188	47	17	19	15	1.83
86235--86336	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
86443--86479	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
86474--86546	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
86460--86532	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
88403--88459	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
88384--88476	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
88347--88481	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
88477--88605	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
88477--88568	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
88648--89025	92	4.1	93	98	1	735	46	19	12	21	1.83
90725--90814	14	5.7	14	72	23	72	42	23	24	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90717--90831	33	3.5	33	92	0	203	45	20	23	10	1.82
90720--90836	19	6.9	19	69	24	84	43	21	23	11	1.84
91009--91079	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
91260--91314	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
91460--91653	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
91460--91653	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
91646--91722	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
91708--91759	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
92961--93011	20	2.5	20	84	6	59	35	0	25	39	1.56
93290--93339	19	2.6	19	100	0	100	36	12	22	30	1.90
101451--101497	3	15.7	3	100	0	94	0	34	0	65	0.93
101518--101544	13	2.1	13	100	0	54	29	11	29	29	1.91
107499--107585	44	1.9	46	88	6	133	32	11	20	35	1.89
117257--117328	18	3.9	18	72	15	58	76	2	13	6	1.10
117320--117366	21	2.3	20	82	10	60	68	2	25	4	1.19
117361--117393	14	2.3	15	90	10	52	78	0	15	6	0.93
118709--119171	51	8.9	51	91	3	647	29	15	25	28	1.96
122225--122261	16	2.4	16	90	4	58	64	5	0	29	1.15
123797--123840	21	2.1	21	95	0	79	29	15	27	27	1.96
127403--127442	18	2.1	20	86	9	57	32	5	7	55	1.50
138527--138640	26	4.4	26	96	0	210	28	14	12	44	1.81
140628--140662	17	2.1	16	89	5	52	25	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141253--141295	20	2.2	19	88	12	61	41	16	4	37	1.69
153696--153732	18	2.1	18	100	0	74	32	16	21	29	1.95
166106--166142	19	1.9	19	89	10	58	72	0	2	24	0.97
168080--168131	25	2.0	27	85	7	72	57	0	3	38	1.17
168080--168120	13	3.2	13	80	16	50	60	0	0	39	0.96
168605--168662	30	1.9	30	92	0	98	41	6	10	41	1.66
168687--168729	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
168689--168737	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
168677--169694	54	18.8	54	81	11	1070	52	11	0	35	1.40
168709--169623	32	31.7	32	68	26	406	52	12	0	34	1.41
168772--168831	22	2.7	22	100	0	120	51	15	0	33	1.43
168843--168885	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
168845--168893	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
168888--168972	14	5.5	14	69	20	62	55	7	0	37	1.27
168870--168958	18	5.4	18	68	20	77	53	11	0	34	1.36
169041--169083	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
169119--169170	18	3.1	18	68	21	58	55	11	0	32	1.36
168794--169694	186	4.7	186	80	12	939	52	11	0	35	1.40
169095--169143	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
169218--169292	22	4.2	18	64	29	52	56	6	0	37	1.26
169227--169269	22	2.0	22	90	0	68	53	9	0	37	1.33
169281--169323	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169283--169331	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
169335--169377	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
169337--169385	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
169389--169431	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
169391--169439	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
169495--169537	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
169551--169599	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
169597--169659	22	2.8	23	79	13	85	57	6	0	36	1.24
169625--169711	37	2.3	36	81	11	95	54	4	0	41	1.21
169637--169741	15	6.5	15	73	16	86	52	3	0	43	1.19

Tables:   1   2