genome.fa.s216.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000216.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000384_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  227886

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5208--5265	31	1.9	30	85	3	80	34	13	17	34	1.89
7113--7236	63	1.9	65	88	3	189	29	23	20	26	1.99
14740--14768	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
15470--15628	65	2.5	63	82	7	178	31	20	18	29	1.96
15470--15653	65	2.8	65	80	8	173	30	21	19	28	1.97
17816--17881	29	2.3	29	97	0	123	36	18	15	30	1.91
17839--17888	21	2.4	22	76	10	59	34	22	16	28	1.95
17967--18077	38	2.9	38	92	4	181	36	12	23	27	1.91
22456--22500	20	2.2	20	84	7	56	80	2	11	6	0.99
22659--22706	21	2.3	21	92	0	78	58	18	16	6	1.59
25983--26028	22	2.1	22	91	0	74	30	30	10	28	1.91
25995--26028	11	3.1	11	82	0	50	29	32	11	26	1.92
26720--26780	31	2.0	31	84	12	81	36	22	18	22	1.95
26751--26852	37	2.8	37	93	0	168	36	19	17	26	1.94
31855--31976	61	2.0	61	100	0	244	22	21	22	32	1.98
33447--33980	55	9.7	54	80	5	482	31	17	22	28	1.96
33447--33965	166	3.1	164	82	4	571	31	17	21	29	1.96
33437--33980	221	2.5	220	82	4	639	31	17	21	29	1.96
33603--34027	221	1.9	220	81	4	491	32	17	20	28	1.96
34219--34269	3	16.0	3	84	11	66	33	0	0	66	0.92
34220--34269	16	3.3	15	81	16	59	34	0	0	66	0.92
34219--34269	10	5.3	9	86	11	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34227--34269	13	3.3	13	96	0	77	34	0	0	65	0.93
34267--34300	17	1.9	18	88	5	52	76	8	2	11	1.12
38299--38345	18	2.7	18	93	3	78	27	31	8	31	1.87
50103--50147	24	1.9	23	81	4	54	44	20	28	6	1.76
52300--52369	35	2.0	35	85	0	95	24	12	14	48	1.78
58630--58717	32	2.8	32	80	0	95	38	19	14	27	1.91
60840--60927	3	29.3	3	97	0	167	0	34	0	65	0.93
63970--64004	13	2.8	13	91	4	54	57	0	0	42	0.99
67444--67543	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
68064--68157	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
69933--70007	31	2.4	33	77	11	84	60	1	0	38	1.06
69930--70018	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
77176--77242	35	1.9	35	96	0	125	22	5	37	34	1.79
79139--79223	44	1.9	44	87	0	125	25	25	27	21	1.99
80380--80425	23	2.0	24	91	4	76	50	0	0	50	1.00
81449--81499	2	26.0	2	88	11	79	47	1	0	50	1.12
83139--83213	31	2.5	30	83	12	91	24	6	2	66	1.28
94848--94907	8	6.8	9	73	17	54	80	0	11	8	0.92
94860--94918	18	3.3	17	77	22	59	79	0	13	6	0.92
94857--94899	20	2.2	20	87	4	61	81	0	13	4	0.84
94849--94918	36	1.9	38	85	8	101	80	0	12	7	0.91
95886--96059	91	1.9	92	85	3	244	40	13	20	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95983--96558	136	4.2	136	94	0	976	33	17	23	26	1.96
96838--96898	10	5.8	10	76	19	54	37	1	0	60	1.07
96862--96900	12	3.4	12	86	13	64	33	0	0	66	0.92
96862--96926	22	3.0	22	88	4	87	36	0	3	60	1.13
96862--96929	25	2.8	25	82	10	72	38	0	2	58	1.13
98531--98603	32	2.3	31	83	11	85	23	6	2	67	1.28
99097--99138	17	2.4	18	80	15	52	38	9	14	38	1.78
99611--99671	27	2.3	27	97	0	113	21	27	26	24	1.99
100723--100756	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
101762--101794	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
103538--103908	36	10.7	37	70	12	209	43	10	14	31	1.80
103510--103624	36	3.2	36	81	3	106	41	13	13	32	1.82
103666--103906	37	6.9	36	76	8	221	43	9	14	31	1.79
104093--104209	59	2.0	58	91	1	189	35	11	23	30	1.89
104046--104285	132	1.8	131	83	2	320	36	11	20	31	1.88
104319--104354	19	1.9	19	94	5	65	47	0	11	41	1.39
105582--105645	24	2.7	24	78	9	60	14	7	1	76	1.07
105606--105657	18	3.1	16	78	13	59	9	9	1	78	1.03
108587--108614	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
110463--110500	17	2.2	17	95	0	67	44	28	5	21	1.73
113949--113975	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
114173--114214	4	10.2	4	82	14	50	19	4	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114161--114212	25	2.0	26	92	3	88	15	7	0	76	0.99
114212--114280	22	3.0	22	77	10	57	27	10	2	59	1.44
115096--115143	19	2.5	19	96	0	87	27	20	29	22	1.99
115862--115927	25	2.6	25	97	0	123	50	27	0	22	1.50
121766--121805	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
127968--128230	95	2.7	95	84	4	314	33	18	16	31	1.94
129555--129671	36	3.2	36	90	1	180	32	17	11	38	1.85
129597--129652	19	3.1	19	65	19	55	28	16	10	44	1.80
129584--129639	17	3.2	17	69	16	51	32	16	5	46	1.69
129584--129984	101	3.9	102	77	10	364	25	19	12	42	1.86
129684--130052	36	10.3	36	79	9	371	23	20	13	42	1.87
129760--129860	21	5.4	21	64	26	73	23	21	12	41	1.88
129684--130052	73	5.2	72	78	10	371	23	20	13	42	1.87
129758--130020	139	1.9	138	87	3	386	25	19	12	42	1.87
129973--130036	21	3.3	21	67	26	59	26	20	12	40	1.88
129896--130052	37	4.3	36	81	8	176	22	19	14	43	1.86
129564--130085	210	2.5	204	88	4	636	25	19	12	42	1.87
129744--130113	175	2.1	176	81	7	434	25	20	12	40	1.88
130061--130222	34	4.8	34	86	7	222	41	18	9	30	1.83
130032--130222	102	1.9	99	90	5	303	39	19	10	30	1.86
132297--132420	63	2.0	63	84	6	162	26	28	27	17	1.98
132297--132420	31	3.9	32	72	4	101	26	28	27	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133290--133327	7	5.4	7	100	0	76	26	28	28	15	1.96
133317--133381	22	3.0	22	97	0	121	10	23	47	18	1.79
133324--133364	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
133378--133466	9	9.3	9	75	11	79	30	28	26	14	1.95
133378--133466	19	4.7	18	77	14	81	30	28	26	14	1.95
133429--133467	21	1.9	21	89	5	62	35	23	25	15	1.94
139694--139770	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
139647--139770	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
140640--140691	7	7.4	7	95	0	95	28	28	26	15	1.96
140681--140745	22	3.0	22	97	0	121	10	23	47	18	1.79
140688--140728	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
140742--140840	9	10.3	9	69	12	63	31	27	25	16	1.96
140744--140783	19	2.1	19	100	0	80	30	32	20	17	1.95
140803--140841	21	1.9	21	94	5	71	33	25	25	15	1.95
141719--141779	21	2.9	21	80	9	70	21	3	1	73	1.06
141719--141778	4	14.5	4	78	13	59	21	3	1	73	1.07
141719--141778	25	2.4	24	83	8	75	21	3	1	73	1.07
141735--141801	29	2.3	29	87	5	91	19	7	0	73	1.07
141734--141803	25	2.8	25	85	10	90	18	8	0	72	1.09
145138--145197	23	2.6	23	81	0	66	43	8	16	31	1.78
145296--145355	23	2.6	22	82	10	75	40	11	18	30	1.86
145096--145490	158	2.5	158	91	1	614	40	13	13	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145787--145838	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
145819--146394	251	2.3	250	96	1	1073	34	10	16	38	1.83
148292--148662	200	1.9	200	87	2	557	32	13	12	40	1.83
149182--149239	20	2.9	19	73	12	55	36	13	0	50	1.42
149809--150647	183	4.6	183	92	0	1288	28	16	13	41	1.86
153331--153392	32	1.9	32	83	6	81	32	22	19	25	1.97
156941--156966	10	2.6	10	100	0	52	50	19	11	19	1.77
161188--161220	13	2.5	13	90	9	50	84	0	15	0	0.61
167282--167398	44	2.7	44	90	2	182	31	10	11	46	1.74
168899--168946	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86

Tables:   1   2