genome.fa.s2189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004457_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  292373

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99--174	3	25.7	3	84	12	104	34	2	0	63	1.09
660--710	22	2.4	22	86	3	68	72	11	15	0	1.12
12963--13048	5	18.0	5	76	17	69	81	0	16	2	0.79
12959--13048	11	8.3	11	77	20	84	81	0	16	2	0.80
12964--13022	20	3.0	20	83	11	77	84	0	13	1	0.69
12962--13048	32	2.6	34	82	12	119	81	0	16	2	0.79
12968--13033	7	9.9	7	74	19	61	83	0	13	3	0.76
12962--13047	18	4.6	17	77	17	73	82	0	15	2	0.77
14153--14517	83	4.4	82	91	2	554	29	13	21	35	1.92
15046--16145	113	9.7	113	90	0	1675	37	13	19	29	1.90
15046--16147	339	3.3	339	97	0	2075	37	13	19	29	1.90
16395--16472	3	25.7	3	86	2	111	34	3	0	61	1.14
17326--17389	28	2.3	28	100	0	128	32	12	23	31	1.92
20451--20494	21	2.0	23	82	8	56	40	2	2	54	1.25
20897--20928	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21269--21325	30	1.9	30	85	0	78	36	17	21	24	1.94
21923--21963	14	3.0	14	85	7	57	39	2	0	58	1.11
30564--30597	18	1.9	17	88	5	50	44	8	23	23	1.81
39496--39552	21	2.6	23	80	5	73	47	12	10	29	1.74
39702--39755	29	1.9	29	82	14	69	46	5	1	46	1.37
40270--40324	26	2.2	25	83	3	65	50	10	7	30	1.64
40793--40828	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43135--43182	22	2.1	24	84	7	64	35	0	0	64	0.94
43188--43220	16	2.1	16	94	0	57	24	3	0	72	0.98
43791--43822	3	11.3	3	87	12	50	31	0	0	68	0.90
43795--43822	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
45569--45612	19	2.4	18	82	14	54	56	0	0	43	0.99
45576--45614	19	2.0	19	90	5	60	56	0	0	43	0.99
45657--45686	14	2.1	14	100	0	60	33	33	6	26	1.83
45789--45846	13	4.5	13	79	10	66	53	12	1	32	1.48
45789--45846	26	2.3	26	85	8	75	53	12	1	32	1.48
68709--68805	47	2.1	47	100	0	194	54	20	2	22	1.55
68795--68839	21	2.1	21	92	8	74	57	22	8	11	1.60
71723--71777	20	2.8	20	73	15	60	34	29	18	18	1.94
71826--72101	20	13.6	20	72	10	132	38	23	17	19	1.93
71887--72098	41	5.2	41	88	1	293	38	23	17	20	1.93
71826--72098	40	6.8	40	82	4	280	38	23	17	19	1.93
72659--72755	20	4.8	20	82	9	117	50	19	18	11	1.77
72659--72766	19	5.5	19	83	5	108	50	21	17	11	1.77
72762--72854	19	5.1	19	75	15	97	11	23	19	45	1.83
72767--72854	39	2.5	35	89	10	126	11	22	19	46	1.81
72791--72852	20	3.2	20	81	4	90	12	22	17	46	1.82
74550--74929	94	4.1	94	92	2	604	22	12	17	47	1.81
75032--75089	14	3.8	14	79	20	71	44	20	25	8	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74994--75106	19	6.5	18	72	21	82	46	21	22	10	1.82
75017--75127	33	3.4	33	91	2	172	45	21	22	9	1.81
75137--75261	33	3.8	33	94	2	209	11	23	20	44	1.83
75137--75231	19	5.5	19	67	23	84	10	23	20	46	1.81
75161--75246	14	5.4	14	70	24	64	9	25	20	44	1.81
75738--75804	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
75686--75804	42	2.8	42	76	12	102	23	36	17	22	1.95
77154--77189	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
77296--77375	33	2.4	33	91	0	124	47	21	20	11	1.80
77296--77354	19	3.4	19	68	22	65	47	18	20	13	1.82
77381--77523	19	7.9	19	70	17	108	13	23	19	44	1.86
77383--77592	106	2.0	106	85	1	287	15	22	19	41	1.89
77420--77552	20	7.4	19	74	19	115	16	21	18	43	1.88
77385--77565	33	5.3	33	81	9	209	14	23	18	43	1.87
77558--77631	20	3.7	20	68	10	51	24	17	24	33	1.96
80109--80160	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
80801--81049	20	12.4	20	81	7	247	19	18	23	38	1.93
80800--81049	78	3.1	78	86	5	322	19	18	23	38	1.93
80798--81049	40	6.3	41	88	5	320	19	18	23	38	1.93
81058--81110	20	2.7	20	76	5	54	13	16	20	49	1.79
81159--81213	20	2.8	20	73	15	60	18	18	29	34	1.94
83144--83185	20	2.1	20	90	0	66	28	30	9	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83264--83341	40	2.0	40	92	0	129	32	21	8	37	1.85
83265--83330	20	3.2	21	72	8	73	30	21	9	39	1.84
83278--83343	20	3.3	20	75	8	71	33	24	7	34	1.84
86838--86883	20	2.3	20	88	0	65	50	13	19	17	1.78
88382--88499	21	5.6	21	78	0	119	24	15	36	23	1.93
88841--88889	21	2.3	21	79	6	55	32	34	12	20	1.90
88796--88889	42	2.2	43	77	5	111	34	32	11	21	1.89
88908--88954	21	2.2	21	88	0	67	34	34	12	19	1.89
89051--89158	42	2.6	42	83	0	126	18	18	34	28	1.95
91071--91182	22	5.1	22	87	0	161	18	16	46	17	1.84
92055--92134	20	4.0	20	96	0	142	40	20	18	21	1.92
92834--92922	20	4.4	20	85	2	126	34	23	22	19	1.96
92927--93014	19	4.8	19	74	16	96	46	17	20	15	1.84
92874--93014	53	2.7	53	84	3	176	41	19	22	16	1.89
93025--93104	20	4.4	19	74	18	71	15	22	20	42	1.88
93057--93108	19	2.7	19	84	3	68	15	23	23	38	1.92
93206--93242	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
95236--95415	20	9.4	20	80	7	185	38	20	20	21	1.93
95316--95434	34	3.4	34	75	15	132	36	21	23	18	1.95
95276--95434	73	2.2	73	93	1	264	37	20	22	19	1.94
95462--95611	20	7.5	20	92	0	237	22	18	20	40	1.92
95424--95611	40	4.9	40	85	5	237	20	19	19	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97564--97610	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
97942--98003	18	3.0	22	69	26	62	19	16	37	27	1.93
98199--98272	20	3.7	20	78	3	85	20	21	20	37	1.94
98262--98314	21	2.5	21	84	6	72	35	18	24	20	1.95
99734--99763	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
101693--101759	35	1.9	35	96	0	125	34	25	19	20	1.96
105834--105951	3	38.7	3	89	3	182	33	0	0	65	0.99
106445--106474	15	1.9	16	93	6	53	80	3	16	0	0.85
107345--107385	19	2.2	19	86	4	57	36	2	2	58	1.24
108049--108098	18	2.8	18	79	8	59	26	0	2	72	0.96
108089--108125	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
119068--119112	18	2.6	18	89	6	67	31	6	6	55	1.52
119857--120443	133	4.4	133	97	0	1084	28	13	20	36	1.91
121102--121655	113	4.9	113	95	0	968	38	11	19	29	1.88
121946--122056	3	36.7	3	90	1	177	34	0	0	64	1.00
122550--122580	15	2.1	15	93	0	53	77	6	16	0	0.97
123452--123492	19	2.2	19	86	4	57	36	2	2	58	1.24
124992--125041	23	2.1	24	85	10	68	36	6	2	56	1.36
125804--125839	18	2.0	18	88	0	54	22	11	13	52	1.72
127987--128138	32	4.8	31	67	9	92	30	21	17	31	1.96
129332--129370	20	2.0	20	84	0	51	17	41	2	38	1.64
137528--137569	19	2.2	20	86	4	59	30	7	2	59	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137645--137707	21	2.8	23	77	18	62	28	25	19	26	1.98
141369--141415	12	3.9	12	86	5	60	36	21	23	19	1.95
141374--141421	24	2.1	22	88	7	69	39	20	20	18	1.92
144542--144589	23	2.0	24	88	11	73	54	0	0	45	0.99
145010--145064	19	2.7	20	77	11	58	60	3	1	34	1.25
145099--145127	14	2.0	15	93	6	51	31	13	0	55	1.39
148380--148441	28	2.2	27	82	5	70	43	3	1	51	1.27
149706--149743	19	2.0	19	100	0	76	47	10	5	36	1.61
153797--153872	38	2.1	38	82	9	95	47	2	2	47	1.30
154017--154080	20	3.4	18	84	12	60	28	25	6	40	1.79

Tables:   1   2