genome.fa.s2189.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004457_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  292373

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 229 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154029--154084	20	2.8	20	94	0	94	28	25	7	39	1.82
154716--154765	19	2.6	19	80	3	55	36	28	14	22	1.92
154779--154817	20	2.0	20	84	0	51	15	25	20	38	1.92
154787--154891	41	2.6	41	83	6	149	23	23	19	33	1.97
154779--154979	102	2.0	102	88	0	303	25	22	18	32	1.97
154893--155033	41	3.4	41	85	3	176	30	21	17	30	1.96
155032--155088	27	2.1	27	96	0	105	33	24	14	28	1.94
155445--155489	21	2.1	21	87	0	63	42	15	22	20	1.89
155924--155968	16	2.5	17	82	17	56	37	17	22	22	1.94
155934--155967	16	2.1	17	94	5	61	38	20	23	17	1.93
156018--156065	23	2.1	23	84	0	60	35	12	16	35	1.87
156492--156554	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
156132--157183	427	2.5	430	96	1	1970	38	11	7	42	1.71
156919--156981	23	2.7	23	87	0	90	38	19	6	36	1.77
157402--157488	39	2.2	39	93	0	147	18	13	19	48	1.81
157734--157770	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
158156--158205	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
158494--158552	23	2.6	23	91	0	91	38	18	5	37	1.73
158898--158963	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
161434--161925	183	2.7	182	95	0	885	33	17	15	34	1.91
162313--162375	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
163963--164028	3	22.0	3	80	0	78	25	33	4	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163963--164040	12	6.2	12	82	8	75	24	33	6	35	1.81
163965--164043	24	3.4	24	82	5	83	22	34	6	36	1.80
165509--166676	198	5.9	198	96	0	2129	31	17	15	36	1.91
168495--168560	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
168594--168637	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
170851--170893	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
170856--170902	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
170823--171296	182	2.6	182	89	2	706	27	17	13	41	1.87
170823--171296	180	2.6	179	89	3	698	27	17	13	41	1.87
171365--171856	230	2.1	228	94	2	862	39	8	7	44	1.63
175735--175775	21	2.0	21	95	0	73	41	2	0	56	1.13
175925--175972	22	2.1	24	84	7	64	20	10	6	62	1.49
178459--178490	6	5.3	6	100	0	64	53	0	46	0	1.00
186430--186468	21	1.9	20	89	5	60	64	10	12	12	1.51
193370--193425	29	1.9	29	96	0	103	10	33	30	25	1.90
193436--193500	23	2.8	23	88	0	94	7	38	30	23	1.83
193464--193572	33	3.3	33	89	0	146	11	31	30	26	1.92
193610--193667	29	2.0	29	86	0	80	25	27	32	13	1.94
194543--194594	23	2.3	23	86	6	70	55	1	9	32	1.43
194596--194637	18	2.3	19	80	19	54	61	0	0	38	0.96
202148--202225	39	2.0	39	100	0	156	48	10	20	20	1.78
204902--205369	234	2.0	234	100	0	936	33	21	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205568--205636	33	2.1	33	91	2	113	33	14	17	34	1.90
205876--205943	34	2.0	34	94	0	118	20	32	17	29	1.96
228263--228310	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
228693--228744	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
228703--228765	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
229091--229177	39	2.2	39	93	0	147	17	11	20	50	1.76
229436--229472	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
229721--229771	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
230040--230091	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
230050--230112	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
230468--230540	23	3.2	23	78	0	74	39	19	5	35	1.75
230899--230950	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
230909--230971	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
229806--231500	431	3.9	430	97	0	3146	39	12	7	39	1.72
231330--231381	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
231340--231402	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
233970--234497	184	2.9	184	96	0	948	33	16	14	35	1.89
235962--236048	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
235962--236063	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
235970--236060	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
237509--239194	198	8.5	199	98	0	3178	32	16	15	35	1.90
237509--239194	394	4.3	398	97	1	3178	32	16	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237509--239194	592	2.8	595	97	1	3192	32	16	15	35	1.90
239340--239388	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
243538--243580	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
243543--243589	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
243710--243755	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
243820--244491	227	3.0	228	95	2	1219	39	7	8	45	1.62
246827--246891	20	3.1	21	75	14	71	61	0	1	36	1.05
246938--246983	20	2.2	21	85	11	60	32	2	0	65	1.05
248495--248538	21	2.1	21	100	0	88	34	13	25	27	1.93
250435--250603	60	2.8	61	78	4	173	43	5	19	31	1.73
261703--261915	20	10.6	20	75	10	84	39	23	19	16	1.91
261705--261795	20	4.6	20	84	8	89	46	19	18	15	1.84
261803--261915	20	5.7	20	79	7	95	36	26	21	15	1.94
261786--261915	40	3.2	40	80	6	138	35	26	20	16	1.94
261786--261915	60	2.1	61	83	5	156	35	26	20	16	1.94
262025--262082	6	9.7	6	100	0	116	32	50	17	0	1.46
262836--262935	6	16.7	6	100	0	200	0	16	50	34	1.45
263044--263093	22	2.4	22	93	6	86	16	18	30	36	1.92
263084--263137	20	2.7	20	91	0	81	12	20	16	50	1.78
269376--269491	29	4.0	29	85	3	162	22	28	32	16	1.95
269613--269693	11	7.1	11	72	8	72	19	19	18	41	1.90
269612--269695	23	3.7	23	91	3	134	19	20	17	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269899--270007	39	2.8	39	87	8	143	36	1	16	44	1.58
269995--270034	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
270271--270332	29	2.2	28	81	15	83	40	0	6	53	1.27
270360--270399	21	1.9	21	100	0	80	30	0	15	55	1.41
270637--270663	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
270792--270839	15	3.3	14	80	8	51	52	0	6	41	1.27
277724--277784	21	3.0	19	79	13	68	26	37	24	11	1.89
277726--277765	20	2.0	20	90	5	62	25	37	25	12	1.91
282342--282383	17	2.5	17	84	0	66	59	2	0	38	1.10
282361--282471	11	9.2	11	78	14	87	46	7	0	45	1.37
282391--282479	14	6.9	14	78	13	93	44	7	1	46	1.39
282391--282479	26	3.5	26	90	1	135	44	7	1	46	1.39
282907--283101	49	4.0	49	94	1	329	45	10	0	43	1.41
283015--283091	21	3.3	21	67	27	57	46	9	1	42	1.43
283981--284041	26	2.4	24	76	15	59	42	1	6	49	1.38
285050--285098	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
285246--285280	12	2.9	12	95	0	61	5	34	8	51	1.56
285532--285645	29	3.9	29	82	8	135	15	31	31	21	1.94
285662--285729	28	2.4	29	87	9	88	29	32	16	22	1.95
286192--286280	42	2.1	42	81	10	101	22	12	31	33	1.91
286223--286295	38	2.0	36	83	5	92	23	10	31	34	1.89

Tables:   1   2

The End!