genome.fa.s219.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000219.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000387_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169236

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766--1818	23	2.3	23	83	0	70	16	24	9	49	1.76
2724--2760	16	2.4	16	90	4	58	27	18	13	40	1.88
2909--2946	19	2.1	18	90	5	58	28	5	0	65	1.14
3657--3724	20	3.4	20	84	8	84	57	17	8	16	1.64
6244--6366	6	20.5	6	75	3	77	8	6	43	41	1.60
6244--6305	30	2.1	30	90	6	99	8	4	45	41	1.55
6318--6380	30	2.1	30	85	5	83	1	7	46	44	1.42
6664--6889	104	2.2	104	90	0	355	31	5	29	33	1.80
6664--6904	103	2.3	103	87	2	306	33	4	28	33	1.79
7161--7231	25	2.8	25	89	2	106	46	2	5	45	1.41
7202--7310	51	2.1	51	86	3	148	44	4	5	44	1.47
7244--7403	18	8.7	18	70	17	107	43	7	4	45	1.52
7218--7332	51	2.3	51	92	0	185	42	6	5	45	1.53
7347--7381	19	1.9	17	88	11	52	45	11	5	37	1.64
7467--7501	15	2.4	15	95	4	63	48	0	5	45	1.26
7560--7784	14	16.5	13	74	18	99	41	2	11	44	1.53
7611--7763	7	22.4	7	84	15	205	43	0	13	43	1.44
7605--7742	5	27.8	5	79	20	109	42	0	15	42	1.46
7768--8005	30	8.1	31	68	21	93	42	5	6	45	1.53
7846--7912	2	33.0	2	72	19	50	46	2	2	47	1.33
7897--7974	27	3.0	25	80	10	84	43	2	7	46	1.46
8069--8132	28	2.3	27	86	7	92	43	7	7	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7993--8144	77	1.9	80	81	7	186	42	7	6	44	1.58
8256--8321	33	2.0	33	87	0	96	43	7	4	43	1.53
12116--12180	30	2.2	30	100	0	130	23	18	12	46	1.82
14467--14495	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
14988--15037	3	16.7	3	76	15	50	66	2	0	32	1.03
14981--15037	16	3.5	16	81	9	62	64	1	0	33	1.04
15571--15628	20	2.8	20	78	2	62	18	31	15	34	1.93
17308--17366	30	2.0	30	96	0	109	40	8	13	37	1.75
18357--18392	18	2.1	18	94	5	65	44	5	0	50	1.25
18358--18403	18	2.5	17	83	13	56	47	4	0	47	1.21
18406--18466	28	2.3	26	88	5	86	45	4	4	44	1.46
18412--18624	81	2.7	78	81	14	247	49	4	5	40	1.46
18360--18568	15	13.4	16	70	14	77	49	4	4	42	1.42
18376--18561	15	13.3	14	69	22	90	48	4	4	42	1.44
18493--18626	65	2.1	64	83	10	168	51	5	3	39	1.42
18803--18876	37	2.1	36	84	5	96	40	9	10	39	1.73
18878--18914	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
18925--19018	48	1.9	49	89	2	145	51	11	5	31	1.61
19011--19112	7	14.6	7	73	8	66	50	34	0	15	1.45
19011--19125	14	8.3	14	69	13	60	50	33	0	16	1.46
19011--19113	21	4.9	21	75	15	88	50	33	0	15	1.44
19071--19125	28	2.0	27	89	3	83	47	36	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19134--19207	37	2.1	36	84	5	96	40	9	9	40	1.70
20076--20152	24	3.2	24	83	0	100	44	18	14	23	1.86
25623--25678	24	2.3	24	96	0	103	30	16	7	46	1.73
28047--28100	24	2.2	24	83	0	72	24	18	18	38	1.93
30424--30706	140	2.0	140	96	0	521	28	12	14	43	1.83
30677--30805	20	6.8	20	79	12	128	35	20	17	27	1.94
30677--30847	74	2.3	74	84	6	213	36	19	18	25	1.94
30849--30909	20	3.0	20	85	0	86	13	18	21	47	1.82
30975--31154	72	2.6	69	81	13	185	51	16	2	29	1.58
32446--32568	42	2.9	41	79	11	133	22	17	36	23	1.94
32446--32563	21	5.6	21	72	4	103	22	16	36	24	1.94
33044--33148	20	5.3	20	79	6	88	44	25	15	14	1.84
33156--33231	33	2.3	34	86	2	100	15	19	19	44	1.86
33223--33291	20	3.5	20	82	7	86	18	20	24	36	1.95
33427--33467	21	1.9	21	85	5	55	43	14	14	26	1.84
35134--35174	20	2.0	20	100	0	82	56	19	14	9	1.66
35141--35210	20	3.5	20	80	0	59	44	24	17	14	1.85
35806--35880	21	3.6	21	68	10	64	24	18	22	34	1.96
35835--35920	20	4.2	20	84	8	102	24	18	27	29	1.98
35805--35900	41	2.3	41	90	0	147	25	18	23	32	1.97
36037--36082	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
36048--36084	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36245--36284	21	1.9	21	89	0	62	40	7	5	47	1.54
36250--36297	21	2.3	21	77	0	51	41	10	2	45	1.50
36308--36358	15	3.3	15	76	15	59	43	1	3	50	1.31
36308--36493	31	5.8	30	68	24	96	41	5	4	48	1.47
37295--37384	6	14.7	6	72	4	54	46	32	3	17	1.65
37325--37429	12	8.8	12	73	7	70	43	36	6	13	1.70
37381--37443	18	3.6	18	76	4	65	39	41	7	11	1.70
39447--39489	21	2.0	21	81	0	50	18	11	4	65	1.42
40873--40921	23	2.1	23	92	0	80	46	6	0	46	1.27
40966--40995	9	3.3	9	100	0	60	36	0	0	63	0.95
41200--41258	16	3.7	16	90	0	82	33	15	28	22	1.94
43943--43985	17	2.3	20	84	11	56	55	0	6	37	1.27
44584--44641	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
50419--50494	31	2.3	32	78	15	84	60	1	0	38	1.05
50419--50495	33	2.4	29	83	12	82	61	1	0	37	1.05
51629--51668	21	1.9	21	84	0	53	52	0	0	47	1.00
53730--53911	41	4.4	41	97	1	328	19	19	24	36	1.95
53755--53931	20	8.6	20	75	6	174	16	21	24	37	1.93
54052--54113	6	10.5	6	96	3	117	33	50	16	0	1.45
54602--54711	6	18.5	6	98	0	204	0	16	51	31	1.44
54808--55042	41	5.5	41	78	14	249	35	24	21	18	1.96
54892--55038	20	7.2	20	64	12	66	37	26	19	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54899--55046	21	7.2	21	66	4	104	39	27	18	15	1.90
57252--57302	26	1.9	27	96	4	95	35	3	0	60	1.15
57254--57313	26	2.2	26	82	5	66	40	5	0	55	1.22
57722--57747	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
58023--58082	31	1.9	31	86	6	86	53	1	8	36	1.41
61673--62025	153	2.3	153	82	5	410	29	14	11	44	1.81
61998--62163	83	2.0	83	100	0	332	22	15	20	40	1.90
70240--70589	174	2.0	173	98	1	675	35	17	18	28	1.94
71515--71565	20	2.5	20	100	0	102	35	13	21	29	1.92
83741--83853	59	1.9	60	87	5	167	34	10	10	44	1.74
84718--84802	42	2.0	42	90	0	134	44	7	7	41	1.59
87777--87802	11	2.4	11	100	0	52	7	19	65	7	1.43
91677--91788	56	2.1	53	88	5	161	58	21	7	13	1.59
98499--98550	23	2.3	23	96	3	97	19	36	23	21	1.95
101095--101151	23	2.5	23	94	2	98	19	45	21	14	1.85
106781--107087	154	2.0	154	91	3	494	39	18	13	28	1.88
108215--108378	65	2.5	64	82	1	211	27	17	26	29	1.97
108595--108634	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
109877--109994	44	2.7	42	79	8	128	26	18	26	28	1.98
113809--113848	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
115775--115938	65	2.5	64	85	1	229	27	15	26	30	1.96
115889--115935	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116155--116194	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
119770--119824	24	2.3	24	81	6	58	36	3	1	58	1.26
121081--121110	15	1.9	16	93	6	53	80	0	3	16	0.85
122736--122877	42	3.4	42	84	2	162	30	21	21	26	1.98
122784--122858	22	3.5	22	68	14	66	33	24	17	25	1.96
122940--123274	84	4.0	84	88	0	483	33	15	24	25	1.95
122955--123274	168	1.9	167	92	0	532	34	15	24	25	1.95
123241--123357	20	5.7	20	63	13	58	29	20	23	25	1.99
123401--123659	52	4.7	51	77	14	202	41	19	9	29	1.83
123656--123819	39	4.2	39	87	0	238	35	17	17	28	1.93

Tables:   1   2