genome.fa.s2210.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002210.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004502_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  328873

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 147 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3102--3210	24	4.5	24	84	0	137	20	11	16	51	1.75
3101--3162	12	5.2	12	78	0	70	17	16	16	50	1.79
3378--3413	13	2.8	13	95	0	63	50	0	0	50	1.00
7928--8242	2	162.5	2	78	7	310	0	57	0	42	1.03
8241--8329	31	2.9	31	96	0	160	24	13	16	44	1.84
9591--9623	14	2.4	14	100	0	66	6	18	27	48	1.71
9591--9632	14	3.0	14	92	0	57	9	14	23	52	1.71
10391--10464	16	4.8	16	85	3	80	9	9	18	62	1.52
10391--10455	32	2.0	32	88	5	96	7	10	20	61	1.53
10524--10556	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
20374--20447	27	2.7	27	87	0	103	24	40	4	31	1.74
20428--20828	48	8.4	48	84	0	487	22	49	3	24	1.67
20603--20678	24	3.2	24	64	14	66	21	52	3	22	1.63
20602--20681	27	3.2	27	62	20	64	21	53	3	21	1.61
20792--20861	30	2.3	30	90	0	104	20	51	1	27	1.56
20428--20816	144	2.7	144	90	0	589	22	48	4	24	1.68
20744--20903	78	2.1	78	91	0	257	20	48	3	28	1.64
20646--20975	174	1.9	173	87	0	489	20	49	4	25	1.68
20822--20976	48	3.2	48	87	0	220	19	49	5	25	1.70
20696--20948	126	2.0	126	92	0	425	20	47	3	28	1.68
24035--24120	27	3.2	27	94	0	145	20	44	5	29	1.75
24101--24360	48	5.4	48	82	0	297	22	47	4	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24080--24354	144	1.9	144	86	1	390	21	47	4	26	1.70
24321--24384	30	2.1	30	88	0	92	18	48	4	28	1.68
24356--24429	24	3.1	23	69	7	67	16	45	6	31	1.73
24273--24436	78	2.1	78	82	0	202	19	48	4	27	1.69
24177--24534	174	2.1	174	82	1	430	20	46	5	28	1.72
24589--24756	78	2.2	78	84	1	212	20	48	5	25	1.70
24637--24708	30	2.4	29	88	2	99	19	48	4	27	1.67
24348--24675	48	6.8	48	85	0	413	19	46	5	28	1.72
24348--24678	144	2.3	144	86	0	455	19	46	5	28	1.72
28046--28076	13	2.4	13	94	0	53	45	16	16	22	1.85
34586--34635	17	2.9	17	87	3	64	36	8	28	28	1.85
36646--37353	30	23.6	30	77	2	533	26	8	41	23	1.82
36664--37353	120	5.8	120	83	0	648	26	8	41	23	1.83
46610--46879	134	2.0	134	97	0	513	28	15	15	41	1.87
47478--47545	34	2.0	34	100	0	136	29	29	20	20	1.98
49464--49503	14	2.9	14	85	7	55	37	0	0	62	0.95
50751--50820	14	4.7	14	70	25	54	8	10	1	80	0.98
50869--50898	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
50920--51088	11	14.3	11	67	21	51	15	7	3	73	1.18
50925--50974	24	2.2	22	85	7	64	14	8	4	74	1.20
50935--51065	19	7.2	18	72	18	69	16	6	3	73	1.20
50967--51142	9	19.6	9	67	20	59	16	7	2	73	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50981--51096	24	4.9	23	72	19	69	14	7	2	75	1.14
51069--51130	23	2.7	24	80	12	67	11	12	0	75	1.04
51027--51145	15	7.8	15	69	19	59	16	9	0	73	1.14
55719--55757	14	2.8	14	92	0	60	17	23	20	38	1.93
57264--57307	21	2.1	21	84	12	56	36	0	18	45	1.49
57259--57307	20	2.4	20	80	10	55	36	0	20	42	1.52
57526--57583	20	2.6	22	84	15	68	29	22	22	25	1.99
63504--63624	63	1.9	63	84	3	163	23	19	22	34	1.96
67180--67261	20	3.9	21	78	12	87	17	25	31	25	1.97
71036--71075	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
73632--73677	22	2.1	22	100	0	92	17	28	17	36	1.92
76939--77004	19	3.5	19	95	0	123	25	24	16	33	1.96
77107--77150	19	2.3	19	100	0	88	29	25	13	31	1.94
77015--77136	64	1.9	63	84	1	163	23	17	22	36	1.95
77676--77704	10	2.9	10	100	0	58	62	0	31	6	1.22
85734--85765	15	2.2	14	94	5	55	53	0	0	46	1.00
86531--86606	36	2.1	37	87	7	111	30	14	13	42	1.84
87146--87906	105	7.2	105	89	3	1061	22	17	26	33	1.96
88510--88902	72	5.8	65	74	10	218	39	11	20	28	1.88
88510--88667	68	2.4	66	84	4	210	36	8	22	32	1.85
88594--88903	137	2.3	137	86	1	442	39	13	20	27	1.89
88779--88922	36	4.0	36	92	0	252	39	13	20	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89402--89437	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
89853--89907	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
90540--90648	23	4.7	22	70	16	71	0	14	7	77	1.03
90529--90644	46	2.6	46	81	6	123	0	15	6	76	1.04
90586--90647	18	3.3	18	77	18	56	0	16	4	79	0.90
90527--90644	22	5.1	22	70	19	73	0	16	6	76	1.04
91661--91699	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
91661--91699	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
94455--94502	18	2.5	19	83	10	62	66	2	2	29	1.14
94669--94758	11	7.8	11	72	20	60	60	1	3	35	1.21
95034--95108	36	2.1	37	87	7	109	30	14	12	42	1.82
96350--96392	12	3.8	12	79	17	56	48	18	9	23	1.76
96361--96399	9	4.0	9	81	18	51	51	20	5	23	1.67
96350--96396	21	2.2	21	100	0	94	46	21	8	23	1.78
97672--97697	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
125126--125252	64	2.0	64	92	1	211	24	20	17	37	1.93
125481--125514	17	1.9	18	88	5	52	8	5	5	79	1.05
125596--125845	124	2.1	119	91	6	403	30	8	3	57	1.46
125867--125907	2	20.5	2	84	0	55	43	2	4	48	1.37
137349--137808	105	4.4	105	98	0	866	32	24	19	23	1.98
139064--139190	64	2.0	64	92	1	211	24	20	17	37	1.93
139416--139449	17	1.9	18	88	5	52	8	5	5	79	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139592--139628	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
153235--153272	16	2.4	16	100	0	76	21	15	13	50	1.78
156181--156219	20	2.0	20	84	0	51	69	12	0	17	1.19
157593--157699	3	35.7	3	94	0	178	62	0	2	34	1.10
170803--170866	27	2.4	28	73	21	64	51	0	3	45	1.17
178690--178745	28	2.0	28	82	0	67	32	12	14	41	1.83
182685--182869	78	2.4	78	87	5	254	28	9	6	55	1.57
185308--185342	18	1.9	18	88	0	52	34	8	0	57	1.29
195501--195527	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
197133--197196	23	2.8	23	87	0	101	28	25	26	20	1.99
198918--198959	21	2.0	21	90	4	68	19	26	28	26	1.98
202831--202901	35	2.0	35	83	5	90	36	14	18	30	1.90
208714--208739	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
216609--216635	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
220223--220380	81	2.0	81	94	0	280	45	13	15	25	1.82
224394--224482	30	3.0	30	78	1	90	17	21	26	33	1.96
226875--226944	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
227224--227265	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
227371--227432	19	3.3	19	93	0	88	35	12	9	41	1.76
227500--227591	32	3.0	31	93	6	161	43	17	6	32	1.75
227750--227797	23	2.1	23	96	0	87	33	2	8	56	1.41
230411--230480	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230763--230804	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
230910--230971	19	3.3	19	93	0	88	35	12	9	41	1.76
231041--231132	32	3.0	31	93	6	161	43	17	6	32	1.75
233417--233505	30	3.0	30	81	1	99	17	22	26	32	1.97
237514--237542	14	2.1	14	100	0	58	34	20	31	13	1.92
238261--238305	18	2.5	18	96	0	81	13	57	2	26	1.48
239396--239433	9	4.3	9	90	6	60	86	2	0	10	0.66
239396--239433	17	2.2	18	90	4	60	86	2	0	10	0.66
239487--239527	15	2.7	14	85	14	55	80	4	0	14	0.87
239910--239937	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94

Tables:   1   2