genome.fa.s2346.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002346.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004788_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  176006

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11386--11415	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
11725--11777	21	2.5	21	84	0	70	22	24	18	33	1.97
11767--11819	20	2.7	20	100	0	106	37	20	20	20	1.94
12002--12056	22	2.5	22	75	0	65	23	41	18	16	1.89
12370--12492	19	6.5	19	75	13	103	49	20	19	10	1.77
12370--12512	20	7.5	19	75	13	107	48	21	18	10	1.78
12513--12572	19	3.5	17	72	23	54	11	20	21	46	1.82
12531--12585	14	3.6	14	73	21	56	9	23	23	43	1.82
12513--12594	33	2.5	33	91	0	128	12	21	20	45	1.84
12579--12634	20	2.8	21	81	8	62	16	23	14	46	1.83
12698--12752	25	2.2	26	78	15	62	20	9	16	54	1.68
14326--14701	94	4.1	93	91	3	564	22	11	18	48	1.79
14792--14848	19	3.0	19	92	0	96	50	19	21	8	1.74
14817--14881	33	1.9	34	90	3	105	49	24	16	9	1.75
14798--14895	19	5.3	19	80	13	89	51	23	16	9	1.73
14930--15000	19	3.6	19	82	3	79	11	19	21	47	1.80
15396--15484	42	2.1	42	81	4	108	23	35	15	24	1.94
16822--16854	14	2.4	14	94	0	57	36	0	21	42	1.53
16962--17041	33	2.4	33	93	0	133	46	22	21	10	1.81
16962--17022	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
17047--17158	33	3.4	33	96	0	188	10	24	20	44	1.83
17065--17178	19	6.5	19	69	20	86	12	22	21	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17084--17140	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
17131--17185	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
19694--19747	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
26785--26848	29	2.2	29	97	2	119	17	12	9	60	1.57
29245--29338	46	2.0	46	87	0	134	21	22	29	26	1.99
31731--31901	88	1.9	88	91	2	281	46	16	12	24	1.82
38471--38690	35	6.1	35	76	18	154	44	5	6	44	1.51
38484--38714	35	6.6	34	75	17	151	45	4	6	43	1.49
38490--38691	36	5.8	34	76	16	123	44	4	6	44	1.49
38470--38691	108	2.0	107	80	12	240	44	4	6	44	1.51
38662--38736	31	2.4	30	80	6	87	44	2	5	48	1.39
38742--38771	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
38744--38772	14	2.1	14	100	0	58	27	0	0	72	0.85
45205--46486	248	5.2	247	83	3	1517	30	25	20	23	1.98
45151--46538	164	8.4	163	88	4	1658	30	25	20	23	1.98
47036--47265	35	6.7	34	74	16	142	45	4	6	43	1.49
47023--47224	35	5.6	38	77	17	152	45	4	5	44	1.48
47022--47234	109	2.0	109	81	10	258	45	4	6	43	1.51
47124--47265	34	4.1	35	76	12	127	47	4	5	42	1.48
47288--47315	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
48542--48567	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
50279--50377	46	2.2	46	81	0	108	38	6	24	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53538--53772	115	2.1	115	98	0	454	32	11	12	42	1.79
65081--65147	8	8.1	8	81	6	80	28	14	22	34	1.94
65080--65137	4	15.0	4	75	7	57	27	18	22	31	1.97
65084--65135	26	2.0	26	88	0	77	28	19	21	30	1.97
68856--68930	35	2.1	35	90	0	114	30	0	24	45	1.53
71338--71373	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
75965--75997	16	2.0	17	88	5	50	30	6	30	33	1.82
88561--88645	42	2.0	42	97	0	161	41	18	14	25	1.88
89860--89895	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
91323--91356	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
93681--93721	20	2.1	20	86	4	57	48	14	9	26	1.75
94457--94495	16	2.5	16	87	4	53	35	20	5	38	1.75
94727--94778	24	2.2	24	92	0	86	38	7	21	32	1.82
106198--106270	26	2.9	26	71	16	66	64	1	1	32	1.11
106210--106271	18	3.4	19	68	18	51	62	1	0	35	1.05
113683--113839	21	7.8	20	72	7	84	38	24	17	19	1.92
113806--113999	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
113806--113999	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
114384--114454	33	2.2	33	84	0	88	15	21	15	47	1.82
114534--114642	21	5.7	20	74	17	106	45	18	24	11	1.81
114534--114649	33	3.2	37	86	10	136	44	19	25	10	1.82
114593--114649	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114585--114665	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
114661--114743	19	4.7	19	81	13	97	10	22	22	43	1.84
114661--114765	52	2.0	51	96	1	192	10	23	20	44	1.83
116455--116829	93	4.1	93	97	1	718	22	12	18	45	1.83
116455--116829	185	2.0	185	97	1	716	22	12	18	45	1.83
116877--117005	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
116913--117005	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
116877--117005	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
117001--117135	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
117023--117079	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
117006--117098	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
119057--119092	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
119217--119334	33	3.4	33	82	15	164	44	17	24	13	1.85
119199--119316	19	6.4	19	87	10	174	45	16	22	14	1.84
119199--119334	73	1.9	72	96	3	256	44	17	24	13	1.85
119341--119493	33	4.5	33	72	16	150	13	22	17	46	1.83
119363--119579	19	12.4	19	76	19	240	13	21	17	47	1.83
119341--119551	52	4.0	52	98	0	404	13	22	17	46	1.83
119382--119593	33	6.2	33	77	14	234	13	21	18	46	1.83
121875--121899	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
122074--122120	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
122676--122715	22	1.9	21	90	10	64	27	7	40	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122803--123032	20	11.5	20	88	2	266	20	19	25	35	1.95
123019--123116	21	4.8	20	75	15	83	22	17	22	37	1.94
123019--123117	42	2.4	43	78	8	107	22	17	23	37	1.94
127517--127569	27	2.0	27	81	7	63	22	15	39	22	1.91
128372--128399	6	4.7	6	100	0	56	35	50	0	14	1.43
129398--129454	21	2.7	21	91	0	87	29	8	19	42	1.81
132372--132404	16	2.1	16	100	0	66	54	6	27	12	1.60
134584--134645	29	2.1	29	87	0	88	51	4	4	38	1.45
134808--134853	21	2.2	21	81	14	51	52	2	2	43	1.25
134989--135021	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
139689--139846	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
139813--140062	20	12.5	20	81	6	229	37	24	17	20	1.93
140743--140789	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
140964--140988	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
143323--143401	19	4.4	19	80	16	105	13	22	17	45	1.84
143478--143532	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
143460--143551	33	2.8	33	98	1	175	44	18	23	13	1.85
143492--143608	52	2.2	52	95	0	207	44	17	21	16	1.87
143585--143655	33	2.2	33	81	0	79	21	23	18	36	1.95
143615--143694	19	4.5	19	81	15	116	15	22	17	45	1.85
143598--143676	33	2.4	33	95	0	140	13	25	17	43	1.86
143709--143750	21	2.0	21	86	9	59	50	14	14	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143740--143795	19	3.2	18	76	21	66	46	19	23	10	1.81
143791--143919	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
143791--143882	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
143963--144341	93	4.1	93	96	1	717	45	18	12	22	1.83
143963--144341	184	2.0	185	97	1	715	45	18	12	22	1.83
146037--146150	33	3.5	33	92	2	203	44	21	24	9	1.82
146044--146155	14	6.8	18	73	22	95	42	22	25	9	1.84
146167--146220	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
146151--146231	33	2.5	33	93	0	135	7	23	22	46	1.76
146207--146284	41	1.9	41	94	0	138	11	26	16	44	1.82

Tables:   1   2