genome.fa.s235.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000235.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000405_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  589249

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806--879	19	3.5	20	76	18	71	25	29	17	27	1.97
866--969	45	2.3	46	83	3	122	24	19	19	37	1.94
8090--8199	50	2.2	50	85	0	139	15	33	29	21	1.94
8118--8215	50	2.0	50	81	0	115	16	31	28	23	1.96
8338--8378	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
8502--8723	111	2.0	111	94	0	390	36	8	10	44	1.69
10232--10283	18	2.9	18	100	0	104	26	28	21	23	1.99
18258--18294	18	2.1	18	100	0	74	51	10	0	37	1.37
18410--18465	24	2.3	24	96	0	103	60	8	19	10	1.55
20845--20870	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
23706--23770	13	5.0	13	80	0	76	24	16	20	38	1.93
23706--23770	26	2.5	26	89	0	94	24	16	20	38	1.93
23927--23965	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
28767--28838	31	2.4	30	83	4	99	38	15	16	29	1.89
28967--29010	16	2.7	16	82	10	54	38	18	6	36	1.77
43681--43718	19	1.9	19	89	5	58	18	0	0	81	0.69
43792--43827	4	9.0	4	88	11	56	22	0	0	77	0.76
43786--43823	17	2.2	17	90	0	58	18	0	5	76	0.97
46128--46175	9	5.2	9	87	9	62	12	2	0	85	0.69
46128--46172	10	4.3	10	83	8	54	11	2	0	86	0.65
46128--46172	21	2.0	22	91	8	74	11	2	0	86	0.65
46136--46175	19	2.1	19	90	0	62	12	2	0	85	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53107--53157	21	2.5	20	81	12	59	52	1	9	35	1.46
56952--57004	21	2.6	20	80	11	63	24	30	28	16	1.97
56952--56990	20	1.9	20	89	5	60	20	38	25	15	1.92
62500--62551	22	2.5	21	81	9	63	32	19	30	17	1.95
63139--63203	24	2.7	23	76	6	67	23	21	26	29	1.99
63146--63219	24	3.1	24	80	7	80	22	22	22	31	1.99
65573--65623	21	2.4	21	84	12	61	21	7	1	68	1.25
69563--69912	183	1.9	183	95	0	637	27	21	21	29	1.99
71187--71273	37	2.4	37	86	1	113	25	20	12	41	1.88
71098--71402	102	3.0	102	91	2	461	31	18	12	37	1.88
71289--71364	36	2.1	36	90	4	118	23	17	14	44	1.85
71350--71415	30	2.2	29	82	12	73	40	15	12	31	1.83
71429--71543	36	3.1	36	83	4	158	29	20	10	40	1.85
71585--71673	33	2.6	35	85	8	137	41	16	10	31	1.82
71585--71701	31	3.6	32	86	5	139	38	17	11	32	1.85
71654--71840	67	2.7	67	83	3	230	29	21	11	36	1.89
72145--72377	106	2.2	107	87	0	333	34	26	17	21	1.95
72149--72405	106	2.4	105	84	4	329	35	25	18	21	1.95
73917--73967	21	2.4	21	84	12	61	21	7	1	68	1.25
91308--91354	16	2.8	17	83	3	69	34	6	29	29	1.82
91914--92140	28	7.4	32	88	8	275	43	35	7	13	1.73
92518--92573	28	2.0	28	86	3	78	16	8	28	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92535--92612	33	2.3	33	84	6	95	15	8	34	41	1.78
96340--96619	142	2.0	142	90	0	443	34	16	10	38	1.83
97820--97881	31	2.0	31	100	0	124	41	12	19	25	1.87
98309--98630	83	4.0	83	87	3	424	44	11	4	40	1.61
105059--105116	20	2.7	20	81	10	62	29	20	24	25	1.99
107852--108115	57	4.5	57	70	22	158	41	12	8	37	1.74
109597--109875	83	3.4	82	85	5	341	45	7	3	42	1.50
112418--112459	22	2.0	21	90	9	68	47	4	4	42	1.45
113276--113311	18	1.9	19	88	5	56	58	2	0	38	1.13
117401--117466	34	1.9	34	90	0	105	36	9	4	50	1.55
124444--124483	20	2.0	20	100	0	80	20	35	30	15	1.93
124495--124624	66	2.0	66	86	3	181	34	20	24	20	1.96
128769--128812	14	2.9	15	83	10	54	68	0	25	6	1.14
129282--129320	21	2.0	20	90	10	62	56	2	15	25	1.52
132709--132867	64	2.5	64	81	6	162	33	22	18	25	1.97
138647--138681	3	11.7	3	87	0	52	31	2	2	62	1.24
155436--155489	22	2.5	22	90	0	81	29	16	14	38	1.89
155782--155814	12	2.6	13	85	9	50	33	42	21	3	1.68
156214--156244	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
158033--158113	40	2.0	40	82	0	99	25	24	23	25	2.00
158931--158997	20	3.3	20	64	4	53	44	22	4	28	1.72
158921--159003	41	2.0	41	95	0	148	40	26	3	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159793--159824	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
164719--164795	24	3.1	24	62	20	59	27	16	11	44	1.83
164695--164795	50	2.0	50	100	0	202	26	17	11	43	1.84
164695--164772	26	3.1	26	62	20	65	26	19	11	42	1.85
164708--164787	26	3.2	26	63	20	69	27	17	12	42	1.85
169451--169477	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
170375--170426	27	1.9	25	81	14	59	46	5	15	32	1.70
172783--173050	135	2.0	136	94	0	475	34	12	11	42	1.78
173274--173308	15	2.3	15	95	0	61	17	20	8	54	1.68
176764--176799	17	2.1	17	90	10	56	36	2	0	61	1.11
186853--188271	113	12.6	113	88	0	2025	30	15	24	28	1.96
186853--188268	338	4.2	339	88	1	2043	31	15	24	28	1.96
188788--188972	42	4.5	41	76	9	178	32	22	19	25	1.97
188788--188972	83	2.2	83	94	0	316	32	22	19	25	1.97
191140--191180	20	2.2	19	91	8	66	24	21	9	43	1.83
194882--194924	17	2.5	17	96	0	77	48	13	20	16	1.80
198313--198418	23	4.7	23	86	3	128	24	32	23	19	1.98
198312--198418	46	2.4	44	83	6	144	25	31	23	19	1.98
202157--202205	22	2.2	23	81	3	55	34	0	6	59	1.22
206624--206673	20	2.5	20	81	9	59	20	24	18	38	1.93
206673--206716	10	4.3	10	88	5	70	56	0	0	43	0.99
206677--206717	21	2.0	21	100	0	82	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207436--207528	20	4.6	20	83	4	98	36	19	21	22	1.95
214931--215035	35	2.9	37	87	6	155	30	34	3	31	1.76
216516--216555	13	2.9	13	92	7	62	62	12	0	25	1.30
217674--217731	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
218237--218413	45	4.3	46	80	17	166	49	2	4	43	1.35
218229--218443	38	5.5	42	80	15	207	48	2	5	43	1.39
218243--218445	36	5.4	37	79	16	197	49	2	4	42	1.37
218366--218538	31	5.3	31	76	13	129	46	2	5	45	1.39
218327--218539	62	3.2	64	79	12	175	46	2	5	45	1.39
218288--218592	37	8.7	34	73	18	177	47	2	6	43	1.41
219749--219819	30	2.5	28	78	15	83	12	8	4	74	1.19
222274--222336	23	2.7	24	78	7	67	25	12	17	44	1.84
222421--222485	22	3.0	22	84	8	87	12	9	21	56	1.63
222421--222485	11	5.9	11	80	7	78	12	9	21	56	1.63
226262--226350	14	7.0	13	74	17	80	44	0	0	55	0.99
226266--226339	3	25.3	3	78	5	80	43	0	0	56	0.99
227045--227073	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
227625--227662	19	2.1	19	95	5	69	18	5	5	71	1.25
227760--227798	13	3.0	13	82	10	53	38	0	2	58	1.12
228421--228472	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
228457--228505	14	3.2	16	75	16	50	26	2	2	69	1.10
235430--235684	83	3.1	83	98	0	483	29	14	20	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236887--237056	75	2.3	75	80	4	182	34	15	19	30	1.93
238391--238470	22	3.6	22	70	0	70	36	12	11	40	1.79
239139--239701	76	7.4	76	97	0	1029	21	21	21	35	1.96
239139--239701	227	2.5	228	96	1	1038	21	21	21	35	1.96
239876--239933	21	2.8	21	86	5	73	43	0	0	56	0.99
239855--239924	3	23.3	3	76	5	70	44	0	0	55	0.99
240624--240652	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
241205--241241	19	2.1	19	90	10	60	18	5	5	70	1.27
241341--241379	13	3.0	13	82	10	53	38	0	2	58	1.12
249432--249526	38	2.4	38	91	3	145	40	5	4	50	1.44

Tables:   1   2   3