genome.fa.s2356.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002356.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004810_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  318585

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50--159	51	2.2	51	78	4	125	21	31	26	20	1.98
450--663	111	1.9	111	98	0	410	37	7	10	43	1.68
2171--2205	18	1.9	18	94	0	61	25	17	22	34	1.96
9067--9127	26	2.3	27	82	2	70	52	13	4	29	1.61
9671--9738	35	1.9	35	93	0	118	44	16	0	39	1.48
9743--9815	35	2.1	34	87	5	103	31	0	24	43	1.54
17380--17417	17	2.2	18	85	4	51	55	2	2	39	1.28
17367--17417	17	2.9	17	77	8	50	52	3	1	41	1.31
20802--20986	60	3.0	60	81	3	165	32	24	4	38	1.75
21125--21309	60	3.1	60	79	8	189	37	6	24	31	1.81
22614--22642	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
25097--25139	21	2.0	22	95	4	79	23	32	18	25	1.97
25332--25357	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
25920--26044	31	4.0	32	76	9	123	32	20	18	29	1.96
28540--28692	30	5.1	30	95	0	263	31	25	21	21	1.98
28681--28778	31	3.2	30	78	13	117	32	18	19	29	1.96
29698--29742	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
30854--30914	29	2.1	29	84	0	77	39	3	18	39	1.67
31595--31630	18	2.1	17	89	5	54	25	0	30	44	1.54
33752--34041	145	2.0	145	100	0	580	37	10	10	42	1.73
41805--42173	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
42856--42902	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43077--43101	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
44868--44938	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
45120--45174	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
45320--45512	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
45320--45512	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
45568--45619	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
51547--51611	34	1.9	34	81	6	78	46	4	10	38	1.60
52936--53006	31	2.3	31	79	13	74	50	1	1	46	1.18
54712--54773	25	2.3	28	81	15	78	37	8	0	54	1.30
55333--55415	16	5.0	16	72	16	62	48	0	2	49	1.14
58291--58829	182	3.0	182	89	0	810	42	11	17	27	1.84
59984--60418	197	2.2	198	82	5	524	38	13	15	32	1.87
60456--60616	87	1.9	87	93	0	277	30	16	11	40	1.85
60540--60584	23	2.0	23	86	0	63	33	22	8	35	1.85
64777--64802	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65508--65546	16	2.4	16	91	0	60	20	28	17	33	1.96
66504--66550	24	2.0	24	83	8	60	48	4	8	38	1.53
69186--69233	20	2.4	20	96	0	87	12	20	43	22	1.86
69581--69716	61	2.2	60	85	3	193	36	11	4	47	1.59
69823--69880	29	2.0	29	83	6	73	50	3	5	41	1.42
70124--70182	18	3.2	18	95	2	91	50	1	0	47	1.11
70132--70253	2	60.5	2	76	13	108	45	4	2	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70287--70342	22	2.5	21	83	16	69	46	7	0	46	1.30
70345--70426	11	7.8	10	70	22	53	47	2	2	47	1.28
70389--70426	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
70474--70512	20	2.0	19	90	5	60	35	5	12	46	1.65
71077--71105	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71167--71241	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
71319--71393	24	3.2	23	84	5	105	36	21	17	25	1.95
71323--71408	23	3.7	23	84	3	109	38	19	17	24	1.93
71302--71415	47	2.4	47	80	2	131	40	20	14	24	1.90
72553--72588	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
73889--73917	15	1.9	15	100	0	58	31	20	34	13	1.92
73886--73939	8	7.4	8	74	17	55	24	22	37	16	1.94
73913--73944	13	2.5	13	94	0	55	12	21	46	18	1.82
73907--73959	18	2.8	18	88	8	70	15	20	45	18	1.85
73913--73974	31	2.0	31	87	6	90	16	19	45	19	1.86
73941--73987	13	3.6	13	85	0	67	19	17	42	21	1.89
74770--74837	2	33.5	2	72	19	52	47	1	4	47	1.31
74767--74837	18	3.8	19	75	18	69	47	1	4	46	1.30
74767--74837	19	3.7	20	75	22	80	47	1	4	46	1.30
74851--74896	14	3.3	14	84	0	56	47	26	2	23	1.63
74913--75211	20	15.1	20	69	16	128	43	5	4	46	1.47
74909--75034	22	5.2	25	69	21	72	44	3	3	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75106--75197	2	45.0	2	78	8	96	45	4	2	47	1.34
75214--75680	205	2.2	206	89	6	697	28	13	8	49	1.70
78068--78130	23	2.7	23	97	0	117	22	19	28	30	1.98
85435--85470	16	2.2	16	90	0	54	41	8	27	22	1.82
86870--86948	25	3.2	25	100	0	158	15	20	0	64	1.29
86878--86944	13	5.3	13	68	31	56	14	19	0	65	1.27
86882--86947	12	5.3	12	71	7	60	15	18	0	66	1.25
86870--86972	50	2.1	49	83	10	129	15	20	0	63	1.37
93696--93743	20	2.4	20	96	0	87	29	16	22	31	1.96
102385--102484	21	4.8	21	86	7	141	32	30	13	25	1.93
102730--102778	24	2.0	24	100	0	98	42	16	8	32	1.77
106902--106928	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
107384--107461	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
110291--110361	36	2.0	36	94	2	126	16	29	32	21	1.95
110780--110824	5	7.7	6	81	18	51	46	4	17	31	1.68
110780--110828	18	2.8	18	81	9	57	46	4	16	32	1.65
113259--113286	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
115306--115348	18	2.3	19	76	15	54	39	0	2	58	1.11
126115--126188	36	2.0	38	84	7	98	51	1	4	43	1.29
127426--127460	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
128039--128105	19	3.7	19	67	18	61	28	26	13	31	1.94
128017--128098	35	2.3	35	97	0	155	28	25	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131617--131699	31	2.6	33	79	16	102	44	0	6	49	1.27
140691--140724	16	2.1	16	88	0	50	76	2	2	17	1.04
140671--140744	27	2.8	28	80	15	79	74	6	4	14	1.18
141033--141067	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
141201--141268	18	3.8	18	73	11	59	67	0	8	23	1.18
141302--141349	2	25.5	2	83	12	66	54	2	0	43	1.12
141301--141353	23	2.2	23	90	6	79	56	1	0	41	1.10
143040--143695	105	6.4	104	90	5	1032	22	18	24	34	1.96
143297--143690	98	3.9	98	92	3	637	22	19	24	33	1.97
143040--143690	302	2.1	308	91	4	1055	22	18	24	34	1.96
144422--144465	22	2.1	21	83	8	54	0	20	2	77	0.88
144436--144565	64	2.0	67	82	8	160	11	25	10	52	1.70
144578--145544	324	3.0	324	89	5	1620	20	24	21	33	1.97
144527--145482	313	3.0	313	89	5	1594	19	24	21	33	1.97
147221--148475	626	2.0	626	99	0	2492	25	23	21	29	1.99
156249--156282	16	2.1	16	88	0	50	76	2	2	17	1.04
156229--156302	27	2.8	28	80	15	79	74	6	4	14	1.18
156738--156805	18	3.8	18	73	11	59	67	0	8	23	1.18
156837--156886	6	7.6	7	82	13	54	58	4	0	38	1.17
156837--156887	10	5.2	10	76	19	54	58	3	0	37	1.16
182076--182119	16	2.6	18	79	20	58	59	2	0	38	1.10
184803--184837	18	2.1	18	89	10	56	28	2	5	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188634--188895	130	2.0	131	86	6	363	29	22	17	30	1.97
203273--203319	25	1.9	25	86	4	69	29	17	6	46	1.72
213451--213480	10	3.1	10	90	9	53	26	0	0	73	0.84
214001--214042	14	3.1	14	80	16	52	52	0	2	45	1.13
219724--219788	27	2.4	27	86	0	103	10	21	41	26	1.86
223831--223886	23	2.4	23	90	0	85	50	1	8	39	1.44
223833--223893	23	2.4	25	73	15	63	54	1	6	37	1.37
226858--226947	45	2.0	45	100	0	180	42	15	6	35	1.73
226862--226934	24	3.2	24	64	25	66	42	15	6	35	1.73
240878--240922	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2