genome.fa.s2410.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002410.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004929_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  198433

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8585--8640	13	4.4	12	74	17	51	62	3	0	33	1.12
10712--10754	2	21.5	2	85	0	59	44	0	0	55	0.99
10738--11224	37	13.4	36	80	15	460	43	3	6	45	1.46
10986--11053	27	2.5	28	86	9	97	41	2	5	50	1.42
10950--11079	64	2.1	62	89	5	199	43	3	6	46	1.46
10924--11123	101	2.0	99	86	8	278	43	3	6	47	1.45
10995--11065	28	2.6	27	84	6	81	45	2	5	46	1.41
12480--12543	22	2.9	21	73	11	56	15	6	3	75	1.14
12561--12590	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
12616--12654	7	5.7	7	84	6	53	15	0	10	74	1.07
12604--12675	21	3.4	21	79	9	76	18	0	6	75	1.02
12602--12675	13	5.5	13	75	20	55	18	0	6	74	1.04
12644--12691	8	6.0	8	81	13	55	25	0	2	72	0.95
12602--12675	34	2.2	34	80	9	89	18	0	6	74	1.04
12718--12752	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
16877--16902	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16895--17146	95	2.7	93	86	5	357	32	17	19	29	1.95
18230--18267	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
18560--18599	18	2.4	16	87	8	53	37	5	17	40	1.72
18560--18600	16	2.4	18	88	8	59	36	4	17	41	1.71
19630--19685	20	2.9	19	76	10	69	19	19	30	30	1.97
20977--21017	21	1.9	22	90	5	66	48	14	12	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21298--21338	21	1.9	22	90	5	66	48	17	12	21	1.79
20807--21694	321	2.8	322	93	1	1539	37	14	21	26	1.92
21621--21661	21	1.9	22	90	5	66	48	17	12	21	1.79
22095--22224	36	3.6	35	84	5	152	26	23	13	36	1.92
22120--22231	36	3.1	36	92	1	179	26	23	14	35	1.93
22155--22214	21	3.1	21	64	26	60	26	18	13	41	1.87
22253--22690	36	12.3	36	84	5	559	25	20	13	40	1.89
22253--22690	73	6.1	72	83	6	577	25	20	13	40	1.89
22128--22688	282	2.0	283	90	1	894	25	20	13	40	1.89
22294--22780	246	2.0	240	82	7	586	27	19	13	40	1.88
22743--22832	37	2.5	37	87	7	134	43	16	8	31	1.79
23428--23527	37	2.6	37	83	12	105	43	6	7	44	1.56
23474--23742	36	7.8	35	73	21	159	42	2	6	47	1.45
23500--23591	25	3.5	27	86	10	129	43	3	6	46	1.45
23430--23660	128	1.8	124	82	13	299	44	3	6	45	1.46
23510--23603	28	3.5	27	85	7	95	45	2	6	45	1.40
23563--23743	40	4.9	36	77	15	172	41	2	6	48	1.43
23563--23730	75	2.2	75	85	6	216	42	2	6	48	1.44
23759--23818	3	20.3	3	86	10	88	30	1	0	68	0.99
25021--25088	14	4.9	13	77	8	55	16	2	2	77	1.00
25104--25135	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25135--25176	20	2.1	20	91	8	68	16	0	4	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25123--25217	35	2.7	36	73	14	81	23	3	4	69	1.20
25344--25423	12	6.5	12	76	11	81	15	2	3	78	0.99
25343--25407	14	4.5	15	75	16	50	15	1	4	78	0.99
25347--25465	4	29.8	4	72	16	61	16	3	5	74	1.13
25374--25457	37	2.3	37	85	6	109	16	3	4	75	1.12
25359--25457	36	2.6	37	84	10	121	16	3	5	75	1.10
28992--29023	2	16.5	2	93	6	57	50	0	50	0	1.00
31603--31643	21	2.0	21	95	0	73	34	29	19	17	1.94
31667--31890	21	10.7	21	77	13	221	20	20	23	35	1.96
31643--31890	42	6.0	42	88	4	369	20	20	22	35	1.96
31686--31883	63	3.1	63	81	11	278	19	20	23	36	1.95
31980--32011	6	5.3	6	100	0	64	34	50	15	0	1.45
32736--32805	19	3.5	20	75	21	74	41	21	17	20	1.90
32732--32826	40	2.3	42	91	8	160	37	24	17	20	1.93
32757--32851	21	4.6	21	80	10	115	34	26	20	18	1.96
43924--44012	16	5.4	16	71	17	58	70	1	5	22	1.14
45103--45145	19	2.3	18	80	11	50	76	2	2	18	1.00
45167--45251	35	2.4	35	82	3	100	48	7	2	42	1.43
45186--45312	34	3.8	33	78	12	100	42	7	4	45	1.52
45167--45501	36	9.3	36	74	14	266	42	6	5	45	1.53
45221--45494	75	3.8	70	75	14	231	41	6	5	45	1.53
45550--45579	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46216--46332	34	3.4	34	85	2	162	31	6	16	45	1.73
46319--46406	37	2.4	37	84	5	108	35	12	23	28	1.91
46452--47370	165	5.6	165	81	4	889	25	20	23	29	1.99
46505--47247	329	2.2	327	88	2	1101	26	20	23	29	1.99
46457--47370	249	3.7	242	85	5	943	25	20	23	29	1.99
48549--48744	95	2.1	94	86	5	279	33	18	15	31	1.93
49222--49278	29	2.0	29	86	6	80	57	17	8	15	1.63
53694--53758	34	1.9	34	84	6	87	47	7	3	41	1.48
53676--54025	36	9.8	35	76	12	288	42	6	5	46	1.50
54078--54453	189	2.0	189	98	0	734	44	14	14	26	1.84
57589--57695	43	2.5	43	98	1	207	30	1	14	53	1.51
57890--57984	50	1.9	48	87	4	136	24	17	23	34	1.96
64867--64952	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
64921--64963	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
65085--65118	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
65588--65835	130	1.9	130	93	0	424	36	13	14	35	1.85
67128--67158	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
70587--70638	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
70627--70740	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
70624--70740	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
71257--71337	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
71333--71442	19	5.7	19	92	2	157	12	19	20	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71333--71537	20	11.1	19	78	13	187	13	21	20	44	1.85
71333--71442	59	1.9	57	94	3	193	12	19	20	47	1.82
71425--71512	33	2.6	33	92	1	140	12	25	23	38	1.90
73539--73661	42	2.9	42	78	4	106	24	35	17	22	1.95
75020--75055	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
75181--75239	19	3.4	19	71	22	65	13	20	18	47	1.82
75162--75238	33	2.3	34	82	6	95	18	20	20	40	1.92
77530--77554	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
80384--80441	14	3.9	14	77	16	62	48	24	17	10	1.78
80368--80446	32	2.4	33	93	2	133	46	22	18	11	1.81
80475--80532	14	3.9	14	77	16	62	12	17	22	48	1.80
80458--80548	32	2.8	33	91	3	148	13	17	20	48	1.81
80534--80576	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
80542--80587	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
81063--81107	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
82084--82139	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
82091--82160	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
82884--82958	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
82890--82954	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
83025--83057	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
83649--83686	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
83948--83991	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84179--84272	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
84159--84273	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
84262--84354	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
84201--84335	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
84262--84354	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
93129--93175	23	2.0	23	84	8	60	59	4	6	29	1.41
94894--95019	20	6.3	20	85	0	162	36	18	18	26	1.94
94894--95020	40	3.2	41	90	2	179	36	18	18	27	1.94
99416--99516	46	2.2	46	85	7	134	37	18	8	34	1.82
100521--100560	14	2.9	14	92	3	64	55	0	0	45	0.99

Tables:   1   2