genome.fa.s2414.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002414.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004936_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  131910

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
480--526	22	2.2	22	85	7	62	21	27	19	31	1.97
1441--1486	24	1.9	24	95	0	83	32	2	28	36	1.69
5442--5489	18	2.7	18	90	0	69	31	29	20	18	1.97
5739--5767	15	1.9	15	100	0	58	34	20	0	44	1.52
8157--8230	25	3.0	25	88	2	87	24	20	20	35	1.96
9933--9962	14	2.1	15	93	6	53	26	0	0	73	0.84
11123--11182	29	2.0	28	84	12	75	50	0	1	48	1.11
12665--12895	107	2.2	104	83	3	293	36	12	12	38	1.81
22152--22187	18	2.1	17	89	5	54	36	0	8	55	1.30
22835--22889	23	2.4	23	90	0	92	30	25	18	25	1.98
24265--24456	63	3.0	63	93	0	330	43	16	9	30	1.80
24428--24589	31	5.2	31	95	0	270	47	19	4	28	1.68
24815--25015	6	33.8	6	78	2	145	8	4	42	43	1.56
25143--25355	101	2.1	101	90	4	340	31	6	30	30	1.83
25245--25491	124	2.0	125	88	3	374	35	7	28	27	1.85
25246--25499	125	2.0	123	87	3	366	36	7	28	27	1.84
25691--25830	61	2.3	61	86	1	192	35	8	6	50	1.59
26124--26464	18	19.2	18	67	18	171	42	6	6	44	1.56
26136--26460	58	6.0	58	75	14	302	42	6	6	44	1.57
26358--26448	26	3.5	26	69	11	78	43	6	5	43	1.53
26384--26432	19	2.5	20	73	6	55	38	6	8	46	1.58
26312--26726	20	21.5	20	66	22	108	43	5	6	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26099--26530	156	2.7	156	76	15	422	42	6	6	44	1.56
26547--26660	7	17.7	6	75	15	61	47	3	6	42	1.45
26525--26660	34	4.0	36	72	14	101	46	3	6	43	1.47
26552--26593	9	4.4	9	78	21	50	45	0	7	47	1.30
26576--26671	27	3.7	27	80	6	108	48	3	6	41	1.44
26282--26660	2	181.0	2	63	24	65	44	4	6	44	1.50
26783--26862	20	4.1	20	75	15	78	43	6	10	40	1.63
26723--26870	18	7.7	18	72	19	102	41	8	9	41	1.67
26682--26882	38	5.3	38	79	14	202	42	7	9	40	1.65
26854--26920	33	2.1	33	91	2	109	50	4	5	38	1.47
26872--26944	20	3.4	20	79	17	92	52	2	6	38	1.43
26872--26974	27	4.1	27	69	21	98	51	2	6	38	1.44
26871--26931	23	2.7	23	79	16	74	54	1	6	37	1.37
26884--26960	13	5.8	13	70	18	61	51	2	7	37	1.45
26906--27001	20	4.7	20	70	17	72	51	3	6	39	1.43
26910--27008	27	3.7	27	77	8	94	49	3	6	41	1.43
26992--27054	24	2.6	24	80	12	67	44	7	7	39	1.63
27038--27120	22	3.9	22	68	21	68	38	8	8	44	1.65
27049--27166	22	5.8	20	71	16	73	37	5	9	48	1.58
27051--27132	42	1.9	44	83	14	109	37	6	8	47	1.59
27257--27315	22	2.6	22	78	5	55	49	6	1	42	1.39
27268--27315	22	2.2	22	85	7	62	50	6	2	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27362--27399	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
27465--27573	2	54.0	2	70	15	73	45	3	1	48	1.30
27465--27530	9	7.0	9	75	16	62	50	3	1	45	1.26
27490--27558	22	3.2	22	80	15	99	44	5	2	46	1.42
27477--27573	42	2.5	39	82	12	135	45	4	2	48	1.33
27655--28772	216	5.3	215	92	3	1852	28	12	8	50	1.69
28306--28338	12	2.5	13	90	9	50	30	0	0	69	0.88
27658--28772	424	2.6	427	93	2	1874	28	12	8	50	1.69
30868--30896	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
35174--35209	14	2.5	14	90	4	54	63	0	11	25	1.27
36900--36940	19	2.1	19	86	4	55	12	19	9	58	1.61
36890--36940	20	2.6	20	81	3	59	9	19	9	60	1.55
41431--41460	14	2.1	14	93	0	51	63	0	10	26	1.26
43480--43575	50	1.9	51	80	6	115	21	6	1	70	1.15
43545--43584	20	2.0	20	85	9	55	20	5	2	72	1.15
43535--43582	25	2.0	24	87	4	69	20	2	2	75	1.02
43450--43600	54	2.7	51	78	17	126	19	9	1	69	1.25
46787--46811	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
47116--47167	3	18.0	3	84	7	54	38	0	1	59	1.08
47120--47175	29	2.0	29	83	10	73	42	1	1	53	1.21
48667--48700	13	2.5	14	90	4	52	29	0	0	70	0.87
48566--48801	121	2.0	121	82	6	291	38	8	7	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50584--50624	3	13.7	3	94	0	73	29	0	2	68	1.03
56851--56914	31	2.1	31	90	0	101	29	6	10	53	1.60
57885--57960	31	2.5	31	91	0	116	48	13	11	26	1.76
58924--59054	47	2.7	49	80	9	158	64	4	9	21	1.40
58922--59056	52	2.7	51	81	6	170	62	4	9	22	1.43
60330--60370	21	2.0	21	90	0	64	26	19	26	26	1.99
60654--60723	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
61582--61630	19	2.5	20	83	3	64	53	6	12	28	1.62
63083--63156	21	3.8	20	69	27	70	18	33	28	18	1.95
63268--63308	21	2.0	21	95	0	73	24	19	29	26	1.98
63592--63661	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
64519--64567	19	2.5	20	83	3	64	53	6	12	28	1.62
66021--66094	21	3.8	20	69	27	70	18	33	28	18	1.95
66206--66246	21	2.0	21	95	0	73	24	19	29	26	1.98
66513--66581	34	2.1	32	82	12	79	28	11	24	34	1.91
66530--66599	34	2.1	32	89	5	104	31	14	30	24	1.94
67458--67506	19	2.5	20	83	3	64	53	6	12	28	1.62
68955--69030	20	4.1	19	70	26	72	19	35	26	18	1.95
69142--69182	21	2.0	21	95	0	73	24	19	29	26	1.98
69466--69535	34	2.1	32	86	5	95	31	14	28	25	1.95
70394--70439	19	2.3	20	85	3	58	50	6	13	30	1.66
71893--71966	21	3.8	20	69	27	70	18	35	28	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72078--72118	21	2.0	21	85	0	55	24	21	24	29	1.99
72385--72453	34	2.1	32	82	12	79	28	11	24	34	1.91
72402--72471	34	2.1	32	89	5	104	31	14	30	24	1.94
73330--73375	19	2.3	20	85	3	58	50	6	13	30	1.66
74824--74896	21	3.8	20	68	27	59	20	28	28	21	1.98
75013--75053	21	2.0	21	90	0	64	26	19	26	26	1.99
75337--75406	34	2.1	32	89	5	104	31	15	28	24	1.96
79272--79299	9	3.1	9	100	0	56	10	46	10	32	1.73
85896--86507	211	2.9	211	83	2	746	33	19	15	31	1.93
90996--91039	21	2.2	20	83	4	52	34	11	9	45	1.72
94953--95025	18	3.9	18	78	7	92	28	31	16	23	1.96
94952--95028	38	2.0	38	89	0	118	28	29	16	24	1.97
95600--95763	64	2.6	64	82	0	184	28	18	20	32	1.96
100215--100256	22	1.9	22	100	0	84	28	28	26	16	1.97
107125--107177	22	2.4	22	90	0	79	32	30	24	13	1.93
108641--108795	63	2.5	63	84	4	179	32	20	21	25	1.98
109148--109218	31	2.3	30	90	2	106	38	2	25	33	1.71
109407--109457	24	2.1	25	88	3	77	21	23	27	27	1.99
109415--109463	25	2.0	24	88	4	71	22	22	26	28	1.99
113098--113168	3	24.7	3	79	13	69	33	0	0	66	0.92
114504--114584	40	2.0	40	81	9	94	30	2	6	60	1.34
114739--114774	19	1.9	19	88	5	56	41	2	0	55	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117096--117125	15	2.1	15	93	6	53	33	6	26	33	1.83
126019--126058	16	2.6	16	96	4	73	80	0	15	5	0.88
126017--126096	27	2.9	27	83	7	90	73	0	17	8	1.07
126019--126096	16	5.0	15	76	20	72	75	0	16	7	1.02
126443--126477	18	1.9	18	100	0	70	31	5	5	57	1.46
127637--128323	123	5.8	112	85	8	649	39	14	18	27	1.90
127877--128323	123	3.7	123	95	1	776	39	15	18	26	1.90
127632--128323	246	2.9	235	85	8	819	39	15	18	27	1.90
128650--128708	9	7.2	9	75	21	58	40	0	0	59	0.97
128641--128709	15	4.7	15	90	1	104	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2