genome.fa.s2522.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002522.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005133_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  171236

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4884--4949	31	2.1	31	86	5	89	45	9	4	40	1.56
5359--5467	32	3.4	32	91	7	177	12	11	25	50	1.73
5389--5445	19	3.3	19	63	27	54	10	12	24	52	1.70
7908--7953	23	2.0	23	83	12	58	41	0	32	26	1.56
9999--10037	16	2.5	16	91	4	62	35	20	2	41	1.66
19244--19299	29	2.0	29	89	3	87	51	0	0	48	1.00
19264--19498	118	2.0	117	84	4	305	45	8	8	37	1.65
19529--19564	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
19596--19623	13	2.2	13	100	0	56	64	7	0	28	1.20
20801--20869	3	23.7	3	82	11	90	63	0	0	36	0.94
21208--21750	113	4.8	113	84	2	689	28	18	13	39	1.89
21565--21609	24	1.9	23	82	13	56	15	24	6	53	1.66
21748--22055	76	4.1	76	93	0	526	36	21	18	23	1.95
22732--22791	22	2.7	22	86	0	93	41	11	11	35	1.78
24890--25115	114	2.0	114	92	0	380	30	20	16	32	1.94
28549--28654	45	2.3	47	90	6	162	30	9	20	39	1.84
38254--38424	7	22.6	7	68	23	57	73	1	18	7	1.12
38352--38435	18	4.6	18	80	11	82	76	0	16	7	1.00
39716--39787	37	2.0	36	88	2	108	37	19	20	22	1.94
39802--40276	55	8.7	55	86	6	585	27	16	25	30	1.97
39802--40276	221	2.2	216	87	4	686	27	16	25	30	1.97
44812--44871	18	3.6	16	73	15	50	5	16	0	78	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44861--44904	22	2.0	22	100	0	88	4	13	13	68	1.36
47706--47756	12	4.0	12	80	14	57	56	7	11	23	1.61
47703--47754	27	1.9	27	96	0	95	55	7	13	23	1.63
47814--47855	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
49309--49376	33	2.1	33	83	10	86	63	4	5	26	1.36
49337--49386	24	2.1	24	82	10	59	64	2	6	28	1.28
49864--49920	29	2.0	29	89	0	87	52	0	0	47	1.00
49885--50119	118	2.0	117	85	4	314	45	7	8	37	1.63
50150--50185	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
50214--50241	13	2.2	13	100	0	56	64	7	0	28	1.20
51465--51527	3	21.7	3	87	12	96	66	0	0	33	0.92
53166--53193	7	4.0	7	100	0	56	14	28	28	28	1.95
58010--58082	23	3.2	23	88	0	101	38	20	5	35	1.76
58500--58572	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
58590--58634	22	2.0	22	86	0	63	40	11	8	40	1.72
57608--59973	978	2.4	976	95	0	4291	40	10	7	40	1.68
58988--59060	23	3.2	23	86	0	110	38	19	6	35	1.78
57608--59973	488	4.8	488	94	0	4156	40	10	7	40	1.68
59476--59548	23	3.2	23	90	0	110	38	20	5	35	1.76
64161--64187	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
67347--67400	25	2.2	25	100	0	108	66	7	18	7	1.40
67969--68019	23	2.2	23	85	0	66	37	5	19	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68047--68106	23	2.6	23	81	0	66	45	3	15	36	1.62
67947--68199	87	2.9	87	88	0	344	43	8	11	35	1.72
68575--68619	23	2.0	23	86	0	63	37	15	11	35	1.83
68653--68737	23	3.7	23	91	0	134	35	20	7	37	1.80
69400--69433	11	3.1	11	82	0	50	29	14	17	38	1.90
73790--73817	10	2.8	10	100	0	56	60	21	10	7	1.53
73773--73847	24	3.3	23	83	7	73	61	22	10	5	1.49
73797--73865	23	3.0	23	80	4	68	62	21	5	10	1.48
76785--76852	3	22.0	3	85	5	91	38	0	0	61	0.96
78395--78430	10	3.7	10	88	3	56	75	0	2	22	0.94
80502--80556	26	2.0	27	89	6	85	23	14	5	56	1.59
80518--80571	14	3.8	14	80	2	54	22	16	7	53	1.67
83114--83160	16	2.9	16	78	15	53	78	0	21	0	0.75
85429--85687	92	2.8	92	94	0	455	28	15	20	35	1.94
86561--86670	42	2.7	40	72	10	105	35	20	20	23	1.96
87892--88038	54	2.8	53	86	8	203	38	14	22	25	1.92
88410--88464	22	2.5	22	84	0	83	36	12	12	38	1.82
88864--89767	113	8.0	113	97	0	1691	38	15	17	28	1.90
89675--89908	124	1.9	124	90	0	369	42	14	16	25	1.87
89675--89956	124	2.3	124	85	3	363	42	15	17	24	1.88
90113--90168	3	18.0	3	81	7	67	39	0	0	60	0.97
91695--91724	10	2.9	10	95	5	51	80	0	3	16	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91695--91728	11	3.2	11	87	8	52	76	0	2	20	0.92
105028--105060	11	2.8	12	86	13	50	21	0	0	78	0.75
106693--106740	25	1.9	25	84	16	64	39	4	8	47	1.53
108805--108833	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
114491--114530	21	1.9	21	94	0	71	27	17	20	35	1.95
114109--114582	254	1.9	254	90	4	760	34	13	16	34	1.89
114405--114787	205	1.9	204	91	2	626	33	13	19	33	1.90
115926--115968	20	2.0	20	86	8	59	39	0	25	34	1.56
116135--116291	64	2.4	65	81	6	167	34	19	23	22	1.96
116279--116332	20	2.4	23	88	11	78	35	18	22	24	1.96
116706--116744	9	4.4	9	80	6	53	43	2	12	41	1.56
117688--117744	20	2.9	20	84	2	80	35	15	22	26	1.94
118268--118325	20	2.8	20	76	12	55	24	31	20	24	1.98
118356--118399	20	2.2	20	87	0	61	18	40	13	27	1.88
119646--119682	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
120475--120512	20	1.9	20	88	0	58	39	13	10	36	1.79
120840--120879	21	1.9	21	89	0	62	30	10	10	50	1.69
121102--121180	21	3.7	21	74	15	72	24	34	18	22	1.97
126261--126299	14	2.8	14	84	0	51	35	38	23	2	1.68
127341--127377	15	2.5	15	86	0	56	8	67	16	8	1.40
132282--132364	29	2.9	29	92	3	132	20	21	14	43	1.87
132361--132396	12	3.0	12	95	0	63	38	25	2	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132753--132907	64	2.4	64	76	13	158	25	18	20	35	1.95
132943--133020	21	3.7	21	100	0	156	32	20	19	28	1.97
137125--137168	23	1.9	23	90	9	72	34	22	9	34	1.86
137578--137607	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
137603--137647	21	2.2	20	84	7	56	26	0	2	71	0.98
141522--141546	11	2.3	11	100	0	50	16	16	52	16	1.76
141902--141935	16	2.1	16	88	0	50	35	8	23	32	1.86
142687--142718	15	2.1	16	94	5	57	50	18	25	6	1.70
145940--145964	11	2.3	11	100	0	50	16	16	52	16	1.76
153719--153801	31	2.7	31	87	7	123	39	20	18	21	1.92
154453--154614	64	2.5	64	83	4	202	29	17	19	33	1.95
154986--155023	19	2.0	20	89	5	60	26	21	2	50	1.62
155129--155160	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
158255--158386	31	4.2	31	77	9	142	31	20	18	30	1.96
161295--161385	31	2.9	32	90	6	134	39	21	17	20	1.92
162037--162198	64	2.5	64	82	4	193	29	17	19	33	1.95
165178--165203	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83

Tables:   1

The End!