genome.fa.s2609.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002609.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005274_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  167397

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1469--1551	23	3.6	23	98	0	157	16	28	27	26	1.97
5970--6050	27	3.0	27	92	1	126	39	8	4	46	1.56
6001--6103	29	3.6	28	82	11	97	37	7	2	51	1.46
6780--6841	31	2.0	31	100	0	124	25	29	6	38	1.81
7750--7797	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
8218--8272	23	2.4	23	90	0	83	40	18	5	36	1.74
8629--8699	21	3.3	20	77	14	70	39	22	4	33	1.74
8644--8704	21	2.7	23	82	10	81	37	21	4	36	1.75
9064--9126	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
9474--9525	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
9484--9546	23	2.7	23	90	0	90	39	19	4	36	1.72
7856--9746	420	4.5	427	95	2	3378	38	12	7	41	1.71
9960--10043	39	2.2	39	91	0	132	17	13	19	50	1.78
10297--10333	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
10770--10832	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
11176--11241	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
13711--14198	181	2.7	183	93	2	842	32	17	15	34	1.91
15693--15787	12	7.9	12	87	0	118	21	33	8	36	1.83
15689--15775	6	14.5	6	82	0	84	22	33	6	36	1.81
15693--15790	6	16.3	6	81	0	79	20	33	8	37	1.82
17253--18417	199	5.9	198	95	1	2077	31	17	15	36	1.91
17253--18417	393	2.9	397	96	1	2176	31	17	15	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18536--18584	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
20329--20394	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
22679--22721	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
22684--22730	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
22864--22910	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
22959--23662	226	3.1	226	94	4	1225	39	8	7	44	1.63
24330--24384	25	2.2	25	100	0	110	41	20	14	23	1.89
24596--24635	20	2.0	20	85	9	55	40	0	0	60	0.97
24596--24639	21	2.2	20	83	4	52	38	0	0	61	0.96
34611--34642	4	8.2	4	93	6	57	0	21	0	78	0.76
35592--35630	13	2.9	13	80	3	51	66	0	2	30	1.05
37587--37621	18	1.9	18	100	0	70	14	22	45	17	1.84
37579--37621	18	2.2	20	88	8	63	16	23	44	16	1.86
38576--38636	3	20.3	3	83	6	79	32	4	0	62	1.17
43297--43325	14	2.0	15	93	6	51	62	27	3	6	1.37
51066--51268	65	3.1	63	78	11	207	26	18	23	32	1.97
51063--51218	65	2.4	65	86	5	219	26	18	23	31	1.97
52264--52297	2	17.0	2	87	0	50	50	0	2	47	1.16
52472--52502	14	2.2	14	94	0	53	87	3	9	0	0.66
54003--54176	61	2.8	62	84	7	217	37	20	11	30	1.88
54378--54489	43	2.6	43	85	0	161	29	30	16	23	1.96
54850--54965	43	2.7	43	93	0	187	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55066--55139	37	2.0	37	86	5	105	28	21	10	39	1.87
55479--55534	3	18.3	3	77	3	58	35	3	1	58	1.26
55479--55534	12	4.6	12	84	2	67	35	3	1	58	1.26
73648--73691	17	2.7	16	89	3	70	75	0	0	25	0.81
73651--73701	19	2.7	18	82	17	59	74	1	0	23	0.92
73919--74103	84	2.2	84	83	0	235	23	18	27	30	1.98
74210--74350	36	4.1	36	76	16	147	37	11	21	29	1.88
74140--74326	63	2.9	63	84	4	257	35	11	21	30	1.90
80806--80833	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
80755--80884	60	2.2	59	81	9	140	60	0	1	36	1.11
80806--80890	10	8.4	10	73	13	50	65	1	2	30	1.12
80848--80911	34	1.9	34	87	9	96	65	0	6	28	1.16
90705--90748	20	2.2	20	88	11	65	40	9	9	40	1.68
90913--90950	11	3.2	12	81	11	51	63	23	0	13	1.30
91647--91685	15	2.6	15	87	0	51	15	69	10	5	1.34
95780--95855	36	2.1	37	87	7	111	39	15	14	30	1.88
96160--96224	24	2.8	23	77	13	69	24	4	4	66	1.30
96263--96340	25	3.1	25	82	10	90	24	2	1	71	1.06
96248--96332	34	2.5	34	81	9	95	27	2	0	70	0.99
96278--96383	50	2.2	48	81	11	126	19	4	0	74	1.05
96471--96500	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
99481--99542	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99481--99550	20	3.3	20	82	9	68	78	5	14	1	1.00
100155--100209	22	2.5	22	100	0	110	36	27	12	23	1.91
100606--100641	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
101205--101482	73	3.8	73	87	1	396	25	20	13	39	1.90
101205--101482	109	2.5	110	88	2	407	25	20	13	39	1.90
101205--101475	36	7.4	36	89	2	380	25	21	13	39	1.90
101433--101605	67	2.6	67	85	3	217	32	21	8	36	1.84
101757--101824	29	2.3	28	75	22	68	44	11	16	27	1.82
102210--102663	106	4.3	105	85	5	551	34	24	19	22	1.97
102210--102663	206	2.2	212	84	7	570	34	24	19	22	1.97
103125--103224	37	2.7	36	83	6	112	39	14	15	32	1.86
103497--103542	24	2.0	23	83	12	58	19	6	4	69	1.28
103555--103678	41	3.1	40	80	17	134	30	2	0	66	1.10
103615--103735	9	13.9	8	69	24	59	19	4	0	75	0.99
103617--103735	13	8.4	13	69	25	64	20	5	0	74	1.00
103596--103665	29	2.2	30	82	14	88	28	2	0	68	1.04
103619--103699	24	3.3	23	73	14	74	23	2	0	74	0.94
103609--103729	48	2.5	49	81	9	140	19	5	0	74	1.02
103626--103757	36	3.8	33	72	16	92	19	6	0	72	1.11
103643--103797	21	7.6	20	71	18	63	16	9	1	72	1.16
111571--111615	8	5.5	8	84	5	54	20	0	13	66	1.24
111566--111615	17	3.0	17	85	2	66	24	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111675--111714	18	2.3	18	86	4	55	55	0	0	45	0.99
114028--114064	18	2.1	17	90	5	56	62	2	5	29	1.31
113845--115070	625	2.0	621	90	1	1852	32	17	17	31	1.94
115714--115808	3	31.3	3	97	2	181	67	0	0	32	0.91
126758--126792	17	2.1	17	94	0	61	28	0	17	54	1.43
129207--129257	18	2.8	18	80	11	59	64	1	5	27	1.27
129012--130246	623	2.0	626	91	1	2014	32	18	17	31	1.94
130962--131028	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
136374--136531	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
136498--136691	20	9.7	20	82	2	192	36	24	19	19	1.95
137073--137143	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
137222--137334	41	3.0	38	87	10	146	44	17	25	12	1.84
137223--137298	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
137275--137355	33	2.5	33	93	0	135	46	20	22	9	1.80
137283--137339	14	3.7	14	70	20	51	43	21	24	10	1.83
137351--137448	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
137373--137462	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
137356--137470	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
139168--139822	93	7.1	93	99	0	1276	21	12	19	46	1.83
139834--139895	19	3.3	19	88	0	88	9	16	24	50	1.75
140303--140343	21	2.0	21	85	0	55	26	34	14	24	1.94
141821--141856	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141963--142060	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
141963--142078	53	2.2	53	98	1	225	43	18	24	13	1.86
142092--142217	19	7.6	16	77	17	66	14	22	18	45	1.85
142107--142270	19	9.4	19	73	20	162	15	20	17	46	1.84
142085--142242	52	3.0	52	95	1	282	15	22	16	45	1.84
142085--142284	33	5.9	33	73	13	192	14	22	18	45	1.85
144567--144591	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
144766--144812	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
145495--145724	20	11.5	20	85	1	237	19	18	24	36	1.94
145711--145793	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96

Tables:   1   2