genome.fa.s2611.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002611.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005277_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119130

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7241--7282	20	2.1	20	100	0	84	35	0	4	59	1.19
7537--7630	49	1.9	49	88	0	143	13	30	37	18	1.90
8372--8425	27	2.0	28	85	10	76	42	0	1	55	1.10
8364--8435	32	2.3	30	76	9	74	47	0	1	51	1.09
18735--18772	2	19.5	2	83	5	51	42	0	0	57	0.98
19157--19212	27	2.1	27	93	0	94	19	30	12	37	1.89
28081--28162	40	2.0	40	100	0	164	43	23	7	25	1.79
30122--30163	12	3.4	12	78	15	50	42	2	0	54	1.13
30858--30966	24	4.5	23	70	13	60	38	2	4	54	1.36
40662--40688	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
43489--43530	21	2.0	21	90	0	66	26	26	21	26	1.99
43635--43701	19	3.5	19	91	0	89	35	13	10	40	1.79
43766--43856	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
45841--45873	13	2.4	14	85	5	50	0	27	0	72	0.85
56215--56266	21	2.4	21	83	6	59	61	1	0	36	1.07
56569--56680	20	5.6	20	77	8	104	41	19	18	19	1.90
56746--56813	20	3.3	20	72	11	75	27	17	29	25	1.97
56756--56827	21	3.5	21	72	11	76	25	20	25	29	1.99
56749--56835	41	2.1	41	85	4	113	29	20	25	24	1.99
56824--56876	20	2.7	20	78	0	61	41	18	20	18	1.91
56881--57024	63	2.3	63	81	2	182	33	19	15	31	1.93
57022--57059	20	1.9	20	88	0	58	44	7	18	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56953--57371	199	2.1	202	96	3	776	36	18	19	25	1.95
57071--57233	89	1.8	88	81	7	204	35	19	20	24	1.95
57221--57258	20	1.9	20	88	0	58	44	7	18	28	1.78
57160--57435	110	2.5	110	81	6	303	36	19	19	23	1.95
57268--57473	110	1.9	110	89	2	324	35	18	22	23	1.96
57494--57546	20	2.7	20	77	11	63	41	20	18	18	1.91
57851--57902	20	2.6	20	90	0	77	15	15	23	46	1.83
58636--58702	20	3.4	20	76	10	75	43	1	2	52	1.25
58616--58702	19	4.5	19	75	13	70	42	2	3	51	1.31
60534--60568	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
60505--60560	29	1.9	29	82	7	69	46	1	3	48	1.30
60640--60697	20	3.0	20	94	2	100	39	0	34	25	1.56
60645--60708	20	3.2	20	88	2	58	45	0	28	26	1.54
61081--61118	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
61202--61265	7	9.1	7	78	0	65	46	34	0	18	1.49
61570--61596	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
61609--61676	17	4.2	17	76	18	58	48	7	2	41	1.46
61620--61689	21	3.3	21	86	6	88	50	5	1	42	1.35
61620--61680	2	30.0	2	82	9	70	49	4	1	44	1.33
61081--62119	550	1.9	542	86	6	1494	43	11	9	36	1.73
62969--63019	20	2.5	20	90	0	84	45	27	15	11	1.81
63014--63052	20	1.9	21	89	5	62	38	15	17	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63011--63059	20	2.5	19	77	9	53	42	14	16	26	1.86
63033--63122	40	2.2	40	90	0	135	40	17	17	24	1.91
63050--63121	20	3.6	20	80	0	90	43	16	16	23	1.88
63071--63336	146	1.8	146	94	0	469	36	20	17	25	1.94
63220--63272	20	2.7	20	78	0	61	41	18	20	18	1.91
63277--63420	63	2.3	63	82	2	191	31	18	17	31	1.94
63465--63673	110	1.9	110	88	3	314	34	17	22	25	1.96
63701--63738	20	1.9	20	88	0	58	47	15	15	21	1.82
64050--64099	20	2.5	20	90	0	73	18	18	20	44	1.88
64824--64911	19	4.5	19	78	10	79	42	2	3	52	1.31
64844--64916	21	3.6	20	80	9	85	42	1	2	53	1.23
66470--66516	17	2.9	16	79	14	53	53	2	2	42	1.25
66476--66539	31	2.0	31	85	14	87	50	4	1	43	1.32
66651--66688	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
66761--66813	20	2.7	20	94	2	90	39	0	32	28	1.57
67819--67855	13	2.8	13	100	0	74	16	48	24	10	1.77
67800--67842	18	2.4	18	100	0	86	16	51	23	9	1.73
67801--67865	31	2.1	31	94	2	114	16	46	23	13	1.83
67902--67969	29	2.3	29	84	0	82	26	5	23	44	1.76
75230--75266	13	2.8	13	100	0	74	16	48	24	10	1.77
75285--75360	29	2.6	29	89	0	107	25	9	22	43	1.82
75314--75380	29	2.3	29	84	0	80	26	8	20	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77153--77194	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
77277--77334	7	8.3	7	80	0	62	50	31	0	18	1.48
77640--77666	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
77664--77730	19	3.4	20	80	12	68	47	2	5	43	1.43
77157--78191	554	1.9	546	87	5	1537	43	11	8	36	1.72
77689--77745	29	1.9	30	89	3	89	47	7	1	43	1.40
77689--77730	2	20.0	2	85	9	57	50	2	2	45	1.27
77689--77756	15	4.4	15	73	12	57	50	7	1	41	1.39
78939--78987	20	2.5	20	75	0	53	40	26	16	16	1.89
78997--79037	20	2.1	19	95	4	73	43	12	14	29	1.82
79002--79046	20	2.2	20	92	0	72	44	17	13	24	1.85
78996--79261	146	1.8	145	88	0	406	37	19	16	27	1.93
79206--79324	63	1.9	63	87	3	177	28	17	17	36	1.93
79202--79345	63	2.3	63	79	2	173	31	18	17	32	1.94
79343--79380	20	1.9	20	88	0	58	47	10	15	26	1.78
79391--79578	90	2.1	90	88	2	279	34	16	22	27	1.95
79954--80003	20	2.5	20	96	0	91	16	20	22	42	1.89
80729--80816	19	4.5	19	78	10	79	42	2	3	52	1.31
80749--80821	21	3.6	20	80	9	85	42	1	2	53	1.23
82487--82533	17	2.9	16	79	14	53	53	2	2	42	1.25
82493--82556	31	2.0	31	85	14	87	50	4	1	43	1.32
82513--82632	15	8.0	15	72	18	74	49	5	3	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82668--82702	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
82639--82694	29	1.9	29	82	7	69	46	1	3	48	1.30
82774--82831	20	3.0	20	94	2	100	39	0	34	25	1.56
83214--83247	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
83330--83379	14	3.6	14	76	15	50	50	30	0	20	1.49
83684--83710	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
83714--83791	19	4.2	19	80	9	88	51	7	2	38	1.44
83714--83782	17	3.9	17	83	7	84	50	7	2	39	1.45
83866--83916	7	7.3	7	79	0	57	49	31	1	17	1.58
83218--84271	545	2.0	534	90	3	1655	43	10	9	36	1.72
84229--84255	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
83992--85047	400	2.6	402	96	0	1936	41	11	8	37	1.73
85064--85114	20	2.4	21	74	9	59	45	5	5	43	1.52
85095--85128	13	2.6	14	86	13	54	52	5	0	41	1.25
85216--85273	7	8.3	7	92	0	98	48	37	0	13	1.43
85130--85233	48	2.1	49	80	3	111	50	12	7	29	1.68
85598--85656	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
87522--87567	22	2.1	22	95	0	83	36	15	21	26	1.93
88998--89157	65	2.5	64	83	7	182	27	16	22	33	1.96
89782--89811	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
95743--95782	21	1.9	21	89	0	62	35	7	2	55	1.42
96194--96234	21	2.0	21	90	0	64	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96330--96377	19	2.5	19	82	0	60	31	16	10	41	1.82
96642--96679	14	2.7	14	91	0	58	47	28	0	23	1.52
96642--96706	21	3.1	21	76	8	69	47	29	0	23	1.52
97359--97408	23	2.1	24	92	3	84	46	4	2	48	1.32
97620--97674	16	3.4	16	84	0	74	41	16	23	18	1.89
99674--99710	19	1.9	19	88	0	56	37	10	5	45	1.62
103196--103265	14	5.2	12	75	16	50	75	7	1	15	1.08
103197--103281	18	4.9	18	73	15	72	77	8	1	12	1.04
103196--103275	27	3.1	26	81	12	76	77	7	1	13	1.04
103209--103292	18	4.3	19	70	16	64	79	8	1	10	0.98

Tables:   1   2