genome.fa.s2755.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  722678

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--365	112	3.2	110	89	6	572	29	18	13	38	1.89
1074--1176	50	2.1	50	96	0	188	37	24	12	25	1.90
1005--1259	133	1.9	131	95	3	458	38	22	12	25	1.90
1133--1948	82	10.0	82	95	1	1261	36	21	13	28	1.91
3055--3133	6	13.2	6	80	17	85	2	15	0	82	0.78
3055--3133	18	4.4	17	81	10	95	2	15	0	82	0.78
3055--3133	11	6.6	11	78	16	77	2	15	0	82	0.78
3059--3134	28	2.6	27	84	14	89	2	15	0	81	0.80
15983--16092	3	36.7	3	94	0	193	63	0	1	34	1.05
19788--19864	21	3.7	20	71	10	64	44	0	1	54	1.08
19813--19849	15	2.6	14	87	8	56	45	0	0	54	1.00
19973--20021	25	2.0	25	84	8	64	38	4	0	57	1.18
19998--20053	16	3.2	17	80	12	60	44	1	0	53	1.11
20008--20096	42	2.2	41	85	4	117	44	0	1	53	1.07
20093--20167	14	5.3	13	70	12	51	45	1	2	50	1.24
21586--21723	60	2.3	60	81	3	161	36	7	23	31	1.84
21595--21740	60	2.4	60	80	2	141	37	7	22	32	1.82
23586--23699	60	1.9	59	83	1	147	27	26	21	25	1.99
24678--24910	59	3.9	59	93	1	360	31	22	11	34	1.90
25242--25412	53	3.2	52	87	4	245	32	19	16	31	1.94
31555--31764	59	3.6	59	92	1	341	31	23	9	36	1.86
32094--32284	53	3.6	53	86	2	249	30	18	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35031--35064	16	2.1	17	88	5	52	70	0	2	26	1.01
35167--35244	3	26.0	3	89	5	86	33	37	1	28	1.65
38274--38312	4	9.8	4	83	10	53	74	0	0	25	0.82
38264--38313	16	3.4	14	78	21	50	74	2	0	24	0.93
38244--38312	28	2.5	27	83	9	77	69	1	1	27	1.05
39573--39852	7	38.7	7	72	19	170	54	3	1	40	1.26
39573--39852	2	149.5	2	68	24	150	54	3	1	40	1.26
39564--39852	45	6.2	45	72	18	177	54	3	1	40	1.25
39573--39850	112	2.6	109	76	19	280	54	3	1	40	1.26
39573--39852	5	49.8	6	74	20	150	54	3	1	40	1.26
40623--41086	200	2.3	201	84	5	584	29	19	17	34	1.94
41478--41537	22	2.7	22	94	0	102	23	30	20	26	1.98
48034--48087	19	2.8	20	77	8	58	66	3	1	27	1.19
48106--48156	15	3.5	15	72	5	50	58	1	15	23	1.47
49355--49599	2	127.0	2	72	18	157	51	4	2	41	1.33
49352--49598	61	3.9	65	76	15	182	52	4	2	41	1.33
51186--51250	23	2.8	23	100	0	130	33	9	21	35	1.85
51351--52060	200	3.5	198	81	6	718	30	16	14	39	1.88
54729--55179	250	1.8	250	86	4	669	31	16	15	36	1.90
56445--56494	21	2.4	21	86	0	64	22	34	6	38	1.78
57610--58139	202	2.6	202	89	3	804	33	16	13	36	1.88
58417--58453	19	1.9	19	100	0	74	54	13	0	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58419--58460	19	2.2	19	91	0	66	59	9	0	30	1.29
60241--60306	33	2.0	33	88	5	98	24	43	0	31	1.54
60339--60382	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
60465--60496	15	2.1	15	100	0	64	12	62	6	18	1.50
60767--60822	24	2.4	24	82	5	71	48	8	0	42	1.34
62556--63031	182	2.6	181	86	4	654	27	15	14	42	1.86
65836--65867	15	2.1	15	100	0	64	34	21	18	25	1.96
67749--67784	18	2.1	18	89	5	56	55	11	13	19	1.68
72227--72255	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
72871--72943	35	2.1	35	97	0	137	63	5	9	21	1.45
75202--75250	23	2.2	22	81	3	53	30	18	16	34	1.93
81499--81530	11	2.9	11	95	0	55	37	9	18	34	1.83
88943--89004	20	2.9	21	81	13	72	29	20	16	33	1.94
88948--89021	24	3.2	24	88	7	102	27	21	16	35	1.94
88964--89024	24	2.5	24	94	0	104	24	21	19	34	1.96
93332--93365	16	2.1	17	89	10	54	23	0	5	70	1.09
101901--102433	54	9.8	55	82	4	525	35	18	17	28	1.93
105810--105840	9	3.3	9	91	8	53	77	3	0	19	0.90
105815--106097	128	2.3	116	76	15	309	46	12	16	23	1.81
105830--106068	128	1.9	128	91	1	390	45	14	17	23	1.84
107268--107699	139	3.1	139	78	4	453	27	16	26	29	1.97
107726--107985	66	3.9	66	87	0	349	40	12	17	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107759--107866	30	3.4	30	66	18	83	38	13	19	27	1.90
108210--108321	36	3.1	36	78	10	129	40	12	16	31	1.85
110835--110893	12	4.8	12	73	8	55	1	13	3	81	0.90
110840--110905	22	3.0	23	85	12	86	3	12	6	78	1.04
116457--116496	21	1.9	21	90	10	64	52	0	10	37	1.35
120304--120363	23	2.9	20	87	9	77	21	33	26	18	1.96
120346--120385	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
124226--124264	19	2.1	19	90	4	62	17	35	17	28	1.94
130791--130827	20	1.9	19	89	10	58	18	21	10	48	1.78
130797--130834	20	1.9	20	88	0	58	21	23	10	44	1.83
132172--132196	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
132200--132251	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
134834--134890	2	30.0	2	74	22	52	49	3	0	47	1.18
134828--134889	11	5.3	11	75	17	54	51	3	0	45	1.17
134834--134890	18	3.2	17	87	7	71	49	3	0	47	1.18
150046--150094	24	2.0	24	100	0	98	67	0	4	28	1.09
151508--151710	105	1.9	105	89	2	318	33	12	16	38	1.86
152019--152128	41	2.6	41	88	7	159	39	18	5	37	1.74
152038--152128	41	2.2	41	96	0	164	37	17	5	39	1.73
155033--155108	36	2.2	35	95	4	136	38	15	11	34	1.84
156407--156511	21	5.5	19	71	28	73	63	0	4	31	1.15
156405--156494	20	4.4	22	70	26	65	63	0	5	31	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156409--156511	19	5.5	18	73	22	79	64	0	4	31	1.15
156432--156465	14	2.4	14	90	0	50	70	0	0	29	0.87
157814--158078	110	2.5	108	85	5	358	23	18	23	34	1.96
158862--159252	36	11.4	36	68	17	215	40	12	18	28	1.87
158789--159107	65	4.7	67	76	11	228	40	10	18	30	1.85
158871--159130	138	1.9	138	87	3	389	41	12	18	27	1.87
158959--159201	101	2.4	101	83	2	281	39	12	18	29	1.87
159166--159238	37	2.0	37	83	0	92	42	10	19	27	1.84
159065--159339	102	2.7	101	88	1	397	37	13	19	30	1.89
160995--161055	13	4.8	13	74	23	58	1	18	3	77	0.99
161013--161046	17	1.9	18	94	5	61	2	17	2	76	1.04
164182--164219	19	2.0	19	85	10	51	76	2	2	18	1.02
164528--164621	23	4.0	24	76	15	72	63	0	5	30	1.16
164561--164621	25	2.6	22	76	19	61	70	0	4	24	1.07
164563--164632	21	3.2	22	75	17	74	71	0	4	24	1.04
167233--167295	20	3.0	21	79	13	67	46	6	1	46	1.38
167255--167300	20	2.4	19	82	10	58	43	6	4	45	1.49
167415--167443	14	2.1	14	100	0	58	44	6	6	41	1.58
167274--167466	37	5.1	38	69	11	119	46	8	3	41	1.52
181177--181233	20	2.9	20	79	10	64	47	3	1	47	1.29
204496--204645	52	2.8	53	79	6	149	32	9	17	41	1.81
204893--204970	39	2.0	39	94	0	138	29	16	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204944--204998	28	2.0	28	100	0	110	36	10	14	38	1.81
204905--205038	67	2.0	67	88	2	198	33	15	14	35	1.89
205152--205247	39	2.5	39	88	5	142	29	17	15	37	1.91
205262--205378	60	2.0	60	89	1	182	28	28	17	26	1.97
205404--205616	39	5.5	39	89	4	315	29	19	17	33	1.94
205636--205752	59	2.0	59	89	0	180	33	23	12	29	1.92
205654--205805	59	2.6	59	89	2	216	30	23	12	32	1.92
207311--207371	11	5.4	11	69	7	50	14	1	4	78	0.99
209096--209269	89	2.0	88	96	1	321	39	18	17	24	1.91
213835--213871	19	2.1	19	90	10	60	18	2	10	67	1.32

Tables:   1   2   3   4