genome.fa.s2786.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002786.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005741_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  242387

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6879--6960	43	1.9	43	89	0	128	39	19	13	28	1.89
10259--10296	15	2.4	17	87	12	55	31	5	21	42	1.75
10477--10550	26	3.0	24	83	13	80	21	25	25	27	2.00
10481--10557	25	3.1	25	82	12	79	22	25	24	27	2.00
10490--10563	25	2.9	26	84	6	89	22	25	25	25	2.00
17010--17041	15	2.1	15	94	0	55	28	6	15	50	1.68
20031--20062	16	2.1	16	94	5	57	37	0	12	50	1.41
21770--21839	31	2.2	29	77	20	70	47	0	4	48	1.21
21870--21938	23	3.0	23	80	6	59	43	2	2	50	1.32
22094--22140	22	2.1	23	84	4	60	51	0	2	46	1.13
22119--22174	23	2.3	23	82	11	60	44	0	1	53	1.11
25299--25352	25	2.2	25	93	0	90	46	3	14	35	1.63
26126--26286	60	2.7	60	80	6	150	45	4	16	33	1.67
32856--32892	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
33164--33247	31	2.8	30	83	7	100	71	5	4	17	1.24
34141--34298	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
34265--34419	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
34265--34418	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
34801--34871	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
34963--35037	19	3.9	19	84	3	96	44	21	22	12	1.85
36811--37186	93	4.1	93	99	0	736	22	12	19	46	1.83
37234--37362	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37270--37362	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
37234--37362	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
37358--37491	19	7.6	19	75	16	119	11	19	23	45	1.82
37380--37436	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
37363--37454	33	2.8	33	93	1	159	10	20	21	46	1.81
37380--37473	51	1.9	47	85	8	125	9	20	24	45	1.80
39415--39450	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
39557--39706	19	8.4	19	82	14	203	46	17	22	14	1.84
39575--39725	33	4.4	33	72	18	137	44	17	24	13	1.85
39557--39725	52	3.2	52	98	0	320	44	17	24	13	1.85
39715--39903	19	10.7	19	77	17	210	14	21	18	45	1.85
39715--39917	52	3.9	52	85	10	272	14	21	18	45	1.85
39772--39917	33	4.2	33	80	13	186	13	21	19	46	1.83
43070--43339	20	13.5	20	89	0	317	20	17	25	36	1.94
43307--43357	20	2.5	20	87	6	68	11	19	27	41	1.86
54821--55019	36	5.5	36	95	0	353	26	15	15	43	1.86
62491--62698	65	3.2	63	84	9	251	31	24	18	26	1.97
70874--71081	65	3.2	63	84	10	260	30	24	18	26	1.98
72120--72222	36	2.9	36	91	2	163	27	16	13	42	1.86
77140--77278	35	3.9	35	87	3	199	18	23	18	38	1.93
77140--77283	71	2.0	71	93	2	245	18	23	18	40	1.91
81348--81372	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84125--84169	23	2.0	23	100	0	90	46	0	0	53	1.00
84125--84171	14	3.2	15	79	14	53	44	0	0	55	0.99
84845--84887	18	2.4	18	96	0	77	18	16	32	32	1.93
85350--85391	5	8.6	5	89	5	68	23	0	0	76	0.79
85350--85387	14	2.6	14	91	4	58	23	0	0	76	0.79
85403--85432	13	2.3	13	94	0	51	23	10	0	66	1.21
85473--85531	20	3.0	21	77	22	67	25	0	0	74	0.82
85482--85598	35	3.4	34	76	4	117	21	5	0	71	1.12
85515--85567	22	2.5	22	82	14	58	15	7	1	75	1.11
85536--85587	20	2.6	20	81	6	52	21	7	0	71	1.11
85555--85599	23	2.0	23	90	0	72	24	6	0	68	1.13
87468--87518	21	2.4	21	86	0	75	21	15	11	50	1.76
88556--88599	14	3.2	13	81	18	54	77	0	18	4	0.94
89623--89697	33	2.3	32	77	8	80	25	16	24	34	1.95
90531--90722	85	2.3	85	93	0	323	34	27	18	19	1.95
90586--90719	43	3.1	43	65	18	116	35	26	20	17	1.95
90649--90849	110	1.8	110	90	2	323	35	23	19	20	1.95
91029--91166	36	3.8	36	85	0	204	25	22	13	38	1.91
91031--91344	72	4.4	72	76	9	286	27	21	12	38	1.89
91185--91332	36	4.1	35	82	2	154	27	20	10	41	1.85
91032--91438	174	2.3	174	88	0	582	26	21	12	40	1.88
91979--92011	17	1.9	17	88	11	50	42	3	0	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93071--93108	19	2.1	19	85	5	51	18	13	5	63	1.48
93177--93212	5	7.4	5	87	6	56	22	0	0	77	0.76
93178--93208	14	2.2	14	94	0	53	22	0	0	77	0.77
93224--93253	13	2.3	13	94	0	51	23	10	0	66	1.21
93285--93311	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
93307--93364	3	19.3	3	79	13	66	31	0	0	68	0.89
93316--93408	6	14.0	6	75	19	53	24	3	0	72	1.00
93316--93431	22	5.4	21	73	17	71	25	3	0	71	1.01
93380--93441	22	2.9	22	79	15	76	24	6	0	69	1.12
95925--96035	51	2.2	51	83	3	134	16	30	29	23	1.96
99686--99772	35	2.5	34	80	12	97	56	10	8	25	1.60
99991--100030	3	13.3	3	83	0	53	5	30	27	37	1.78
99991--100030	12	3.3	12	92	0	62	5	30	27	37	1.78
100388--100423	18	2.0	18	94	0	63	36	22	16	25	1.94
102105--102145	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
102658--103014	183	2.0	181	91	1	579	27	17	14	39	1.89
103433--103773	167	2.0	169	98	1	659	39	14	12	33	1.84
104442--104531	38	2.3	39	88	1	128	34	36	13	15	1.87
112901--113138	73	3.2	73	83	1	298	39	10	18	31	1.85
112911--113138	36	6.2	36	70	5	125	39	10	19	30	1.85
113224--113266	20	2.2	20	86	0	59	30	16	27	25	1.97
113310--113773	55	8.5	53	82	3	262	40	16	10	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113520--113776	110	2.3	110	89	0	397	42	15	10	31	1.80
115719--115789	10	6.9	11	70	15	62	0	19	2	77	0.89
115720--115786	20	3.3	19	83	10	80	0	19	2	77	0.89
115720--115786	19	3.3	19	79	10	71	0	19	2	77	0.89
115714--115829	31	3.7	31	75	11	101	3	17	1	77	0.99
115743--115785	18	2.2	20	88	8	63	0	18	4	76	0.95
115714--115834	11	11.3	10	71	16	75	3	17	1	77	0.98
115706--115861	6	26.0	6	66	21	51	3	16	3	77	1.03
117198--117246	20	2.4	21	83	12	66	57	10	16	16	1.65
118237--118281	21	2.1	21	100	0	90	13	22	26	37	1.91
122032--122056	10	2.5	10	100	0	50	48	12	0	40	1.40
122922--122948	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
123189--123225	5	7.0	5	88	11	56	62	0	0	37	0.96
123190--123225	11	3.4	11	96	3	65	63	0	0	36	0.94
123189--123225	16	2.3	16	90	9	58	62	0	0	37	0.96
125024--125114	23	4.0	23	97	0	146	19	19	10	49	1.78
125030--125125	46	2.1	46	88	0	138	19	22	9	47	1.78
129604--129763	65	2.5	63	82	8	180	31	22	18	27	1.97
129735--129783	19	2.7	17	79	14	53	26	28	18	26	1.98
129746--129783	19	2.0	19	89	0	58	23	28	18	28	1.98
138350--138509	65	2.5	65	84	5	191	30	24	18	26	1.98
138497--138548	19	2.7	19	96	0	95	21	30	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138350--138531	65	2.8	63	77	13	174	29	25	18	26	1.98
142252--142289	16	2.4	16	86	0	58	42	21	18	18	1.90
144143--144297	53	2.9	53	96	0	283	38	19	16	25	1.93
144820--144891	22	3.5	22	77	14	89	20	25	13	40	1.90
144818--144910	18	4.7	18	70	18	60	21	25	12	39	1.89
144818--144909	40	2.3	40	92	0	148	21	25	13	40	1.89
148360--148415	29	1.9	29	89	7	87	41	14	19	25	1.89
148534--148638	15	6.7	15	72	16	79	39	1	8	50	1.44
148534--148603	29	2.4	29	95	0	122	38	2	7	51	1.44
148548--148595	14	3.4	14	82	5	69	41	4	6	47	1.48

Tables:   1   2