genome.fa.s2819.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  213166

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 148 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15374--15458	28	3.3	24	78	18	82	15	10	15	58	1.62
15386--15469	28	3.0	28	91	0	132	14	11	14	59	1.61
15386--15469	14	6.0	14	87	0	114	14	11	14	59	1.61
15713--15761	13	3.6	13	78	10	53	4	2	24	69	1.17
15713--15840	10	12.0	10	71	20	55	8	7	21	62	1.49
15728--15840	23	5.0	23	81	11	137	9	8	20	61	1.54
15777--15807	14	2.2	14	94	0	53	3	12	25	58	1.50
15790--15840	20	2.5	20	93	0	84	7	13	21	56	1.62
16805--16852	22	2.2	22	92	0	78	29	0	29	41	1.56
18473--18550	24	3.2	24	94	0	129	11	10	19	58	1.60
18485--18550	14	5.3	14	66	26	58	12	12	19	56	1.67
18718--18765	10	4.5	10	75	14	51	12	10	16	60	1.58
18718--18789	33	2.1	34	89	2	110	12	9	18	59	1.59
18722--18794	23	3.0	24	84	7	78	12	9	17	60	1.58
25734--25858	42	3.0	41	87	4	178	40	8	15	35	1.78
28778--28822	22	2.1	21	84	12	56	28	0	13	57	1.36
29044--29078	17	2.1	17	100	0	70	22	5	22	48	1.72
29048--29085	17	2.2	17	90	0	58	26	5	21	47	1.71
39012--39051	20	2.0	20	95	0	71	30	15	22	32	1.94
39456--39487	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
41845--41881	19	2.0	19	89	5	58	48	10	0	40	1.38
41894--42189	30	9.9	30	71	10	115	38	7	1	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42037--42087	26	2.0	26	84	7	68	47	0	0	52	1.00
42082--42132	24	2.1	24	82	7	59	29	5	1	62	1.29
42080--42132	25	2.2	24	83	10	63	30	5	1	62	1.29
42051--42201	31	4.9	30	75	5	122	37	5	1	54	1.34
42202--42280	28	2.7	28	82	5	86	53	1	8	36	1.40
47323--47353	16	2.0	15	93	6	53	29	0	0	70	0.87
47594--47666	28	2.6	28	79	10	71	49	4	1	45	1.29
54444--54492	24	2.0	24	100	0	98	26	16	8	48	1.73
60468--60520	21	2.5	21	100	0	106	33	13	20	32	1.91
68899--69048	79	1.9	77	85	8	205	44	4	8	43	1.54
89047--89103	28	2.0	29	83	12	75	49	0	0	50	1.00
89058--89110	20	2.6	20	77	14	63	41	0	0	58	0.98
89270--89323	24	2.3	23	78	15	56	51	1	0	46	1.11
89287--89361	24	3.0	24	69	16	62	48	2	1	48	1.24
89502--89780	37	7.3	38	72	19	199	43	2	8	45	1.46
89539--89636	34	2.7	37	79	10	112	42	3	13	40	1.59
89686--89869	32	5.5	32	69	19	108	43	1	5	48	1.37
89649--89869	69	3.2	69	81	12	244	44	1	5	47	1.37
89744--89809	27	2.6	26	86	9	91	46	1	6	45	1.37
89620--89869	37	7.2	36	73	20	203	44	2	6	47	1.40
89779--89869	34	2.5	37	75	15	109	45	1	4	49	1.29
89674--89873	98	2.1	95	83	7	244	44	1	6	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91013--91221	85	2.5	83	85	7	264	28	20	17	33	1.95
94867--94901	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
94961--95256	85	3.5	84	87	3	373	32	16	19	30	1.94
99283--100054	83	9.4	82	82	4	831	34	21	18	25	1.96
99283--100069	163	4.8	163	85	1	962	34	21	18	26	1.96
100691--100777	35	2.4	34	81	11	102	41	5	13	39	1.69
100761--100853	38	2.4	38	92	0	159	46	3	7	43	1.48
100828--100876	23	2.1	23	85	11	64	42	6	6	44	1.54
100865--100964	32	3.1	32	75	22	102	43	4	7	46	1.49
100896--100920	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
100841--100964	69	1.9	64	85	9	169	41	4	6	46	1.51
100909--100969	25	2.3	26	91	5	97	47	3	6	42	1.45
100841--100970	65	2.0	64	83	8	163	44	4	6	44	1.49
101061--101109	11	4.4	11	78	14	55	12	4	2	81	0.91
101072--101111	19	2.0	21	85	9	57	12	7	2	77	1.07
102715--102777	23	2.8	24	80	7	69	52	0	1	46	1.10
103395--103761	82	4.5	81	77	6	301	30	19	17	33	1.95
103493--103620	41	3.1	40	67	21	93	28	17	16	36	1.92
103952--104082	20	6.5	20	84	3	129	38	17	18	25	1.92
104112--104194	21	4.0	21	80	1	78	31	24	14	30	1.94
104136--104201	21	3.2	20	78	6	69	28	19	15	36	1.92
104194--104261	20	3.4	20	80	8	93	23	25	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104283--104499	20	10.4	20	76	9	139	30	16	26	26	1.96
104283--104922	40	15.6	40	70	12	245	31	16	25	27	1.97
104318--104515	108	1.8	108	93	2	344	29	17	26	26	1.97
104338--104514	88	2.0	88	83	2	221	29	16	26	26	1.97
104602--104925	20	15.9	20	80	7	267	33	16	26	24	1.96
104992--105221	20	11.5	20	93	0	354	20	17	21	40	1.92
113355--113410	24	2.4	24	96	3	105	42	14	3	39	1.63
114788--114833	19	2.4	19	81	3	56	32	21	0	45	1.52
115423--115464	17	2.5	17	96	0	75	50	28	2	19	1.60
117562--117777	57	3.8	57	81	3	227	43	12	6	37	1.66
117508--117778	57	4.8	57	77	7	221	44	11	5	38	1.65
117517--118007	58	8.4	58	75	11	235	43	12	6	37	1.68
117963--118055	43	2.2	43	82	5	118	44	9	3	43	1.53
117923--118109	101	1.8	102	83	7	247	43	10	5	40	1.64
118008--118182	58	3.0	58	83	11	200	44	12	8	35	1.71
118363--118537	45	3.9	45	85	1	217	37	16	10	35	1.83
124860--124950	3	30.7	3	78	12	82	35	0	1	63	1.02
124848--124894	22	2.1	23	92	4	78	21	2	2	74	1.03
124863--124949	37	2.3	37	84	9	113	34	0	1	64	1.01
124860--124950	40	2.3	40	84	3	121	35	0	1	63	1.02
125873--125905	17	2.0	17	88	5	50	24	0	6	69	1.10
125949--126000	2	28.5	2	78	18	60	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130136--130167	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
133406--133436	9	3.6	9	91	8	55	22	22	0	54	1.44
137361--137395	18	1.9	18	100	0	70	31	5	5	57	1.46
138575--139051	123	4.0	123	81	8	595	38	15	18	26	1.91
138902--138964	20	3.2	20	64	18	51	42	9	22	25	1.83
139312--139380	3	23.7	3	82	11	90	28	0	0	71	0.87
141638--141778	64	2.2	64	77	6	144	33	16	23	26	1.96
143789--143849	23	2.7	23	86	0	95	27	22	27	21	1.99
146921--146960	21	1.9	21	94	0	71	27	22	10	40	1.86
148757--148839	23	3.6	23	91	0	130	26	26	26	20	1.99
150384--150448	24	2.9	22	80	13	71	24	24	18	32	1.97
151486--151522	16	2.3	17	86	9	51	21	5	8	64	1.40
155043--155148	20	5.2	20	82	6	106	31	25	18	24	1.98
155032--155148	61	1.9	61	83	0	153	34	24	17	23	1.96
155726--155937	19	11.8	19	77	14	193	11	21	21	45	1.83
155853--155889	14	2.6	14	95	0	65	10	24	24	40	1.87
155802--155875	33	2.2	33	85	0	103	10	21	25	41	1.85
155820--155913	47	2.0	48	89	2	145	11	23	24	40	1.88
155880--155936	20	2.8	20	83	0	69	14	21	19	45	1.85
159424--159459	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
159618--159769	19	8.7	19	61	20	64	17	22	19	40	1.91
159622--159745	33	3.8	32	86	8	178	15	23	19	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159615--159745	66	2.0	66	95	0	235	16	22	19	41	1.90
162041--162065	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
162240--162293	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
162253--162307	24	2.3	24	83	0	65	36	18	16	29	1.92
163348--163405	20	2.9	20	85	10	82	39	20	20	18	1.92
163429--163482	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
163411--163481	33	2.2	33	84	0	88	21	19	19	39	1.93
163570--163606	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
165466--165516	19	2.6	20	75	3	59	41	19	21	17	1.91
165489--165567	32	2.4	33	91	2	124	48	22	17	11	1.79

Tables:   1   2