genome.fa.s2840.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005846_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  246210

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
433--526	47	1.9	49	89	6	147	47	10	9	31	1.70
739--796	21	2.7	22	91	5	100	34	0	5	60	1.19
738--790	10	4.8	12	73	17	53	33	0	5	60	1.20
922--979	28	2.2	26	84	6	71	44	1	1	51	1.21
1854--1922	33	2.1	33	100	0	138	34	23	14	27	1.94
7227--7257	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
9359--9414	26	2.2	26	96	0	103	41	16	14	28	1.87
11284--11364	40	2.0	40	100	0	162	32	19	16	32	1.94
21719--21770	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
21759--21893	20	6.7	20	78	7	112	34	24	17	24	1.96
21756--21887	61	2.2	61	85	0	174	36	24	15	23	1.94
22368--22426	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
22563--22617	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
23745--23787	18	2.4	18	88	0	68	25	44	16	13	1.85
24271--24337	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
24326--24383	14	3.9	14	75	16	62	48	22	17	12	1.80
24310--24400	32	2.8	33	91	3	157	47	20	18	13	1.82
24444--24486	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
24452--24498	20	2.3	20	88	0	67	14	21	25	38	1.92
26367--26402	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
26539--26606	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
26633--26720	20	4.4	20	77	11	108	15	22	22	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26943--27000	20	2.9	21	84	5	66	27	20	20	31	1.98
26989--27040	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91
27239--27264	12	2.2	12	100	0	52	19	30	7	42	1.79
27826--27879	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
30372--30493	19	7.2	19	64	25	85	42	18	22	16	1.89
30372--30498	33	3.8	33	85	4	184	42	18	22	16	1.89
30373--30505	66	2.0	66	94	0	230	41	18	22	18	1.90
30661--30699	14	2.8	14	84	0	60	43	20	0	35	1.52
32051--32256	42	4.9	41	72	9	155	23	17	36	22	1.95
32081--32256	84	2.1	84	97	0	334	23	17	37	21	1.94
32475--32659	91	2.0	92	90	6	295	47	17	12	22	1.82
34370--34457	33	2.6	33	96	1	158	38	22	27	11	1.88
34345--34490	19	8.1	19	71	17	105	43	20	23	12	1.86
34486--34530	19	2.4	19	88	0	63	8	13	26	51	1.70
35124--35177	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
38603--38633	16	1.9	16	93	0	53	19	12	19	48	1.81
43153--43192	15	3.0	14	83	16	50	22	25	7	45	1.78
46072--46141	25	2.8	25	71	2	70	40	21	1	37	1.62
46531--46598	30	2.3	30	84	0	82	38	17	20	23	1.93
46646--46675	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
48220--48244	13	1.9	13	100	0	50	88	0	8	4	0.64
49051--49079	7	4.1	7	100	0	58	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53850--53903	19	2.9	18	72	5	54	42	3	7	46	1.49
56145--56178	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
56532--56562	3	10.3	3	100	0	62	64	0	35	0	0.94
58613--58648	18	2.0	18	94	0	63	58	25	0	16	1.38
58830--58898	20	3.5	20	91	0	111	20	20	20	39	1.93
58910--58954	20	2.2	20	96	0	81	20	20	24	35	1.96
59013--59161	64	2.3	64	89	2	219	52	14	2	30	1.56
59145--59185	17	2.4	17	95	4	73	48	19	0	31	1.49
60526--60643	42	2.8	42	86	0	164	25	17	38	18	1.93
60534--60637	21	5.0	21	78	4	111	25	18	36	20	1.94
62141--62186	21	2.2	21	84	7	58	32	39	10	17	1.84
62090--62211	63	1.9	63	81	6	149	32	34	10	22	1.88
64366--64403	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
64472--64512	21	2.0	21	95	0	73	39	19	24	17	1.92
64877--65105	70	3.3	68	77	10	221	28	18	11	41	1.85
65004--65115	35	3.1	34	75	11	116	33	15	11	39	1.83
72879--72931	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
72921--73034	20	5.7	20	82	2	138	36	17	21	24	1.94
72921--73048	40	3.2	40	80	7	136	35	18	20	25	1.95
73890--73943	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
76350--76443	20	4.7	20	77	15	95	35	22	21	21	1.96
76350--76443	40	2.3	40	87	3	127	35	22	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76474--76547	33	2.2	34	85	2	96	12	22	21	43	1.86
76649--76685	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
78102--78141	21	2.0	20	86	13	57	25	15	32	27	1.95
78631--78715	20	4.6	20	73	16	76	41	22	22	14	1.89
80629--80678	20	2.5	20	83	0	64	50	20	14	16	1.78
80650--80723	33	2.2	33	83	7	87	44	24	18	12	1.84
81286--81336	20	2.5	20	96	0	93	23	21	19	35	1.96
81338--81380	21	2.0	21	86	0	59	39	16	25	18	1.91
82454--82480	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
82657--82726	32	2.2	32	94	0	122	28	31	0	40	1.57
88036--88071	15	2.4	15	100	0	72	30	13	13	41	1.84
94606--94684	31	2.5	31	89	0	122	39	12	13	34	1.83
96257--96297	18	2.3	18	100	0	82	17	51	21	9	1.74
97593--97627	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
100206--100291	31	2.8	31	81	0	100	29	13	6	50	1.68
100696--100734	2	19.5	2	84	10	53	48	5	0	46	1.24
100696--100734	16	2.4	16	91	8	62	48	5	0	46	1.24
101334--101393	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
101511--101540	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
101595--101637	21	2.0	21	100	0	86	13	44	27	13	1.83
101743--101782	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
101997--102066	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102926--102973	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
104223--104282	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
104372--104450	21	4.0	21	76	18	89	24	36	26	12	1.91
104399--104428	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
104378--104449	36	2.0	36	91	0	117	25	34	26	13	1.93
104484--104548	21	3.0	21	95	4	121	13	43	29	13	1.83
104654--104693	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
105859--105980	3	40.7	3	77	9	88	59	0	31	9	1.28
107146--107184	19	2.1	19	95	0	69	48	5	7	38	1.54
108636--108734	36	2.7	38	77	16	120	42	9	3	45	1.51
108637--108774	73	1.9	74	80	11	167	42	6	3	47	1.47
109424--109497	35	2.1	35	84	0	94	41	13	14	29	1.85
119558--119600	18	2.4	18	100	0	86	60	4	13	20	1.51
123995--124099	37	2.8	37	82	5	140	39	16	15	29	1.89
124568--124661	23	4.3	22	68	21	63	31	4	2	61	1.27
124863--124898	18	1.9	19	88	5	56	30	5	0	63	1.17
124935--124971	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
124969--125048	13	6.4	13	73	13	60	17	8	0	73	1.07
124984--125033	15	3.2	16	78	18	52	14	8	0	78	0.97
124976--125035	25	2.4	24	81	8	66	15	6	0	78	0.95
127959--127995	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
131424--131457	16	2.1	16	89	10	52	76	8	14	0	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132281--132357	22	3.5	22	92	0	127	37	25	14	22	1.92
133168--134429	106	12.0	106	89	1	1800	33	24	18	23	1.97
135158--135262	37	2.8	37	82	0	138	40	14	13	31	1.84
135788--135850	21	3.0	21	78	13	60	31	4	0	63	1.15
135784--135821	19	2.0	19	85	10	51	31	2	0	65	1.06
135787--135841	22	2.6	21	77	8	58	32	3	0	63	1.12
136088--136124	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
136122--136151	4	7.2	4	92	7	51	23	3	0	73	0.98
138892--138929	20	1.9	20	100	0	76	31	21	10	36	1.87
142754--142779	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2