genome.fa.s2849.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002849.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005862_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  94870

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036--2205	86	2.0	86	97	0	322	25	25	14	34	1.94
7584--7635	23	2.3	23	89	0	77	34	9	11	44	1.73
11244--11284	18	2.2	19	95	4	75	65	0	24	9	1.22
11958--12567	227	2.7	227	89	1	877	40	12	14	32	1.84
12565--12877	130	2.4	127	82	4	362	33	11	12	42	1.79
12753--13696	200	4.7	196	82	5	1011	33	12	12	40	1.81
12752--13698	400	2.4	399	84	3	1181	33	12	12	40	1.82
14799--14899	20	5.1	20	84	7	134	15	26	37	19	1.92
19503--19577	21	3.6	21	92	0	123	29	25	22	22	1.99
19586--19660	21	3.6	21	92	0	123	22	21	28	28	1.99
19586--19672	42	2.1	42	88	0	129	22	21	25	29	1.99
20596--20664	21	3.3	21	91	0	111	28	28	20	21	1.98
20679--20732	21	2.6	21	90	0	81	22	22	25	29	1.99
21302--21640	187	1.8	184	84	5	468	31	14	14	38	1.87
21776--21814	20	2.0	20	89	0	60	30	17	5	46	1.70
22957--23040	44	1.9	44	82	4	107	54	4	0	40	1.21
22972--23041	36	1.9	37	82	2	88	52	4	0	42	1.20
23418--23468	23	2.2	23	82	6	59	41	1	1	54	1.22
23457--23566	32	3.5	30	76	11	105	48	4	3	43	1.41
23855--23893	20	2.0	20	100	0	78	35	5	12	46	1.65
25022--25137	21	5.6	21	67	10	51	33	27	17	21	1.96
25125--25315	20	9.6	20	81	7	210	34	27	18	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25695--25765	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
25845--25953	21	5.7	20	75	17	97	46	19	21	12	1.82
25857--25964	19	5.7	19	73	15	82	48	20	19	12	1.80
25960--26087	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
25982--26038	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
25965--26087	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
26023--26087	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
27768--27990	93	2.4	93	99	0	437	22	13	18	44	1.85
28106--28162	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
28088--28178	33	2.7	33	89	1	128	45	26	18	9	1.81
28120--28178	19	3.4	18	71	22	54	45	27	18	8	1.78
28174--28346	19	9.6	19	76	12	150	10	20	23	45	1.82
28196--28252	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
28179--28271	33	2.8	33	95	0	168	10	21	21	46	1.81
28179--28346	33	4.7	38	81	7	158	10	19	23	46	1.81
28800--28866	21	3.2	21	68	6	55	28	34	17	19	1.95
30272--30305	14	2.4	14	95	0	59	35	0	20	44	1.52
30398--30485	19	4.8	19	82	14	123	47	15	21	14	1.82
30398--30504	53	2.0	53	96	1	198	45	16	23	14	1.84
30495--30788	72	4.2	69	78	13	280	13	22	18	45	1.85
30500--30769	105	2.6	109	91	7	434	13	22	17	46	1.83
30500--30769	53	5.1	52	90	8	415	13	22	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31399--31627	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
31595--31692	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
31595--31693	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
34405--34477	32	2.3	32	87	0	101	27	19	17	35	1.94
40163--40197	18	2.0	18	88	5	54	20	34	22	22	1.97
40207--40362	29	5.6	28	76	11	133	35	2	14	46	1.59
40207--40393	29	6.6	28	76	14	83	37	2	15	44	1.58
47482--47619	28	5.0	27	71	14	88	38	2	12	46	1.56
47654--47680	10	2.7	10	100	0	54	22	37	11	29	1.89
50018--50178	62	2.6	62	91	1	261	26	24	16	32	1.96
50113--50158	21	2.2	21	84	0	56	17	30	17	34	1.93
50155--50203	20	2.5	20	89	0	71	34	26	16	22	1.95
50375--50425	22	2.3	22	86	0	75	23	43	11	21	1.85
50796--50862	19	3.5	20	83	6	93	11	14	20	52	1.74
52325--52432	42	2.6	42	83	0	144	27	37	16	18	1.93
52551--52596	21	2.2	21	84	0	56	17	13	39	30	1.87
53004--53099	21	4.7	21	82	6	108	23	34	18	22	1.96
54600--54672	20	3.7	20	81	0	92	42	16	21	19	1.89
54598--54673	40	1.9	40	94	0	134	40	15	22	21	1.90
54683--54728	20	2.3	20	84	0	65	15	13	17	54	1.71
55034--55069	18	2.0	18	94	0	63	16	8	22	52	1.70
58098--58135	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58283--58393	20	5.4	21	72	8	86	33	15	19	31	1.93
58296--58395	41	2.5	40	85	3	128	33	16	19	32	1.93
58365--58418	20	2.7	19	83	11	63	29	9	24	37	1.86
58426--58515	20	4.5	20	83	6	103	24	16	23	35	1.95
58482--58526	20	2.2	20	88	4	63	26	17	26	28	1.98
59353--59407	23	2.4	23	79	11	67	69	0	12	18	1.19
59434--59503	28	2.5	28	77	15	74	74	0	2	22	0.95
59435--59589	40	3.9	40	74	9	122	67	1	1	29	1.10
59441--59509	35	2.0	34	83	8	86	72	0	2	24	0.98
59441--59589	38	3.9	35	72	20	93	67	1	2	29	1.10
59558--59608	26	2.0	26	84	3	68	68	3	3	23	1.23
60724--60799	39	2.0	37	92	5	125	26	7	22	43	1.80
60797--61030	36	6.6	36	75	16	177	38	12	20	27	1.89
60798--60910	37	3.1	35	81	8	127	40	12	19	27	1.87
60928--61030	36	2.8	37	92	2	181	34	13	22	29	1.92
60831--61017	102	1.8	102	84	6	254	37	12	20	28	1.89
61096--61284	37	5.4	37	70	16	141	39	13	19	28	1.89
61083--61490	102	3.9	102	84	5	512	38	12	18	30	1.88
61301--61358	22	2.6	22	94	0	107	37	13	22	25	1.91
61069--61442	102	3.6	102	86	5	523	37	12	18	30	1.89
61723--61997	106	2.6	106	89	0	397	21	18	23	35	1.96
62575--62687	32	3.5	32	85	3	138	37	19	13	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63620--63758	69	2.0	70	88	4	210	24	15	22	38	1.92
66988--67044	20	2.8	21	78	10	64	77	0	7	15	0.98
66963--67123	53	2.9	53	74	18	134	72	0	5	21	1.10
66993--67121	9	13.9	9	70	20	54	73	0	3	22	1.02
66995--67130	49	2.6	51	80	16	140	72	0	3	22	1.05
67091--67154	2	32.5	2	81	9	60	59	0	1	39	1.07
75640--75678	17	2.2	18	86	13	55	74	5	10	10	1.21
79882--80041	53	3.1	52	83	8	191	38	3	35	22	1.72
79882--80041	51	3.1	51	83	8	171	38	3	35	22	1.72
80287--80343	25	2.3	24	82	11	62	47	3	3	45	1.37
80309--80437	33	4.1	32	84	7	183	44	6	4	44	1.49
80283--80437	63	2.5	63	83	9	203	45	5	3	45	1.44
80309--80483	94	1.8	97	81	7	223	44	5	5	45	1.48
80515--80544	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
80584--80683	29	3.3	30	73	12	80	47	5	6	42	1.50
80636--80707	11	6.5	11	76	6	74	43	2	6	47	1.45
80629--80698	23	3.0	24	86	12	94	44	2	7	45	1.46
80761--80805	2	23.5	2	78	17	51	44	2	0	53	1.13
80761--80810	17	3.1	17	76	23	63	46	2	0	52	1.12
80526--81066	265	2.1	264	97	1	1016	45	5	5	44	1.49
80825--80945	37	3.6	33	68	18	88	43	4	7	44	1.51
80923--80972	11	4.5	11	87	5	73	42	2	8	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80901--80963	23	2.8	23	87	2	83	42	3	7	46	1.49
81004--81065	26	2.4	25	81	7	79	46	3	1	48	1.28
80931--81070	18	8.0	17	66	19	65	46	5	2	45	1.39
81026--81070	17	2.9	15	79	20	56	44	2	0	53	1.13
81017--81068	26	2.0	26	92	3	86	42	1	1	53	1.23
85129--85175	18	2.6	18	80	12	51	46	0	2	51	1.13

Tables:   1

The End!