genome.fa.s2879.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002879.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005936_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  492147

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 252 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599--2646	23	2.2	22	88	7	71	75	4	8	12	1.18
3039--3138	48	2.2	46	82	12	118	52	14	2	32	1.53
9243--9292	24	2.2	22	89	7	73	74	4	8	14	1.20
12666--12752	21	4.1	21	80	5	104	43	31	0	25	1.55
12736--12791	23	2.4	24	82	14	73	51	28	0	19	1.47
14108--14180	24	3.0	23	82	15	85	76	2	2	17	1.02
14110--14176	20	3.6	18	77	18	66	77	1	2	17	0.97
14130--14174	15	2.9	15	90	3	63	77	0	4	17	0.92
14655--14717	31	2.0	31	88	11	94	58	6	19	15	1.58
14670--14739	16	4.5	16	75	7	63	57	5	18	18	1.60
14669--14733	15	4.3	15	74	3	58	53	6	21	18	1.66
14780--15164	202	1.9	201	86	3	542	38	10	20	30	1.86
15106--15169	33	1.9	33	90	6	103	53	3	15	28	1.57
16508--16970	220	2.1	220	87	0	665	26	16	25	31	1.96
16886--17385	139	3.6	137	83	3	547	24	17	28	30	1.97
17591--17783	102	1.9	101	86	5	273	37	11	15	35	1.84
22557--22621	18	3.6	18	89	0	103	20	21	32	26	1.97
26981--27017	17	2.2	17	90	0	56	81	0	5	13	0.86
36502--36551	21	2.4	21	77	9	57	76	6	4	14	1.13
36527--36568	17	2.5	16	82	17	50	78	2	4	14	1.01
36527--36569	18	2.5	17	81	11	52	79	2	4	13	1.00
37069--37112	15	2.9	15	82	3	52	68	6	11	13	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37300--37384	34	2.6	34	85	9	106	58	3	11	25	1.49
37544--37574	8	3.9	8	91	0	53	35	0	25	38	1.56
47898--48326	140	3.1	140	87	3	604	27	15	26	31	1.96
48680--48758	37	2.2	37	82	11	92	39	12	13	34	1.83
56918--57265	108	3.2	107	86	1	498	35	20	16	27	1.94
56918--57280	54	6.7	54	84	1	442	36	20	16	26	1.93
58362--58410	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
60019--60339	103	3.1	103	98	0	606	26	13	23	36	1.92
60356--60453	23	4.3	23	94	0	169	21	27	26	24	1.99
60346--60469	23	5.3	23	87	0	77	23	23	23	29	1.99
63646--63687	22	2.0	22	85	4	59	28	35	28	7	1.84
65303--65623	103	3.1	103	94	0	552	27	12	22	37	1.90
65640--65684	23	2.0	23	86	0	63	20	20	26	33	1.97
68365--68596	54	4.3	54	93	2	403	34	21	18	25	1.96
70483--70527	20	2.2	20	84	7	56	35	6	0	57	1.25
70608--70706	31	3.2	30	82	4	126	45	9	1	44	1.42
71149--71814	182	3.7	182	89	0	956	42	13	16	26	1.86
74204--74247	21	2.1	21	86	0	61	45	11	29	13	1.79
74281--74380	33	3.0	33	91	0	164	30	0	45	25	1.54
74568--74602	18	1.9	18	94	0	61	57	0	40	2	1.14
76107--76163	19	3.0	19	97	0	105	33	3	10	52	1.53
76503--77823	199	6.6	196	84	4	1518	36	14	17	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76509--77861	200	6.8	199	83	4	1567	36	14	17	32	1.90
80351--80391	11	3.5	11	81	18	55	36	9	7	46	1.65
80350--80401	25	2.1	25	96	0	95	34	7	9	48	1.65
80663--80701	15	2.6	15	87	0	51	38	17	7	35	1.79
80702--81588	201	4.4	199	81	4	1012	39	13	15	31	1.85
80702--81591	401	2.2	401	88	2	1281	39	13	15	31	1.85
81441--81743	152	2.0	151	89	3	466	39	14	15	31	1.87
85891--86778	199	4.5	197	81	8	957	39	13	15	31	1.85
86537--86575	20	2.0	20	85	10	53	43	7	15	33	1.75
85891--86778	398	2.2	398	83	6	1113	39	13	15	31	1.85
86823--86976	64	2.4	64	87	2	211	33	11	9	46	1.71
86949--86993	23	2.0	23	86	0	63	40	17	6	35	1.76
89659--89702	12	3.7	11	82	11	52	27	0	0	72	0.85
94674--94728	22	2.5	22	93	0	92	10	12	21	54	1.68
95328--95368	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
95322--95367	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
112930--112977	24	2.0	24	100	0	96	20	16	12	50	1.78
120567--120592	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
126405--126485	23	3.6	22	68	9	65	27	20	24	27	1.99
129356--129536	65	2.8	63	83	9	215	29	17	23	29	1.97
130440--130483	15	2.8	16	86	13	56	65	2	0	31	1.05
133900--133934	17	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134443--134918	182	2.6	182	88	1	704	42	14	15	27	1.85
136105--136284	88	2.0	90	97	2	346	28	11	27	32	1.91
137075--137105	15	2.1	15	93	0	53	22	6	58	12	1.58
137291--137356	33	2.0	33	90	0	105	31	0	45	22	1.53
138888--139033	64	2.3	64	85	5	188	32	21	17	29	1.96
139706--139769	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
143074--143219	64	2.3	64	85	5	188	32	21	17	29	1.96
143893--143956	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
145120--145166	2	23.5	2	100	0	94	0	0	48	51	1.00
146741--147232	251	2.0	250	87	4	706	37	14	16	31	1.89
148804--149513	200	3.5	197	80	6	709	40	13	15	30	1.86
154087--154119	17	1.9	17	100	0	66	9	12	24	54	1.66
156632--156726	48	2.0	48	87	0	136	41	12	7	38	1.71
163911--163949	20	2.0	20	94	0	69	25	35	7	30	1.84
164027--164079	20	2.7	20	78	0	61	39	13	9	37	1.77
168291--168407	58	2.0	58	100	0	234	40	8	20	30	1.82
170404--170509	51	2.1	52	84	8	137	50	0	0	49	1.07
170488--170610	24	5.1	22	71	14	68	51	1	2	44	1.24
171122--171165	22	2.0	22	82	8	54	43	4	4	47	1.44
172853--172926	15	5.1	15	70	15	57	54	2	2	40	1.29
172852--172943	42	2.2	42	94	1	159	51	4	3	41	1.38
178644--178785	72	2.1	69	88	7	209	31	14	18	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184623--184727	48	2.2	48	94	1	185	16	18	27	38	1.91
185003--185048	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
189014--189077	2	32.0	2	96	0	119	48	0	51	0	1.00
192508--192547	20	2.0	20	90	0	62	42	15	5	37	1.68
192561--192599	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
197167--197207	20	2.0	21	90	4	66	43	14	4	36	1.67
197221--197259	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
203194--203238	23	2.0	23	86	0	63	22	15	13	48	1.79
203705--203744	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
208590--208626	4	9.2	4	100	0	74	48	0	27	24	1.51
209900--209974	12	5.6	13	70	17	55	60	1	0	38	1.06
209907--209942	13	2.7	13	86	4	54	55	0	0	44	0.99
209941--209984	12	3.8	12	75	6	54	68	0	0	31	0.90
209899--209984	27	3.3	27	75	10	72	61	1	0	37	1.04
211232--211308	4	18.5	4	74	15	50	19	6	1	72	1.13
212390--212444	10	5.4	10	81	10	67	23	3	0	72	1.00
214092--214169	4	19.5	4	75	17	65	20	3	0	75	0.95
214092--214169	9	8.7	9	75	20	74	20	3	0	75	0.95
214087--214169	13	6.5	13	77	15	84	19	3	1	75	1.01
220355--220391	14	2.6	14	95	0	65	21	21	18	37	1.94
225410--225453	22	2.0	22	86	4	63	27	31	20	20	1.97
226025--226059	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226025--226084	22	3.0	21	88	9	81	28	31	21	18	1.97
237027--237075	25	2.0	25	84	8	64	71	8	16	4	1.26
238282--238318	18	2.0	19	94	5	67	48	10	8	32	1.67
244753--244791	10	3.8	10	86	6	51	7	15	12	64	1.49
244995--245048	21	2.6	21	97	2	101	14	24	38	22	1.91
261433--261498	30	2.2	30	83	5	80	36	27	16	19	1.93
261510--261646	32	4.3	32	92	0	195	36	18	16	28	1.93
262382--262426	17	2.6	17	83	10	56	44	28	4	22	1.72
265595--265731	32	4.3	32	83	2	152	35	18	15	29	1.92
269111--269177	30	2.2	31	83	2	82	34	25	20	19	1.96

Tables:   1   2   3