genome.fa.s2904.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002904.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005995_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150632

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4871--4902	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
5694--5757	3	21.3	3	96	0	119	32	1	0	65	1.02
7092--7135	20	2.2	20	88	8	63	72	0	0	27	0.85
8993--9038	16	2.8	17	83	6	67	54	0	0	45	0.99
9003--9054	16	3.2	16	81	8	61	50	1	0	48	1.12
17399--17443	23	1.9	24	90	4	74	75	2	6	15	1.11
17399--17445	24	2.0	24	87	8	69	74	2	8	14	1.15
17600--17660	26	2.4	25	82	12	72	68	3	8	19	1.29
23814--23849	19	2.0	17	89	10	54	44	0	0	55	0.99
24777--24832	20	2.8	21	70	8	53	39	17	14	28	1.89
26062--26087	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
28060--28155	49	1.9	50	91	2	158	50	8	9	32	1.65
33239--33289	3	16.7	3	83	4	66	62	1	3	31	1.24
33563--33600	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
35866--35895	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
36775--36898	60	2.1	60	83	3	151	30	12	20	36	1.89
38460--38540	36	2.5	31	75	15	83	33	9	35	20	1.86
46825--47054	43	5.4	42	77	13	195	25	14	6	53	1.65
46941--47054	41	2.7	42	85	10	144	25	15	6	52	1.66
48380--48461	30	2.7	30	75	1	83	37	8	10	42	1.71
48883--49013	60	2.2	60	80	5	149	45	6	13	35	1.69
51878--51946	25	2.8	25	100	0	138	27	26	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53617--53661	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
56776--56820	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
58601--58644	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
61420--61548	31	4.1	31	75	5	107	34	20	17	27	1.94
61446--61546	31	3.2	32	78	12	120	32	16	18	31	1.94
66134--66207	31	2.4	31	81	0	85	35	18	16	29	1.93
66154--66259	31	3.4	31	76	7	97	34	13	18	33	1.90
69244--69288	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
70144--70267	31	4.0	31	89	3	180	20	20	21	37	1.95
72646--72744	21	4.8	20	75	6	81	37	23	17	22	1.94
72711--72904	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
72711--72904	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
73287--73357	33	2.2	33	89	0	106	12	22	16	47	1.80
73437--73532	21	4.8	20	82	6	122	45	17	23	12	1.83
73435--73531	41	2.4	40	87	1	140	46	17	24	11	1.81
73550--73647	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
73572--73661	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
73555--73669	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
75365--75832	185	2.5	186	98	0	913	21	12	19	46	1.83
75365--75832	93	5.1	93	98	0	913	21	12	19	46	1.83
75880--76008	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
75916--76008	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75880--76008	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
76026--76082	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
76009--76101	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
76004--76118	19	6.6	19	73	18	106	10	20	23	46	1.81
78043--78078	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
78185--78282	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
78185--78300	53	2.2	53	98	1	225	43	18	24	13	1.86
78329--78493	19	9.4	19	76	19	189	13	21	18	46	1.83
78307--78465	52	3.0	52	99	0	309	13	23	16	45	1.83
78307--78507	33	5.9	33	75	15	212	13	22	18	45	1.84
80789--80813	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
80988--81034	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
81717--81946	20	11.5	20	84	1	228	19	18	24	37	1.94
81933--82015	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
81913--82011	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
90389--90441	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
90431--90565	20	6.7	20	78	3	144	38	18	20	22	1.93
90425--90565	61	2.3	61	86	0	201	38	19	19	23	1.93
90469--90565	41	2.4	41	85	1	133	40	18	18	22	1.92
90425--90583	61	2.6	61	74	15	157	37	20	19	23	1.95
91117--91175	21	2.9	21	80	7	68	50	15	20	13	1.77
91157--91215	14	3.9	14	74	20	55	45	22	22	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91152--91215	33	1.9	33	96	0	119	46	20	21	10	1.81
91230--91280	14	3.6	14	94	0	93	9	25	21	43	1.83
91271--91347	20	3.9	19	85	6	109	12	22	19	45	1.84
93031--93312	94	3.1	94	94	2	475	21	12	19	46	1.82
93429--93466	20	1.9	20	100	0	76	50	28	15	5	1.66
93472--93526	19	2.8	20	80	5	67	12	20	21	45	1.84
95072--95107	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
95214--95279	19	3.7	19	76	19	79	45	21	22	10	1.82
95289--95448	33	4.8	33	96	0	275	12	24	18	45	1.84
95310--95430	14	7.6	14	66	24	53	12	25	18	43	1.85
95442--95514	20	3.6	20	70	17	69	23	19	24	32	1.97
98881--98987	20	5.3	20	83	4	126	35	18	20	25	1.95
99177--99244	25	2.7	25	100	0	136	75	2	5	16	1.13
99167--99387	5	44.4	5	68	18	115	74	2	4	18	1.12
99276--99391	16	7.6	14	72	17	81	76	1	3	18	1.01
99276--99331	23	2.4	23	82	11	69	80	1	1	16	0.88
99286--99382	8	11.1	9	70	23	50	76	1	4	18	1.01
100425--100478	3	17.7	3	85	11	74	64	0	3	31	1.11
100471--100517	24	2.0	25	87	8	71	53	4	0	42	1.20
100555--100844	37	7.8	37	85	7	360	44	5	3	46	1.43
100805--100856	27	1.9	27	88	7	79	48	3	3	44	1.39
100766--100905	63	2.2	62	82	9	169	49	6	2	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100817--100885	35	2.0	36	85	5	97	50	4	1	43	1.30
100829--100911	35	2.2	37	83	8	98	49	6	1	43	1.35
101616--102246	84	7.6	84	80	6	707	24	19	25	30	1.98
101563--102258	164	4.2	166	84	4	836	24	19	24	31	1.98
105122--105155	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
115230--115263	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
118010--118051	17	2.5	17	96	0	75	19	28	28	23	1.98
120434--120593	80	2.0	80	98	0	311	26	20	15	37	1.92
120669--120763	24	4.0	24	72	5	75	22	13	16	47	1.82
122205--122256	5	10.2	5	80	12	61	75	1	5	17	1.10
122204--122403	40	4.9	41	67	17	110	71	3	8	18	1.24
122286--122389	17	6.2	16	73	17	72	73	1	5	19	1.14
122261--122403	70	2.0	68	80	12	157	70	2	9	17	1.25
123425--123466	3	13.7	3	80	14	50	64	0	4	30	1.14
123459--123505	24	2.0	25	87	8	71	53	4	0	42	1.20
123475--123816	37	9.5	37	75	16	190	45	4	2	47	1.36
123581--123814	37	6.3	37	89	2	310	44	4	2	48	1.36
123542--123918	74	5.2	72	78	11	332	45	5	2	46	1.39
123787--123845	29	2.0	29	90	0	91	50	5	0	44	1.24
123751--123879	65	2.0	65	83	6	163	48	6	2	41	1.43
123808--123853	24	1.9	24	82	8	58	52	4	0	43	1.21
123816--123884	36	1.9	35	88	2	102	49	7	1	42	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126536--126573	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
130645--130823	83	2.2	83	98	0	349	36	15	9	37	1.80
134588--134652	21	3.1	21	93	0	103	40	10	33	15	1.82
136842--137941	201	5.6	201	85	6	1541	36	14	16	32	1.89
139414--139465	12	4.3	12	90	0	77	42	3	32	21	1.71
139414--139465	18	2.9	18	91	0	77	42	3	32	21	1.71
139414--139465	6	8.7	6	86	0	68	42	3	32	21	1.71
140736--141229	251	2.0	251	87	4	710	37	16	15	30	1.90
143865--144595	201	3.6	196	81	7	733	40	14	15	30	1.87
144592--144752	87	1.9	87	97	0	304	32	14	12	39	1.84

Tables:   1   2