genome.fa.s2917.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002917.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006030_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  263168

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 206 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147206--147243	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
150760--150860	36	2.8	36	90	0	148	23	25	19	30	1.98
152022--152071	20	2.5	20	100	0	100	44	18	6	32	1.74
153937--154074	64	2.2	64	85	5	181	34	18	18	28	1.95
154446--154481	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
154462--154514	23	2.2	24	86	10	72	41	5	22	30	1.77
154626--154659	15	2.3	15	94	0	59	14	14	32	38	1.87
160863--161019	64	2.5	64	82	2	181	31	21	20	26	1.98
161327--161362	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
161343--161395	23	2.2	24	86	10	72	41	5	22	30	1.77
161507--161540	15	2.3	15	94	0	59	14	14	32	38	1.87
163557--163597	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
164645--164711	22	3.2	22	63	26	54	31	4	20	43	1.72
164645--164725	41	2.0	41	97	0	153	32	6	18	43	1.75
167156--167185	14	2.1	14	93	0	51	30	36	10	23	1.87
167952--167991	17	2.5	16	88	8	55	62	0	5	32	1.17
170465--171485	260	3.9	258	86	2	1352	35	16	14	33	1.89
173521--173602	9	8.3	9	72	24	51	3	20	3	71	1.16
173521--173600	29	2.8	27	81	11	72	3	20	3	72	1.16
175458--175597	62	2.2	63	81	5	158	32	17	25	25	1.97
176737--176809	2	37.0	2	94	2	130	49	1	0	49	1.09
177197--177264	23	3.0	23	82	0	91	17	25	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183983--184026	19	2.3	19	84	4	52	61	11	4	22	1.48
188358--188406	17	2.8	17	76	14	55	51	2	4	42	1.32
188358--188406	12	4.2	12	82	12	59	51	2	4	42	1.32
188456--188490	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
188449--188497	10	5.4	9	86	9	57	46	0	2	51	1.12
188561--188618	20	3.0	20	80	10	75	46	0	29	24	1.53
189025--189080	13	4.2	13	81	4	58	51	1	1	44	1.22
189560--189613	12	4.2	13	73	17	58	50	9	0	40	1.35
189684--189752	29	2.4	28	85	4	102	44	28	1	24	1.62
189684--189752	14	4.9	14	73	3	66	44	28	1	24	1.62
189836--189884	20	2.5	20	89	0	71	38	14	18	28	1.90
191818--191844	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
191868--191906	17	2.2	18	90	4	62	48	7	2	41	1.45
191895--191988	48	1.9	49	91	2	154	48	9	7	34	1.64
192382--192429	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
195118--195225	20	5.4	20	93	2	157	36	24	22	17	1.95
196085--196138	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
198562--198650	20	4.4	20	85	2	117	35	23	21	19	1.95
198562--198648	40	2.2	40	91	4	140	36	22	20	19	1.95
198622--198714	33	2.8	33	88	3	123	43	21	22	12	1.87
198711--198777	33	2.0	33	88	0	98	16	25	17	40	1.90
200282--200368	21	4.1	21	72	0	75	22	20	35	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200849--200897	20	2.5	20	96	0	89	38	22	20	18	1.93
200940--201039	20	5.3	20	82	13	140	18	20	22	40	1.92
202918--202957	20	2.0	20	100	0	80	55	20	15	10	1.68
202918--202967	20	2.5	20	90	0	64	52	24	12	12	1.72
203358--203417	18	2.9	22	68	27	58	18	16	38	26	1.92
203594--203645	20	2.6	20	100	0	104	23	21	25	30	1.99
203632--203684	20	2.7	20	93	0	97	18	20	22	37	1.94
210322--210384	27	2.3	27	78	7	65	46	3	1	49	1.27
210339--210732	186	2.1	188	90	5	613	42	3	8	45	1.49
213172--213275	49	2.1	49	96	1	192	44	9	1	44	1.48
213221--213296	31	2.5	31	80	6	84	44	9	2	43	1.50
213188--213285	49	2.0	49	86	2	135	44	9	2	43	1.47
214378--214421	16	2.7	17	79	10	56	18	2	6	72	1.17
214400--214452	21	2.5	21	81	9	54	18	5	1	73	1.12
214434--214487	28	1.9	28	82	14	67	33	5	1	59	1.31
214487--214537	16	3.1	16	75	16	50	11	3	3	80	0.98
214519--214546	12	2.3	12	100	0	56	7	0	7	85	0.73
216156--216318	58	2.6	64	84	11	248	35	20	14	29	1.92
216285--216479	55	3.7	54	71	12	179	41	19	11	27	1.86
216272--216477	103	2.0	103	94	1	360	41	19	11	27	1.86
216505--216619	43	2.7	42	84	6	135	32	26	17	23	1.97
216890--217568	137	5.0	137	89	1	1004	34	25	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220602--220716	59	1.9	59	94	0	203	30	9	5	54	1.54
222162--222208	22	2.1	21	84	7	58	36	0	2	61	1.08
223277--223309	3	11.0	3	100	0	66	0	0	33	66	0.92
224047--224101	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
228766--228838	22	3.3	22	84	0	92	16	45	19	19	1.86
229232--229269	20	1.9	19	89	5	58	18	10	18	52	1.73
229237--229276	20	2.0	20	85	0	53	20	12	20	47	1.81
230746--230899	42	3.7	42	89	0	200	24	40	13	20	1.89
231013--231147	21	6.4	21	73	8	123	19	11	35	33	1.88
231431--231481	21	2.4	21	83	0	57	23	31	11	33	1.91
231447--231561	21	5.6	21	79	6	110	20	38	15	25	1.92
231522--231568	21	2.2	21	88	0	67	23	40	10	25	1.87
233746--233850	37	2.8	37	88	0	156	40	15	15	29	1.88
234249--234301	2	27.5	2	90	7	83	45	0	0	54	0.99
238990--239035	16	3.1	15	87	9	67	78	4	17	0	0.91
240662--241725	106	10.0	106	91	0	1648	34	24	17	23	1.96
242445--242525	37	2.2	37	86	0	108	39	12	17	30	1.86
243008--243068	20	3.0	20	73	4	61	22	6	1	68	1.21
245949--245992	20	2.2	20	100	0	88	29	11	25	34	1.91
252848--252891	19	2.2	20	88	11	65	6	13	11	68	1.39

Tables:   1   2

The End!