genome.fa.s2923.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002923.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  190927

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 141 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
566--618	25	2.1	25	100	0	106	15	3	16	64	1.44
9203--9255	21	2.5	21	75	6	54	22	26	18	32	1.97
9265--9387	20	6.0	20	80	9	113	29	26	17	26	1.98
9309--9388	20	4.0	20	93	0	124	22	28	18	30	1.98
9535--9564	14	2.1	14	93	0	51	43	23	23	10	1.83
9549--9604	20	2.8	20	94	0	94	41	23	21	14	1.89
9642--9687	19	2.4	19	100	0	92	15	19	17	47	1.82
11302--11362	21	2.9	21	76	9	70	24	11	40	22	1.87
11704--11742	20	2.0	20	94	0	69	33	28	12	25	1.93
11710--11802	20	4.7	20	83	0	87	34	23	22	19	1.96
11842--11905	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
11890--11933	20	2.2	20	84	4	54	20	25	18	36	1.95
12485--12532	18	2.7	18	90	0	78	14	14	43	27	1.84
13852--13908	20	2.8	20	86	0	69	45	21	17	15	1.85
14163--14228	22	2.8	23	88	9	98	21	12	45	21	1.84
14415--14528	20	5.7	20	74	10	106	26	18	24	30	1.98
14399--14532	41	3.3	41	76	10	130	25	17	23	34	1.96
14518--14569	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91
14559--14611	21	2.5	22	72	6	56	35	16	24	22	1.95
30967--31123	64	2.5	64	80	10	187	35	20	18	26	1.95
31506--31609	29	3.6	29	93	1	183	45	15	20	19	1.86
34619--34709	48	1.9	48	84	6	123	46	5	1	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34713--34800	24	3.6	25	72	7	83	32	6	3	56	1.42
34800--34842	17	2.4	18	80	7	52	48	4	2	44	1.36
35045--35226	61	3.0	61	86	6	194	32	14	17	36	1.89
35074--35174	29	3.4	29	65	18	73	34	15	14	34	1.89
35079--35226	61	2.5	60	90	6	228	33	14	16	34	1.90
42363--42422	31	1.9	31	93	0	102	28	25	16	30	1.97
42775--42890	60	1.9	60	87	3	171	43	21	17	17	1.87
48435--48472	20	1.9	20	84	10	51	50	0	2	47	1.15
49980--50056	39	2.0	39	84	0	100	28	12	35	23	1.92
53158--53209	23	2.3	23	89	0	77	30	9	32	26	1.89
53710--53854	21	7.0	21	68	3	107	22	22	19	35	1.96
53708--53865	41	3.8	41	94	0	271	23	22	18	34	1.96
54749--54845	29	3.3	29	81	2	88	27	6	23	42	1.78
57253--57394	21	6.9	21	76	4	137	32	22	22	22	1.98
57245--57394	41	3.7	41	90	2	212	34	21	22	22	1.97
57427--57488	21	3.0	21	92	0	97	30	19	22	27	1.98
57342--57522	94	1.9	93	88	1	263	27	18	25	28	1.98
64780--64821	15	2.7	16	85	3	50	50	0	0	50	1.00
66735--66774	20	2.0	20	100	0	80	45	10	20	25	1.81
66890--66919	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
72949--73219	139	1.9	139	90	0	434	47	13	11	27	1.76
76319--76419	29	3.4	30	90	2	134	30	25	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76322--76436	59	1.9	59	80	0	131	32	25	22	20	1.98
76408--76468	31	2.0	31	83	6	79	36	19	21	22	1.95
78898--78963	33	2.0	33	85	5	89	31	25	13	28	1.94
79326--79365	20	2.0	20	95	0	71	30	15	22	32	1.94
79408--79477	20	3.5	20	88	1	97	40	21	4	34	1.73
79856--80298	39	11.4	39	75	6	344	45	15	6	32	1.72
79873--80316	78	5.7	76	78	6	379	43	14	6	34	1.73
80308--80584	58	4.9	57	78	8	183	40	13	6	38	1.72
80382--80581	109	1.8	109	83	2	267	40	15	7	37	1.75
80425--80525	51	2.0	51	88	0	148	38	14	6	39	1.73
80468--80626	58	2.7	58	82	7	196	38	15	6	38	1.73
80777--80952	45	4.0	44	80	5	194	38	17	9	34	1.83
81146--81333	45	4.2	45	80	6	211	39	15	10	34	1.82
81131--81318	90	2.1	90	86	4	254	38	13	9	38	1.78
80619--81303	355	1.9	352	89	1	1048	40	16	9	33	1.81
82841--82916	27	2.8	27	69	11	66	46	5	6	42	1.52
82910--82964	18	2.8	21	76	21	64	41	0	1	56	1.10
83659--83705	14	3.4	14	81	0	58	8	10	25	55	1.62
83673--83725	24	2.2	24	80	6	63	13	9	18	58	1.61
84449--84491	10	4.7	10	78	21	58	9	11	20	58	1.61
84455--84487	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
85546--85590	23	2.0	23	86	0	63	64	2	6	26	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87656--87812	83	1.9	83	84	10	214	38	1	35	23	1.66
88218--88261	19	2.4	19	96	3	81	45	18	15	20	1.85
88529--88616	41	2.2	40	81	6	97	26	28	18	27	1.98
88617--88879	21	12.7	20	72	13	153	22	18	23	34	1.96
88658--88876	42	5.3	42	82	10	222	21	18	23	36	1.95
88677--88872	63	3.1	63	92	2	333	20	18	22	37	1.94
88690--88879	61	3.1	61	93	1	317	22	19	22	35	1.96
88914--88988	21	3.6	21	68	10	64	22	18	28	30	1.97
89763--89799	6	6.5	6	90	3	51	2	13	54	29	1.53
89889--90018	19	6.3	20	75	13	104	33	23	21	21	1.97
89883--90018	42	3.3	40	82	8	141	33	22	22	22	1.98
89889--90017	63	2.1	61	89	2	195	33	23	21	21	1.97
90365--90426	29	2.1	30	85	8	83	35	9	0	54	1.33
90390--90425	8	4.3	9	83	16	51	36	8	0	55	1.30
90369--90429	16	4.1	15	78	16	65	37	9	0	52	1.35
91999--92043	23	2.0	23	86	0	63	24	33	20	22	1.97
92377--92419	22	2.0	22	86	9	61	55	0	2	41	1.12
92369--92419	21	2.3	21	87	12	68	50	0	3	45	1.20
93751--93790	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
99897--99958	21	2.9	21	85	4	79	20	32	25	20	1.98
99941--99978	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
103372--103403	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108649--108687	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
109465--109514	24	2.1	24	81	7	57	32	0	0	68	0.90
115478--115562	29	3.2	29	65	22	85	16	18	14	50	1.78
115460--115562	51	2.0	51	100	0	206	13	19	13	53	1.73
116419--116941	273	1.9	275	88	4	797	26	19	18	35	1.95
135638--137547	959	2.0	961	97	0	3635	37	14	13	34	1.86
137985--138140	66	2.4	65	82	3	179	33	17	18	29	1.94
140292--140316	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
149578--149615	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
150759--150816	24	2.5	24	88	2	91	44	18	12	24	1.84
151668--151931	30	8.9	30	71	10	168	50	2	8	37	1.47
151910--151956	18	2.4	22	70	29	52	36	0	8	55	1.31
159358--159405	18	2.7	18	77	9	53	41	0	6	52	1.27
162604--162647	22	2.0	22	91	8	72	29	0	2	68	1.02
162605--162649	11	4.1	11	88	5	65	31	0	2	66	1.04
164424--164468	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
167869--168818	165	5.8	165	96	0	1605	30	25	20	24	1.98
169454--169779	39	8.6	36	80	13	286	49	3	4	42	1.40
169514--169699	39	4.9	38	96	2	306	53	3	2	40	1.31
169455--169709	77	3.4	71	83	12	266	50	4	3	41	1.39
169455--169744	75	3.8	71	82	13	264	50	3	4	42	1.39
169773--169798	13	2.0	13	100	0	52	15	0	7	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171062--171105	22	2.0	22	91	8	72	29	0	2	68	1.02
171063--171107	11	4.1	11	88	5	65	31	0	2	66	1.04
171522--171549	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
171977--172022	3	15.3	3	90	0	74	60	0	2	36	1.09
172629--172669	22	2.0	20	85	9	55	48	12	4	34	1.62
179444--179497	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
181953--182025	20	3.6	20	70	17	69	35	23	17	23	1.95
182022--182149	19	7.5	18	69	25	91	44	18	25	10	1.83
182037--182124	14	5.6	14	72	23	68	43	19	26	11	1.84
182022--182145	33	3.8	33	95	0	221	44	18	25	11	1.83

Tables:   1   2