genome.fa.s3015.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003015.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006253_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  213378

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1378--1421	6	7.3	6	87	7	63	81	0	18	0	0.68
1378--1421	17	2.5	17	88	7	61	81	0	18	0	0.68
1374--1414	16	2.5	17	81	14	50	82	0	17	0	0.66
3565--3817	81	3.1	81	93	3	427	28	14	20	35	1.92
6018--6096	39	2.0	40	95	2	142	32	16	21	29	1.95
6497--6551	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
6948--7611	112	6.0	113	87	4	877	38	13	18	29	1.89
6982--7611	336	1.9	334	89	3	980	38	12	18	30	1.88
8018--8727	76	9.4	76	95	1	1225	22	20	21	35	1.96
8018--8727	226	3.1	227	95	2	1241	22	20	21	35	1.96
8018--8727	301	2.4	303	95	1	1248	22	20	21	35	1.96
8858--8898	3	14.0	3	80	14	50	36	0	0	63	0.95
9347--9388	20	2.0	21	81	9	50	76	9	11	2	1.12
14708--14760	3	18.3	3	85	14	76	66	0	0	33	0.92
14958--15062	36	2.9	35	95	4	174	17	19	19	44	1.87
15457--15491	18	1.9	18	88	11	54	45	17	2	34	1.63
17846--17900	28	2.0	26	93	6	92	60	7	18	14	1.57
24006--24070	3	22.3	3	87	12	100	66	0	0	33	0.92
24267--24371	36	2.9	35	94	4	165	18	19	18	44	1.87
24766--24800	18	1.9	18	88	11	54	45	17	2	34	1.63
26455--26554	3	33.3	3	87	0	146	38	1	0	61	1.03
26662--26702	16	2.6	16	100	0	82	7	56	19	17	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27883--27917	18	1.9	18	88	0	52	37	2	0	60	1.12
31904--31935	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
39264--39306	9	4.7	9	85	2	59	83	0	16	0	0.64
39264--39307	18	2.4	19	92	7	81	81	0	18	0	0.68
41223--41789	113	5.0	113	90	3	836	37	13	18	29	1.90
41223--41789	229	2.5	226	90	2	840	37	13	18	29	1.90
42120--42247	3	43.0	3	93	1	222	35	0	0	64	1.00
42249--42275	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
43564--43598	18	1.9	18	88	0	52	37	2	0	60	1.12
44222--44247	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
53276--53359	20	4.2	20	73	16	59	52	4	0	42	1.22
53535--53570	14	2.5	14	86	4	54	63	8	5	22	1.43
54750--54787	3	13.3	3	83	10	53	63	0	0	36	0.95
54750--54787	11	3.4	11	88	3	58	63	0	0	36	0.95
55244--55280	14	2.6	14	95	0	65	21	18	16	43	1.88
55405--55489	2	42.5	2	100	0	170	50	0	0	49	1.00
56834--56870	20	1.9	18	89	10	56	16	10	8	64	1.47
59573--59600	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59854--59896	4	10.8	4	100	0	86	76	0	23	0	0.78
63417--63458	14	2.9	15	79	10	52	47	0	0	52	1.00
65716--65748	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
66293--66346	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66795--66825	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
67190--67255	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
71214--71341	62	2.1	62	98	0	247	29	9	17	43	1.80
71766--71900	72	1.9	72	90	0	216	28	18	18	34	1.95
76149--76310	54	3.0	53	85	3	216	37	15	19	27	1.92
76674--76730	22	2.6	22	97	0	105	33	15	14	36	1.88
77075--77107	12	3.0	11	87	12	50	54	15	9	21	1.68
77111--77549	113	3.9	113	91	2	670	38	16	19	26	1.92
77458--77640	91	2.0	91	92	0	303	42	12	20	25	1.86
77561--78016	123	3.7	122	87	3	628	40	14	19	24	1.90
78640--78674	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
79215--79243	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
79618--79679	22	2.8	22	71	22	58	25	1	8	64	1.30
79692--79721	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
80098--80153	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
82703--82774	3	23.7	3	91	2	117	34	1	0	63	1.03
82815--82849	12	2.9	12	95	0	61	14	20	8	57	1.63
88448--88485	17	2.2	18	95	4	69	81	0	18	0	0.69
88460--88487	12	2.3	12	100	0	56	85	0	14	0	0.59
88454--88508	17	2.8	20	82	15	55	81	0	12	5	0.84
89744--90060	125	2.6	123	85	5	433	33	15	26	24	1.95
91265--91395	34	3.8	34	88	3	183	33	22	22	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91516--91613	42	2.4	41	79	5	108	24	23	23	28	2.00
91721--91822	42	2.5	41	80	4	116	25	23	21	29	1.99
91399--92428	215	4.8	215	90	3	1616	32	15	20	32	1.93
91399--92428	432	2.4	420	92	2	1659	32	15	20	32	1.93
92769--92831	3	20.7	3	90	3	99	36	1	0	61	1.05
92872--92917	12	3.8	12	88	0	74	13	21	6	58	1.57
92872--92920	24	2.0	24	96	0	89	14	20	6	59	1.56
94990--95075	38	2.3	39	83	6	113	44	1	6	47	1.37
95360--95403	17	2.7	17	86	6	56	52	0	2	45	1.13
95953--96008	28	2.0	28	96	0	103	50	12	30	7	1.67
96109--96166	30	1.9	30	89	0	89	37	8	3	50	1.50
96363--96434	16	4.6	16	77	5	76	37	8	22	31	1.84
96375--96434	16	3.8	16	77	4	77	36	8	21	33	1.84
96363--96432	31	2.3	31	94	0	122	37	7	22	32	1.82
96486--96552	27	2.5	27	87	0	98	31	19	10	38	1.85
99250--99290	3	13.0	3	89	5	55	65	0	0	34	0.93
99261--99302	17	2.4	18	92	4	68	54	0	0	45	0.99
99508--99690	88	2.1	88	87	0	258	26	15	28	28	1.96
99594--100043	130	3.4	127	82	8	519	23	17	32	26	1.96
99718--99916	40	4.6	40	66	18	112	22	18	33	26	1.97
99594--100043	134	3.4	129	83	6	548	23	17	32	26	1.96
100069--100225	65	2.4	65	84	3	192	38	13	25	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105304--105337	5	6.8	5	86	0	50	76	2	2	17	1.04
105303--105343	15	2.6	16	84	7	57	75	2	4	17	1.08
105309--105372	20	3.0	20	71	8	56	71	3	6	18	1.20
107032--107073	3	13.7	3	90	5	66	61	2	0	35	1.09
113632--113686	21	2.7	20	80	11	58	78	0	10	10	0.98
115244--115690	123	3.7	122	81	9	596	39	14	17	27	1.90
115615--115677	17	3.4	17	68	19	54	49	7	25	17	1.74
115603--115963	138	2.6	138	95	0	643	40	14	16	28	1.87
115753--115815	17	3.4	17	68	19	54	49	7	25	17	1.74
116190--116255	23	2.9	23	81	0	78	34	1	0	63	1.04
116208--116252	17	2.6	17	89	6	65	33	2	0	64	1.06
116192--116252	3	21.0	3	74	12	56	34	1	0	63	1.04
116225--116252	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
117111--117173	20	3.1	20	86	4	90	12	26	39	20	1.89
117480--117528	24	2.2	22	82	13	57	20	46	0	32	1.51
119796--119837	21	2.0	21	90	0	66	14	26	40	19	1.89
121396--121448	19	2.8	18	76	18	54	41	1	1	54	1.22
121383--121441	21	2.7	22	75	17	61	45	1	1	50	1.21
121328--121688	127	2.8	127	81	7	428	40	6	6	46	1.56
121668--121702	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
126626--126677	26	2.0	26	84	0	68	44	5	0	50	1.26
129487--129536	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130295--130764	186	2.5	186	83	6	573	41	12	15	29	1.84
132771--132806	18	2.1	17	89	5	54	38	8	47	5	1.57
133008--133056	15	2.9	18	70	17	50	32	0	38	28	1.57
134316--134457	65	2.2	65	98	1	277	38	9	11	41	1.73
135119--135859	201	3.7	201	94	0	1279	36	14	15	33	1.88
136655--136688	6	5.7	6	89	0	50	44	5	32	17	1.73
136655--136688	12	2.8	12	95	0	59	44	5	32	17	1.73
138010--138463	251	1.8	251	87	2	689	37	14	16	32	1.89
138208--138766	200	2.8	199	87	2	816	38	13	16	32	1.87
138219--138766	199	2.7	200	88	1	814	38	13	15	32	1.86

Tables:   1   2