genome.fa.s3017.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251717

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11363--11836	135	3.5	136	89	2	704	25	20	17	36	1.94
11203--11645	232	1.9	227	79	6	489	25	20	19	34	1.96
12986--13051	27	2.4	27	100	0	132	69	4	10	15	1.32
15851--15883	5	6.8	5	86	6	50	87	0	0	12	0.53
15849--15878	14	2.2	13	94	5	51	90	0	0	10	0.47
20943--20995	21	2.5	21	81	9	54	79	9	0	11	0.94
23437--23476	20	2.0	20	85	0	53	72	2	0	25	0.97
24550--24589	20	2.0	20	90	0	62	77	0	5	17	0.94
25392--25467	33	2.3	33	97	0	143	55	13	2	28	1.51
31298--31331	15	2.2	16	89	5	52	17	17	5	58	1.57
31036--36636	174	32.5	174	80	8	6005	35	14	12	37	1.84
31036--36636	346	16.2	348	80	8	6224	35	14	12	37	1.84
32675--32708	15	2.2	16	89	5	52	17	17	5	58	1.57
34050--34083	15	2.2	16	89	5	52	17	17	5	58	1.57
35426--35459	15	2.2	16	89	5	52	17	17	5	58	1.57
37882--37927	22	2.1	22	84	8	58	32	2	2	63	1.19
39053--39156	42	2.5	42	84	4	140	24	23	22	30	1.99
38828--39281	228	2.0	227	93	0	782	26	25	17	29	1.98
39182--39309	59	2.2	60	81	7	154	28	30	11	28	1.92
39647--39677	16	1.9	16	100	0	62	45	45	6	3	1.45
40989--41023	11	3.2	11	87	0	52	17	2	5	74	1.14
41186--41241	28	2.0	28	92	0	94	48	5	17	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41197--41251	28	2.0	28	85	0	74	49	3	20	27	1.65
42399--42502	31	3.4	31	91	2	183	26	13	7	51	1.67
46583--46636	3	18.0	3	83	7	65	59	0	1	38	1.08
47275--47312	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
51401--51519	24	5.0	24	83	7	152	21	16	21	40	1.91
51634--51728	43	2.2	43	94	3	165	16	10	36	35	1.84
55200--55334	31	4.4	31	87	1	200	25	13	8	52	1.67
55200--55334	61	2.2	62	91	1	218	25	13	8	52	1.67
59700--59740	14	3.2	13	80	20	50	53	7	0	39	1.29
64956--65003	3	16.0	3	78	8	53	58	0	2	39	1.10
64969--65003	14	2.4	14	95	4	61	60	0	2	37	1.12
65265--65298	14	2.4	14	90	0	59	41	0	14	44	1.45
66359--66429	24	3.0	24	81	4	90	49	14	15	21	1.79
67543--67577	18	1.9	18	88	0	52	34	14	0	51	1.42
68607--68649	14	3.0	14	76	6	50	25	23	23	27	2.00
70480--70532	26	2.0	26	92	0	88	22	26	15	35	1.93
74837--74912	35	2.2	35	87	0	107	28	36	2	31	1.71
75038--75083	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
77329--77389	6	10.5	6	76	13	56	80	4	3	11	0.99
77328--77363	11	3.2	11	88	7	54	77	2	0	19	0.88
84631--84683	22	2.4	23	81	15	67	13	18	0	67	1.22
85226--85277	24	2.2	24	100	0	104	34	30	15	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89579--89702	63	2.0	63	82	9	155	17	26	28	27	1.98
90633--90662	14	2.1	14	93	0	51	30	10	6	53	1.60
92462--92498	19	1.9	19	88	0	56	16	27	32	24	1.96
99610--99675	19	3.5	19	77	8	71	18	27	28	25	1.98
104658--104700	20	2.2	20	87	8	61	81	0	4	13	0.84
108788--108845	27	2.1	27	87	6	82	50	18	5	25	1.68
110636--111933	174	7.5	174	90	2	1970	36	14	11	36	1.83
110636--111931	520	2.5	520	89	2	1953	36	14	11	36	1.83
113246--113291	22	2.1	22	84	8	58	32	2	2	63	1.19
113903--114188	58	5.1	56	73	7	224	33	9	15	40	1.80
114185--114290	42	2.5	41	80	7	124	25	22	21	30	1.99
114425--114518	42	2.3	41	83	5	118	26	22	21	29	1.99
114190--114643	228	2.0	227	91	1	730	27	25	17	29	1.98
115648--115694	21	2.2	21	80	0	58	6	6	40	46	1.55
116551--116605	28	2.0	28	81	0	65	47	3	20	29	1.67
117745--117848	31	3.4	31	91	2	183	26	13	7	51	1.67
121921--121974	3	18.0	3	83	7	65	59	0	1	38	1.08
122616--122681	3	22.0	3	87	6	89	60	0	0	39	0.97
125351--125453	3	34.3	3	83	7	129	60	0	0	39	0.97
125351--125456	36	2.9	36	97	1	194	58	0	0	41	0.98
126095--126143	3	16.3	3	79	8	55	59	0	2	38	1.09
126095--126144	17	3.0	17	85	2	66	58	0	2	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133039--133100	16	3.9	16	95	0	106	14	20	24	40	1.90
134042--134098	27	2.1	27	100	0	114	40	10	17	31	1.84
140755--140807	22	2.4	23	81	15	67	13	18	0	67	1.22
142643--142672	14	2.1	14	93	0	51	30	10	6	53	1.60
142714--142757	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
144611--144646	18	2.1	17	90	10	56	41	2	11	44	1.54
145522--145565	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
145653--148139	174	14.3	174	91	1	3607	35	14	12	37	1.84
149380--149422	22	2.0	22	90	0	68	25	4	4	65	1.32
153634--153670	19	1.9	19	94	0	65	21	37	16	24	1.93
153618--153775	64	2.5	64	87	2	210	29	24	16	29	1.97
153618--153796	64	2.8	63	77	13	177	28	25	16	29	1.97
162238--162274	19	1.9	19	94	0	65	21	37	16	24	1.93
162303--162354	19	2.7	19	100	0	104	30	30	21	17	1.96
162238--162398	83	1.9	83	87	2	234	29	26	17	26	1.97
165338--165686	131	2.7	131	82	0	394	41	16	9	32	1.81
168117--168171	23	2.4	23	78	6	67	25	9	16	49	1.75
168660--168698	21	1.9	20	84	5	51	33	28	12	25	1.93
173500--173527	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
175883--175934	16	3.2	15	77	22	52	78	3	1	15	0.98
175879--175942	21	3.1	19	76	14	56	75	6	1	17	1.09
177557--177747	97	2.0	97	94	0	337	23	25	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177654--178129	136	3.5	136	88	1	722	25	21	16	36	1.94
180881--180937	18	3.2	18	78	12	55	78	8	1	10	1.02
180881--180927	17	2.6	17	78	18	51	82	6	2	8	0.90
180881--180927	24	1.9	24	82	4	58	82	6	2	8	0.90
180881--180931	12	4.2	12	76	18	52	82	5	1	9	0.91
183378--183432	18	2.8	18	81	13	56	81	3	3	10	0.93
183378--183434	10	5.4	10	79	8	60	82	3	3	10	0.91
188917--188971	27	2.0	27	85	0	74	47	18	5	29	1.71
190669--190693	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
191068--192542	174	8.5	174	92	1	2368	36	14	12	36	1.84
191068--192542	698	2.1	695	91	1	2375	36	14	12	36	1.84
193985--194030	22	2.1	22	91	0	74	30	2	4	63	1.26
194651--194929	58	4.9	57	73	9	225	33	9	16	40	1.81
194929--195010	20	4.0	20	70	14	60	23	25	20	30	1.99
194977--195022	20	2.3	20	84	0	56	21	32	15	30	1.94
195136--195238	42	2.5	42	82	4	129	25	23	20	31	1.98
195726--195757	16	1.9	17	93	6	57	43	43	9	3	1.52
198235--198338	30	3.4	31	88	4	167	26	13	8	50	1.70
209353--209419	18	3.6	18	78	11	80	19	47	17	14	1.82
209393--209447	8	7.5	8	80	19	75	14	38	25	21	1.92
209380--209434	21	2.7	21	91	2	85	16	41	21	20	1.90
209396--209448	7	7.4	7	78	18	56	13	37	26	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209396--209447	15	3.6	15	84	10	81	13	38	25	23	1.91
210760--210795	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
211923--212029	24	4.5	24	72	0	88	22	12	16	48	1.79
214157--214223	18	3.6	18	78	11	80	19	47	17	14	1.82
214197--214251	8	7.5	8	80	19	75	14	38	25	21	1.92
214184--214238	21	2.7	21	91	2	85	16	41	21	20	1.90
214200--214252	7	7.4	7	78	18	56	13	37	26	22	1.91
214200--214251	15	3.6	15	84	10	81	13	38	25	23	1.91
215564--215599	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
216727--216833	24	4.5	24	74	4	90	22	13	16	47	1.81

Tables:   1   2