genome.fa.s3142.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003142.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006613_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  553945

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1291	7	189.3	7	92	6	2140	30	41	14	14	1.85
1305--1373	14	4.9	14	92	0	93	43	43	7	5	1.56
711--1373	21	32.1	21	88	3	236	31	42	12	13	1.82
1376--1400	7	3.6	7	100	0	50	12	60	28	0	1.32
1398--1422	7	3.6	7	100	0	50	12	60	28	0	1.32
2498--2564	21	3.2	21	93	2	109	65	0	13	20	1.26
4436--4819	7	54.9	7	94	0	453	22	43	20	13	1.86
5895--5979	21	4.3	19	76	15	66	69	0	14	16	1.19
5909--5982	19	3.9	19	81	10	89	71	0	12	16	1.14
7848--8217	7	52.9	7	91	2	411	22	43	20	13	1.86
8141--8196	27	2.1	27	89	0	85	35	44	7	12	1.70
9297--9371	21	3.7	20	84	12	89	65	0	14	20	1.27
9305--9371	20	3.3	20	87	4	98	65	0	13	20	1.26
11257--11640	7	54.9	7	93	0	471	21	43	20	13	1.86
12721--12795	21	3.7	20	89	5	96	64	0	17	18	1.30
12729--12795	20	3.3	20	91	4	107	64	0	16	19	1.30
25767--25881	12	9.3	13	68	14	57	37	0	1	60	1.07
25769--25817	17	2.8	17	79	11	55	28	0	2	69	1.00
25800--25934	14	10.5	13	66	17	77	43	0	2	54	1.12
25777--25934	64	2.5	63	92	5	259	41	0	2	56	1.13
25944--25990	18	2.5	19	76	16	53	36	0	0	63	0.94
26455--26514	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37586--37662	21	3.7	20	81	8	82	38	6	5	49	1.51
37681--37741	21	2.8	20	80	11	68	45	4	3	45	1.41
37607--37786	88	2.0	89	86	7	251	41	4	4	49	1.43
37729--37791	31	2.0	31	90	6	101	39	3	3	53	1.33
37620--37865	88	2.9	89	76	15	225	43	4	3	49	1.39
37585--37801	110	2.0	109	81	7	251	41	5	4	48	1.45
37810--37919	13	8.0	14	77	18	108	46	0	0	52	1.06
37810--37901	28	3.2	28	93	4	148	44	0	1	54	1.07
37829--37895	9	7.2	9	70	29	52	43	0	0	56	0.99
37825--37917	28	3.2	32	82	17	100	45	0	0	54	0.99
41044--41081	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
41060--41106	19	2.5	19	89	3	69	61	0	6	31	1.21
41061--41151	18	5.1	17	79	9	92	59	1	3	36	1.21
41298--41336	16	2.4	16	91	0	60	33	17	28	20	1.96
41367--41469	32	3.3	31	76	10	93	13	19	33	33	1.91
51166--51190	9	2.8	9	100	0	50	68	8	24	0	1.16
61842--61877	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
67352--67393	20	2.1	20	95	0	75	42	7	19	30	1.78
74041--74121	38	2.1	38	83	0	99	22	13	43	20	1.87
77992--78060	23	3.0	23	78	0	75	30	23	23	23	1.99
79653--79695	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
83301--83342	16	2.3	19	76	23	54	64	4	2	28	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83420--83773	191	1.9	190	99	0	699	24	27	18	30	1.98
84457--84552	3	31.7	3	79	14	99	61	0	0	38	0.96
94140--94178	20	1.9	21	84	5	53	25	17	7	48	1.74
94287--94333	20	2.3	21	79	17	55	40	8	0	51	1.33
101503--101537	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
104122--104210	42	2.1	42	93	0	151	33	17	22	25	1.96
105889--105980	42	2.2	42	92	0	148	29	17	27	26	1.97
107248--107296	23	2.1	23	85	7	64	28	2	12	57	1.46
114173--114238	22	2.8	23	76	19	64	15	21	0	63	1.30
118559--118607	23	2.1	23	96	0	89	34	8	20	36	1.82
123427--123463	16	2.3	16	95	0	65	35	5	27	32	1.79
127047--127269	43	5.2	42	84	3	243	30	21	20	27	1.98
132247--132282	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
134805--134839	12	2.9	12	95	0	61	2	25	31	40	1.70
134854--134965	21	5.4	21	67	16	90	16	21	25	36	1.94
134850--134995	41	3.6	41	94	0	247	17	21	25	35	1.95
134877--134984	20	5.3	20	67	20	71	14	23	24	37	1.92
134994--135138	41	3.5	41	83	3	177	38	25	19	16	1.92
135103--135143	21	2.0	21	85	0	55	36	29	14	19	1.92
145121--145180	30	2.0	30	90	6	95	45	16	6	31	1.74
146428--146475	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
147335--147404	34	2.1	33	86	5	97	24	28	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147619--147658	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
147771--147844	20	3.7	20	76	3	76	31	24	25	18	1.98
147865--147963	42	2.4	42	87	3	137	24	20	33	22	1.97
147866--147963	21	4.7	20	82	10	108	24	20	32	22	1.98
148044--148102	31	1.9	32	93	6	104	44	16	6	32	1.74
149351--149398	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
149376--149421	24	1.9	24	86	8	67	39	10	6	43	1.66
150257--150326	34	2.1	34	86	5	99	25	27	15	31	1.96
150681--150754	20	3.7	20	78	3	85	29	22	27	20	1.98
150798--150827	13	2.3	13	94	0	51	26	23	30	20	1.98
150925--150982	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
150925--150984	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
172636--172680	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
172648--172961	149	2.1	148	87	2	443	35	21	17	26	1.95
174379--174539	64	2.5	63	81	5	189	27	21	18	32	1.96
179055--179102	20	2.4	20	100	0	96	31	33	4	31	1.77
182880--183312	182	2.4	181	90	3	665	41	15	17	26	1.88
185850--185890	21	2.0	21	90	0	64	41	14	29	14	1.86
185927--186026	33	3.0	33	94	0	173	31	0	46	23	1.53
189570--189620	27	1.9	26	88	11	77	15	7	9	66	1.43
195407--196569	200	5.8	200	85	4	1456	37	14	15	32	1.88
196798--197245	201	2.2	200	84	5	575	37	14	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198687--198726	12	3.3	12	92	0	62	42	5	32	20	1.73
198687--198726	18	2.2	18	90	0	62	42	5	32	20	1.73
198687--198726	6	6.7	6	88	0	53	42	5	32	20	1.73
200083--200894	200	4.1	199	93	0	1356	37	13	16	32	1.88
200083--200894	399	2.0	399	92	0	1374	37	13	16	32	1.88
209613--209661	3	16.7	3	82	4	64	63	0	4	32	1.13
209912--210166	43	5.8	42	69	12	138	25	19	29	26	1.98
209883--210212	130	2.5	129	89	2	482	24	19	29	26	1.99
210045--210205	83	1.9	83	85	7	223	24	19	31	24	1.98
210244--210305	28	2.2	28	85	5	81	53	11	11	24	1.69
210640--210683	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
210826--210964	64	2.1	66	86	5	194	42	11	14	31	1.81
210862--211086	120	1.9	119	80	8	269	43	12	13	30	1.81
211197--211322	37	3.6	37	68	16	115	45	10	11	32	1.75
211196--211350	67	2.4	66	93	4	278	45	10	10	32	1.74
211301--211370	28	2.5	28	90	4	106	42	15	7	34	1.74
211234--211408	95	1.9	95	84	6	239	41	13	10	34	1.79
211457--211565	28	4.1	24	76	16	74	47	14	10	27	1.76
211483--211725	28	8.4	29	73	13	162	46	15	11	26	1.80
211483--211725	29	8.4	29	73	13	164	46	15	11	26	1.80
211411--211744	146	2.3	147	95	3	597	45	15	12	26	1.81
211969--212066	36	2.8	35	81	3	117	33	12	18	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211970--212088	36	3.4	36	80	6	111	35	12	21	31	1.90
212040--212272	105	2.2	100	83	9	272	37	12	19	30	1.88
219462--219513	3	17.7	3	84	4	70	63	0	3	32	1.12
249528--249564	19	2.0	19	85	15	51	16	8	0	75	1.02
260700--260739	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
260734--260832	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
260818--260872	13	4.2	13	75	13	58	36	3	10	49	1.56
261414--261445	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
273369--273422	26	2.1	26	100	0	108	37	14	18	29	1.91
292446--292505	17	3.5	17	73	13	52	55	3	0	41	1.16

Tables:   1   2   3