genome.fa.s3157.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003157.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006641_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217688

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1554--1578	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1748--1801	24	2.3	23	87	6	81	38	16	16	27	1.90
2517--2654	41	3.4	41	79	6	145	23	18	23	34	1.96
2537--2650	20	5.7	20	80	6	122	23	18	26	31	1.97
2517--2672	41	3.8	41	77	5	111	22	19	23	34	1.96
2721--2761	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2768--2813	19	2.3	20	81	7	58	26	17	28	28	1.98
20227--20251	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
20251--20297	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
20475--20562	24	3.7	24	78	3	88	48	17	10	23	1.77
24674--24767	36	2.8	34	76	9	104	39	10	9	40	1.73
24994--25019	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
32806--32846	20	2.0	20	95	0	73	34	9	19	36	1.85
35877--35916	21	1.9	21	84	0	53	70	5	0	25	1.08
37960--37989	14	2.1	14	100	0	60	20	6	13	60	1.55
38092--38151	25	2.4	25	100	0	120	56	3	6	33	1.42
38427--38487	26	2.4	25	89	5	95	54	0	9	36	1.34
38494--38581	45	2.0	45	93	0	149	26	11	26	36	1.90
40314--40344	15	2.1	15	94	5	55	35	38	12	12	1.82
40368--40446	30	2.6	30	87	0	113	21	21	21	35	1.96
42005--42030	12	2.2	12	100	0	52	30	19	15	34	1.93
42240--42306	32	2.1	32	86	2	91	17	25	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44129--44370	27	8.3	27	68	19	112	38	2	15	43	1.61
44089--44377	90	3.2	90	97	0	533	37	2	15	43	1.60
45292--45329	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
46520--46754	106	2.3	102	83	9	305	55	11	2	30	1.48
46512--47209	330	2.1	323	85	6	904	53	10	3	32	1.52
51978--52028	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
52046--52109	21	2.8	22	75	15	60	42	1	1	54	1.19
52601--52660	31	1.9	31	86	6	86	45	8	5	41	1.56
54437--54492	20	2.8	19	89	8	76	30	23	21	25	1.99
54492--54573	44	1.9	41	85	11	112	32	6	28	32	1.82
54494--54584	19	4.4	20	74	17	96	36	5	27	30	1.80
54890--54921	6	5.3	6	100	0	64	0	15	50	34	1.45
54941--55153	20	10.5	20	71	12	166	18	17	28	34	1.94
54923--55133	41	5.2	41	95	0	370	18	16	27	37	1.92
55169--55215	21	2.2	21	80	0	58	34	19	21	25	1.96
55021--55234	101	2.1	102	80	2	234	24	18	24	31	1.98
55102--55226	20	6.2	20	77	11	76	30	20	22	27	1.98
55128--55243	41	2.8	41	74	3	108	31	18	22	27	1.97
56145--56188	16	2.7	18	73	20	51	54	2	0	43	1.12
56134--56214	32	2.5	33	72	11	78	64	2	0	33	1.07
56185--56236	24	2.2	23	86	10	70	71	1	0	26	0.97
56629--56655	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63206--63326	37	3.3	38	76	11	153	37	24	16	21	1.94
67357--67476	31	3.8	31	77	11	120	30	19	20	30	1.97
67468--67539	30	2.4	30	92	0	117	25	19	25	30	1.98
72211--72301	32	2.9	32	77	8	105	32	17	18	30	1.94
72211--72330	31	3.9	30	74	13	109	30	19	19	30	1.96
78646--78688	21	2.1	21	86	4	61	27	13	4	53	1.60
78917--79038	62	2.0	62	93	0	208	26	24	15	33	1.95
81077--81334	54	4.8	54	80	4	263	27	14	21	36	1.92
81095--81336	108	2.2	108	82	4	292	27	14	21	35	1.93
82454--82493	20	2.0	20	85	9	55	5	10	7	77	1.11
83886--83951	23	2.7	23	81	6	69	24	24	31	19	1.98
87454--87641	64	2.9	65	80	5	152	32	20	15	31	1.94
92101--92139	20	2.0	19	85	14	53	15	17	5	61	1.51
96111--96153	22	2.0	20	82	8	50	37	9	0	53	1.33
100690--100774	28	3.2	28	65	21	83	48	10	8	32	1.67
100685--100791	51	2.1	51	96	0	196	51	12	7	28	1.66
101426--101471	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
101432--101472	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
103762--103801	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
103796--103894	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
103880--103934	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
104331--104386	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104350--104383	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
104477--104508	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
108882--109544	182	3.6	182	86	5	901	43	13	16	27	1.85
108882--109544	364	1.8	365	88	2	1012	43	13	16	27	1.85
110203--111634	199	7.3	198	91	1	2177	39	13	14	32	1.86
110203--111634	589	2.4	590	90	1	2253	39	13	14	32	1.86
112356--112395	13	3.1	13	85	0	62	30	17	22	30	1.97
114081--114132	22	2.4	22	90	0	77	15	25	42	17	1.88
114098--114141	12	3.8	12	82	11	65	11	22	47	18	1.80
114094--114140	22	2.1	22	100	0	94	8	23	48	19	1.75
114137--114206	9	7.3	9	76	12	59	28	25	28	17	1.97
114137--114180	19	2.4	18	92	7	79	27	29	29	13	1.94
121377--121436	22	2.7	22	89	0	93	11	23	45	20	1.83
121394--121437	12	3.8	12	79	11	56	11	20	47	20	1.80
121433--121502	9	7.3	9	80	12	68	30	27	27	15	1.96
121433--121482	19	2.7	18	90	9	82	26	30	30	14	1.94
121465--121503	21	1.9	21	89	5	62	35	23	23	17	1.95
123539--123585	13	3.6	13	91	0	76	29	19	17	34	1.94
123565--123722	85	1.9	85	91	0	262	32	20	15	31	1.94
128662--128954	135	2.2	135	94	0	514	31	12	12	42	1.81
128918--128968	23	2.2	23	89	0	75	31	21	9	37	1.86
128928--128977	23	2.2	23	92	0	82	32	18	12	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128783--129135	158	2.2	158	91	0	571	32	13	12	41	1.82
129085--129129	23	2.0	23	90	0	72	40	15	8	35	1.79
132584--132628	23	2.0	23	86	8	65	35	2	13	48	1.54
135182--135243	23	2.8	23	90	4	92	22	24	32	20	1.98
140894--140948	20	2.8	20	91	0	92	21	25	30	21	1.98
143000--143089	30	2.9	30	85	9	128	31	22	21	25	1.98
143000--143089	32	2.9	30	88	6	135	31	22	21	25	1.98
145654--145680	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
145686--145733	16	2.9	16	75	3	51	52	2	6	39	1.39
147191--147590	201	2.0	196	95	4	714	36	11	19	32	1.88
147941--148030	45	2.0	45	100	0	180	37	8	24	28	1.86
150482--150558	36	2.1	37	83	9	95	46	1	3	48	1.28
151689--151755	28	2.4	28	73	9	73	37	20	19	22	1.95
152699--152746	25	1.9	25	91	8	80	47	0	14	37	1.44
153466--153499	18	1.9	18	88	5	52	23	29	29	17	1.97
156237--156262	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
160069--160710	55	11.7	54	80	4	381	32	24	15	27	1.96
160073--160710	110	5.8	109	82	2	675	32	24	15	27	1.95
160092--160710	165	3.8	165	83	2	679	32	24	15	27	1.95
160748--160844	37	2.6	37	85	6	126	23	14	20	41	1.89
161937--162061	15	7.8	15	76	13	90	8	16	0	75	1.03
161978--162087	18	6.8	17	78	11	81	5	17	0	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161971--162106	15	8.2	18	77	14	82	5	17	0	76	0.98
162027--162108	25	3.3	26	77	13	75	7	18	0	74	1.04
162028--162108	19	4.7	19	82	14	63	7	17	0	75	1.02
165594--165633	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
166096--168490	797	3.0	798	96	0	4339	30	24	14	29	1.95
178821--178880	20	3.1	19	83	7	75	40	8	16	35	1.79
179008--179055	21	2.3	21	100	0	96	43	16	4	35	1.67
179016--179225	106	2.0	105	87	2	305	40	18	12	28	1.87
179122--179161	21	1.9	21	94	0	71	45	15	7	32	1.74
181805--181877	20	3.7	19	78	8	58	35	9	16	38	1.81

Tables:   1   2