genome.fa.s3198.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003198.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006731_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  627338

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 280 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7033--7114	22	3.8	22	85	3	112	23	29	26	20	1.99
8292--8339	18	2.6	19	83	6	55	45	22	29	2	1.64
8305--8352	18	2.6	17	87	12	69	43	25	31	0	1.55
23647--23674	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
27990--28078	45	1.9	47	93	4	155	28	11	23	37	1.89
37692--37729	8	4.9	8	81	18	53	76	0	15	7	1.01
37700--37742	16	2.8	16	92	3	70	74	0	18	6	1.04
37836--38307	236	2.0	236	99	0	926	34	12	25	27	1.92
39095--39553	51	9.0	51	91	2	692	29	15	27	27	1.96
39421--39655	51	4.4	53	80	8	214	29	16	24	29	1.96
43224--43296	37	2.0	37	100	0	146	30	13	15	41	1.85
44298--44340	20	2.1	21	86	4	61	20	18	30	30	1.97
46983--47037	27	2.0	27	96	0	101	30	20	27	21	1.98
48047--48083	17	2.1	18	90	5	58	35	0	2	62	1.10
49402--49450	18	2.5	20	83	6	66	24	28	18	28	1.98
49580--49629	20	2.5	20	93	0	91	32	14	10	44	1.78
50243--50270	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
50828--50876	25	1.9	26	83	4	64	20	4	22	53	1.63
53305--53338	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
53425--53491	27	2.5	27	85	4	82	50	2	2	43	1.32
53450--53513	27	2.3	27	91	2	101	48	1	6	43	1.37
55519--55572	25	2.2	25	90	6	83	50	16	11	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57566--57594	9	3.2	9	100	0	58	31	24	24	20	1.98
58806--59197	132	3.0	131	79	6	366	30	17	19	32	1.95
58973--59089	44	2.8	42	78	3	128	29	19	19	30	1.97
64289--64322	15	2.2	16	89	5	52	32	20	0	47	1.51
64344--64391	19	2.5	20	86	3	62	31	14	6	47	1.69
65705--65756	18	2.9	17	85	2	68	23	19	21	36	1.95
68269--68341	35	2.1	35	100	0	146	35	15	13	35	1.87
68324--68352	14	2.1	14	100	0	58	34	13	27	24	1.93
79575--79642	3	21.3	3	82	5	64	66	0	1	32	1.01
79568--79632	34	1.9	34	87	6	96	67	0	1	30	1.00
85823--85919	23	4.2	23	75	0	86	21	23	21	32	1.98
85823--85919	46	2.1	46	90	0	149	21	23	21	32	1.98
85823--85955	23	5.7	23	74	7	74	21	24	21	33	1.97
86662--86695	16	2.1	16	94	0	59	35	5	17	41	1.74
88094--88123	14	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
105289--105335	22	2.1	23	96	4	87	40	4	10	44	1.59
105485--105632	30	4.8	30	81	6	152	31	15	24	29	1.96
106037--106399	186	2.0	184	92	1	609	41	3	9	46	1.53
109580--109637	21	2.8	21	89	0	80	44	6	34	13	1.71
112357--112421	23	2.9	22	86	4	94	18	21	24	35	1.96
119389--119419	11	2.8	11	95	0	53	38	9	22	29	1.86
132106--132230	60	2.1	60	81	3	144	30	12	26	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132561--132789	54	4.2	54	91	3	347	29	19	20	31	1.97
133706--133778	29	2.5	29	75	2	74	28	26	15	30	1.96
134089--134129	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
136335--136406	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
136437--136521	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
140405--140429	6	4.2	6	100	0	50	16	16	36	32	1.90
146764--146820	17	3.4	16	83	7	69	70	3	1	24	1.13
146866--147265	195	2.0	197	90	4	637	48	5	19	26	1.71
152534--152724	35	5.5	34	85	3	238	30	20	24	23	1.99
152534--152724	69	2.7	70	87	2	260	30	20	24	23	1.99
154329--154376	23	2.0	23	84	11	62	60	12	0	27	1.32
155153--155229	31	2.4	32	81	12	97	22	1	18	58	1.46
158623--158659	19	1.9	19	88	0	56	32	0	0	67	0.91
159601--159641	14	3.0	14	89	3	57	21	41	14	21	1.89
161904--161958	24	2.3	24	84	6	67	23	21	16	38	1.93
165840--165874	16	2.1	17	94	5	63	37	11	17	34	1.85
165870--165972	35	2.9	36	92	4	181	35	17	13	33	1.89
167661--168049	43	9.1	43	75	8	260	35	18	19	26	1.95
167681--168030	86	4.1	84	77	6	310	35	18	19	26	1.95
167661--168028	127	2.9	127	82	4	429	35	18	19	26	1.95
168170--168216	21	2.2	21	96	0	85	53	21	6	19	1.67
170944--170985	22	1.9	21	85	9	57	26	0	2	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171898--172076	38	4.8	38	80	6	168	46	8	5	40	1.56
172305--172407	35	2.9	36	91	4	172	35	16	14	33	1.89
176487--176521	16	2.1	17	94	5	63	37	11	17	34	1.85
176517--176620	35	2.9	36	92	2	174	34	17	15	32	1.91
179784--179816	17	1.9	17	93	0	57	66	6	21	6	1.35
185128--185212	45	1.9	43	83	9	109	45	5	7	41	1.55
185691--185732	7	6.0	7	78	10	50	14	16	11	57	1.66
185791--185844	12	4.3	12	75	9	54	22	11	9	57	1.61
185792--185850	26	2.3	26	84	0	82	22	11	8	57	1.61
188227--188300	38	1.9	38	86	0	103	32	25	17	24	1.97
188463--188519	28	2.1	28	87	6	82	50	14	5	29	1.64
190530--190575	19	2.4	19	92	0	83	45	19	4	30	1.70
194213--194274	15	4.1	15	79	6	63	75	1	4	17	1.05
194210--194274	30	2.2	30	78	10	73	75	1	4	18	1.05
194279--194498	36	6.4	32	76	14	113	45	4	2	48	1.36
194307--194574	36	7.5	37	81	10	283	46	5	2	45	1.40
195356--196289	165	5.7	164	88	2	1327	24	20	25	29	1.99
195356--196289	329	2.8	329	90	1	1426	24	20	25	29	1.99
195356--196302	494	1.9	494	88	2	1445	24	20	25	29	1.99
202037--202075	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
201974--202182	65	3.2	63	82	8	199	30	25	16	27	1.97
202023--202183	65	2.5	65	84	3	200	31	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207980--208035	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
209576--209619	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
210650--210688	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
210587--210795	65	3.2	63	82	8	208	29	25	17	27	1.98
210636--210796	65	2.5	65	85	3	209	29	26	16	27	1.97
210587--210816	64	3.6	64	80	6	216	28	26	18	26	1.98
212280--212509	38	6.5	37	82	11	252	47	5	2	44	1.39
212280--212589	75	4.2	73	78	13	273	45	5	2	45	1.42
212280--212559	38	7.6	37	80	13	219	46	5	2	45	1.38
215567--215663	39	2.5	39	93	0	158	28	27	19	23	1.98
215821--215874	24	2.2	24	83	6	63	48	12	5	33	1.65
229166--229230	19	3.4	19	95	0	112	44	18	4	32	1.70
242676--242729	24	2.2	24	83	6	63	48	12	5	33	1.65
255356--255423	31	2.2	31	84	2	84	36	19	5	38	1.76
257609--257646	19	2.0	20	85	10	53	60	7	5	26	1.46
270984--271034	23	2.2	23	100	0	102	50	11	21	15	1.76
286769--286805	14	2.6	14	91	0	56	29	18	24	27	1.98
287560--287613	28	1.9	28	84	0	72	38	25	12	22	1.90
290427--290451	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
290888--291070	93	1.9	95	84	4	246	31	14	7	46	1.72
291102--291258	77	2.0	77	95	0	278	31	17	14	35	1.91
293314--293356	18	2.5	17	81	7	52	65	2	4	27	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294509--295231	105	7.0	105	91	2	1115	22	17	26	33	1.96
294509--295231	312	2.3	314	90	3	1115	22	17	26	33	1.96
295874--296031	68	2.4	66	83	6	194	36	8	22	32	1.85
295875--296057	65	2.7	67	81	4	174	38	8	21	31	1.84
296006--296268	36	7.4	36	77	10	247	40	13	18	27	1.88
295955--296334	138	2.8	137	84	1	474	40	12	18	28	1.87
296042--296226	102	1.8	102	89	2	291	40	14	16	28	1.87
297234--297277	22	2.0	22	86	8	63	27	13	22	36	1.92
297877--297914	9	4.6	8	87	12	51	0	10	5	84	0.77
299107--299145	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61

Tables:   1   2   3