genome.fa.s3230.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003230.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006800_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217729

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7619--8305	134	5.1	133	83	3	808	28	24	18	29	1.98
12051--12076	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16244--16437	33	5.9	33	82	3	180	28	15	24	30	1.96
16244--16458	66	3.3	66	80	5	231	27	17	24	30	1.97
16363--16454	31	2.8	33	77	6	107	28	18	28	25	1.98
16771--16840	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
16916--17303	4	97.0	4	99	0	767	50	24	0	25	1.50
17309--17350	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
20974--21026	20	2.7	20	87	0	79	35	16	16	30	1.92
22274--22424	33	4.6	33	71	11	105	28	17	26	27	1.98
22274--22400	32	3.9	31	74	9	103	29	18	25	26	1.98
30450--30504	20	2.8	20	81	8	67	34	16	9	40	1.80
32429--32510	40	2.0	40	85	0	110	26	25	23	24	2.00
41071--41166	38	2.5	38	83	3	122	27	20	26	26	1.99
47931--48026	38	2.5	38	83	3	122	28	20	25	26	1.99
59206--59279	3	24.0	3	81	15	89	33	0	0	66	0.92
59205--59279	19	4.0	19	83	11	93	33	0	0	66	0.92
60839--60880	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
60717--60980	122	2.2	118	81	8	293	37	6	7	48	1.58
61464--61504	17	2.4	18	84	11	52	26	2	0	70	0.99
64789--64820	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
70733--70795	30	2.1	30	100	0	126	39	22	15	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72404--72452	19	2.8	17	81	9	55	36	10	6	46	1.63
72782--73006	114	2.0	114	91	1	362	33	15	20	30	1.94
73735--74264	113	4.6	113	87	6	766	38	14	19	27	1.90
73713--74333	230	2.7	230	89	5	893	38	14	19	26	1.91
74668--74725	3	19.0	3	76	16	57	32	0	0	67	0.91
74667--74710	7	6.3	7	80	19	56	29	0	0	70	0.88
74665--74725	19	3.0	21	81	13	74	31	0	0	68	0.89
74669--74725	25	2.3	26	85	8	75	33	0	0	66	0.92
76284--76325	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
76180--76417	120	2.0	119	81	4	284	37	7	8	46	1.62
76381--76435	27	2.0	27	89	0	83	47	0	0	52	1.00
78152--78216	33	2.0	33	90	0	103	55	4	0	40	1.21
80316--80358	22	1.9	23	86	13	63	65	2	0	32	1.06
96210--96248	20	2.0	20	89	0	60	5	28	5	61	1.39
107264--107320	29	2.0	29	82	6	71	35	8	19	36	1.83
113303--113427	47	2.8	45	83	7	146	40	6	21	31	1.78
113801--113849	20	2.5	20	96	0	89	22	40	20	16	1.91
115561--115606	21	2.1	22	84	11	60	28	13	4	54	1.57
120852--121177	58	5.8	56	81	8	301	30	11	18	40	1.85
120935--121183	58	4.4	57	85	5	319	29	11	17	41	1.84
120935--121183	115	2.2	113	85	6	335	29	11	17	41	1.84
120935--121243	115	2.7	115	82	6	301	30	10	17	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123144--123199	20	2.8	21	91	5	82	23	19	23	33	1.97
122903--123442	261	2.1	263	84	2	701	31	17	17	34	1.93
125474--125505	14	2.3	14	94	0	55	21	9	6	62	1.47
130119--130480	59	6.2	59	70	10	222	35	11	23	29	1.90
130587--130620	17	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
132311--132398	44	2.0	44	100	0	176	31	20	6	40	1.79
135061--135088	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
135632--135717	37	2.3	37	82	11	97	74	4	18	2	1.10
154717--155082	201	1.8	200	85	2	520	40	13	13	33	1.83
154542--155260	380	1.9	380	84	3	964	41	13	12	32	1.82
155463--156192	226	3.2	226	87	2	973	29	16	14	40	1.87
156025--156271	118	2.1	118	86	0	341	29	14	16	39	1.89
157234--157303	30	2.3	31	80	14	83	12	2	8	75	1.13
158066--158097	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
158313--158345	15	2.3	15	89	5	50	63	3	3	30	1.24
159747--159805	3	21.0	3	80	19	65	69	1	0	28	0.98
159749--159805	13	4.3	13	78	8	53	70	1	0	28	0.98
159748--159801	16	3.1	17	80	17	67	70	1	0	27	0.98
160049--161121	112	9.2	114	88	5	1195	27	19	13	38	1.90
161146--161327	76	2.4	76	91	0	283	34	19	20	26	1.96
162157--162255	22	4.5	22	92	0	171	38	14	14	33	1.86
162630--162778	54	2.9	54	79	7	143	30	21	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162690--162778	46	1.9	46	88	0	133	26	23	13	35	1.92
164584--164803	114	1.9	114	93	0	377	30	22	15	32	1.95
166874--166920	15	3.3	14	80	11	51	0	14	0	85	0.61
166866--166916	22	2.3	22	89	3	75	0	17	0	82	0.67
166865--166920	8	6.6	8	79	16	60	0	16	0	83	0.64
166865--166917	11	4.6	11	81	6	61	0	16	0	83	0.66
166865--166917	23	2.3	24	83	9	74	0	16	0	83	0.66
169686--169735	12	4.0	12	80	10	55	56	10	12	22	1.65
169683--169733	26	2.0	26	92	0	84	54	9	13	21	1.67
169687--169746	26	2.3	25	83	11	68	55	6	13	25	1.62
169793--169834	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
172146--172178	15	2.3	15	89	5	50	63	3	3	30	1.24
173519--173579	3	22.0	3	78	21	62	68	1	0	29	0.99
173521--173579	13	4.5	13	72	14	50	69	1	0	28	0.98
173519--173579	21	2.9	21	83	9	79	68	1	0	29	0.99
173523--173590	5	13.4	5	80	11	50	70	1	1	26	1.04
175210--175286	20	3.8	20	78	13	86	72	0	1	25	0.92
175210--175262	13	4.2	12	79	18	54	71	0	0	28	0.86
175332--175387	2	27.0	2	79	13	60	50	1	5	42	1.35
175738--175771	6	5.8	6	86	6	52	82	0	2	14	0.79
178519--178887	131	2.8	129	86	4	470	40	17	10	31	1.83
179530--179627	51	1.9	51	85	0	133	59	10	12	18	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182345--182439	36	2.6	37	79	5	102	45	6	2	46	1.40
182423--182478	17	3.6	17	77	22	77	41	7	7	44	1.59
182402--182497	29	3.3	29	91	1	138	42	5	4	47	1.45
182461--182541	36	2.3	34	77	12	65	44	7	3	44	1.49
182370--182552	94	2.0	93	80	7	210	42	6	4	47	1.48
182519--182603	31	2.9	29	70	6	80	38	5	3	51	1.43
182552--182593	22	2.0	21	90	4	66	38	4	4	52	1.44
182576--182824	36	6.8	36	86	5	313	44	6	3	45	1.45
182583--182828	111	2.2	112	89	5	372	46	6	2	44	1.42
182576--182820	75	3.3	74	87	4	327	44	6	3	45	1.45
182811--182892	2	43.0	2	79	13	75	46	2	1	50	1.22
182772--182892	51	2.3	53	85	7	158	45	4	2	47	1.38
183494--184818	168	7.9	168	89	1	1913	25	19	23	31	1.98
185921--186183	95	2.7	95	83	6	307	31	17	18	33	1.94
188916--188946	15	2.1	15	93	0	53	77	6	6	9	1.12
189213--189317	37	2.8	37	88	0	156	40	15	15	29	1.88
189819--189859	22	1.9	21	85	14	57	24	2	4	68	1.22
190186--190234	10	4.6	10	80	14	62	18	4	0	77	0.92
190194--190244	6	8.5	6	77	14	52	15	5	0	78	0.93
190190--190244	23	2.4	22	87	6	74	16	5	0	78	0.93
194656--194727	16	4.5	16	74	11	60	79	9	8	2	1.04
194658--194701	8	5.5	8	86	10	54	79	11	6	2	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196393--197754	106	12.9	106	88	1	1932	34	24	17	23	1.96
198487--198591	37	2.8	37	85	0	138	40	15	14	30	1.87
199132--199165	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
199435--199460	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
199465--199496	4	7.8	4	93	6	55	25	3	0	71	1.00
200698--200751	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
200798--200831	9	3.4	10	84	15	52	82	0	5	11	0.83
200824--200891	15	4.6	15	70	17	52	72	4	1	22	1.11
202036--202070	17	2.1	17	88	0	52	77	0	2	20	0.90
202177--202336	36	4.5	37	77	15	169	43	6	5	44	1.52

Tables:   1   2