genome.fa.s3267.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003267.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006866_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  204893

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1863--1914	23	2.3	22	90	6	86	40	17	19	23	1.91
2758--2997	20	11.9	19	71	15	121	20	18	23	37	1.94
2763--3035	40	6.8	41	81	8	247	19	18	23	38	1.93
2764--2955	60	3.2	59	75	13	185	19	18	22	39	1.93
2761--2974	80	2.6	80	86	7	281	19	18	22	38	1.93
2983--3035	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
3029--3080	21	2.5	21	75	12	52	25	19	23	32	1.97
3430--3493	2	32.0	2	100	0	128	0	50	0	50	1.00
7237--7312	13	5.3	13	75	17	62	15	43	21	19	1.88
7255--7329	8	9.5	8	72	21	61	16	38	22	22	1.92
7254--7288	18	1.9	18	100	0	70	17	45	22	14	1.84
7235--7293	31	1.9	31	92	0	100	15	47	20	16	1.83
7273--7329	15	3.8	15	84	9	64	15	36	22	24	1.94
9749--9854	24	4.5	25	74	12	98	18	16	17	47	1.83
9786--9853	12	5.8	12	80	13	70	14	14	19	51	1.76
13115--13148	10	3.5	10	96	4	61	61	0	38	0	0.96
13116--13161	20	2.3	19	82	10	56	65	2	32	0	1.05
14562--14587	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
16560--16598	15	2.6	15	100	0	78	15	41	15	28	1.87
16924--17073	30	5.2	30	88	7	238	17	37	23	22	1.94
16924--17073	56	2.6	57	90	7	230	17	37	23	22	1.94
22673--22755	25	3.2	25	74	14	62	43	3	1	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29294--29390	37	2.6	37	79	9	99	43	2	2	52	1.24
29517--29579	19	3.5	17	83	12	56	31	26	3	38	1.72
29529--29582	19	2.8	20	94	2	92	33	27	3	35	1.75
36970--37051	28	2.9	28	83	3	94	30	18	17	34	1.94
41410--41476	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
43171--43215	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
46290--46356	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
48030--48074	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
53879--53922	22	2.0	23	90	4	72	38	0	0	61	0.96
53900--53940	20	2.0	21	85	9	57	39	0	2	58	1.11
58639--58694	29	2.0	27	86	6	76	33	16	8	41	1.79
58997--59036	10	4.0	10	83	0	53	30	27	0	42	1.56
59079--59119	18	2.3	18	87	4	57	31	4	2	60	1.30
64104--64166	29	2.1	29	82	2	72	28	14	28	28	1.95
64964--65056	21	4.5	21	81	4	109	39	17	24	18	1.91
64964--65056	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
64983--65117	41	3.3	41	83	4	139	38	20	20	20	1.94
65045--65138	20	4.7	20	80	2	89	34	24	17	24	1.96
65650--65716	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
65712--65877	20	9.1	19	74	16	136	12	22	22	43	1.86
65717--65793	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
65765--65852	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67867--67989	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
67923--67989	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
69338--69373	13	2.6	14	86	4	56	27	0	25	47	1.52
71819--71864	23	2.0	23	95	0	83	32	32	8	26	1.87
73030--73075	19	2.4	19	85	7	58	34	21	23	19	1.96
73107--73201	14	5.8	15	72	23	68	12	20	17	49	1.79
73103--73252	51	2.9	52	89	7	216	13	22	18	46	1.84
73122--73235	32	3.3	34	84	13	135	14	20	17	48	1.81
73103--73252	19	8.6	19	80	17	175	13	22	18	46	1.84
75220--75286	19	3.5	19	81	4	80	37	22	23	16	1.94
75293--75426	19	7.6	19	74	16	83	13	20	23	42	1.87
75315--75372	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
75298--75388	32	2.8	33	91	3	157	12	18	21	47	1.81
75373--75426	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
75891--75935	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
77462--77505	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
77672--77783	20	5.7	20	75	14	81	26	16	24	33	1.96
88751--88777	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
89582--89638	21	2.7	21	88	2	78	56	19	0	24	1.42
89679--89731	7	7.6	7	81	8	54	50	26	0	22	1.49
89679--89731	21	2.5	21	87	6	72	50	26	0	22	1.49
90003--90030	14	2.0	14	100	0	56	21	21	7	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93967--94041	32	2.3	33	83	4	89	41	6	4	48	1.48
100240--100303	10	6.0	11	77	14	55	48	10	0	40	1.38
100274--100305	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
104331--104517	31	6.0	31	94	1	304	40	22	17	19	1.91
105172--105390	63	3.5	63	84	3	253	27	19	19	33	1.96
108529--108684	31	5.0	31	93	1	260	39	22	18	19	1.93
109341--109561	64	3.5	63	81	4	196	27	19	20	33	1.96
110357--110432	20	3.9	20	83	10	104	25	30	22	22	1.99
110358--110432	38	2.0	38	89	5	116	25	30	22	21	1.99
111679--111734	20	2.8	20	91	0	94	28	16	21	33	1.95
114085--114167	35	2.5	36	79	13	88	50	14	0	34	1.43
115062--115119	20	2.7	20	81	10	62	29	24	17	29	1.97
116847--116879	14	2.3	15	90	10	52	66	6	3	24	1.28
116874--116920	23	2.1	22	84	4	58	48	6	0	44	1.28
120497--120535	3	13.0	3	84	10	53	33	2	0	64	1.08
120487--120541	21	2.6	21	88	0	83	36	3	0	60	1.15
124897--125015	8	14.2	8	76	17	84	83	4	12	0	0.79
124909--125004	11	8.3	11	80	10	111	85	3	11	0	0.71
124901--124979	20	3.8	20	79	14	81	86	2	11	0	0.68
124886--125004	33	3.4	34	80	13	109	83	4	12	0	0.79
124909--125004	1	96.0	1	70	0	66	85	3	11	0	0.71
124895--125007	11	10.4	10	80	17	95	83	3	13	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124886--125029	58	2.5	57	77	10	134	80	6	13	0	0.89
125866--125922	23	2.4	23	77	8	62	36	10	5	47	1.61
126209--126244	18	1.9	19	88	5	56	52	19	0	27	1.46
126695--126918	101	2.2	101	78	12	230	32	15	11	41	1.83
126864--126929	34	2.0	33	85	8	89	34	18	10	36	1.85
126879--126985	36	3.1	35	77	10	103	36	15	10	37	1.82
127089--127172	30	2.8	29	78	1	69	26	23	9	40	1.85
127479--127564	28	3.0	28	76	17	88	32	6	17	43	1.76
127727--127787	29	2.1	29	87	6	88	24	16	13	45	1.83
128072--128151	40	2.0	39	87	2	115	23	35	15	26	1.94
128207--128284	40	2.0	39	92	2	129	21	35	17	24	1.95
127796--128413	134	4.6	134	91	0	948	26	30	17	26	1.97
128589--128635	3	16.0	3	78	12	53	29	2	0	68	1.02
128574--128634	17	3.6	17	82	6	70	24	1	0	73	0.92
128600--128641	21	2.0	21	90	0	66	33	4	0	61	1.17
131736--131773	20	1.9	20	88	0	58	73	0	0	26	0.83
131729--131783	25	2.3	23	81	12	65	69	0	0	30	0.89
140232--140266	18	1.9	18	88	0	52	37	5	28	28	1.80
143489--143525	19	1.9	19	88	0	56	27	24	5	43	1.76
148495--148557	30	2.1	29	83	13	76	30	28	6	34	1.82
149470--149550	29	2.9	28	77	3	99	43	30	2	23	1.67
151058--151104	16	3.0	15	81	9	58	55	19	6	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151700--151768	13	5.3	13	72	19	63	46	11	14	27	1.79
151700--151770	26	2.7	26	85	8	99	46	11	14	28	1.78
153698--153731	15	2.3	15	89	0	50	17	11	23	47	1.81
153674--153719	24	1.9	24	86	0	65	17	15	23	43	1.87
153657--153740	39	2.2	39	84	0	105	19	15	21	44	1.87
154390--154419	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
155070--155226	74	2.3	68	86	10	205	29	13	29	26	1.94
155785--155817	16	2.1	16	94	0	57	24	12	42	21	1.86
155904--155951	19	2.4	20	82	6	62	41	4	18	35	1.70
159630--159678	17	2.8	18	79	14	57	65	0	6	28	1.16

Tables:   1   2