genome.fa.s3288.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003288.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006918_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186948

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4229--4290	24	2.6	24	85	7	81	51	3	0	45	1.17
4231--4315	27	3.2	25	80	14	100	50	3	0	45	1.18
4284--4324	19	2.1	20	90	4	66	46	4	0	48	1.23
4233--4349	53	2.2	51	79	13	121	48	3	0	47	1.24
4939--4969	6	5.2	6	92	0	53	16	32	3	48	1.62
5887--5925	20	1.9	19	85	10	51	15	7	5	71	1.26
7381--7421	6	6.5	6	88	5	55	78	0	21	0	0.76
7381--7418	13	2.9	13	81	14	51	76	0	23	0	0.79
7523--7567	20	2.3	20	88	3	65	4	11	20	64	1.42
11704--11811	47	2.3	47	91	0	180	17	13	12	55	1.69
35802--35855	19	2.9	18	77	22	58	77	3	18	0	0.91
35809--35859	14	3.9	13	78	14	52	78	1	19	0	0.85
35806--35859	10	5.2	10	79	20	58	77	1	20	0	0.86
38302--38344	18	2.4	18	88	7	61	20	4	0	74	1.00
38387--38428	20	2.1	20	86	0	57	19	4	2	73	1.12
38385--38447	26	2.4	26	79	12	67	17	3	4	74	1.12
38586--38661	34	2.2	34	84	9	93	23	3	2	69	1.18
40186--40363	90	2.0	90	93	0	302	37	10	6	45	1.64
41951--42014	26	2.4	27	97	2	121	42	12	4	40	1.64
45213--45692	42	11.2	42	63	22	151	31	25	23	20	1.98
45169--45868	86	8.1	86	91	0	1112	31	25	22	20	1.98
47271--47374	20	5.1	20	73	17	72	16	6	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47269--47406	30	4.8	30	71	21	91	18	6	0	74	1.07
47289--47400	16	6.9	15	69	25	61	17	5	0	75	1.03
47271--47374	6	16.2	6	73	19	61	16	6	0	75	1.05
47342--47406	17	3.6	17	71	26	53	18	3	0	78	0.88
47299--47406	38	2.7	41	81	11	118	17	6	0	75	1.07
55831--56310	266	1.8	266	96	0	888	27	19	16	36	1.93
61581--61793	85	2.5	84	84	2	275	33	16	19	30	1.94
61772--61814	13	3.5	13	84	12	63	37	16	16	30	1.91
61772--61805	11	2.8	12	91	8	52	38	11	17	32	1.86
64198--64437	119	2.0	119	99	0	471	49	9	13	27	1.73
64962--64999	15	2.5	15	87	8	51	50	2	13	34	1.55
65843--65867	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
69073--69259	95	2.0	95	81	4	225	34	14	20	29	1.93
69390--69452	19	3.3	19	86	4	83	26	3	23	46	1.68
69706--70015	47	6.6	47	93	1	514	43	9	23	23	1.82
69786--69873	27	3.5	27	69	20	91	43	11	23	21	1.85
76162--76366	95	2.2	95	85	0	266	34	13	22	29	1.92
76236--76288	22	2.5	21	79	8	63	28	13	28	30	1.94
76779--76975	20	8.7	20	70	23	124	41	9	26	22	1.83
76769--76861	48	1.9	49	91	2	152	41	9	26	21	1.84
76779--76927	68	2.2	68	90	3	237	40	9	27	22	1.84
76847--77000	47	3.3	47	96	0	272	42	8	26	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76915--77029	27	4.5	27	81	14	154	44	9	24	21	1.82
76915--77078	74	2.2	76	89	4	262	43	9	23	23	1.82
76799--77048	94	2.6	92	76	17	285	43	9	25	22	1.82
78305--78465	73	2.2	73	80	6	200	40	13	10	36	1.78
78551--78599	6	8.2	6	88	0	71	34	6	10	48	1.62
78551--78599	18	2.7	18	93	0	80	34	6	10	48	1.62
79319--79404	33	2.6	33	88	0	118	17	5	34	41	1.73
79682--79844	75	2.2	74	85	5	222	39	10	14	34	1.81
79977--80219	129	1.9	129	92	0	414	41	9	13	35	1.77
79879--80720	330	2.6	327	81	5	964	40	13	12	33	1.82
80430--80941	199	2.6	199	84	2	614	38	12	14	33	1.84
80806--81076	130	2.1	127	84	2	344	39	11	15	34	1.83
80106--81672	528	3.0	527	87	2	2136	39	12	13	34	1.82
80932--81401	199	2.4	196	86	3	617	40	11	13	35	1.81
81569--81612	20	2.2	20	95	0	79	29	6	18	45	1.75
82492--82528	20	2.0	19	85	15	51	37	5	27	29	1.79
83014--83335	53	6.1	53	91	0	491	25	17	17	39	1.91
99834--100098	53	5.0	53	89	3	376	26	16	18	38	1.92
99834--100098	104	2.5	105	89	1	388	26	16	18	38	1.92
101620--101696	18	4.6	18	67	15	65	18	48	19	14	1.82
101624--101702	31	2.5	31	83	0	104	17	45	20	16	1.85
101674--101717	13	3.2	13	90	6	61	15	43	22	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101678--101724	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
101694--101725	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
101678--101724	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
104155--104286	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
104172--104286	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
104223--104296	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
105227--105605	108	3.4	110	69	15	305	31	15	13	39	1.86
105083--105625	225	2.4	225	88	3	790	32	15	13	39	1.86
105761--105812	20	2.7	19	82	8	70	34	3	21	40	1.71
106272--106336	34	1.9	34	93	0	112	27	16	32	23	1.96
111753--111842	20	4.5	20	100	0	180	54	4	10	31	1.53
112616--112657	21	2.1	20	86	8	59	26	19	21	33	1.97
114337--114372	17	2.2	17	90	5	56	50	0	2	47	1.15
114350--114466	24	4.4	25	78	19	123	44	0	5	49	1.30
114375--114433	17	3.6	17	64	13	52	44	1	5	49	1.34
114350--114457	57	1.9	54	87	12	155	45	0	5	48	1.32
114349--114465	27	4.3	28	81	17	133	45	0	5	48	1.30
114408--114477	24	3.0	23	82	10	88	47	0	5	47	1.26
114352--114479	24	5.0	23	72	22	82	45	0	5	48	1.31
135006--135147	17	8.1	18	71	21	72	43	0	4	50	1.28
135102--135166	2	34.0	2	84	9	82	49	0	1	49	1.10
135138--135201	18	3.7	18	68	14	53	43	0	7	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135070--135195	34	3.7	33	78	10	112	47	0	4	47	1.23
141264--142175	226	4.0	228	86	4	1190	38	12	14	34	1.84
142636--143088	228	2.0	228	87	1	658	37	18	7	37	1.78
143337--143362	10	2.6	10	100	0	52	11	11	0	76	1.01
143495--143546	21	2.5	21	96	0	95	30	15	21	32	1.94
146056--146128	21	3.7	21	74	18	66	52	0	2	45	1.15
146134--146242	22	4.9	22	76	15	93	34	8	2	54	1.45
146138--146238	8	13.9	7	72	22	59	34	8	2	53	1.47
146193--146242	14	3.4	14	76	20	50	36	8	0	56	1.29
146193--146230	14	2.7	14	88	12	60	34	7	0	57	1.28
146207--146265	22	2.6	22	83	2	64	37	11	0	50	1.39
146122--146283	73	2.2	72	81	8	186	36	10	1	51	1.47
146193--146284	29	3.1	30	73	13	84	36	11	0	51	1.39
146721--146769	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
147306--151569	4	1069.2	4	92	1	6611	46	24	3	25	1.68
151998--152383	2	195.0	2	71	19	242	46	3	2	47	1.33
152041--152361	31	9.9	34	70	21	124	47	3	2	47	1.32
152067--152551	15	31.8	15	69	20	125	43	4	1	50	1.32
152366--152458	13	6.8	13	73	17	64	35	5	0	59	1.21
152271--152980	8	94.2	8	69	21	158	38	8	1	51	1.42
152287--152458	6	27.0	6	79	14	98	39	4	0	55	1.23
152270--152980	22	31.5	23	68	19	172	38	8	1	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152601--152766	7	24.1	7	69	20	68	33	7	3	55	1.44
152601--152677	26	3.0	26	77	11	86	32	7	3	55	1.47
152755--152978	42	5.5	40	69	17	142	40	8	1	49	1.43
152747--153017	42	6.9	39	69	18	138	39	8	1	50	1.41
152763--152938	2	87.5	2	70	13	103	42	7	1	48	1.38
153827--153852	6	4.3	6	100	0	52	34	0	65	0	0.93
153836--153882	15	3.1	14	78	21	51	34	2	61	2	1.20
155388--155426	21	1.9	21	89	5	62	56	7	10	25	1.59
157031--157096	20	3.2	21	80	8	64	36	10	9	43	1.71
157030--157097	22	3.2	22	79	10	70	36	10	8	44	1.70

Tables:   1   2