genome.fa.s3314.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003314.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006976_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  267825

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7642--7811	87	2.0	87	84	2	225	37	22	12	27	1.90
7695--8228	133	4.0	133	83	2	624	32	21	16	30	1.95
8321--8436	44	2.6	45	88	2	162	41	0	10	47	1.43
9660--9724	32	2.0	32	96	0	121	15	7	38	38	1.76
15779--15820	9	4.6	9	82	14	50	71	2	0	26	0.98
15784--15820	19	1.9	19	88	0	56	75	2	0	21	0.92
22467--22505	19	2.2	19	86	9	55	35	2	2	58	1.25
23783--23910	50	2.6	50	79	7	152	17	36	25	20	1.94
27802--27835	15	2.3	15	89	0	50	14	29	17	38	1.90
27809--27848	21	1.9	21	84	0	53	17	35	15	32	1.91
28217--28253	18	2.1	18	94	0	65	24	18	29	27	1.98
29785--29822	18	2.1	18	95	0	67	57	10	2	28	1.45
30124--30234	49	2.2	50	78	13	122	21	31	29	17	1.96
30170--30277	50	2.2	49	81	3	119	21	28	33	16	1.95
30396--30431	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
30492--30518	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
30399--30589	87	2.2	87	79	11	196	32	4	1	61	1.26
30669--30714	18	2.3	20	85	10	60	8	4	13	73	1.21
36332--36368	15	2.4	16	78	13	51	16	54	5	24	1.63
36345--36404	33	1.9	32	83	10	79	13	56	8	21	1.63
36400--36512	30	3.8	30	83	0	118	14	62	6	16	1.50
36430--36509	15	5.3	15	72	0	52	15	63	5	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37658--37989	168	2.0	168	89	2	515	22	22	12	42	1.86
38801--38839	20	2.0	19	90	5	60	30	20	28	20	1.98
38827--38877	20	2.5	20	80	0	57	33	13	23	29	1.93
43103--43142	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
43484--43553	36	1.9	36	94	0	122	15	17	22	44	1.86
46789--46833	15	3.0	14	81	15	54	60	0	0	40	0.97
48586--48640	22	2.5	22	87	0	83	43	7	16	32	1.75
60448--60518	24	2.9	24	89	2	79	40	14	16	28	1.87
60463--60518	24	2.3	24	100	0	112	37	16	17	28	1.91
61718--61766	24	2.0	24	84	7	64	38	2	6	53	1.38
62490--62564	35	2.1	35	92	0	123	34	0	20	45	1.51
66419--66472	21	2.6	21	80	8	58	31	12	3	51	1.57
71222--71264	20	2.2	20	87	4	61	20	18	16	44	1.87
71383--71433	22	2.3	22	89	0	84	21	45	13	19	1.85
71817--71891	19	3.8	19	87	5	96	14	21	18	45	1.85
73564--73616	21	2.5	21	84	0	70	28	11	28	32	1.91
73630--73746	21	5.5	23	76	9	83	22	12	31	33	1.92
74028--74137	39	2.7	39	83	8	112	24	36	19	20	1.95
74049--74122	21	3.7	20	78	10	71	24	35	18	21	1.96
74027--74137	21	5.4	20	68	12	66	24	36	19	19	1.95
75474--75506	13	2.4	14	95	5	59	30	0	21	48	1.50
75632--75673	20	2.1	20	90	0	66	40	23	19	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75681--75727	20	2.3	20	88	0	76	17	21	19	42	1.89
78994--79032	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
79189--79299	40	2.8	40	83	4	143	33	15	23	27	1.95
79189--79301	20	5.6	19	75	9	73	32	15	23	28	1.95
79317--79357	20	2.0	20	90	0	64	21	14	24	39	1.91
80645--80707	32	2.0	32	96	0	117	38	22	1	38	1.64
81203--81262	23	2.6	23	81	0	66	35	21	25	18	1.96
85019--85083	23	2.8	23	76	0	76	36	23	21	18	1.95
87239--87361	65	1.9	63	85	6	167	32	25	17	24	1.97
89173--89234	23	2.7	23	79	0	70	22	19	25	32	1.97
99389--99434	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
102712--102768	24	2.4	24	96	0	105	28	21	19	31	1.97
103087--103163	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
106904--106964	23	2.7	23	92	0	95	27	24	26	21	1.99
112772--112817	20	2.3	20	80	0	56	34	15	21	28	1.94
118748--118772	13	1.9	13	100	0	50	24	28	32	16	1.96
118815--118872	19	3.0	19	87	9	82	31	31	27	10	1.90
118816--118872	10	6.0	9	90	8	78	31	31	26	10	1.90
118815--118872	29	2.0	29	90	6	91	31	31	27	10	1.90
129328--129365	19	2.0	19	100	0	76	26	21	26	26	1.99
132233--132261	14	2.1	14	100	0	58	0	24	55	20	1.44
132282--132314	10	3.2	10	91	8	57	42	27	18	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137286--137414	51	2.5	51	84	2	161	16	34	31	18	1.93
141642--141678	18	2.1	18	100	0	74	21	21	29	27	1.99
143188--143408	110	2.0	111	95	0	399	44	10	8	36	1.69
143528--143568	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
143683--143806	51	2.4	51	83	2	151	20	29	33	16	1.95
144978--145033	10	5.6	10	81	6	60	69	3	5	21	1.24
145364--145420	10	5.6	10	81	4	60	70	1	7	21	1.20
145364--145408	21	2.2	20	84	4	54	73	0	8	17	1.08
144887--146039	387	3.0	386	93	3	1941	47	6	8	37	1.60
145752--145797	11	4.4	11	83	5	51	71	0	10	17	1.13
145763--145809	21	2.2	20	82	10	58	63	2	8	25	1.34
145869--145893	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
146332--146378	21	2.3	21	88	3	69	21	4	4	70	1.22
146332--146378	10	4.6	10	84	5	58	21	4	4	70	1.22
149133--149180	25	1.9	25	86	0	69	27	12	33	27	1.92
160981--161019	20	2.0	20	85	5	53	38	5	28	28	1.78
165284--165318	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
165854--165884	13	2.4	13	94	0	53	67	0	3	29	1.06
165873--165936	32	2.0	32	87	6	94	54	0	1	43	1.09
165862--165936	16	4.9	16	80	15	79	57	0	1	41	1.07
168647--168721	35	2.1	35	95	0	132	32	38	20	9	1.84
170528--170565	19	2.0	19	85	10	51	44	5	2	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173768--174531	382	2.0	383	96	0	1415	35	14	15	35	1.88
175366--175410	14	3.3	14	84	3	56	64	20	6	8	1.44
175592--175626	14	2.5	14	80	0	52	60	17	8	14	1.58
176271--176325	21	2.7	20	80	8	65	20	27	18	34	1.95
176313--176369	21	2.8	21	86	5	82	35	19	22	22	1.96
176371--176438	21	3.3	21	72	4	66	20	19	17	42	1.89
177065--177158	33	2.8	33	86	3	116	43	24	21	10	1.84
177154--177312	19	9.1	19	66	22	98	12	23	18	45	1.84
177159--177312	33	4.5	33	85	5	200	12	23	18	46	1.82
178999--179374	94	4.1	93	93	2	589	22	11	18	47	1.81
179463--179538	39	2.0	38	89	2	116	50	19	21	9	1.75
179463--179578	19	6.3	19	79	13	116	50	22	18	8	1.74
179541--179578	20	1.9	20	94	0	67	50	26	15	7	1.72
179621--179672	21	2.6	20	78	6	61	15	19	19	46	1.85
180118--180184	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
180066--180184	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
181532--181567	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
181691--181736	19	2.4	19	92	0	74	47	26	13	13	1.78
181732--181882	19	8.7	19	65	21	89	11	23	20	43	1.85
181736--181862	33	3.8	33	95	0	227	11	24	19	44	1.84
181757--181844	14	5.6	14	70	23	59	11	25	20	43	1.85
181849--181889	20	2.0	20	90	0	64	19	19	21	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181856--181928	20	3.6	20	70	17	60	23	17	24	34	1.96
184415--184466	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
185315--185748	20	21.3	20	84	3	343	37	16	22	23	1.93
185315--185748	41	10.6	40	82	4	397	37	16	22	23	1.93
185315--185748	61	7.1	61	82	4	491	37	16	22	23	1.93
185660--185747	21	4.2	21	92	0	140	36	18	27	18	1.94
187570--187684	28	4.1	28	92	2	169	27	28	35	7	1.85
187576--187684	14	7.8	14	77	4	112	27	29	34	8	1.86
188294--188398	30	3.5	30	86	3	140	38	0	13	47	1.49
188452--188485	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24

Tables:   1   2