genome.fa.s3320.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003320.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006992_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  341838

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637--665	14	2.1	14	100	0	58	13	44	27	13	1.82
5502--5531	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
10384--10413	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
17570--17609	15	2.7	15	100	0	80	45	15	17	22	1.85
23149--23239	32	2.9	30	81	4	101	18	30	27	23	1.98
23150--23247	31	3.1	31	83	4	117	18	30	25	25	1.98
30286--30471	36	5.2	36	89	1	286	31	23	27	17	1.97
32186--32524	112	3.0	112	91	2	556	42	13	11	33	1.79
38968--39050	37	2.3	37	87	6	116	34	2	19	43	1.64
39461--39493	16	2.1	16	94	0	57	33	6	27	33	1.81
43554--43637	37	2.3	38	87	6	120	33	4	19	42	1.72
55391--55418	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
57607--57725	59	2.0	59	100	0	238	31	11	6	49	1.65
58996--59135	73	1.9	73	94	2	246	39	15	9	35	1.80
60295--60343	25	2.0	25	100	0	98	38	4	12	44	1.61
62559--62603	20	2.2	20	84	0	54	33	4	8	53	1.52
71537--71567	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
77358--77406	17	3.2	17	68	31	56	18	6	12	63	1.48
77353--77422	28	2.5	28	93	6	115	21	7	11	60	1.55
77353--77435	28	2.9	28	89	5	96	21	6	13	59	1.56
77944--77987	20	2.1	22	83	8	56	36	27	0	36	1.57
78269--78404	14	9.8	14	65	14	50	49	27	1	21	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78269--78340	34	2.1	35	87	7	103	47	29	1	22	1.60
78364--78416	14	3.8	14	74	0	52	56	30	0	13	1.37
78363--78416	28	1.9	28	88	0	81	55	29	0	14	1.40
79015--79164	52	3.0	51	73	9	146	42	12	10	36	1.76
81676--81941	135	2.0	135	92	0	444	34	14	19	32	1.91
82496--82535	20	2.0	20	90	0	62	60	0	40	0	0.97
83595--83905	42	7.2	42	81	10	319	48	5	18	27	1.70
83595--83905	85	3.6	84	81	7	349	48	5	18	27	1.70
83595--83913	43	7.4	42	81	7	304	48	5	18	27	1.68
83746--83928	87	2.1	88	81	8	210	53	4	16	26	1.62
84607--84667	31	2.0	31	87	6	88	42	9	21	26	1.84
87134--87182	21	2.3	21	92	0	80	24	42	26	6	1.78
88500--88578	32	2.5	32	83	4	97	25	26	31	16	1.96
98342--98373	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
99122--99156	16	2.1	17	89	5	54	37	22	5	34	1.78
100510--100579	30	2.3	29	83	7	86	28	25	17	28	1.97
107082--107137	21	2.7	21	100	0	112	42	21	23	12	1.86
107082--107160	21	3.8	21	90	6	83	44	20	20	15	1.87
107152--107200	20	2.5	20	89	0	80	28	26	20	24	1.99
107930--107983	24	2.2	24	83	0	63	25	16	16	40	1.89
108158--108182	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
110940--111004	19	3.7	19	84	13	86	13	20	18	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113036--113103	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
113092--113150	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
113076--113155	33	2.4	33	97	0	151	47	22	18	11	1.80
113162--113258	19	5.6	19	70	22	88	12	18	21	47	1.81
113184--113242	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
113167--113258	33	2.8	33	96	0	166	11	17	21	48	1.79
113252--113297	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
113835--113879	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
115199--115257	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
115786--115902	61	1.9	61	91	0	189	21	18	26	33	1.97
115765--115899	20	6.7	20	83	5	164	22	19	27	30	1.98
115786--115920	61	2.2	61	85	2	182	20	20	25	32	1.97
115888--115939	20	2.5	21	84	3	61	15	25	21	38	1.92
115744--115922	81	2.2	81	85	1	241	22	19	25	32	1.97
115970--116010	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
120497--120616	56	2.1	57	78	9	138	35	9	15	40	1.78
121054--121096	20	2.1	21	86	4	61	34	0	18	46	1.50
121245--121283	11	3.5	11	83	16	53	23	0	2	74	0.94
122786--122827	17	2.4	18	88	4	59	30	0	4	64	1.14
123981--124071	43	2.1	43	93	4	157	41	13	18	26	1.87
132719--132744	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
133495--133531	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137531--137833	150	2.0	150	90	0	480	39	9	21	29	1.85
162029--162087	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
162112--162154	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
162114--162162	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
162102--162936	54	15.4	54	72	15	568	52	12	0	34	1.41
162134--162936	32	29.4	31	69	27	416	52	12	0	34	1.41
162117--162515	80	4.9	80	79	13	290	52	13	0	34	1.42
162312--162424	22	4.7	22	72	19	64	53	11	0	35	1.37
162246--162479	76	2.9	77	90	6	344	52	12	0	35	1.39
162366--162436	22	3.2	22	89	2	70	54	12	0	32	1.38
162442--162491	23	2.2	23	88	0	73	54	14	0	32	1.40
162495--162537	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
162497--162545	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
162500--162891	80	4.9	80	88	6	578	52	13	0	34	1.41
162633--162706	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
162659--162738	22	4.4	18	66	20	51	52	13	0	33	1.41
162741--162971	22	9.5	22	67	19	102	51	10	0	38	1.36
162916--163064	15	9.5	15	69	26	96	51	2	0	45	1.17
162925--163064	37	3.7	37	82	5	174	50	2	0	46	1.18
162836--163032	52	3.8	52	84	10	198	50	6	0	43	1.28
162982--163025	22	2.0	22	95	0	79	56	0	0	43	0.99
164954--165001	25	1.9	25	100	0	96	50	12	8	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166758--167062	151	2.0	151	90	0	475	41	9	19	28	1.83
168687--168986	150	2.0	150	95	0	537	35	20	16	27	1.94
169465--169532	29	2.3	30	80	7	86	44	19	2	33	1.66
176348--176392	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
177246--177286	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
177922--178383	149	3.1	148	95	2	813	26	17	21	34	1.95
181539--181583	21	2.1	21	91	0	72	33	28	22	15	1.95
182441--182478	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
183111--183576	149	3.1	149	95	1	819	27	17	21	34	1.95
183544--183588	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
184281--184464	42	4.4	42	88	4	239	34	22	24	18	1.96
184260--184467	84	2.5	84	83	7	253	35	22	23	19	1.96
185481--185528	22	2.2	22	100	0	96	8	22	50	18	1.74
185472--185509	17	2.2	17	95	0	67	13	23	44	18	1.85
185626--185666	12	3.6	12	80	12	59	56	7	4	31	1.48
185637--185675	10	3.7	10	80	12	51	56	7	2	33	1.41
185626--185675	22	2.3	22	100	0	100	56	8	4	32	1.47
190741--190806	19	3.6	19	88	12	111	59	21	4	15	1.54
190747--190798	16	3.1	16	91	8	77	61	23	1	13	1.42
191908--191946	18	2.2	18	100	0	78	41	20	0	38	1.53
192483--192553	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
195158--195192	6	5.8	6	96	0	61	51	28	17	2	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196177--196220	21	2.1	21	83	8	54	47	0	4	47	1.22
196148--196261	49	2.3	50	84	13	139	47	0	4	48	1.22
196412--196481	22	3.1	24	78	12	69	52	1	1	44	1.18
196848--196881	4	8.5	4	93	0	59	26	44	0	29	1.55
196828--196891	20	3.1	20	73	13	58	32	32	0	34	1.58
197189--197238	17	3.1	17	68	26	54	20	6	22	52	1.68
203470--203731	119	2.2	120	84	2	348	37	15	10	37	1.82
203487--203717	60	3.9	60	81	3	270	38	13	9	38	1.77
205732--205889	21	7.8	20	70	7	77	38	24	17	19	1.92
205856--206125	60	4.5	60	82	3	285	37	24	17	20	1.94

Tables:   1   2