genome.fa.s3498.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003498.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007396_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  386253

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7307--7503	94	2.2	87	87	8	286	47	2	9	40	1.50
12519--12588	15	4.5	15	80	7	86	18	24	34	22	1.96
12533--12603	32	2.2	32	89	0	106	19	22	32	25	1.98
12824--12879	28	2.0	28	92	0	94	17	28	39	14	1.89
22248--22301	26	2.1	26	89	3	83	48	1	24	25	1.61
22255--22306	26	2.0	26	100	0	104	42	0	26	30	1.56
27380--27493	60	1.9	60	83	7	151	34	19	16	29	1.94
33182--33290	31	3.5	31	80	6	105	44	3	4	46	1.41
34422--34460	19	2.1	19	90	4	62	48	7	2	41	1.45
35050--35094	21	2.2	20	84	11	56	44	13	6	35	1.70
35050--35094	20	2.2	21	84	11	58	44	13	6	35	1.70
36029--36126	38	2.5	39	81	8	119	29	12	3	55	1.52
39473--39514	21	2.0	21	95	0	75	26	9	26	38	1.87
39479--39522	21	2.1	21	91	0	70	22	11	31	34	1.90
40607--40658	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
40830--40864	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
41261--41333	35	2.1	35	100	0	146	42	20	23	13	1.88
42220--42301	22	4.0	21	76	7	71	52	2	1	43	1.22
42455--42515	17	3.4	17	72	12	59	54	1	9	34	1.44
42530--42592	23	2.8	23	90	7	94	33	33	9	23	1.87
53689--53735	3	15.3	3	87	12	69	36	0	0	63	0.94
53681--53736	16	3.6	16	95	4	96	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55190--55227	15	2.5	16	83	8	53	26	10	2	60	1.43
62339--62397	28	2.2	27	81	6	66	42	3	6	47	1.46
62565--62622	28	2.1	29	87	6	84	32	8	13	44	1.75
62740--62796	30	1.9	30	88	0	87	40	12	8	38	1.74
63129--63201	31	2.4	30	77	6	83	30	12	0	57	1.35
63431--63476	21	2.1	22	84	4	58	60	2	2	34	1.21
66715--66841	60	2.1	60	78	5	132	33	14	16	35	1.89
67484--67566	30	2.8	29	83	7	96	45	6	6	42	1.53
81187--81215	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
82627--82706	30	2.6	29	76	9	88	42	5	6	46	1.51
82908--82977	35	2.0	35	83	10	90	44	2	1	51	1.25
87390--87440	21	2.5	22	81	9	63	60	3	3	31	1.33
87152--87838	343	2.0	343	97	0	1313	44	10	7	37	1.67
87733--87783	21	2.5	22	81	9	63	60	3	3	31	1.33
89384--89502	20	5.9	20	83	11	154	11	23	23	41	1.87
89384--89474	39	2.3	40	96	1	166	8	24	25	41	1.83
89384--89501	59	2.0	61	88	8	179	11	23	23	41	1.86
89466--89537	22	3.4	21	73	11	76	19	19	23	37	1.94
89487--89555	19	3.5	19	73	11	75	18	20	21	39	1.93
89446--89560	41	2.8	41	90	4	178	20	20	21	37	1.95
89489--89674	96	2.0	94	89	4	284	22	17	23	37	1.94
90259--90298	6	6.3	6	88	11	62	0	17	47	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90372--90427	21	2.9	19	76	7	60	35	21	17	25	1.95
90370--90510	41	3.5	41	82	6	171	37	22	16	23	1.93
90439--90512	21	3.6	21	70	3	78	35	25	17	21	1.95
94377--94436	30	2.0	30	93	0	102	28	31	11	28	1.92
102333--102429	46	2.1	46	98	0	185	26	15	9	48	1.75
112967--113006	20	2.0	20	85	0	53	67	5	5	22	1.30
121916--121958	16	2.7	16	74	0	50	25	2	6	65	1.30
124808--124837	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
131615--131671	29	2.0	29	82	6	71	45	8	8	36	1.66
135123--135170	22	2.2	21	85	10	62	50	6	8	35	1.58
138857--138898	17	2.3	18	84	8	50	21	2	0	76	0.90
139396--139425	13	2.2	14	94	5	53	20	3	6	70	1.25
140704--140738	3	11.7	3	100	0	70	34	0	65	0	0.93
141927--141951	12	2.1	12	100	0	50	0	40	28	32	1.57
143921--144024	44	2.4	44	95	0	181	35	9	28	25	1.88
153742--153815	24	3.0	24	78	2	67	10	25	18	44	1.82
155766--155822	6	9.5	6	94	0	78	29	38	3	28	1.73
158524--158647	62	2.0	62	98	0	239	41	25	11	21	1.87
160323--160426	49	2.1	49	96	0	190	50	4	10	33	1.58
164562--164589	13	2.2	13	100	0	56	28	0	35	35	1.58
164740--164914	60	2.9	60	87	1	235	45	15	6	32	1.72
171678--171818	60	2.4	61	93	3	243	33	19	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178509--178560	16	3.2	16	89	5	77	48	0	0	51	1.00
181474--181969	243	2.0	243	88	2	739	40	10	18	30	1.84
182617--182644	12	2.3	12	100	0	56	17	0	7	75	1.03
184135--184243	41	2.7	41	81	5	114	32	18	20	29	1.96
184926--185012	29	3.0	29	91	0	138	24	26	34	14	1.94
187268--187297	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
187794--187861	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
190901--190991	31	2.9	31	81	3	110	15	15	10	58	1.64
190908--190991	32	2.7	32	83	1	107	15	16	9	58	1.62
191775--191820	6	7.7	6	95	0	83	0	54	0	45	0.99
194094--194163	24	3.0	24	89	4	99	38	7	1	52	1.38
194995--195037	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
199025--199074	15	3.4	15	80	5	66	42	2	6	50	1.38
209233--209302	36	2.0	34	83	5	86	47	14	5	32	1.68
212881--212921	17	2.4	17	95	0	73	14	4	29	51	1.63
213807--213921	35	3.3	35	92	3	187	45	20	5	29	1.72
213855--213915	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
214692--214808	60	1.9	61	92	1	200	36	11	7	44	1.69
216340--216371	12	2.5	13	90	10	57	0	40	0	59	0.97
217529--217580	21	2.4	23	81	12	65	55	0	0	44	0.99
217569--217612	20	2.1	21	83	4	54	31	11	2	54	1.48
217743--217788	20	2.4	19	82	7	56	63	4	4	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221085--221129	19	2.4	19	92	0	72	33	2	15	48	1.57
224844--224889	22	2.1	22	84	8	58	73	0	8	17	1.07
225913--225970	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
226568--226795	36	6.3	36	88	2	359	37	14	22	24	1.92
226579--226873	21	16.2	19	64	27	81	38	14	23	23	1.92
226659--226923	129	2.0	130	90	2	426	38	13	22	25	1.90
226788--226922	36	3.7	36	92	3	200	37	12	23	26	1.91
226731--226852	57	2.1	57	92	0	199	37	12	25	24	1.90
226695--226889	93	2.1	94	95	0	347	37	12	24	24	1.91
226800--226910	37	3.0	37	94	1	188	38	12	23	25	1.90
226800--226936	73	1.9	73	86	3	195	40	13	19	27	1.89
226953--227127	81	2.2	80	87	3	251	22	22	26	28	1.99
227153--228584	106	13.4	106	93	1	2289	23	17	24	33	1.96
227875--227907	12	2.8	12	100	0	66	27	12	27	33	1.92
230505--230557	26	2.0	26	82	10	63	64	5	15	15	1.47
232241--232292	22	2.4	22	80	6	61	73	0	11	15	1.11
232315--232349	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
233589--233649	13	4.8	13	78	11	72	27	0	3	68	1.05
233589--233649	25	2.4	25	78	13	70	27	0	3	68	1.05
237163--237232	11	6.8	11	76	14	69	44	0	2	52	1.15
237163--237234	20	3.6	20	92	3	110	44	0	2	52	1.15
237638--237679	19	2.2	20	82	4	50	2	19	7	71	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250215--250286	29	2.4	29	79	2	81	22	31	11	34	1.89
251282--251479	98	2.0	100	93	2	337	37	15	5	41	1.69
253821--253872	26	2.0	27	81	11	63	51	11	5	30	1.61
254438--254509	24	3.0	24	74	8	74	50	18	11	20	1.77
254439--254546	24	4.5	24	70	15	71	49	16	11	23	1.78
263544--263569	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
264434--264509	40	1.9	38	84	7	98	47	3	14	34	1.63
274274--274319	20	2.6	18	81	18	60	23	19	10	45	1.82
274287--274343	20	2.8	21	86	7	82	28	15	8	47	1.75
275155--275183	14	2.1	14	100	0	58	41	13	17	27	1.87

Tables:   1   2