genome.fa.s3545.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003545.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007477_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  173267

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6254--6297	5	8.4	5	81	18	54	84	0	15	0	0.63
6259--6299	12	3.5	12	90	3	66	85	0	14	0	0.60
6257--6297	16	2.6	16	92	7	66	85	0	14	0	0.60
6257--6298	17	2.5	16	88	11	66	85	0	14	0	0.59
6277--6414	57	2.4	59	80	4	181	57	11	18	13	1.65
7242--7666	124	3.5	120	84	6	511	34	23	14	26	1.94
9389--9482	9	10.4	9	73	19	72	21	2	2	74	1.03
9394--9548	36	4.2	36	71	16	88	23	4	1	70	1.12
9572--9600	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9610--9694	12	6.7	13	73	18	54	11	7	2	78	1.03
9604--9645	15	2.7	15	82	13	50	7	7	4	80	1.00
9634--9690	20	2.9	19	72	25	55	14	5	0	80	0.87
9635--9728	24	4.1	23	73	14	88	15	7	0	76	1.00
9647--9684	11	3.7	10	83	16	51	13	7	0	78	0.94
9647--9888	23	10.8	22	64	25	62	17	9	1	70	1.23
9634--9763	24	5.4	23	70	22	81	16	6	1	74	1.11
9829--9886	15	3.9	14	77	8	62	13	10	1	74	1.15
11898--11957	23	2.6	23	89	0	93	10	16	36	36	1.82
14694--14803	3	35.3	3	74	17	91	35	2	1	60	1.22
14695--14802	13	8.1	13	77	9	101	34	2	1	61	1.21
15260--15354	43	2.2	44	81	7	113	40	1	12	46	1.49
15937--16014	23	3.2	23	65	25	61	55	10	3	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17200--17281	16	5.1	16	81	0	110	20	29	19	30	1.97
17630--17745	7	16.1	7	71	19	62	34	3	1	60	1.24
17629--17746	3	37.3	3	74	16	96	35	3	1	59	1.24
17629--17746	20	6.2	19	74	14	100	35	3	1	59	1.24
17630--17745	13	9.1	13	72	15	82	34	3	1	60	1.24
17639--17746	42	2.4	45	84	6	141	36	3	0	59	1.22
18954--19042	43	2.0	44	82	6	110	40	1	12	46	1.49
21603--21689	29	3.0	29	93	0	147	11	31	29	27	1.92
21723--21798	27	2.9	26	90	3	125	22	39	13	25	1.90
22056--22113	26	2.3	26	87	3	82	43	10	34	12	1.76
22259--22299	22	1.9	22	90	5	66	24	0	21	53	1.46
22310--22434	39	3.1	40	77	9	101	40	0	12	47	1.46
22311--22434	43	3.0	40	72	10	106	40	0	12	46	1.47
22626--22735	11	9.2	12	70	20	54	43	10	1	43	1.50
22621--22689	34	2.0	35	85	2	95	42	10	1	46	1.46
22621--22704	26	3.4	23	78	12	87	41	10	1	46	1.46
22648--22723	26	2.9	26	88	0	107	43	7	2	46	1.47
22654--22735	37	2.1	37	82	10	94	43	9	2	43	1.50
22621--22712	23	3.8	23	77	11	94	42	9	2	45	1.49
22936--23048	49	2.3	49	95	1	199	45	12	0	42	1.42
22954--23032	25	3.1	27	63	17	69	46	11	0	41	1.40
23016--23078	18	3.6	18	71	4	65	46	7	0	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23006--23092	35	2.5	34	92	3	129	48	9	0	42	1.35
23006--23083	35	2.2	35	97	0	147	47	8	0	43	1.34
23134--23194	16	3.3	21	70	27	57	52	16	0	31	1.44
23134--23178	16	2.8	16	93	6	74	48	20	0	31	1.49
26739--26792	28	1.9	28	100	0	108	57	14	0	27	1.38
26735--26799	28	2.3	28	87	10	105	55	12	0	32	1.37
26769--26817	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
26944--26977	5	6.8	5	100	0	68	0	38	0	61	0.96
27577--27646	30	2.3	30	100	0	140	31	18	12	37	1.89
29020--29074	19	2.8	20	78	15	69	34	5	25	34	1.79
29031--29072	19	2.2	19	95	0	75	38	4	26	30	1.77
29272--29325	14	4.1	14	77	18	71	7	11	25	55	1.61
29272--29332	24	2.5	24	91	0	104	8	11	24	55	1.62
30417--30457	14	2.7	16	85	11	59	7	7	21	63	1.45
31036--31175	41	3.5	39	79	11	147	25	19	20	34	1.96
31035--31172	61	2.3	62	84	5	183	26	19	21	32	1.97
31036--31175	20	6.9	20	76	7	104	25	19	20	34	1.96
32553--32593	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
35109--35456	165	2.1	165	88	10	514	25	10	4	58	1.51
37495--37544	20	2.5	20	100	0	100	54	4	10	32	1.52
40069--40256	93	2.0	94	96	3	353	39	10	7	42	1.69
41077--41115	19	2.1	19	90	0	60	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44605--44629	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
51914--51966	20	2.7	20	96	0	97	26	18	26	28	1.98
55309--55422	60	1.9	60	82	10	144	30	16	20	32	1.95
59180--59228	3	16.0	3	82	4	53	42	0	0	57	0.99
60509--60593	34	2.5	34	78	14	86	25	3	4	65	1.28
72188--72263	3	25.0	3	81	2	62	53	0	0	46	1.00
72208--72274	6	11.2	6	85	0	71	52	0	0	47	1.00
72177--72274	24	4.2	24	81	10	116	52	0	0	47	1.00
72622--72682	17	3.6	17	72	16	63	26	18	6	49	1.71
72625--72715	34	2.7	35	85	9	118	21	18	8	50	1.74
72538--72790	141	1.8	138	86	6	334	27	16	15	40	1.89
72660--73311	113	5.8	113	94	2	1061	27	18	15	38	1.91
73609--73713	52	2.0	52	96	0	192	35	17	11	36	1.85
74204--74601	83	4.7	83	86	7	539	37	21	12	27	1.90
74204--74601	175	2.3	166	88	6	568	37	21	12	27	1.90
75744--75814	24	3.0	23	84	13	83	1	18	0	80	0.79
75768--75809	15	2.8	15	86	10	59	2	14	0	83	0.75
75743--75814	8	9.4	8	76	18	64	1	19	0	79	0.81
83113--83144	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
92746--92819	37	2.0	36	89	2	112	52	14	8	24	1.69
93380--93425	16	2.9	16	90	0	74	36	4	26	32	1.76
93921--93990	33	2.3	29	78	19	88	45	31	8	14	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97034--97179	74	2.0	74	95	0	265	47	21	12	18	1.81
98562--98624	11	5.9	11	75	14	69	41	1	0	57	1.08
100637--100662	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
102403--102439	4	9.8	4	88	11	60	78	0	0	21	0.75
102401--102442	22	1.9	22	95	0	75	78	0	0	21	0.75
102397--102442	18	2.6	18	86	13	76	78	0	0	21	0.76
102397--102439	14	3.2	14	93	6	72	79	0	0	20	0.74
103170--103278	22	5.0	22	96	0	200	26	22	27	23	1.99
103745--103802	2	29.0	2	82	6	73	48	1	0	50	1.11
107853--107884	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
109174--109232	29	2.0	31	83	6	77	32	0	3	64	1.10
109193--109225	16	1.9	18	88	11	52	36	0	3	60	1.12
110978--111042	27	2.4	27	86	0	103	16	43	16	23	1.88
111535--111622	34	2.6	33	84	10	99	19	2	15	62	1.43
114630--114692	22	3.0	21	86	4	90	26	20	25	26	1.99
115295--115375	21	3.9	21	95	0	144	18	23	38	19	1.93
115556--115595	21	1.9	21	85	10	55	40	27	0	32	1.57
119552--119584	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
129042--129074	16	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
129077--129115	5	7.6	5	97	2	69	64	0	17	17	1.30
129114--129138	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
130416--130450	14	2.4	15	85	4	54	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130414--130462	16	3.0	16	77	22	57	55	2	0	42	1.11
130989--131874	106	8.5	106	88	4	1273	23	17	24	33	1.96
131666--131859	94	2.1	94	94	0	334	24	17	24	33	1.96
136021--136053	10	3.4	10	87	8	50	66	0	3	30	1.06
136082--136106	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
136038--136106	15	4.7	15	71	20	56	73	0	7	18	1.05
139812--139845	14	2.4	14	90	9	52	41	2	0	55	1.15
140597--140802	20	10.1	20	75	8	92	39	17	21	20	1.93
140682--140830	40	3.6	40	82	7	165	36	16	24	22	1.94
140943--140998	6	9.5	6	98	1	105	32	51	16	0	1.44

Tables:   1   2