genome.fa.s3577.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003577.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007550_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  203375

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269--320	8	6.4	8	76	12	52	76	1	3	17	1.02
269--354	12	6.8	12	72	13	57	75	3	4	16	1.11
1722--1901	37	4.9	36	86	8	254	46	3	7	42	1.49
1722--1925	74	2.8	74	88	5	299	45	3	6	44	1.47
1869--1915	24	2.0	24	87	8	69	42	2	6	48	1.40
1909--1958	2	26.0	2	86	8	68	50	0	0	50	1.00
1909--1957	19	2.6	19	83	0	71	51	0	0	48	1.00
1913--1964	25	2.0	26	92	3	88	53	0	0	46	1.00
1941--2290	36	9.6	37	81	11	368	44	7	3	44	1.50
1952--1999	25	2.0	25	87	4	71	50	6	2	41	1.39
2264--2307	22	2.0	23	90	4	72	47	9	0	43	1.35
2226--2346	57	2.1	59	89	7	185	46	9	2	41	1.50
2281--2359	34	2.3	35	82	8	99	45	7	2	44	1.45
10794--10835	14	2.9	14	89	6	66	38	2	0	59	1.10
11694--11735	19	2.3	19	91	4	68	52	0	0	47	1.00
19404--19516	38	3.0	38	84	2	131	26	23	19	30	1.98
28829--28863	18	1.9	18	88	0	52	28	54	5	11	1.59
28847--28915	15	4.6	15	87	0	84	23	56	10	10	1.62
31519--31559	11	3.7	11	83	0	55	53	4	4	36	1.44
36359--36435	22	3.4	22	70	13	59	19	10	12	57	1.64
36883--36929	23	2.0	23	100	0	94	46	8	12	31	1.72
37892--37940	22	2.1	24	85	7	66	36	4	4	55	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40358--40401	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
41335--41370	12	3.0	12	87	0	54	33	16	25	25	1.96
43729--43802	23	3.2	23	81	9	87	36	28	16	18	1.93
53883--53907	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
56855--56907	17	2.9	18	80	8	54	73	1	22	1	1.03
62421--62454	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
72680--72713	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
73110--73154	23	2.0	23	86	0	63	53	13	20	13	1.72
77895--78307	207	2.0	208	91	1	677	26	18	20	33	1.96
78162--79023	432	2.0	431	87	1	1233	26	25	16	31	1.97
79004--79454	30	15.3	30	81	7	460	11	31	23	33	1.90
79014--79455	149	3.0	148	82	5	504	11	31	22	34	1.90
80985--81081	39	2.5	38	86	11	126	38	2	39	20	1.65
86168--86264	39	2.5	39	83	11	119	40	2	38	19	1.64
89436--89487	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
89476--89590	20	5.7	19	76	11	95	36	23	16	23	1.94
89496--89590	41	2.3	41	80	7	120	37	23	15	23	1.93
89516--89590	21	3.7	20	71	10	62	38	22	17	21	1.93
89473--89590	61	1.9	62	84	5	159	38	22	16	22	1.93
90055--90113	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
90250--90304	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
91434--91477	18	2.4	18	84	0	61	27	43	13	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91959--92024	20	3.4	20	81	4	73	37	24	22	15	1.92
91959--92060	20	5.6	19	74	16	63	41	23	21	13	1.89
92072--92129	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
92067--92145	32	2.4	33	95	2	142	11	18	22	46	1.81
92130--92185	20	2.8	19	84	7	67	16	23	23	37	1.93
94057--94092	14	2.6	14	90	0	54	30	2	22	44	1.67
94175--94213	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
94219--94264	19	2.4	19	96	0	83	50	13	19	17	1.78
94279--94348	20	3.5	20	96	1	124	15	22	27	34	1.95
94561--94611	20	2.5	20	100	0	102	19	31	19	29	1.97
95356--95409	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
95584--95608	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
97894--97952	19	3.4	19	73	22	74	45	18	22	13	1.84
98112--98148	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
99528--99641	21	5.4	21	65	8	52	22	19	34	23	1.97
99506--99708	42	4.8	41	73	9	158	22	17	36	23	1.94
99536--99708	84	2.1	84	98	0	337	23	16	38	21	1.93
99536--99712	42	4.2	42	80	0	201	23	16	38	22	1.93
99928--100112	89	2.0	89	90	6	291	46	19	12	21	1.82
100279--100472	63	3.1	63	98	0	370	24	36	18	21	1.95
101918--102100	19	10.1	19	79	12	206	45	19	22	11	1.82
101918--102100	90	2.0	91	91	1	296	45	19	22	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101920--102095	33	4.9	36	83	10	161	46	19	22	11	1.82
102673--102711	20	2.0	20	100	0	78	30	20	28	20	1.98
102838--102878	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
107141--107330	30	6.3	30	95	0	326	11	32	24	32	1.91
110875--110999	9	14.6	9	66	26	58	36	1	0	61	1.11
110873--111009	33	4.1	33	87	7	204	37	1	0	60	1.11
110887--111003	25	5.1	24	69	24	74	36	1	0	60	1.13
110873--111007	69	2.0	68	92	1	225	37	1	0	60	1.11
118680--118774	4	23.8	4	95	0	172	50	22	0	27	1.49
118680--118798	12	9.9	12	93	0	148	50	17	0	31	1.47
118848--118935	27	3.5	25	73	22	69	15	6	4	72	1.22
128403--128472	20	3.5	19	84	5	86	17	27	38	17	1.91
128402--128472	21	3.5	20	84	5	90	18	26	38	16	1.92
128403--128479	40	1.9	41	91	2	129	15	28	36	19	1.92
128413--128509	21	4.5	21	66	16	63	15	31	29	22	1.95
130442--130479	3	13.0	3	86	5	51	0	28	2	68	1.03
131890--131971	21	4.0	20	87	4	119	14	29	37	18	1.90
131890--131971	41	2.0	41	95	0	146	14	29	37	18	1.90
133596--133640	7	6.1	7	85	10	63	80	2	15	2	0.92
133597--133647	15	3.3	15	81	13	68	78	1	17	1	0.94
134765--134978	110	1.9	110	85	1	295	34	21	18	26	1.96
136465--136531	30	2.2	30	84	5	82	44	5	13	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136943--136993	2	27.5	2	81	15	65	49	1	0	49	1.12
136907--136960	28	1.9	28	81	7	65	27	12	0	59	1.34
136943--137002	25	2.4	26	81	13	81	46	3	1	48	1.28
137132--137162	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
137216--137286	15	4.6	14	75	14	52	15	8	1	74	1.12
137194--137250	23	2.4	23	82	5	69	21	5	1	71	1.14
139495--139538	16	2.8	16	85	0	52	36	2	0	61	1.09
140799--141574	385	2.0	385	98	0	1498	42	14	18	24	1.87
144358--144428	25	2.8	25	80	0	88	42	19	11	26	1.85
144456--144531	2	38.5	2	97	2	145	50	0	0	50	1.00
146506--146545	20	2.0	20	85	0	53	32	20	17	30	1.95
148882--148941	27	2.2	27	84	0	75	18	18	35	28	1.94
151366--151403	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
152841--152899	2	29.0	2	96	3	109	49	1	0	49	1.11
152899--152923	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
153253--153398	37	3.9	37	93	0	238	21	20	16	41	1.90
153416--153522	42	2.5	42	83	0	133	34	20	16	28	1.95
153458--154095	235	2.7	233	88	2	893	35	18	14	32	1.91
163446--163487	21	2.0	21	95	4	77	73	0	9	16	1.08
163997--164067	20	3.5	20	74	14	81	12	21	23	42	1.87
163971--164089	42	2.8	42	96	0	220	15	20	24	40	1.90
163975--164092	22	5.5	22	70	15	95	16	19	24	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164141--164227	43	2.0	43	95	0	156	26	36	24	12	1.91
164724--164765	6	7.0	6	100	0	84	0	16	50	33	1.46
170189--170213	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
170706--170747	21	2.0	22	85	4	59	35	2	2	59	1.23
171237--171292	10	5.4	10	74	16	51	58	19	10	10	1.60
171241--171291	16	3.2	16	85	0	75	60	19	7	11	1.55
171490--171566	36	2.2	35	85	2	100	25	25	20	27	1.99
171515--171584	12	6.0	12	80	6	90	22	25	20	31	1.98
171512--171582	23	3.1	23	85	4	90	23	26	18	30	1.97
172395--172515	64	1.9	63	81	8	147	38	17	18	26	1.92

Tables:   1   2