genome.fa.s3674.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003674.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007848_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403236

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
709--799	23	4.0	23	81	7	107	25	7	23	43	1.80
709--799	44	2.0	46	89	4	141	25	7	23	43	1.80
1346--1378	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
6253--6332	21	3.7	21	80	18	101	22	10	26	41	1.85
6249--6336	44	2.0	44	93	4	151	23	9	27	39	1.85
12173--12201	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
17503--17645	54	2.7	53	82	5	173	35	15	22	26	1.94
22862--22903	15	2.6	16	81	11	50	4	35	4	54	1.42
24196--24319	55	2.3	55	89	0	185	34	15	23	26	1.94
24231--24271	20	2.0	20	85	0	55	41	14	17	26	1.88
24665--24707	18	2.2	20	84	8	54	20	27	20	30	1.98
31533--32181	81	8.0	81	89	0	983	32	23	10	34	1.89
35612--35674	27	2.3	27	100	0	126	33	30	9	26	1.88
38706--38774	18	3.9	18	78	3	77	43	13	10	33	1.77
40586--40626	20	2.0	21	85	4	57	26	17	19	36	1.94
41718--41770	20	2.5	20	76	14	54	32	16	5	45	1.71
45386--45466	29	2.7	30	72	11	85	37	18	3	40	1.69
51350--51433	23	3.7	23	80	3	107	26	21	20	32	1.98
55207--55361	2	83.5	2	69	23	99	40	0	3	56	1.15
55204--55356	7	21.1	7	76	20	138	39	0	3	56	1.15
55204--55356	20	7.0	21	75	20	138	39	0	3	56	1.15
55206--55379	32	5.6	32	73	20	138	37	0	2	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55242--55383	19	7.9	17	74	20	85	36	0	2	61	1.08
58471--58635	76	2.2	75	82	6	190	30	2	10	56	1.46
62495--62551	17	3.4	17	100	0	114	5	28	0	66	1.13
63442--63590	76	2.0	75	82	7	185	30	1	10	57	1.41
65260--65332	29	2.4	30	77	4	76	49	9	13	27	1.73
66972--67035	24	2.7	24	100	0	128	29	12	14	43	1.81
85884--85965	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
85884--85965	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
85879--85965	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
85948--86017	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
86179--86282	29	3.5	28	78	19	97	51	1	0	45	1.18
86267--86345	17	5.0	16	66	23	51	50	0	2	46	1.14
86267--86345	31	2.5	32	84	14	101	50	0	2	46	1.14
86300--86355	22	2.7	20	78	13	58	53	0	1	44	1.11
86236--86356	54	2.3	51	76	19	124	50	0	1	47	1.16
86545--86664	42	2.9	42	94	0	213	44	18	20	17	1.87
96001--96045	21	2.2	21	84	4	56	31	13	13	42	1.82
108612--108667	18	3.0	20	71	12	64	23	23	21	32	1.98
110571--110670	23	4.3	23	78	8	112	28	21	26	25	1.99
117919--117949	15	2.1	15	100	0	62	35	0	38	25	1.56
126579--126631	22	2.4	22	84	6	72	22	18	24	33	1.97
127761--127807	3	16.0	3	91	4	78	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128238--128270	12	2.8	12	100	0	66	78	9	12	0	0.95
135105--135454	107	3.3	104	76	13	351	32	16	10	41	1.82
135394--135530	36	3.9	34	79	5	139	32	19	12	35	1.89
135547--135608	30	2.0	30	81	6	70	29	17	16	37	1.92
135568--135626	31	1.9	31	93	3	102	28	13	13	44	1.82
135598--135777	99	1.8	100	83	6	240	30	12	12	44	1.79
135691--135821	64	2.1	63	86	4	183	29	10	15	45	1.79
135894--136007	29	3.8	29	83	4	129	29	12	13	44	1.80
135952--136150	90	2.2	94	82	3	235	30	12	13	44	1.80
135952--136164	91	2.3	92	81	7	234	29	12	13	44	1.80
136387--136745	134	2.7	134	85	0	475	26	30	17	25	1.97
136952--136997	3	16.0	3	86	8	69	36	0	0	63	0.95
144121--144167	18	2.7	17	74	6	58	38	10	8	42	1.70
144573--144618	24	1.9	24	86	8	67	32	15	13	39	1.85
144583--144629	24	2.0	24	82	0	58	34	17	14	34	1.90
146652--146713	21	3.3	19	75	14	58	56	3	25	14	1.53
148260--148305	24	1.9	24	95	0	83	34	15	13	36	1.86
148264--148316	24	2.2	24	82	0	61	35	16	15	32	1.90
151548--151592	20	2.1	22	84	8	58	40	17	17	24	1.91
151921--152258	54	6.3	54	87	0	435	34	21	20	24	1.97
158671--159015	54	6.4	54	88	0	465	32	20	21	26	1.98
160896--160942	24	2.0	24	91	0	76	31	19	10	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160901--160953	24	2.2	24	82	0	61	33	20	13	32	1.91
164544--164637	24	4.0	24	78	2	109	38	18	17	26	1.92
164578--164621	23	1.9	23	90	0	70	40	22	13	22	1.89
170279--170308	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
170389--170442	7	7.9	7	84	12	60	18	1	29	50	1.58
170386--170442	14	4.1	14	84	8	73	19	1	29	49	1.58
170733--170765	17	1.9	17	88	11	50	57	18	12	12	1.64
171838--171899	11	5.5	11	73	7	61	25	19	27	27	1.99
171834--171901	23	3.0	23	72	8	75	25	17	27	29	1.97
171880--171913	17	2.0	17	100	0	68	23	17	29	29	1.97
175457--175495	14	2.8	14	92	0	60	48	2	17	30	1.61
180257--180293	11	3.3	11	85	7	56	10	0	21	67	1.21
181055--181128	11	6.6	11	80	9	60	13	1	17	67	1.30
181061--181113	23	2.3	23	87	3	72	15	0	15	69	1.19
181055--181128	34	2.2	33	85	2	103	13	1	17	67	1.30
181072--181126	22	2.4	23	84	3	67	16	1	14	67	1.32
182179--182241	29	2.2	29	82	0	72	19	11	22	47	1.80
182204--182292	41	2.2	41	83	4	108	19	11	19	50	1.76
182281--182403	63	2.0	62	91	1	201	28	12	19	39	1.88
182643--182717	35	2.1	35	85	4	107	42	0	14	42	1.45
188017--188192	88	2.0	88	100	0	352	44	13	17	25	1.85
189675--189776	44	2.3	44	85	6	136	30	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190273--190316	13	3.3	13	77	3	52	38	11	6	43	1.67
191857--191992	65	2.1	65	86	4	186	27	22	17	31	1.97
191857--192009	65	2.4	64	84	5	184	28	21	18	32	1.97
192773--192839	2	33.5	2	93	0	116	47	1	1	49	1.19
193000--193604	81	7.6	81	90	2	886	27	23	11	37	1.89
193000--193604	161	3.8	161	88	3	850	27	23	11	37	1.89
193609--193784	66	2.6	68	85	8	243	33	26	11	28	1.92
193609--193829	66	3.3	64	79	14	216	31	26	13	29	1.93
194045--194167	51	2.4	52	83	8	160	32	21	13	32	1.92
194906--194977	20	3.6	20	96	0	135	20	26	16	36	1.94
196687--196722	3	11.7	3	94	5	63	69	0	0	30	0.89
200288--200324	18	2.0	18	89	5	56	8	27	0	64	1.21
200856--200948	20	4.7	20	78	0	78	34	19	12	33	1.90
202556--202684	49	2.6	49	91	0	195	28	18	13	38	1.89
204535--204712	89	2.0	89	95	2	322	24	21	14	39	1.91
219470--219515	21	2.2	21	92	0	74	36	30	8	23	1.85
225787--225867	32	2.5	32	81	0	99	39	16	17	27	1.90
228322--228377	19	2.9	19	91	0	76	12	25	32	30	1.92
228322--228380	9	6.3	9	82	7	73	13	27	30	28	1.94
228376--228420	17	2.9	16	90	9	67	17	44	22	15	1.86
228391--228457	22	3.0	22	91	4	98	17	44	23	13	1.85
228413--228450	17	2.2	17	100	0	76	18	47	23	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228440--228470	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
235689--235748	17	3.2	17	77	20	66	18	43	23	15	1.87
235690--235756	22	3.0	22	88	4	98	17	41	23	16	1.89
235739--235769	7	4.4	7	91	0	53	16	25	29	29	1.96
244713--244748	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
248610--248682	35	2.1	35	92	0	119	45	12	8	34	1.72
248780--248877	45	2.2	45	83	3	126	50	13	12	24	1.75
248986--249045	2	30.5	2	96	3	113	51	0	0	48	1.00
250128--250158	15	2.1	15	100	0	62	45	12	25	16	1.83
269472--270080	58	10.5	58	92	0	984	34	17	12	35	1.88

Tables:   1   2