genome.fa.s3694.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003694.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007895_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  787758

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437--2492	22	2.7	20	81	13	69	26	1	0	71	0.96
13633--14356	105	7.0	104	78	9	696	33	26	20	20	1.97
13744--14311	203	2.8	203	95	1	1007	33	25	20	19	1.97
16118--16243	4	30.5	4	72	15	62	22	7	2	68	1.26
17823--17847	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
19325--19361	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
21232--21298	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
21287--21344	14	3.9	14	75	16	62	50	25	15	8	1.73
21271--21349	32	2.4	33	93	2	133	48	24	17	10	1.78
21356--21451	19	5.6	17	71	21	69	11	18	22	46	1.81
21378--21435	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
21361--21451	32	2.8	33	93	3	157	10	17	23	48	1.79
21445--21490	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
21963--22007	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
23326--23363	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
23627--23670	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
23858--23951	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
23878--24013	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
23838--23952	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
23941--24033	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
23941--24036	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
24463--24511	5	10.2	5	78	14	50	20	6	0	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24463--24502	13	2.9	13	88	7	53	20	7	0	72	1.08
24468--24502	13	2.6	14	90	4	54	22	5	0	71	1.07
24468--24522	28	2.0	27	85	3	74	23	7	0	69	1.14
51423--51450	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
57129--57315	96	1.9	96	84	2	250	33	27	16	22	1.95
59540--59656	60	2.0	59	84	5	155	30	22	5	41	1.75
60405--60432	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
70479--70554	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
70940--71201	130	2.0	128	90	1	407	37	14	11	37	1.82
71755--71814	22	2.7	21	77	10	57	43	3	3	50	1.35
73884--73939	24	2.3	24	96	0	103	25	16	10	48	1.78
75898--75956	26	2.2	27	79	11	68	37	6	5	50	1.51
75908--75957	26	2.0	26	92	4	84	34	8	8	50	1.61
76345--76371	12	2.2	12	100	0	54	22	18	0	59	1.38
78960--79065	43	2.5	43	93	0	176	34	16	17	31	1.92
80832--80989	80	2.0	80	82	3	192	19	20	25	34	1.96
81209--81266	29	2.0	29	96	0	107	15	13	22	48	1.80
81831--81894	33	1.9	33	84	6	85	42	14	12	31	1.82
81904--81968	9	7.9	9	76	22	54	29	21	4	44	1.72
81902--81971	16	4.4	16	82	7	88	30	21	4	44	1.71
81906--81968	32	2.0	32	90	6	101	30	20	4	44	1.72
83305--83350	17	2.8	17	71	15	51	28	10	19	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83388--83415	11	2.5	11	100	0	56	46	21	0	32	1.52
83475--83508	17	2.0	17	94	0	59	44	0	5	50	1.26
83827--83862	18	2.1	18	94	5	65	41	0	2	55	1.14
85355--85403	23	2.1	23	88	0	71	30	16	16	36	1.91
94322--94355	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
115511--115559	4	12.2	4	100	0	98	51	24	0	24	1.49
117625--117695	34	2.1	34	84	5	90	29	5	0	64	1.16
118202--118419	112	1.9	112	98	0	418	35	27	9	27	1.88
118469--118511	21	2.0	21	100	0	86	13	18	44	23	1.86
122957--123045	37	2.4	37	90	0	133	35	14	21	28	1.93
122957--123064	37	2.9	37	84	2	101	36	15	21	26	1.94
125157--125190	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
125161--125201	17	2.4	17	87	4	55	43	14	12	29	1.82
126078--126116	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
126638--126674	6	6.5	6	87	6	51	48	2	0	48	1.15
131861--131885	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
138474--138503	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
139317--139346	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
139774--139827	10	5.1	10	80	12	63	61	14	9	14	1.57
139774--139820	23	2.0	23	91	0	76	61	12	8	17	1.55
139784--139810	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
140621--140681	12	5.0	13	75	15	58	39	16	16	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141302--141403	34	3.0	34	100	0	204	26	14	23	35	1.94
150051--150137	40	2.2	40	97	0	165	26	20	4	48	1.69
150051--150137	20	4.3	20	94	0	147	26	20	4	48	1.69
150650--150751	48	2.1	48	98	0	195	36	5	9	48	1.61
156130--156155	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
162540--162886	183	1.9	183	88	2	527	45	8	3	42	1.52
171786--171933	76	1.9	78	90	2	237	50	15	14	20	1.78
172230--172362	67	2.0	67	85	2	178	45	12	13	27	1.80
181817--182131	38	8.1	37	72	20	175	41	4	8	45	1.55
181922--181953	11	2.9	11	100	0	64	43	9	9	37	1.69
181884--181993	49	2.2	48	88	6	159	43	6	9	40	1.62
181933--182185	74	3.6	68	76	14	185	41	4	7	46	1.52
181964--182132	36	4.6	36	79	11	175	40	4	7	47	1.52
182108--182172	30	2.3	26	80	15	67	43	3	7	46	1.48
182183--182253	10	7.3	10	77	4	65	22	5	0	71	1.06
182183--182228	5	9.2	5	81	9	58	19	4	0	76	0.96
182211--182253	19	2.3	19	79	0	50	23	6	0	69	1.12
183617--183711	11	8.5	11	75	13	68	21	3	2	73	1.07
183670--183709	3	14.7	3	85	15	52	25	0	0	75	0.81
183589--183692	49	2.1	49	82	13	124	22	5	2	69	1.23
183673--183711	8	5.2	8	82	17	57	23	0	0	76	0.78
183668--183709	21	2.0	22	95	4	77	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197501--197700	85	2.4	84	79	5	217	51	6	19	23	1.68
197501--197700	41	4.7	43	73	8	176	51	6	19	23	1.68
204635--204693	31	1.9	31	89	3	93	52	16	10	20	1.72
206891--206926	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
208156--208229	3	24.7	3	85	0	103	62	1	1	35	1.12
208521--209200	114	6.0	114	93	1	1105	30	19	13	37	1.90
209639--210090	51	8.8	51	97	0	823	37	23	14	24	1.92
211033--211107	6	12.7	6	72	18	50	2	16	0	81	0.80
211032--211107	9	8.1	10	75	16	65	2	17	0	80	0.83
211032--211102	24	2.8	25	80	8	72	2	16	0	80	0.83
221622--221656	18	1.9	18	88	11	54	65	2	0	31	1.07
221631--221665	18	1.9	18	88	0	52	71	0	0	28	0.86
222417--222452	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
223681--223754	3	24.7	3	85	0	103	62	1	1	35	1.12
231302--231334	15	2.2	15	100	0	66	42	9	24	24	1.83
232441--232509	35	2.0	35	94	0	120	39	18	27	14	1.90
232486--232547	19	3.3	19	90	4	81	45	25	25	3	1.69
243105--243157	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
256141--256175	18	1.9	18	88	11	54	34	5	20	40	1.76
256545--256662	32	3.7	32	73	0	92	37	12	10	39	1.77
258963--258988	6	4.3	6	100	0	52	0	34	46	19	1.50
263310--263376	13	4.5	16	68	28	58	28	4	7	59	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263330--263379	18	3.1	17	76	23	54	30	4	8	58	1.45
263316--263379	31	2.1	31	93	0	110	29	4	7	57	1.47
267425--267453	14	2.1	14	100	0	58	24	41	13	20	1.89
279043--279082	15	2.7	15	88	3	55	35	2	0	62	1.09
279066--279099	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
279386--279413	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
279556--279594	19	2.0	20	85	5	53	51	2	0	46	1.14
279574--279621	24	2.0	25	84	12	64	50	4	2	43	1.33
280774--280856	3	27.7	3	92	0	139	33	3	0	62	1.12
280855--280899	20	2.3	19	84	3	54	62	2	0	35	1.08

Tables:   1   2   3