genome.fa.s3718.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003718.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  295015

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 151 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1767--2060	124	2.4	123	84	6	387	33	14	26	24	1.95
2837--3949	214	5.2	215	91	2	1794	32	15	19	31	1.93
2837--3949	426	2.6	429	92	1	1833	32	15	19	31	1.93
3854--3949	42	2.3	42	83	1	122	25	21	22	30	1.99
3957--4081	56	2.2	55	91	6	207	31	18	21	28	1.97
8656--8695	9	4.6	9	90	6	64	80	0	20	0	0.72
8658--8695	17	2.2	17	95	0	67	81	0	18	0	0.69
8659--8695	8	4.5	8	90	6	56	81	0	18	0	0.70
11855--11947	10	9.7	9	76	13	78	16	25	27	30	1.96
11855--11947	19	4.8	20	78	15	95	16	25	27	30	1.96
11854--11928	29	2.5	30	89	8	118	17	26	26	29	1.97
11855--11947	29	3.2	28	86	6	105	16	25	27	30	1.96
11948--12029	5	15.2	5	78	14	83	18	52	20	8	1.71
11948--12036	22	4.0	22	98	0	169	17	50	21	10	1.75
19199--19291	9	9.8	9	72	15	62	17	25	26	30	1.97
19199--19237	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
19200--19291	19	4.8	20	75	17	86	16	26	27	30	1.97
19199--19272	28	2.5	30	87	10	109	17	27	25	29	1.97
19200--19291	28	3.2	27	80	9	85	16	26	27	30	1.97
19292--19373	5	15.2	5	78	14	83	18	52	20	8	1.71
19292--19380	22	4.0	22	98	0	169	17	50	21	10	1.75
22700--23110	113	3.6	113	91	0	653	37	14	19	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22684--23221	113	4.7	119	83	9	368	38	14	19	26	1.91
23195--23238	17	2.6	17	96	0	79	47	9	20	22	1.78
23073--23361	140	2.1	139	92	0	479	41	14	19	24	1.89
23303--23366	20	3.2	20	63	20	53	43	9	21	25	1.82
23416--23479	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
23954--24001	3	15.3	3	82	8	60	39	0	0	60	0.97
25633--25680	25	1.9	25	83	8	62	39	0	6	54	1.26
37471--37551	41	2.0	41	97	0	153	40	9	18	30	1.83
42733--42837	5	20.8	5	91	1	138	12	20	1	65	1.34
42729--42837	20	5.4	20	92	2	155	11	20	1	66	1.33
43655--43992	41	8.3	40	74	7	241	34	16	18	31	1.93
43701--43934	81	2.9	82	79	1	265	35	15	17	31	1.91
43647--43912	122	2.2	124	80	2	313	34	15	18	31	1.92
44519--44630	58	1.9	58	94	0	197	36	3	30	29	1.74
46561--46678	31	3.8	31	97	0	227	20	18	22	38	1.93
46474--46879	202	2.0	201	98	0	785	24	15	25	34	1.95
46763--46964	31	6.5	31	97	1	379	19	19	22	38	1.93
50045--50076	13	2.5	13	89	0	55	15	46	21	15	1.83
50026--50082	18	3.0	18	87	7	78	15	47	21	15	1.82
50066--50099	15	2.1	16	89	10	52	11	35	29	23	1.90
51403--51437	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
52547--52662	24	4.8	24	89	4	171	25	16	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52875--52900	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63888--63927	17	2.3	18	86	4	55	47	10	0	42	1.37
66464--66528	32	2.0	32	100	0	130	30	21	6	41	1.77
66905--66981	39	2.0	39	86	0	109	23	12	7	55	1.63
73846--73907	24	2.9	20	76	17	61	11	12	24	51	1.72
73859--73907	24	2.0	24	100	0	98	8	14	24	53	1.68
73859--73900	14	3.3	14	75	25	56	7	14	26	52	1.67
73865--73920	24	2.3	24	90	0	85	12	10	19	57	1.64
74650--74726	16	4.8	16	95	0	136	7	11	23	57	1.60
74678--74730	26	2.0	26	85	7	72	7	9	22	60	1.53
81615--81679	29	2.2	29	83	8	78	46	26	1	26	1.62
81633--81705	29	2.5	29	91	4	112	46	21	0	31	1.52
88792--88866	29	2.6	29	93	4	125	44	25	0	30	1.55
96769--97900	567	2.0	567	93	0	1940	33	14	18	33	1.91
102721--102766	14	3.3	14	96	0	83	8	15	26	50	1.73
102736--102785	23	2.1	24	88	3	75	12	12	20	56	1.67
103511--103561	16	3.3	15	86	5	68	13	9	15	60	1.58
110000--110068	29	2.4	29	92	4	113	49	20	0	30	1.49
116720--116801	29	2.8	29	89	8	123	45	23	0	31	1.53
122928--122979	19	2.8	20	88	5	74	15	23	30	30	1.95
122916--122981	10	7.0	9	76	8	60	15	24	30	30	1.95
132071--133202	567	2.0	567	93	0	1922	33	14	18	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138032--138073	14	3.0	14	100	0	84	7	14	28	50	1.69
138822--138866	10	4.3	10	83	10	63	6	13	24	55	1.62
138822--138876	16	3.4	16	80	5	67	7	12	23	56	1.61
138828--138872	22	2.0	22	100	0	90	4	13	26	55	1.57
141411--141492	2	41.0	2	100	0	164	50	0	0	50	1.00
145307--145338	13	2.5	13	100	0	64	15	46	18	18	1.84
157891--157945	24	2.3	24	93	0	83	12	12	25	49	1.76
157894--157945	14	4.0	14	78	19	67	9	13	26	50	1.72
157908--157932	10	2.5	10	100	0	50	8	12	32	48	1.69
157900--157958	14	4.5	14	77	16	54	10	11	22	55	1.65
158692--158734	10	4.1	10	82	11	59	6	11	23	58	1.57
158712--158744	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
158696--158740	22	2.0	22	100	0	90	4	13	26	55	1.57
161945--161985	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
163445--163521	39	2.0	39	86	0	109	23	12	7	55	1.63
165727--165772	14	3.3	14	96	0	83	8	15	26	50	1.73
165742--165792	24	2.1	24	88	0	75	11	11	19	56	1.65
166519--166569	16	3.3	15	86	5	68	13	9	15	60	1.58
172604--172672	29	2.4	29	90	4	104	47	20	0	31	1.50
179370--179451	29	2.8	29	89	8	123	45	23	0	31	1.53
184184--184230	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
186383--186426	17	2.6	17	85	3	54	31	6	0	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186431--186468	13	2.8	14	84	15	53	23	5	5	65	1.34
186431--186467	12	2.7	14	88	12	51	24	5	5	64	1.36
198208--198391	83	2.2	83	97	0	343	30	14	20	34	1.92
199179--199967	116	6.9	115	95	1	1256	37	13	19	28	1.90
200284--200318	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
203750--203801	19	2.7	19	85	5	70	17	23	28	30	1.97
203807--203837	15	2.1	15	93	0	53	22	54	16	6	1.64
210974--211055	9	8.8	9	75	7	65	14	23	30	31	1.94
210947--211055	19	5.7	20	76	12	77	17	23	27	31	1.97
211062--211099	17	2.2	17	86	9	51	15	36	26	21	1.93
214452--214482	14	2.3	14	94	5	55	41	3	0	54	1.16
218906--218960	14	4.2	14	82	17	82	7	12	29	50	1.67
218904--218967	24	2.7	24	97	0	119	9	12	26	51	1.70
219709--219751	10	4.1	10	82	11	59	6	11	23	58	1.57
219729--219761	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
219713--219757	22	2.0	22	100	0	90	4	13	26	55	1.57
233995--234042	22	2.3	21	80	16	55	27	0	4	68	1.07
234001--234042	22	2.0	21	86	13	59	28	0	2	69	1.01
235301--235416	24	4.8	24	90	4	171	40	18	15	25	1.90
235301--235434	48	2.8	47	82	8	162	41	18	14	24	1.89
237756--237805	13	3.8	13	89	10	84	14	24	48	14	1.80
239914--240030	24	4.9	24	87	4	155	39	18	16	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242333--242366	15	2.1	16	89	10	52	23	29	35	11	1.90
242358--242396	13	2.9	14	81	14	55	20	20	41	17	1.91
242323--242369	10	5.5	8	82	14	51	21	27	36	14	1.93
242389--242434	18	2.6	18	86	10	60	15	15	52	17	1.76
246499--246673	91	1.9	90	83	5	228	50	10	10	28	1.69
248650--248747	22	4.5	22	100	0	196	20	26	5	47	1.70
251192--251560	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
252243--252289	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
252464--252488	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
254769--255075	19	17.4	19	79	17	360	46	18	21	13	1.83

Tables:   1   2