genome.fa.s3719.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003719.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007952_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  341516

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11749--12019	141	1.9	141	88	3	411	27	28	18	25	1.98
12262--12302	19	2.2	19	86	8	57	36	2	0	60	1.10
12839--12884	22	2.1	22	87	0	65	71	4	21	2	1.14
14091--14148	30	2.0	29	93	3	98	22	13	0	63	1.29
14096--14169	30	2.5	30	82	4	87	22	10	2	63	1.39
19598--19631	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
25632--25714	32	2.7	32	84	3	116	19	14	9	56	1.65
26125--26174	25	2.0	24	96	3	91	28	0	6	66	1.15
26130--26187	24	2.4	25	88	2	82	27	1	5	65	1.23
30528--30554	4	6.8	4	100	0	54	25	0	48	25	1.52
35818--35862	18	2.6	17	82	6	56	35	8	26	28	1.87
36417--36506	38	2.4	37	89	10	139	38	38	11	11	1.76
36375--36958	227	2.6	222	84	7	735	35	28	11	23	1.91
41189--41368	96	1.9	96	86	0	261	32	22	20	25	1.97
43954--43998	21	2.1	22	84	12	58	35	13	13	37	1.84
52612--52648	6	6.2	6	100	0	74	0	16	48	35	1.46
52766--52819	21	2.6	21	87	0	81	27	27	20	24	1.99
52828--52944	21	5.6	21	82	9	141	22	22	23	31	1.98
52809--52944	41	3.3	42	76	16	140	22	22	22	32	1.98
52802--52947	62	2.4	62	95	2	258	23	21	21	32	1.98
53159--53198	18	2.2	18	86	0	53	50	5	5	40	1.46
64561--64598	17	2.2	17	100	0	76	21	36	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66041--66116	31	2.5	31	93	0	125	42	19	18	19	1.90
68844--68898	15	3.7	15	82	2	67	27	20	16	36	1.93
78723--78747	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
80503--80546	21	2.2	20	87	4	61	38	0	0	61	0.96
84592--84621	14	2.1	14	93	0	51	20	16	46	16	1.84
86992--87058	7	9.6	7	73	15	50	23	0	28	47	1.52
86986--87058	21	3.5	20	81	7	65	24	0	27	47	1.52
89406--89444	20	2.0	20	89	0	60	5	23	0	71	1.05
89394--89454	27	2.2	27	82	8	70	4	22	0	72	1.04
89957--90027	19	3.7	19	84	1	79	28	23	15	32	1.95
95895--95928	11	3.1	11	100	0	68	61	8	0	29	1.26
96355--96426	31	2.4	30	77	11	74	34	15	5	44	1.70
98146--98178	12	2.8	12	90	4	50	45	0	0	54	0.99
99600--99676	38	2.0	39	85	7	104	24	12	6	55	1.61
110864--110903	21	1.9	21	85	10	55	67	25	7	0	1.16
110866--110913	17	2.8	16	78	9	51	68	22	6	2	1.23
111296--111336	15	2.8	14	85	7	55	56	0	2	41	1.13
113874--113909	5	7.2	5	87	0	54	27	58	13	0	1.36
113871--113909	15	2.6	15	100	0	78	28	58	12	0	1.34
119063--119127	32	2.0	32	82	11	80	23	0	1	75	0.89
119073--119124	24	2.1	26	85	7	72	23	0	1	75	0.91
119379--119425	13	3.5	13	82	5	67	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119375--119429	19	3.2	18	82	12	71	72	0	0	27	0.85
119378--119438	27	2.3	26	82	5	77	72	1	0	26	0.94
119378--119422	14	3.3	14	84	6	65	75	0	0	24	0.80
119394--119438	22	2.0	22	82	0	54	71	2	0	26	0.98
121058--121114	25	2.3	25	93	0	96	17	21	56	5	1.60
129854--129937	40	2.1	39	93	0	123	30	5	7	55	1.51
129842--129932	40	2.1	43	76	15	107	29	4	6	59	1.42
130030--130121	40	2.2	43	86	7	129	35	6	8	48	1.60
133019--133134	21	5.7	20	68	16	67	32	21	19	25	1.97
133196--133301	20	5.6	20	75	14	98	34	27	19	17	1.95
133838--133878	20	2.0	20	90	0	64	58	17	12	12	1.63
135624--136003	94	4.1	93	91	1	589	21	11	17	48	1.79
136121--136192	19	3.8	19	88	0	99	50	22	18	9	1.76
136237--136355	20	5.9	20	91	3	177	22	17	20	39	1.92
136849--136890	21	2.2	19	87	12	59	21	33	19	26	1.97
138302--138336	14	2.5	14	85	0	52	31	0	20	48	1.50
138440--138530	33	2.7	33	89	3	128	41	19	24	14	1.88
138531--138616	20	4.3	20	92	2	129	24	19	19	36	1.95
138549--138624	40	1.9	39	86	7	109	25	19	19	35	1.95
138688--138738	20	2.5	20	90	0	75	17	19	25	37	1.94
138827--138863	19	1.9	19	94	0	65	18	18	10	51	1.75
138872--138931	20	3.0	20	88	9	95	18	23	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138875--138940	20	3.3	19	78	16	71	19	21	24	34	1.96
141373--141426	24	2.2	24	90	0	81	38	20	18	22	1.93
142282--142374	20	4.7	20	85	2	107	20	19	22	37	1.94
142287--142374	40	2.2	40	87	4	124	19	19	23	37	1.94
142371--142416	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
142900--142956	17	3.3	18	67	18	57	31	14	7	47	1.70
142900--142964	34	1.9	34	100	0	130	30	16	9	43	1.80
144372--144399	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
146396--146461	33	2.0	32	97	2	123	24	12	24	39	1.89
151519--151593	38	2.0	37	82	5	89	49	5	1	44	1.33
152365--152397	13	2.4	14	90	5	50	48	3	0	48	1.17
157657--157718	26	2.4	26	91	0	97	35	8	9	46	1.66
169694--169731	19	2.0	19	94	0	67	28	10	7	52	1.64
171048--171106	30	2.0	30	93	3	102	28	15	10	45	1.78
171972--172037	26	2.6	26	74	9	64	43	4	0	51	1.22
171977--172029	24	2.1	24	82	6	61	45	3	0	50	1.19
171966--172032	27	2.5	26	79	13	73	44	2	0	52	1.16
177968--178005	14	2.7	14	95	0	67	44	21	0	34	1.52
184537--184632	21	4.6	21	70	10	72	25	13	22	38	1.91
184650--184726	20	3.8	20	79	6	75	28	11	23	36	1.90
184672--184732	21	2.9	21	83	9	72	27	14	24	32	1.95
185740--185850	55	2.0	54	86	6	152	56	3	2	36	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189597--189661	34	1.9	34	83	0	85	52	18	16	12	1.74
189880--189923	14	3.1	14	83	0	61	61	20	9	9	1.53
189961--190038	40	2.0	40	92	0	129	28	23	14	34	1.93
202741--202771	15	2.1	15	93	0	53	35	6	22	35	1.80
208859--208891	2	16.5	2	93	0	57	0	0	45	54	0.99
211391--211440	25	2.0	25	96	0	91	38	16	22	24	1.93
212303--212370	3	22.7	3	93	0	118	33	1	1	63	1.13
213732--213769	19	2.1	19	95	5	69	18	5	5	71	1.25
213796--213846	24	2.1	24	82	7	59	39	1	1	56	1.22
214451--214477	6	4.5	6	100	0	54	29	0	37	33	1.58
219440--219846	204	2.0	200	95	4	728	32	17	22	27	1.96
227087--227133	15	3.1	15	70	11	51	42	12	12	31	1.81
228510--228559	26	1.9	26	100	0	100	22	32	26	20	1.98
232304--232435	65	2.0	65	98	0	255	37	8	9	44	1.68
233198--233238	21	1.9	22	85	14	59	60	9	7	21	1.52
233510--233552	18	2.4	18	88	11	63	67	0	2	30	1.03
236823--236876	24	2.2	24	86	0	72	9	18	44	27	1.80
238826--238907	3	27.7	3	97	2	157	65	0	0	34	0.93
245881--245912	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
245877--245920	12	3.7	12	90	0	61	25	2	4	68	1.20
256636--256782	69	2.1	69	93	0	249	43	17	16	23	1.87
256725--256889	51	3.3	50	90	2	267	45	15	15	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260920--261126	61	3.5	60	67	14	178	35	19	3	41	1.70
260995--261169	54	3.1	54	66	15	147	32	20	4	42	1.72
260934--261169	114	2.1	115	97	0	447	34	19	4	41	1.71
262686--262718	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
262731--262811	37	2.2	38	78	13	87	50	3	1	44	1.27
263148--263175	14	2.0	14	100	0	56	42	21	14	21	1.88
263625--263686	31	2.2	28	83	13	74	29	29	22	19	1.98
263457--264517	530	2.0	528	97	0	1989	34	16	16	31	1.92
264957--265096	60	2.4	59	85	1	190	32	20	17	29	1.95
275161--275209	20	2.5	20	96	0	89	42	12	24	20	1.86

Tables:   1   2