genome.fa.s3836.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008222_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  532632

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 279 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192868--192931	18	3.4	18	83	14	69	62	0	0	37	0.95
193818--193887	30	2.3	30	76	9	79	35	8	14	41	1.76
202188--202478	144	2.0	145	98	1	568	46	7	9	35	1.66
202749--202795	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
202921--202976	20	2.8	19	81	7	67	55	8	16	19	1.67
205204--205247	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
205281--205346	33	2.0	33	90	0	105	27	0	48	24	1.51
207137--207185	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
207304--208460	199	5.9	199	95	3	2094	36	15	17	30	1.91
207304--208460	397	2.9	397	96	2	2083	36	15	17	30	1.91
208078--208451	186	2.0	185	95	1	678	37	15	16	30	1.91
209928--209989	18	3.4	18	79	0	79	40	9	32	17	1.82
209928--210019	6	15.3	6	79	4	69	39	7	32	20	1.81
209931--210007	36	2.1	36	90	0	118	37	9	32	20	1.84
209943--210023	9	9.0	9	75	5	74	38	6	32	23	1.80
209931--210019	12	7.4	12	84	5	90	38	7	32	21	1.82
209928--210019	18	5.1	18	77	5	78	39	7	32	20	1.81
211216--211249	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
211618--211682	23	2.8	23	83	0	76	35	4	21	38	1.74
212063--212555	183	2.7	182	94	1	862	34	14	17	33	1.90
214987--215051	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
215402--215474	23	3.2	23	84	0	92	34	4	20	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215742--215792	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
216181--216217	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
216173--216219	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
216476--216562	39	2.2	39	93	0	147	48	21	13	16	1.80
216964--217036	23	3.2	23	84	0	92	34	4	20	41	1.72
217395--217467	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
216670--217818	431	2.7	431	98	0	2194	40	7	12	39	1.71
218907--218934	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
219253--219495	123	2.0	123	96	0	450	42	11	4	41	1.62
224074--224145	24	3.2	22	81	16	76	43	5	1	50	1.34
224068--224145	21	3.6	21	80	13	86	43	5	1	50	1.32
224066--224147	23	3.7	23	75	21	84	43	4	1	50	1.31
224188--224220	12	2.8	12	82	17	50	48	0	0	51	1.00
229671--229709	7	5.4	7	84	3	51	23	0	15	61	1.33
230054--230095	21	2.0	21	90	4	68	21	21	33	23	1.97
230978--231263	72	3.9	72	77	4	252	25	20	20	33	1.97
234195--234247	23	2.3	23	100	0	106	30	13	24	32	1.93
234195--234257	23	2.7	23	92	4	92	31	12	20	34	1.90
234556--235029	131	3.6	131	92	1	774	32	12	13	41	1.83
234556--235029	261	1.8	260	91	2	790	32	12	13	41	1.83
234889--235298	199	2.0	200	89	2	628	33	13	15	37	1.86
235436--235473	20	1.9	20	88	0	58	36	7	10	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235792--235834	20	2.2	20	95	0	77	30	18	16	34	1.93
235530--236219	197	3.5	195	86	2	911	31	14	13	39	1.85
236191--236243	20	2.7	20	84	0	70	28	16	11	43	1.83
236190--236269	20	4.0	19	71	19	56	26	18	12	42	1.86
238014--238086	30	2.4	30	95	0	137	24	21	24	28	1.99
242714--242769	21	2.7	21	97	0	103	21	26	17	33	1.96
245786--245888	36	2.9	36	86	1	127	17	22	25	34	1.95
251176--251206	7	4.4	7	100	0	62	0	38	0	61	0.96
255108--255204	31	3.1	31	89	2	149	31	25	18	23	1.97
256131--256183	19	2.5	22	82	8	67	24	28	20	26	1.99
256208--256254	21	2.2	22	85	11	62	25	29	14	29	1.95
261284--261315	3	10.7	3	93	0	55	62	0	37	0	0.95
264418--264514	31	3.1	31	86	2	131	32	23	17	25	1.96
271458--271505	19	2.5	19	83	10	53	47	6	14	31	1.69
276707--276812	34	3.1	35	82	4	110	42	11	6	39	1.67
276732--276820	17	5.1	18	71	8	67	43	10	6	39	1.65
276913--276950	20	1.9	20	84	10	51	52	10	7	28	1.64
282562--282646	32	2.7	32	83	7	93	31	20	11	36	1.88
289014--289054	20	2.0	20	85	4	55	68	7	17	7	1.36
295661--295829	84	2.0	85	88	3	252	56	5	3	34	1.39
298869--298924	29	2.0	29	89	3	87	41	21	7	30	1.80
298864--298932	29	2.4	29	82	4	86	40	21	5	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307541--307596	22	2.5	22	75	11	60	26	12	17	42	1.85
318023--318131	24	4.5	23	70	13	76	24	11	15	48	1.77
324354--324396	19	2.3	19	91	0	68	53	0	13	32	1.41
332991--333028	20	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
334191--334219	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
335970--336054	20	4.2	20	87	0	116	34	18	24	22	1.96
346747--346814	34	2.0	35	97	2	129	55	5	0	38	1.24
348470--348518	27	1.9	27	84	12	68	32	6	2	59	1.34
351237--351288	23	2.3	23	89	0	77	48	17	19	15	1.82
354506--354544	21	1.9	21	89	5	62	33	23	7	35	1.83
359427--359490	30	2.1	30	91	0	101	45	15	10	28	1.80
362566--362682	21	5.9	21	82	7	138	23	23	28	24	2.00
363412--363457	22	2.1	22	88	8	67	21	21	30	26	1.99
368753--368890	21	6.9	20	76	8	122	24	20	28	26	1.99
369693--369721	14	2.1	14	100	0	58	24	27	13	34	1.93
372965--373044	39	2.0	42	80	7	94	47	0	2	50	1.14
373002--373039	14	2.8	14	81	18	53	36	0	2	60	1.11
375377--375425	24	2.0	25	88	8	73	57	0	6	36	1.24
378183--378250	2	34.0	2	96	0	127	51	0	0	48	1.00
380134--380714	216	2.7	216	89	1	871	23	16	23	36	1.94
380134--380723	106	5.5	106	84	4	736	24	16	23	35	1.95
381845--381894	15	3.4	14	81	13	64	0	18	2	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
381845--381896	7	7.0	7	77	18	52	0	19	1	78	0.84
381943--381982	14	2.9	14	88	0	53	0	10	5	85	0.75
381944--381984	20	2.0	20	85	4	55	0	12	4	82	0.81
391783--391815	17	1.9	17	93	0	57	81	0	3	15	0.80
391782--391815	8	4.1	8	88	7	50	82	0	2	14	0.79
391958--391992	18	1.9	19	88	11	56	62	0	5	31	1.18
393648--393686	2	20.0	2	94	5	71	51	0	48	0	1.00
394258--394541	41	6.9	41	76	9	193	27	19	16	36	1.93
394258--394541	122	2.3	123	79	8	299	27	19	16	36	1.93
394258--394522	83	3.2	81	80	6	286	27	18	16	36	1.93
396641--396752	44	2.6	42	86	9	154	22	11	28	37	1.89
396641--396838	43	4.6	44	83	7	183	20	14	26	38	1.90
397249--397342	21	4.5	21	83	0	107	3	35	18	43	1.66
397321--397379	21	2.8	21	69	5	57	1	37	20	40	1.63
405738--405838	42	2.4	42	86	3	132	36	22	15	24	1.94
405826--405933	41	2.6	41	82	5	121	29	20	18	31	1.96
406212--406350	75	1.9	73	80	5	163	30	22	17	28	1.97
407934--408003	21	3.3	21	85	0	95	30	4	12	52	1.58
413246--413354	56	1.9	57	94	1	193	30	11	9	49	1.69
416398--416589	100	1.9	105	81	8	243	22	18	23	35	1.96
417252--417283	14	2.3	14	94	0	55	0	25	0	75	0.81
417244--417283	20	2.0	20	95	0	71	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
430032--430368	106	3.2	105	79	3	297	23	16	23	36	1.94
430101--430366	106	2.5	106	83	0	325	21	18	23	36	1.95
431376--431407	16	1.9	17	93	6	57	0	12	0	87	0.54
431375--431417	18	2.4	18	84	0	59	6	11	0	81	0.87
448074--448118	23	2.0	23	82	8	56	22	15	22	40	1.91
449741--449807	26	2.5	26	97	2	125	22	34	4	38	1.74
451909--451933	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
453501--453541	13	3.2	13	89	6	57	53	0	0	46	1.00
456626--456682	12	4.6	12	75	16	53	43	0	1	54	1.10
456630--456656	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15

Tables:   1   2   3