genome.fa.s3850.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003850.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008262_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  524162

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--969	6	165.8	6	78	8	388	57	0	38	3	1.21
7--237	21	10.7	21	71	17	136	58	0	36	4	1.19
1269--1308	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21167--21242	33	2.3	33	93	4	127	36	6	34	22	1.80
23438--23481	2	22.5	2	90	4	72	47	0	2	50	1.13
23567--23678	4	27.2	4	72	14	59	22	9	0	66	1.26
36541--36940	106	3.9	101	80	11	469	34	25	19	21	1.96
36541--36939	201	2.0	204	87	4	585	34	25	19	21	1.96
36699--36883	95	1.9	95	87	6	268	34	23	21	21	1.97
37504--37554	2	26.5	2	78	21	56	47	0	3	49	1.20
39023--39060	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
41603--41653	22	2.3	22	100	0	102	41	11	11	35	1.78
43934--44009	38	2.0	38	85	10	102	22	35	18	23	1.96
46392--46436	18	2.4	18	88	3	63	35	20	6	37	1.79
55553--55596	23	2.0	22	86	8	63	72	2	0	25	0.96
56182--56885	348	2.0	348	100	0	1408	32	14	15	37	1.87
66312--66354	16	2.7	16	92	0	77	37	16	6	39	1.75
72673--72717	21	2.1	21	100	0	90	33	8	17	40	1.81
79457--79490	15	2.3	15	89	0	50	35	32	17	14	1.91
80003--80159	64	2.5	63	78	10	167	25	19	20	35	1.96
85248--85281	15	2.3	15	89	0	50	35	32	17	14	1.91
85372--85446	29	2.6	29	91	2	114	20	21	13	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85823--85979	64	2.5	63	79	10	176	26	19	19	35	1.95
93186--93216	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
105961--106012	24	2.3	23	81	15	63	9	11	1	76	1.09
106407--106450	21	2.1	21	82	0	52	38	2	11	47	1.52
109391--109419	11	2.5	12	88	11	51	37	0	13	48	1.43
130838--131034	20	9.8	20	77	8	166	34	26	13	25	1.93
130905--131039	61	2.2	61	81	6	148	32	26	11	28	1.92
130838--131070	20	11.6	20	76	10	161	32	26	13	28	1.94
131852--131885	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
132011--132064	24	2.2	24	90	0	81	22	18	20	38	1.93
134551--135160	207	2.9	206	91	2	967	41	22	8	27	1.83
136247--136306	21	2.9	21	87	0	75	23	20	35	21	1.96
136446--136487	4	10.5	4	84	0	57	69	4	2	23	1.20
136710--136755	21	2.2	21	92	0	74	32	34	13	19	1.90
138129--138190	20	3.2	19	86	6	88	45	24	17	12	1.84
138551--138604	22	2.5	22	84	0	72	16	16	42	24	1.88
138770--138861	21	4.5	20	76	8	69	31	13	22	32	1.92
138786--138867	21	4.0	21	85	1	112	31	12	24	31	1.92
139071--139115	21	2.2	21	92	4	74	22	6	17	53	1.67
140156--140198	3	14.3	3	95	0	77	32	2	0	65	1.06
140398--140456	3	19.7	3	83	13	77	30	3	0	66	1.08
141931--141968	15	2.5	15	91	0	58	5	13	68	13	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142198--142275	17	4.5	17	83	3	93	43	15	11	29	1.82
142198--142293	35	2.8	34	82	3	102	44	14	9	31	1.77
142198--142293	17	5.5	17	82	3	84	44	14	9	31	1.77
143328--143371	17	2.6	18	82	10	56	63	6	4	25	1.38
150886--150911	13	2.0	13	100	0	52	53	7	23	15	1.67
153430--153496	19	3.6	19	85	4	91	23	26	8	40	1.84
155763--155803	22	1.9	22	90	5	66	29	0	17	53	1.44
157669--157712	17	2.6	17	100	0	88	75	0	20	4	0.98
158052--158095	17	2.6	17	92	3	72	43	29	0	27	1.55
161292--161361	30	2.5	30	78	17	78	65	0	2	31	1.07
161387--161428	18	2.3	18	91	0	66	71	0	7	21	1.09
162071--162098	12	2.3	12	100	0	56	53	7	0	39	1.28
162021--162212	76	2.6	75	87	5	264	56	13	0	29	1.41
162105--162152	25	2.0	24	83	4	60	62	10	2	25	1.38
162021--162248	76	3.1	73	81	9	248	56	11	1	30	1.43
163739--163774	3	12.3	3	88	5	56	36	0	0	63	0.94
173192--173227	15	2.4	15	100	0	72	19	16	16	47	1.83
174957--175018	19	3.2	19	81	9	72	19	30	27	22	1.98
180853--180898	23	2.0	23	95	0	83	10	26	43	19	1.84
180859--180910	21	2.4	22	83	6	61	11	30	38	19	1.87
189779--189859	22	3.6	22	96	1	144	24	29	27	18	1.98
189793--189855	10	5.5	13	65	27	52	26	26	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189839--190141	149	2.0	149	98	0	579	36	19	16	27	1.93
190229--190289	30	2.3	26	77	22	72	32	21	6	39	1.79
190644--190794	67	2.3	67	89	0	221	17	25	28	28	1.98
196541--196620	22	3.6	22	91	5	126	26	30	25	18	1.98
196602--196888	144	2.0	143	94	4	508	36	20	16	27	1.93
197404--197551	65	2.2	67	86	3	201	18	27	26	27	1.98
198471--198504	13	2.6	13	90	0	50	32	2	11	52	1.53
200159--200249	32	2.8	33	81	6	107	19	26	26	27	1.99
201535--201560	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
204503--205265	383	2.0	383	99	0	1508	45	11	9	33	1.73
207243--207296	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
211750--211784	18	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
211943--212001	29	2.0	31	90	6	95	40	1	1	55	1.20
213998--214036	19	2.1	19	85	9	53	71	0	5	23	1.05
223428--223986	280	2.0	280	95	0	1001	29	16	26	27	1.97
229271--229303	14	2.4	14	94	0	57	30	30	6	33	1.82
230662--230706	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
231989--232041	17	3.0	18	94	5	99	11	22	32	33	1.90
231886--232154	138	1.9	138	98	0	520	22	15	26	36	1.94
232127--232162	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
232007--232266	121	2.2	120	93	3	450	24	14	24	36	1.93
232274--232333	23	2.6	23	91	0	93	20	26	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232264--232341	23	3.3	23	80	5	77	23	20	24	32	1.98
237594--237629	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
237565--237752	62	3.1	62	65	23	162	24	14	24	36	1.93
237491--237854	121	3.0	121	96	0	649	24	14	24	36	1.93
237715--237750	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
237857--237929	23	3.3	23	80	3	87	23	20	23	32	1.98
245884--245918	18	2.0	18	94	5	63	42	0	5	51	1.25
246510--247087	284	2.0	292	95	3	1055	20	16	10	52	1.72
250487--250516	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
250679--250719	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
254076--254143	29	2.3	29	90	5	111	27	10	22	39	1.86
265604--265640	18	2.1	18	94	0	65	35	13	21	29	1.92
270846--270880	15	2.3	15	100	0	70	28	0	20	51	1.47
281768--281829	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
281922--282001	36	2.2	37	84	4	99	30	28	2	38	1.70
282092--282126	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
285059--285226	85	2.0	84	88	3	248	28	18	21	31	1.97
285198--285252	13	4.2	13	85	0	74	32	16	23	27	1.96
285198--285252	26	2.1	26	89	0	83	32	16	23	27	1.96
285205--285259	26	2.1	26	89	0	83	29	16	21	32	1.95
290776--290811	19	1.9	18	88	5	54	41	2	8	47	1.48
291408--291507	27	3.9	27	77	13	104	57	1	3	39	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291605--291635	15	2.1	15	93	0	53	58	6	0	35	1.24
291781--291886	39	2.7	39	78	8	117	43	3	16	36	1.66
294761--294801	18	2.2	19	86	4	57	17	0	12	70	1.16
295009--295040	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
303907--304275	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
304949--304995	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
305170--305194	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
307498--307823	19	18.4	19	80	15	405	47	17	20	14	1.82
307498--307823	33	9.2	34	82	13	321	47	17	20	14	1.82
307526--307845	161	2.0	157	93	3	552	46	16	21	14	1.83

Tables:   1   2   3