genome.fa.s3854.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003854.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  151844

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3252--3305	23	2.3	23	90	0	90	31	25	20	22	1.98
5179--5278	30	3.3	30	71	20	98	27	25	4	44	1.72
5162--5278	62	1.9	62	91	3	191	27	25	3	43	1.70
13167--13244	32	2.5	31	85	4	111	24	15	15	44	1.85
13218--13284	22	3.2	21	69	16	59	28	16	11	43	1.83
13935--14031	11	9.2	11	69	10	60	40	4	0	55	1.19
14717--14758	21	1.9	23	81	18	54	40	2	0	57	1.12
15382--15444	22	3.0	21	71	15	58	28	28	11	31	1.91
15470--15658	40	4.7	39	73	8	112	29	24	13	32	1.93
15470--15645	80	2.2	80	83	3	210	28	25	13	32	1.94
15364--15567	20	10.0	21	73	12	104	31	26	12	29	1.92
15450--15617	20	8.4	20	78	10	92	29	25	12	32	1.92
15507--15657	40	3.8	40	74	14	139	28	23	13	33	1.93
15507--15658	20	7.6	20	76	9	96	28	23	13	33	1.93
15530--15681	80	1.9	78	80	7	173	26	23	13	36	1.91
15815--15853	16	2.5	15	88	8	60	28	2	0	69	1.02
16447--16480	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
16606--16659	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
18913--18948	18	2.0	18	88	0	54	52	25	2	19	1.59
19160--19220	29	2.1	29	90	0	95	24	16	26	32	1.96
19204--19234	14	2.2	14	94	0	53	6	16	35	41	1.74
20701--20768	21	3.2	21	89	0	100	22	20	35	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20701--20796	42	2.3	42	83	3	113	27	20	30	21	1.98
20718--20793	21	3.7	20	82	10	73	28	22	27	21	1.99
20942--20980	4	9.5	4	83	5	51	71	2	0	25	0.98
20941--20980	21	1.9	21	89	0	62	72	2	0	25	0.97
20942--20980	17	2.4	17	86	4	53	71	2	0	25	0.98
21346--21444	42	2.4	42	87	0	144	17	18	36	28	1.93
22927--22984	20	2.9	19	80	7	71	50	22	13	13	1.77
22983--23022	20	2.0	20	90	0	62	17	17	17	47	1.83
22986--23029	20	2.2	20	83	0	52	18	15	18	47	1.83
23554--23602	20	2.5	20	96	0	89	16	12	24	46	1.81
29805--29832	6	4.7	6	100	0	56	0	0	85	14	0.59
30846--30882	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
30955--31002	20	2.3	20	82	3	60	33	16	20	29	1.95
31690--31762	23	3.3	23	80	3	87	30	23	23	23	1.99
31774--31991	103	2.1	103	99	0	427	37	23	13	26	1.91
35027--35080	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
35265--35300	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
37419--37686	133	2.0	133	95	0	482	29	11	14	44	1.82
37705--37847	20	7.4	20	79	9	154	32	22	18	25	1.97
37663--37806	54	2.7	55	88	5	213	36	23	15	24	1.94
37705--37891	94	2.0	93	85	3	250	34	21	18	25	1.96
38047--38101	29	1.9	28	85	3	74	49	16	0	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38067--38103	14	2.6	14	91	0	56	48	13	0	37	1.43
39508--39606	21	4.7	21	75	3	83	23	19	35	22	1.96
39488--39606	42	2.8	42	79	5	123	23	17	36	22	1.95
40115--40163	20	2.5	20	89	0	71	38	24	20	16	1.92
40180--40218	19	2.0	20	85	5	53	51	17	15	15	1.77
40291--40354	20	3.2	20	86	8	94	17	20	26	35	1.94
42268--42404	20	7.2	20	75	9	108	41	23	16	18	1.90
42948--43023	20	3.8	20	74	10	82	26	15	26	31	1.96
43038--43083	19	2.4	19	88	3	65	23	17	28	30	1.97
43047--43085	19	2.1	19	95	0	69	23	15	28	33	1.95
44332--44381	20	2.4	21	78	18	59	76	4	0	20	0.95
44374--44418	21	2.1	22	88	12	67	35	4	0	60	1.17
45735--45779	21	2.1	21	100	0	90	53	0	17	28	1.44
46444--46487	23	2.0	22	81	4	52	9	13	20	56	1.64
47788--47823	16	2.2	17	90	5	56	61	11	0	27	1.30
49741--49785	22	2.0	23	83	12	58	35	2	4	57	1.31
53865--53911	24	2.0	24	86	0	67	31	23	17	27	1.96
54695--54771	20	3.8	20	91	3	120	24	28	20	25	1.99
64225--64289	29	2.2	28	76	7	67	49	7	20	23	1.74
65132--65284	32	4.8	32	90	5	238	37	0	0	61	1.01
65134--65284	65	2.3	65	87	5	234	37	0	0	61	1.01
65153--65261	23	5.0	22	72	15	82	36	0	0	62	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65173--65283	7	15.0	7	68	14	62	36	0	0	62	1.02
66501--66555	26	2.2	25	86	3	74	60	1	1	36	1.18
66539--66612	20	3.1	24	83	14	84	52	0	5	41	1.24
66555--66614	22	2.7	23	72	25	56	51	0	6	41	1.28
66869--66974	39	2.7	39	76	11	108	44	1	16	36	1.59
67345--67422	33	2.4	32	85	4	104	46	16	11	25	1.81
67885--67946	31	2.0	31	96	0	115	19	25	30	24	1.98
68190--68229	20	1.9	22	85	10	57	52	0	2	45	1.14
69235--69302	33	2.1	32	94	2	118	39	26	2	30	1.71
69279--69405	36	3.4	37	72	14	127	38	19	7	33	1.81
69849--69931	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
71282--71332	14	3.6	13	80	17	57	29	0	1	68	1.00
75100--75133	14	2.4	14	90	9	52	35	0	0	64	0.94
76451--76520	32	2.2	32	92	0	113	30	31	0	38	1.58
79043--79208	78	2.1	79	80	3	228	37	4	3	55	1.35
79067--79138	32	2.2	34	82	5	85	40	4	2	52	1.35
86223--86263	17	2.7	15	82	17	57	4	14	34	46	1.66
88789--88829	21	2.0	21	85	9	57	21	2	2	73	1.07
92871--92944	32	2.4	31	80	8	96	24	16	4	55	1.58
92883--92948	32	2.0	33	91	2	107	24	13	4	57	1.55
95721--95814	20	4.7	20	78	2	80	35	24	18	22	1.96
95718--95795	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96371--96415	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
96411--96519	58	1.9	57	90	1	173	12	19	21	46	1.82
96416--96600	39	4.9	38	79	10	168	12	20	21	44	1.85
96411--96600	58	3.4	57	77	10	165	13	21	21	44	1.86
96411--96600	19	10.1	19	83	8	210	13	21	21	44	1.86
98591--98683	42	2.2	42	82	0	114	21	38	16	23	1.92
100065--100099	13	2.6	14	90	4	54	28	0	25	45	1.54
100052--100100	13	3.7	14	76	10	50	26	0	22	51	1.49
100281--100372	33	2.8	33	96	3	170	13	23	19	43	1.86
102646--102670	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
104140--104176	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
104729--104765	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
103766--105600	588	3.1	588	98	0	3586	36	19	12	31	1.88
107217--107283	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
107272--107361	14	5.9	14	76	19	90	47	25	17	8	1.77
107287--107376	18	5.5	17	75	20	75	46	26	17	8	1.78
107256--107366	32	3.4	32	97	1	204	46	24	18	9	1.79
107372--107506	19	7.6	19	73	16	85	12	20	23	42	1.86
107394--107451	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
107377--107467	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
107452--107506	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
107979--108023	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109341--109394	20	2.8	20	80	2	65	48	22	16	12	1.80
109628--109671	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
109859--109952	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
109879--110014	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
109839--109953	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
109942--110034	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
109942--110037	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
110757--110807	22	2.3	22	83	6	59	45	7	3	43	1.51
110749--110795	22	2.1	22	100	0	94	38	8	4	48	1.53
111011--111062	21	2.4	21	83	6	68	19	9	15	55	1.67

Tables:   1   2