genome.fa.s3870.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003870.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008333_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41277

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118--372	134	1.9	134	83	3	334	40	12	18	28	1.87
238--2654	222	11.0	222	79	6	2294	36	17	15	30	1.91
2531--2781	126	2.0	127	86	0	351	30	23	17	28	1.97
2665--3391	224	3.3	223	83	3	847	34	17	16	30	1.93
3268--3524	133	1.9	133	87	1	372	38	17	18	25	1.93
3007--4077	356	3.0	351	79	5	1071	35	16	17	30	1.92
3586--3852	133	2.0	134	85	5	362	37	13	19	29	1.90
3718--5881	223	9.7	223	82	2	2348	35	17	16	31	1.92
5490--6260	379	2.0	379	85	2	1048	36	17	16	29	1.92
5869--6455	222	2.6	222	85	3	748	36	17	16	28	1.92
5301--7031	602	3.0	577	82	4	1914	36	17	16	29	1.91
6335--6589	134	1.9	134	83	3	334	40	12	18	29	1.87
6455--15189	443	19.4	444	70	11	3670	35	17	16	30	1.92
6456--9722	223	14.7	223	81	3	3415	35	17	16	30	1.92
9331--10101	379	2.0	379	86	3	1068	36	17	16	29	1.92
9710--10296	222	2.6	221	84	4	732	36	17	16	29	1.92
9142--10872	602	3.0	576	81	4	1839	36	16	16	29	1.91
10176--10430	134	1.9	134	83	3	334	40	12	18	28	1.87
6458--17701	889	12.4	885	68	13	3556	35	17	16	30	1.92
10297--13122	222	12.7	223	81	4	2841	35	17	16	30	1.92
12514--13854	733	1.8	733	84	4	1828	35	16	17	30	1.92
13251--15189	222	8.7	223	82	3	2151	35	17	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14798--15569	380	2.0	379	85	3	1025	36	17	17	29	1.92
15187--15746	223	2.5	224	82	5	684	36	16	17	29	1.92
15634--15898	134	2.0	134	83	5	340	38	13	19	29	1.90
14608--21375	578	11.0	579	69	16	2242	35	17	16	30	1.92
15765--17704	223	8.7	223	82	3	2171	35	17	16	30	1.92
15764--17704	443	4.4	442	81	3	2170	35	17	16	30	1.92
17311--18084	382	2.0	379	84	3	1011	36	17	17	29	1.92
17696--18261	223	2.5	222	83	3	715	36	17	17	29	1.92
18146--18413	134	2.0	134	85	4	362	37	13	19	29	1.90
18280--20221	223	8.7	223	82	3	2142	35	17	16	30	1.92
18281--20221	889	2.2	888	84	3	2555	35	17	16	30	1.92
20213--20759	224	2.4	223	82	5	681	36	17	17	29	1.92
20798--22736	223	8.7	223	82	3	2149	35	17	16	30	1.92
22730--23290	223	2.5	221	83	4	682	36	17	17	29	1.92
23308--25248	444	4.4	444	81	3	2222	35	17	16	30	1.92
23309--25248	223	8.7	223	82	3	2113	35	17	16	30	1.92
25293--25806	223	2.3	224	85	4	680	36	18	17	27	1.93
25240--25806	224	2.5	223	83	5	716	36	17	17	28	1.93
25690--25940	134	1.9	135	85	4	355	38	12	19	29	1.88
25824--27755	220	8.7	221	81	5	1981	35	17	16	30	1.92
25823--30228	665	6.8	661	71	15	2648	35	17	16	30	1.92
25825--30128	439	10.0	442	72	13	2565	35	17	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28149--30128	213	9.3	219	78	14	1662	35	17	17	30	1.93
29445--30229	420	1.9	410	81	12	954	36	15	16	30	1.90
30283--30669	214	1.8	220	81	7	458	35	16	17	30	1.93
29917--30659	364	2.0	364	80	11	833	37	16	16	30	1.91
30725--31914	211	5.6	210	79	15	977	35	18	16	29	1.93
30340--31914	842	1.9	835	79	10	1816	35	18	17	29	1.93
31589--32277	369	1.9	366	82	9	888	35	18	16	29	1.93
31909--33343	214	6.7	216	81	12	1397	34	17	16	31	1.93
31911--33343	222	6.7	217	80	12	1376	34	17	16	31	1.93
31911--33343	423	3.4	427	80	11	1299	34	17	16	31	1.93
33331--33897	223	2.6	220	83	6	714	37	17	16	28	1.92
33795--34055	134	1.9	134	85	3	355	39	14	19	27	1.90
33915--36935	220	13.7	221	75	8	2278	35	16	16	31	1.91
33915--35535	444	3.6	441	80	6	1859	35	16	16	31	1.91
35626--36935	441	3.0	440	87	2	1755	35	17	15	30	1.91
36552--37311	380	2.0	379	84	2	999	35	17	16	29	1.93
36923--37500	223	2.6	221	83	5	707	35	18	17	28	1.94
37823--38859	223	4.5	222	74	11	829	33	18	16	32	1.93
38303--38341	14	2.8	14	96	0	69	12	23	25	38	1.90
38086--38551	251	1.9	251	84	2	641	33	17	16	32	1.93
37861--38786	474	2.0	472	82	4	1130	33	17	15	32	1.92
38335--38859	222	2.4	222	81	4	612	32	19	16	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38690--39028	166	2.0	170	82	2	416	33	18	19	29	1.95
38470--39247	388	2.0	388	86	3	1084	32	19	17	30	1.95
38858--40928	222	9.3	222	80	7	1986	34	17	16	31	1.93
39400--40928	223	7.0	223	81	4	1648	34	18	15	31	1.92

Tables:   1

The End!