genome.fa.s3885.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003885.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008386_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  757743

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168547--168686	21	6.9	20	68	20	69	15	9	2	73	1.17
168710--168739	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
170305--170375	36	2.0	36	97	0	133	30	9	16	42	1.81
175983--176304	170	1.9	173	87	3	481	40	11	10	37	1.76
176582--176632	25	2.1	25	88	3	77	60	3	0	35	1.15
176634--176687	25	2.1	27	82	6	67	57	0	7	35	1.27
176557--176865	61	5.3	59	74	10	217	55	1	5	37	1.34
176542--176865	30	11.1	30	74	12	162	54	1	5	37	1.34
176871--176915	18	2.5	18	81	0	54	42	0	11	46	1.39
181312--183473	955	2.3	952	92	1	3612	36	16	11	35	1.85
184853--184911	22	2.5	23	86	10	84	33	5	1	59	1.29
189918--189951	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
200281--200381	3	33.7	3	95	0	184	33	1	0	64	1.05
200884--200920	18	2.1	18	100	0	74	78	5	16	0	0.93
201822--201864	22	2.0	21	86	4	59	37	2	2	58	1.24
202531--202570	17	2.3	17	86	4	53	22	0	0	77	0.77
209647--209687	18	2.3	17	87	8	55	26	17	0	56	1.41
213217--213254	14	2.8	13	84	7	58	86	0	13	0	0.56
213220--213256	18	2.0	18	89	5	56	83	0	16	0	0.64
214370--214887	83	6.4	83	94	2	858	29	13	21	36	1.91
215607--216584	114	8.6	114	94	1	1498	37	13	19	29	1.90
216720--216802	3	27.7	3	95	0	148	33	2	0	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217304--217338	17	2.1	17	100	0	70	77	5	17	0	0.96
218236--218278	22	2.0	21	86	4	59	37	2	2	58	1.24
219503--219558	21	2.8	19	78	19	53	51	0	0	48	1.00
219500--219552	12	4.7	12	73	20	51	52	0	0	47	1.00
219515--219568	22	2.5	21	85	8	65	50	0	0	50	1.00
233222--233260	18	2.0	20	90	9	64	41	0	2	56	1.13
233631--233679	20	2.5	20	96	0	89	40	22	20	16	1.91
233670--233758	41	2.2	41	91	0	142	37	21	20	21	1.95
233691--233764	20	3.7	20	75	10	87	33	21	20	24	1.97
233681--233759	41	1.9	41	97	0	149	36	18	20	24	1.95
233692--233825	41	3.3	41	82	6	139	27	21	19	31	1.97
233753--233825	21	3.5	21	81	3	85	21	21	19	36	1.95
233815--233926	20	5.6	20	86	6	138	38	21	19	20	1.94
233616--233934	61	5.2	61	67	12	179	34	20	18	26	1.96
233815--233908	41	2.3	41	89	5	138	40	19	20	20	1.92
234558--234623	33	2.0	34	96	3	125	12	25	24	37	1.90
234522--234648	19	6.8	19	77	12	129	12	22	20	44	1.84
236791--236857	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
236764--236857	42	2.2	42	81	7	102	22	35	21	21	1.96
238207--238242	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
238345--238403	19	3.4	18	73	22	63	44	18	23	13	1.86
238345--238434	33	2.7	33	92	0	144	42	20	23	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238364--238419	14	3.6	14	74	21	58	42	21	25	10	1.85
238430--238518	19	5.2	19	62	25	63	13	23	20	42	1.87
238434--238541	33	3.3	32	84	10	146	14	23	20	41	1.89
238427--238560	66	2.0	67	88	1	198	17	22	20	39	1.92
240832--240856	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
241031--241084	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
241870--241940	20	3.5	20	86	1	88	42	15	22	19	1.89
241925--242016	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
242230--242297	20	3.4	20	66	8	57	39	23	19	17	1.92
242476--242513	14	2.7	14	87	0	58	47	15	0	36	1.46
244422--244510	33	2.7	32	94	1	151	46	20	19	14	1.84
244449--244515	18	3.9	18	75	16	70	47	19	19	13	1.82
244482--244532	18	2.8	18	81	3	57	43	23	19	13	1.87
244522--244618	19	5.6	19	69	22	79	12	17	21	48	1.80
244527--244618	33	2.8	33	93	0	157	11	16	21	50	1.77
244544--244602	14	3.9	14	72	20	55	10	15	23	50	1.74
244605--244654	20	2.5	20	76	0	55	16	18	24	42	1.89
245139--245178	18	2.2	18	90	0	62	15	12	45	27	1.82
246481--246539	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
247031--247144	20	5.7	20	77	9	88	26	18	23	31	1.97
247011--247148	61	2.3	61	82	2	170	25	16	22	35	1.95
247535--247573	18	2.0	20	90	9	64	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247992--248066	32	2.3	32	100	0	150	36	5	24	34	1.78
254374--254485	46	2.4	46	95	0	197	34	6	30	28	1.82
256203--256266	23	2.8	22	80	4	74	28	26	25	20	1.99
256282--256602	103	3.1	103	96	0	597	37	24	12	25	1.90
257084--257120	19	1.9	19	88	0	56	10	29	35	24	1.89
263243--263295	23	2.3	23	96	0	97	26	26	28	18	1.98
263311--263631	103	3.1	103	94	0	579	37	23	12	26	1.91
264113--264150	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
274294--274363	29	2.4	29	88	2	106	45	5	14	34	1.68
276326--276379	22	2.5	21	82	11	65	25	0	3	70	1.04
281638--281668	11	2.8	11	95	0	53	12	12	29	45	1.80
282322--282414	45	2.1	45	100	0	186	39	19	11	29	1.87
286793--286870	24	3.2	24	67	22	72	53	11	11	23	1.69
286809--286901	22	4.0	22	71	17	80	53	15	15	16	1.73
286782--286882	49	2.1	49	98	0	193	51	13	13	20	1.75
292863--292896	2	17.0	2	93	0	59	0	2	50	47	1.16
298526--298737	72	3.0	72	88	3	288	31	28	13	26	1.94
301472--301527	21	2.8	20	76	15	60	14	33	17	33	1.90
309185--309881	374	1.9	372	87	1	1020	36	13	13	36	1.84
323044--323107	3	22.0	3	78	12	71	28	3	1	67	1.15
323041--323105	32	2.0	32	91	5	105	26	4	3	66	1.26
324241--324294	20	2.6	23	75	22	64	27	1	12	57	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325257--325300	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
326808--326869	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
328266--328343	26	3.2	25	67	22	76	24	23	10	42	1.85
328281--328355	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
329818--329862	24	1.9	24	90	4	74	40	8	4	46	1.55
330148--330197	4	13.2	4	83	12	70	52	22	0	26	1.48
330152--330195	22	2.0	21	95	4	79	52	22	0	25	1.48
330541--330730	105	1.8	105	87	2	283	31	19	11	37	1.87
330747--330844	36	2.8	34	80	6	108	34	19	12	33	1.89
331086--331217	56	2.4	55	85	8	187	28	10	15	45	1.80
331086--331217	29	4.8	27	88	5	185	28	10	15	45	1.80
331173--331359	93	2.0	92	90	5	299	31	11	14	42	1.81
331267--331329	30	2.1	30	91	5	101	36	11	11	41	1.76
331228--331494	147	1.8	146	95	1	482	32	12	14	40	1.84
331408--331477	30	2.3	30	90	4	106	38	10	14	37	1.79
331757--331880	66	1.9	65	85	5	169	27	13	12	45	1.80
331801--331924	65	1.9	64	80	9	144	31	16	12	39	1.86
332000--332047	15	2.9	16	82	14	53	31	25	6	37	1.81
332357--332495	66	2.1	65	82	5	172	26	22	14	36	1.92
332654--332707	28	1.9	28	84	0	72	22	18	16	42	1.89
332736--332929	46	4.4	45	72	16	165	23	29	19	27	1.98
332778--333054	42	6.6	42	74	14	216	22	31	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333210--333272	3	22.0	3	80	9	78	28	3	1	66	1.16
334407--334460	20	2.6	23	75	22	64	27	1	12	57	1.46
335419--335462	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
337570--337702	23	5.7	24	71	8	94	59	15	11	14	1.61
340304--340333	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
369927--370019	29	3.2	29	96	0	168	49	3	11	35	1.56
371824--371877	21	2.6	21	90	0	81	29	16	24	29	1.97
371889--371960	22	3.4	22	69	11	78	19	18	23	38	1.93
371889--371978	41	2.2	41	95	0	162	20	18	22	38	1.93
371910--371978	19	3.5	19	71	11	57	20	18	20	40	1.92

Tables:   1   2   3   4