genome.fa.s3949.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003949.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008537_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  268680

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101--143	20	2.2	20	88	12	63	6	9	4	79	1.06
5346--5499	78	2.0	78	96	0	281	38	18	13	28	1.89
11218--11371	74	2.1	74	98	0	299	48	14	13	22	1.79
12701--13096	44	9.0	44	86	0	540	23	21	12	42	1.87
12701--13242	132	4.0	132	83	4	580	24	21	12	42	1.87
12979--13128	25	6.5	25	66	17	90	23	22	12	41	1.88
12979--13203	108	2.0	110	88	4	337	23	23	13	40	1.90
13092--13242	44	3.5	44	85	4	186	24	21	12	41	1.88
13173--13242	19	3.1	24	61	23	60	25	18	12	42	1.86
16319--16396	40	2.0	40	97	0	147	38	12	19	29	1.89
20415--20477	20	3.1	20	77	9	65	41	19	17	22	1.90
38580--38640	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
45079--45189	23	4.8	23	86	5	120	14	23	24	37	1.92
51867--51902	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
51911--52014	44	2.4	44	86	3	138	33	5	20	40	1.76
52082--52178	23	4.2	23	91	0	131	17	24	20	37	1.94
52082--52213	23	5.7	23	84	10	108	17	24	21	36	1.95
52174--52219	24	1.9	24	90	0	74	17	21	26	34	1.95
59665--59716	20	2.7	20	88	8	72	28	17	30	23	1.97
59609--59769	74	2.2	73	83	3	198	31	15	22	31	1.95
59758--59813	22	2.6	21	78	13	69	30	14	25	30	1.95
60132--60538	59	6.9	59	84	5	504	34	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60132--60538	118	3.5	117	87	3	559	34	11	22	31	1.90
60709--61002	145	2.0	145	95	1	527	27	17	21	34	1.95
66367--66544	60	3.0	60	82	4	182	41	5	19	34	1.73
68659--68790	32	4.1	32	82	1	129	14	11	30	43	1.80
68723--68780	16	3.6	16	76	0	53	8	10	34	46	1.69
68739--68796	16	3.6	16	75	9	55	12	10	31	46	1.74
68771--68812	22	1.9	22	85	0	57	14	4	30	50	1.63
71130--71163	15	2.3	15	94	0	59	32	32	20	14	1.93
71690--71846	64	2.5	64	79	8	176	28	17	19	35	1.94
73151--73190	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
73733--73896	51	3.2	51	87	2	168	35	6	10	46	1.64
73767--73896	51	2.5	51	93	0	215	33	8	10	46	1.69
74269--74309	22	1.9	21	85	14	57	14	9	4	70	1.30
74361--74417	25	2.3	25	100	0	114	45	28	3	22	1.69
74609--74666	31	1.9	30	89	3	89	39	5	18	36	1.74
76650--76849	45	4.4	45	90	5	289	38	8	21	31	1.83
76650--76860	92	2.3	88	85	7	289	39	8	21	30	1.82
77306--77360	22	2.4	23	84	6	76	20	23	16	40	1.91
81007--81119	51	2.2	51	87	4	156	37	6	8	47	1.60
84608--84701	6	15.7	6	92	0	143	52	26	0	21	1.47
85149--85257	21	5.3	21	76	5	107	43	17	22	17	1.88
85149--85259	41	2.7	41	94	4	188	42	18	22	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85252--85304	20	2.7	20	93	0	88	28	28	18	24	1.98
85492--85535	22	2.0	22	100	0	88	18	45	18	18	1.86
85799--85836	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
87156--87200	18	2.5	18	81	0	63	26	42	15	15	1.87
87684--87728	20	2.3	19	80	3	54	37	15	22	24	1.93
87690--87727	20	2.0	20	89	5	60	31	18	26	23	1.97
87728--87785	14	3.9	14	75	16	62	48	24	15	12	1.79
87712--87802	32	2.8	33	91	3	157	47	21	17	13	1.82
87819--87876	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
87814--87892	32	2.4	33	93	2	133	10	17	24	48	1.78
87833--87950	20	6.4	19	77	11	95	13	19	24	42	1.87
87833--87950	39	3.2	37	73	12	102	13	19	24	42	1.87
89920--90035	38	3.2	36	89	6	139	44	18	21	15	1.86
89949--90054	19	5.8	19	91	8	177	47	16	21	14	1.82
91169--91222	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
93709--93874	33	5.0	33	87	5	219	41	19	21	17	1.90
93869--93911	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
93897--93930	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
94052--94088	14	2.6	14	86	0	56	45	21	0	32	1.52
95445--95511	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
95445--95567	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
97594--97692	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97569--97753	19	10.1	19	75	14	156	43	21	22	12	1.86
97664--97753	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
97749--97815	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
98351--98428	41	1.9	41	89	0	120	23	15	21	39	1.91
98332--98425	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
98351--98446	41	2.3	41	82	3	113	21	18	21	37	1.94
99815--99858	23	1.9	23	86	9	63	38	9	13	38	1.77
99543--100014	226	2.1	226	84	3	603	41	12	13	32	1.83
99862--100139	108	2.6	108	83	3	335	39	12	14	34	1.83
100599--100980	75	5.1	75	88	0	503	34	13	11	40	1.81
104773--104849	23	3.4	23	72	16	81	28	20	23	27	1.99
104759--104837	23	3.7	22	77	14	67	29	22	21	26	1.99
104779--104876	44	2.3	43	85	8	128	27	21	21	29	1.98
110649--110789	65	2.2	65	83	5	169	26	16	24	32	1.96
118521--118568	3	15.0	3	87	12	69	33	0	0	66	0.92
126977--127064	28	3.0	28	82	14	99	25	15	13	45	1.83
127010--127072	28	2.2	28	85	0	90	28	17	14	39	1.89
127182--127425	84	2.9	84	94	2	409	27	31	18	23	1.97
127232--127365	40	3.2	40	70	12	135	26	31	17	25	1.97
127185--127408	40	5.2	42	66	13	127	28	30	17	23	1.97
127569--127617	3	16.0	3	87	12	73	34	0	0	65	0.93
127569--127617	21	2.3	22	89	7	82	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130475--130514	14	2.8	14	84	3	53	50	2	15	32	1.57
133588--133702	21	5.5	21	84	8	135	18	33	25	23	1.97
133594--133702	42	2.6	42	91	0	173	18	32	24	24	1.97
134221--134327	40	3.0	34	79	15	124	57	3	0	38	1.23
134224--134308	40	2.1	40	91	0	134	61	3	0	35	1.13
134222--134334	34	3.0	39	75	15	128	57	4	0	37	1.25
135033--135073	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
139103--139145	21	2.1	20	82	4	50	32	2	4	60	1.30
141411--142197	391	2.0	391	95	0	1414	24	18	21	36	1.95
142496--142681	93	2.0	93	95	0	336	29	24	22	23	1.99
145767--145826	17	3.5	17	72	9	59	10	18	0	71	1.13
146067--146273	44	4.7	44	76	7	195	31	13	23	31	1.93
146002--146235	88	2.7	88	80	4	222	34	13	22	29	1.92
146074--146247	88	2.0	88	87	0	249	33	10	23	32	1.89
146067--146269	88	2.3	88	79	3	246	32	13	23	31	1.93
155617--155650	14	2.4	14	95	0	59	38	0	38	23	1.55
156964--157151	103	1.8	104	85	4	265	29	16	15	38	1.90
167651--167693	18	2.4	18	100	0	86	23	11	34	30	1.90
167740--167790	19	2.5	19	87	9	66	31	15	25	27	1.96
168235--168772	55	9.8	55	89	1	706	36	10	17	35	1.85
170426--170478	20	2.7	19	77	8	52	60	3	1	33	1.26
170483--170780	37	8.3	37	77	13	268	47	6	3	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170605--170687	27	3.0	28	83	15	93	46	8	3	40	1.51
170545--170751	104	2.0	102	83	7	258	47	6	2	43	1.43
170621--170688	27	2.5	28	86	9	97	48	8	4	38	1.54
170746--170805	27	2.1	29	87	6	88	48	5	3	43	1.41
171716--171757	3	13.7	3	87	9	59	61	2	0	35	1.09
171779--171816	2	19.0	2	88	0	58	47	2	2	47	1.30
171839--171880	22	1.9	22	85	0	57	38	19	0	42	1.51
174360--174399	21	2.0	20	85	5	53	25	32	10	32	1.89
182980--183396	209	2.0	210	97	0	782	35	9	14	40	1.79
188619--188878	55	4.7	55	91	0	414	36	11	16	35	1.86

Tables:   1   2