genome.fa.s4008.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004008.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008737_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  207271

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12162--12217	24	2.3	24	78	0	67	17	21	25	35	1.95
13161--13213	23	2.3	23	90	0	79	22	15	22	39	1.91
13178--13247	23	3.0	23	79	4	70	21	21	28	28	1.99
13227--13289	24	2.7	24	87	2	92	23	26	22	26	2.00
15118--15154	19	1.9	19	88	0	56	21	0	5	72	1.04
15460--15503	18	2.4	18	96	0	79	25	38	0	36	1.56
15770--15804	18	1.9	18	100	0	70	22	28	14	34	1.93
16051--16157	39	2.8	40	84	11	150	34	6	11	47	1.65
29710--29748	15	2.7	15	92	4	62	61	0	0	38	0.96
36598--36679	26	3.2	26	98	0	155	47	10	37	3	1.56
37160--37216	23	2.5	23	85	0	78	42	7	15	35	1.75
37133--37294	87	1.9	87	86	0	234	43	9	11	35	1.75
37297--38010	200	3.6	199	84	4	811	31	14	13	40	1.86
38324--38353	12	2.5	12	100	0	60	40	43	0	16	1.48
40784--40830	19	2.5	19	96	0	85	53	10	6	29	1.60
41656--42618	199	4.8	200	87	1	1261	32	15	14	38	1.87
41656--42618	399	2.4	399	85	1	1277	32	15	14	38	1.87
45598--45976	162	2.3	162	95	0	679	29	17	12	40	1.87
45801--46215	182	2.3	181	88	2	609	27	16	13	42	1.85
50190--50450	57	4.6	57	88	2	364	37	7	16	39	1.76
50663--51071	68	6.0	68	88	0	575	29	14	24	30	1.95
50696--51071	204	1.8	204	92	0	635	30	14	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51007--51159	81	1.9	81	90	0	243	38	10	19	31	1.86
51168--51301	46	2.9	46	93	1	223	45	9	24	20	1.81
51303--51401	45	2.2	45	88	0	153	39	10	21	29	1.86
51309--51376	23	3.0	23	64	12	59	32	11	25	30	1.91
60267--60306	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
60270--60303	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
60480--60916	43	10.2	43	78	8	358	35	21	20	22	1.96
60514--60916	85	4.7	83	77	12	316	35	21	20	22	1.96
60589--60916	128	2.6	127	86	2	478	34	22	21	21	1.97
64516--64837	39	8.3	39	71	16	170	35	18	18	27	1.94
66804--66856	20	2.7	20	80	8	63	32	15	30	22	1.94
67281--67530	57	4.4	57	85	6	326	38	9	16	36	1.81
67280--67493	116	1.9	114	89	5	333	36	8	16	37	1.79
67705--68181	68	7.0	68	87	1	616	30	13	24	31	1.94
67713--68181	204	2.3	204	88	0	695	30	13	24	31	1.94
68114--68267	81	1.9	81	91	2	256	36	10	22	31	1.88
68278--68423	46	3.2	46	84	1	186	46	7	22	23	1.77
68398--68514	46	2.6	46	84	8	134	41	9	22	26	1.84
74562--74764	55	3.7	55	82	4	232	34	18	15	31	1.92
81217--81341	55	2.3	55	80	5	144	40	17	11	31	1.85
83867--84097	55	4.3	54	86	2	275	34	18	18	29	1.94
83869--84065	110	1.8	110	88	1	306	35	18	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91534--91743	55	3.8	55	82	5	246	36	15	15	32	1.90
94713--94837	63	2.0	65	85	6	175	44	7	5	43	1.55
102227--102351	65	2.0	61	84	6	160	44	4	4	46	1.43
111614--111683	33	2.1	33	83	0	86	58	4	1	35	1.26
111672--111721	2	25.5	2	95	4	93	48	0	0	52	1.00
113005--113056	17	3.0	17	85	2	68	51	1	0	46	1.12
113456--113495	21	1.9	21	84	0	53	60	0	2	37	1.11
119539--119585	17	2.8	17	96	0	85	57	0	0	42	0.98
122741--122779	13	3.0	13	92	0	60	23	17	0	58	1.38
122765--123543	215	3.6	214	92	2	1278	32	19	16	32	1.94
123240--123341	42	2.5	41	77	3	123	28	23	23	24	2.00
122769--123543	213	3.6	213	92	2	1259	32	19	16	32	1.94
122769--123543	428	1.8	429	92	2	1315	32	19	16	32	1.94
123546--123837	36	8.0	36	73	15	179	22	18	22	35	1.95
123649--123915	115	2.3	115	94	0	462	23	20	22	33	1.97
124390--124436	17	2.8	17	96	0	85	57	0	0	42	0.98
127418--128179	215	3.5	215	88	3	1075	31	19	16	32	1.94
128184--128401	36	5.9	36	69	12	138	21	19	24	34	1.96
128222--128480	115	2.2	116	90	2	407	23	18	23	34	1.96
129771--130149	125	3.0	124	84	3	503	26	26	14	32	1.94
135547--135633	21	4.1	21	86	2	122	17	19	18	44	1.87
141342--141368	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142566--142702	13	10.1	14	68	23	53	35	8	2	54	1.44
142560--142765	22	9.5	22	72	17	116	35	9	1	52	1.43
142560--142643	43	2.0	42	81	11	100	35	5	1	57	1.31
142601--142774	72	2.4	73	83	9	205	36	10	1	51	1.46
142575--142759	8	25.4	8	65	26	67	35	10	1	52	1.45
142728--142771	21	2.1	21	87	8	63	38	6	0	54	1.27
143327--143398	22	3.2	20	77	16	63	54	5	2	37	1.39
143353--143544	14	12.4	16	69	22	92	53	3	5	38	1.39
143460--143701	2	120.0	2	70	20	132	47	3	3	45	1.35
143602--143847	32	7.8	33	71	21	163	50	1	7	40	1.40
143742--143786	17	2.6	17	89	6	65	53	2	8	35	1.45
143742--143786	9	5.2	9	78	10	58	53	2	8	35	1.45
147407--147458	18	2.8	18	85	5	68	36	21	13	28	1.91
148202--148254	22	2.4	22	75	12	63	50	0	5	43	1.25
148237--148428	6	27.6	7	69	24	81	55	3	4	36	1.37
148286--148367	30	2.7	31	82	14	100	57	3	6	32	1.41
148284--148396	39	2.8	39	78	14	99	56	4	5	33	1.42
148320--148430	30	3.5	30	77	17	100	55	5	2	36	1.37
148434--148516	21	3.9	21	76	14	82	32	9	3	54	1.50
148459--148750	32	8.6	34	68	20	93	40	6	2	50	1.43
148496--148574	40	1.9	40	87	5	113	41	6	1	50	1.36
148549--148896	2	172.5	2	75	12	284	45	4	2	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148491--148896	92	4.3	92	75	12	280	44	5	2	48	1.37
152650--152708	3	20.3	3	75	13	52	67	1	3	27	1.16
152658--152719	29	2.2	28	81	16	76	62	3	4	29	1.31
152736--152776	14	2.9	14	85	7	55	65	0	2	31	1.05
152736--152778	15	3.1	13	81	15	50	65	0	2	32	1.06
152947--152974	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
154081--154126	3	15.0	3	95	4	83	67	0	0	32	0.91
154449--154653	113	1.8	113	91	2	340	28	20	13	37	1.91
154616--154763	61	2.4	61	93	2	244	32	17	14	35	1.91
154711--155251	113	4.8	112	85	1	717	27	18	14	38	1.90
154711--155251	225	2.4	222	88	2	785	27	18	14	38	1.90
155656--155710	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
160644--160697	21	2.6	20	72	18	56	1	18	3	75	1.03
160991--161018	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
166195--166252	3	20.3	3	77	10	59	68	1	3	25	1.14
166195--166252	14	4.3	14	84	4	75	68	1	3	25	1.14
166194--166252	17	3.5	17	75	9	66	69	1	3	25	1.13
170251--170347	36	2.7	36	87	4	142	39	28	5	26	1.78
171799--171931	20	6.6	20	85	2	176	41	17	23	18	1.90
171799--171931	61	2.2	61	86	2	178	41	17	23	18	1.90
171920--172014	20	4.7	20	77	2	82	36	24	16	22	1.94
171799--171931	41	3.3	41	89	2	214	41	17	23	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172202--172245	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
172489--172552	20	3.2	20	93	0	101	12	17	21	48	1.80
173871--173915	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
174397--174442	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
174436--174517	19	4.6	19	76	17	86	46	21	19	12	1.82
174529--174586	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
174524--174602	32	2.4	33	89	2	124	12	18	21	46	1.82
174575--174641	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
174587--174641	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
176657--176724	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82

Tables:   1   2