genome.fa.s4011.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004011.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008748_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  243343

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346--2407	22	2.9	22	90	2	90	35	12	16	35	1.87
2773--3217	119	3.7	120	87	7	656	37	15	20	26	1.92
2773--3217	241	1.9	235	90	4	714	37	15	20	26	1.92
3285--3341	17	3.2	17	69	13	51	52	7	21	19	1.69
3132--3505	137	2.7	139	81	8	455	38	14	19	28	1.90
5170--5407	128	1.8	132	84	7	328	37	7	7	47	1.58
8647--8714	20	3.4	20	75	15	77	30	23	13	32	1.93
8861--8899	16	2.4	16	86	0	51	28	5	2	64	1.28
11928--11962	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
11929--11969	18	2.3	18	95	0	73	56	24	2	17	1.53
12276--12424	20	7.4	20	81	0	163	44	22	18	14	1.85
12429--12467	20	2.0	20	94	0	69	25	12	28	33	1.93
12478--12560	20	4.2	20	79	0	94	14	19	19	46	1.83
12709--12843	20	6.8	20	80	3	146	44	21	19	14	1.86
12839--12939	20	5.1	20	78	5	107	11	15	25	46	1.80
12840--12939	40	2.5	39	85	7	130	12	16	25	47	1.80
12996--13104	13	8.4	13	66	18	66	55	16	1	25	1.51
13001--13159	63	2.5	64	93	1	266	51	17	1	28	1.56
13137--13173	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
14524--14642	21	5.7	21	80	10	127	25	18	32	23	1.97
14524--14642	42	2.8	40	86	7	157	25	18	32	23	1.97
15049--15098	21	2.4	21	79	0	55	32	34	14	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15213--15267	21	2.6	21	85	0	74	16	12	36	34	1.87
16842--16886	20	2.2	20	96	0	81	8	13	22	55	1.65
17396--17531	20	6.8	20	70	14	100	21	16	19	42	1.89
17396--17531	61	2.2	60	85	1	173	21	16	19	42	1.89
18507--18567	2	30.5	2	93	0	104	47	0	3	49	1.18
19912--19970	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
20014--20579	32	20.4	32	71	26	428	52	11	0	36	1.38
20078--20120	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
20046--20579	54	9.8	54	85	8	701	52	11	0	35	1.38
20080--20128	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
20132--20174	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
20134--20182	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
20176--20219	22	2.0	22	82	8	54	54	2	0	43	1.12
20186--20228	22	2.0	22	90	0	68	51	9	0	39	1.34
20242--20290	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
20326--20368	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
20328--20376	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
20382--20456	22	3.2	23	71	17	73	54	16	0	29	1.42
20460--20502	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
20462--20510	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
20559--20654	15	6.0	15	78	16	95	50	3	0	46	1.17
20316--20646	54	6.5	49	80	12	221	51	10	0	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20559--20675	33	3.6	33	75	15	118	49	3	0	47	1.18
20505--20654	69	2.2	69	88	5	218	50	6	0	42	1.28
27652--27914	73	3.8	71	82	9	344	36	14	27	22	1.92
33626--33652	14	1.9	14	100	0	54	44	14	25	14	1.84
37612--37682	29	2.3	29	83	7	79	45	7	7	40	1.58
40451--40656	105	2.0	105	98	0	394	23	14	15	47	1.82
43743--43787	24	1.9	23	82	13	56	37	6	8	46	1.61
45566--45631	21	3.1	21	76	6	53	40	1	1	56	1.18
45598--45641	21	2.1	21	83	8	54	31	4	0	63	1.14
47670--47714	23	2.0	22	91	8	74	40	0	0	60	0.97
47679--47725	23	2.0	23	84	8	60	44	0	0	55	0.99
49516--49625	21	5.2	21	76	4	96	25	33	22	18	1.96
50569--50615	20	2.4	21	79	13	55	44	25	0	29	1.54
50632--51395	138	5.5	137	85	4	995	35	23	18	22	1.96
50629--51395	275	2.8	273	86	4	1033	35	23	18	22	1.96
72597--72752	39	4.0	39	80	5	172	19	26	23	31	1.98
76102--76255	39	3.9	39	83	8	190	18	25	23	32	1.97
77090--77122	16	2.1	16	94	0	57	45	9	18	27	1.79
77821--77913	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
77902--78016	20	5.7	20	81	6	106	31	25	18	25	1.97
77821--77913	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
77901--78036	41	3.3	41	77	6	150	33	24	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78204--78247	22	2.0	22	90	0	70	22	43	15	18	1.88
78512--78568	20	2.8	20	83	0	60	15	17	22	43	1.87
79887--79931	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
80413--80479	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
80468--80525	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
80452--80542	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
80413--80547	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
80561--80616	14	3.7	14	76	17	58	8	14	25	51	1.70
80554--80632	32	2.4	33	89	2	124	11	16	22	49	1.77
80626--80672	20	2.3	20	89	7	69	14	23	23	38	1.92
82539--82574	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
82691--82777	19	4.8	19	89	10	139	47	17	21	13	1.82
82662--82777	33	3.4	33	82	11	142	43	18	22	14	1.87
82796--82853	20	2.9	20	97	0	107	15	22	24	37	1.93
83910--83963	24	2.2	24	86	0	72	24	14	20	40	1.90
84138--84162	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
86451--86581	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
86451--86577	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
86452--86584	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
86577--86651	19	4.2	19	75	16	70	14	21	21	42	1.88
86608--86652	19	2.4	19	96	0	81	13	20	20	46	1.83
88177--88256	42	1.9	42	82	5	99	23	17	36	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90258--90427	19	9.1	19	82	8	188	44	20	22	12	1.84
90423--90467	19	2.4	19	88	0	72	6	15	24	53	1.66
91021--91073	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
91082--91135	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
91022--91138	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
91017--91156	61	2.3	61	80	6	160	23	18	24	33	1.97
92469--92837	131	2.8	131	83	0	461	39	17	11	31	1.85
93947--93982	9	4.0	9	89	10	56	19	2	0	77	0.88
94863--94908	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
105302--105339	18	2.1	18	90	0	58	34	5	5	55	1.45
106341--107040	123	5.7	123	95	1	1228	39	15	20	25	1.91
107386--107427	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
108126--108174	22	2.2	22	85	0	62	22	12	46	18	1.82
108848--108880	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
109052--109112	22	2.8	21	80	12	52	42	1	0	55	1.09
125333--125377	21	2.1	21	95	0	81	26	24	15	33	1.95
125407--125457	24	2.1	24	88	0	75	17	23	15	43	1.88
127299--127339	18	2.3	19	83	12	59	34	31	2	31	1.71
129521--129694	87	2.0	87	89	0	267	42	12	13	31	1.81
129627--129686	23	2.6	23	91	0	93	41	10	16	31	1.81
129785--129834	23	2.2	23	92	0	82	38	12	18	32	1.87
129785--129841	23	2.5	23	85	0	69	42	10	15	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129598--130138	158	3.4	158	94	1	922	40	13	14	31	1.84
129943--129992	23	2.2	23	85	0	64	38	14	16	32	1.88
130387--130446	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
132319--132358	18	2.2	18	90	0	62	5	35	0	60	1.19
132467--132607	66	2.1	64	81	7	174	26	44	0	28	1.59
132746--132785	21	1.9	21	85	10	55	2	50	7	40	1.44
136250--136293	23	2.0	23	95	4	81	4	20	20	54	1.62
138206--138294	39	2.3	39	86	0	133	31	20	29	19	1.97
139606--139664	30	2.0	30	82	0	73	37	10	3	49	1.54
141598--142166	41	13.9	40	83	3	607	28	19	17	34	1.95

Tables:   1   2