genome.fa.s4105.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004105.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008979_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  262281

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2012--2062	22	2.3	22	96	0	93	37	21	7	33	1.82
5519--5553	16	2.2	16	89	0	52	54	14	14	17	1.72
8099--8135	8	4.6	8	89	0	56	67	0	0	32	0.91
8102--8147	15	2.9	16	78	9	51	65	0	2	32	1.05
8723--8759	17	2.2	18	85	9	51	21	0	2	75	0.92
9997--10059	29	2.4	25	76	19	65	19	25	17	38	1.93
10009--10064	29	1.9	29	100	0	112	17	25	16	41	1.89
10804--10874	33	2.2	33	84	5	99	60	14	11	14	1.59
11062--11095	14	2.4	14	95	0	59	58	17	11	11	1.62
21226--21256	12	2.6	12	89	0	53	19	16	25	38	1.92
23004--23073	7	10.1	7	79	3	70	22	0	32	44	1.53
23006--23045	20	2.0	20	90	0	62	17	0	35	47	1.48
23213--23309	28	3.5	28	70	19	76	43	3	1	52	1.23
25239--25274	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
25452--25521	12	5.8	12	71	6	52	50	18	11	20	1.77
25450--25544	24	4.0	24	80	2	102	47	17	11	23	1.80
25448--25544	48	2.0	48	86	4	133	47	17	11	23	1.80
26605--26630	9	2.9	9	100	0	52	11	7	23	57	1.59
33504--33743	102	2.3	107	86	6	339	34	19	7	39	1.80
33851--33929	32	2.5	32	81	4	97	36	16	5	41	1.70
44179--44216	20	1.9	20	88	0	58	21	0	5	73	1.02
44622--44815	42	4.5	44	77	11	136	24	20	6	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44462--44817	43	8.3	43	74	12	227	26	17	6	49	1.72
48097--48135	21	1.9	19	85	10	51	38	0	2	58	1.12
48092--48152	24	2.7	23	75	14	65	40	0	1	57	1.08
48092--48156	20	3.1	21	74	20	64	38	0	1	60	1.07
48628--48659	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
52227--52271	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
52905--52951	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
53167--53308	31	4.6	31	90	0	221	19	19	21	38	1.93
60281--60314	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
67659--67788	43	2.9	44	89	4	190	39	3	13	43	1.62
69711--69744	17	1.9	18	88	5	52	17	44	23	14	1.86
69750--69830	27	2.9	29	80	12	98	38	3	18	39	1.69
69841--69925	29	2.9	29	78	1	89	36	2	15	45	1.59
75682--75803	37	3.4	36	83	10	160	42	18	4	35	1.69
75682--75796	35	3.2	34	85	7	149	42	18	3	35	1.67
80301--80421	35	3.4	36	86	4	165	44	16	3	35	1.64
84418--84790	146	2.6	146	91	0	568	20	25	20	33	1.97
85177--85221	3	15.3	3	95	4	83	64	0	0	35	0.94
85411--86315	54	16.9	54	86	3	1195	20	25	19	33	1.97
86731--86879	36	4.1	36	76	5	131	20	18	22	38	1.93
87981--88360	125	3.0	123	79	6	415	23	26	17	32	1.96
95174--95544	145	2.6	145	90	1	548	20	25	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95931--95975	3	15.3	3	95	4	83	64	0	0	35	0.94
96161--96195	17	2.1	16	89	5	52	8	11	0	80	0.92
96694--96790	18	5.6	18	66	19	62	22	11	21	44	1.84
96689--96991	32	8.9	33	74	17	248	24	10	19	45	1.82
96689--97005	68	4.7	68	89	3	471	25	11	18	45	1.82
96832--97008	18	10.5	18	66	18	78	27	10	16	45	1.81
96689--96989	138	2.2	132	89	3	458	24	10	18	45	1.82
99673--99743	24	2.6	29	76	21	98	38	18	15	28	1.91
102200--102239	7	5.4	7	85	11	53	22	27	37	12	1.90
102208--102242	8	4.5	8	92	7	63	22	25	37	14	1.92
102191--102239	15	3.1	15	91	5	71	22	28	36	12	1.90
102229--102295	31	2.2	31	88	0	98	14	19	46	19	1.84
102258--102291	13	2.6	13	95	0	59	14	23	44	17	1.86
108958--109018	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
108907--109053	35	4.2	36	85	7	178	42	19	5	33	1.74
108910--109053	72	2.1	68	83	7	173	42	18	5	33	1.74
119908--119941	2	17.0	2	88	11	52	47	0	2	50	1.16
123933--123997	31	2.1	31	88	0	94	35	9	4	50	1.55
135941--136117	89	2.0	89	97	0	336	23	22	36	18	1.95
136233--136271	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
143081--143114	16	2.1	16	100	0	68	35	11	5	47	1.65
143513--143553	19	2.2	20	86	8	59	63	2	2	31	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147908--148022	21	5.6	21	68	17	80	35	25	19	20	1.95
147905--148042	41	3.4	41	82	5	154	36	22	19	21	1.95
153010--153129	42	2.9	42	96	0	213	21	4	20	53	1.62
157218--157285	30	2.3	30	100	0	136	29	7	29	33	1.84
162082--162230	75	2.0	75	90	0	235	36	15	13	34	1.87
164753--164779	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
166456--166506	19	2.7	19	100	0	102	25	33	21	19	1.97
166625--166732	20	5.4	20	93	2	155	25	27	20	26	1.99
167267--167324	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
167343--167401	14	3.8	16	72	26	54	13	23	18	44	1.86
168976--169067	42	2.2	42	84	5	125	21	14	41	22	1.89
169404--169456	20	2.7	20	81	0	61	33	26	13	26	1.93
169432--169516	20	4.3	20	84	1	100	37	23	24	14	1.92
169542--169638	19	5.6	19	71	22	97	12	19	21	46	1.83
169564--169622	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
169547--169638	33	2.8	33	98	0	175	11	18	21	47	1.80
169611--169666	20	2.9	19	78	2	58	17	23	19	39	1.92
170217--170264	18	2.7	18	90	0	78	16	12	43	27	1.84
171583--171625	20	2.2	20	91	0	68	51	20	18	9	1.74
172367--172418	19	2.7	19	87	3	68	19	25	28	26	1.98
172367--172416	10	5.1	10	74	13	50	20	22	30	28	1.98
172414--172441	14	2.0	14	100	0	56	21	50	21	7	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172415--172463	22	2.4	20	90	10	73	20	48	22	8	1.75
172412--172476	17	3.7	17	84	8	94	18	44	23	13	1.85
173359--173482	31	4.0	32	74	8	87	17	27	28	26	1.98
173359--173482	63	2.0	63	81	9	146	17	27	28	26	1.98
174284--174327	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
174500--174629	41	3.2	41	80	6	156	23	16	24	35	1.95
174514--174627	20	5.7	20	83	6	113	24	17	25	32	1.97
174637--174689	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
175170--175221	20	2.6	20	96	0	95	55	17	9	17	1.67
175190--175711	112	4.7	112	93	1	841	46	14	14	24	1.81
175190--175711	223	2.3	224	92	1	850	46	14	14	24	1.81
175584--176034	179	2.5	181	89	1	672	44	12	15	27	1.82
177016--177110	29	3.2	29	65	16	70	38	11	11	37	1.78
177997--178058	26	2.5	23	73	19	61	22	4	9	62	1.44
178177--178223	20	2.3	20	75	13	51	63	6	12	17	1.48
178981--179373	186	2.1	186	93	0	662	45	8	3	42	1.52
180345--180374	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
189236--189316	6	13.5	6	100	0	162	50	17	16	16	1.78
189655--189696	21	2.0	21	86	9	59	38	7	2	52	1.42
194693--194738	24	1.9	24	95	0	83	19	13	15	52	1.75
197229--197266	20	1.9	20	89	10	60	36	5	15	42	1.70
200143--200250	51	2.1	51	83	6	130	15	33	30	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200504--200544	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
204992--205076	42	2.0	42	100	0	170	23	25	16	34	1.95
207152--207196	23	2.0	25	83	16	62	31	0	24	44	1.54
207449--207494	23	2.0	23	86	0	65	43	6	15	34	1.72
207408--207570	87	1.9	87	92	0	272	42	12	13	31	1.81
207565--208076	196	2.6	193	78	8	514	31	15	14	39	1.87
209639--209708	31	2.3	31	100	0	140	60	5	15	18	1.55
210910--211492	198	2.9	199	82	3	735	31	13	16	37	1.88
213249--213295	20	2.3	20	75	7	51	14	19	14	51	1.77
213250--213878	182	3.4	182	87	3	848	26	15	12	45	1.82

Tables:   1   2