genome.fa.s4117.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004117.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2456583

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1080 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202673--2202704	15	2.1	16	94	5	57	53	0	0	46	1.00
2211841--2211875	18	1.9	18	88	0	52	51	20	11	17	1.75
2214430--2214504	31	2.4	32	88	2	107	37	13	12	37	1.82
2215524--2215556	12	2.5	13	90	9	50	39	0	0	60	0.97
2219709--2219776	27	2.5	27	90	0	109	42	4	30	22	1.73
2220579--2220666	28	3.1	28	79	10	90	37	7	12	42	1.72
2221758--2221882	42	3.0	40	79	10	124	26	21	5	46	1.73
2224585--2224660	34	2.4	33	82	8	86	46	0	14	39	1.45
2230009--2230063	22	2.5	22	77	11	67	67	0	0	32	0.91
2230243--2230291	24	2.0	24	100	0	98	26	4	24	44	1.71
2230905--2230973	17	3.8	20	65	20	51	49	0	0	50	1.00
2230938--2230983	15	3.1	15	81	18	60	52	0	0	47	1.00
2238735--2238813	21	3.7	21	68	18	56	20	25	30	24	1.98
2238735--2238815	20	3.9	19	72	22	56	19	25	29	24	1.99
2242624--2242663	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2251728--2251757	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
2259778--2259819	14	3.4	13	78	21	54	7	16	23	52	1.68
2259779--2259828	24	2.1	23	88	3	73	10	12	22	56	1.65
2260911--2260988	16	5.0	16	90	6	117	11	10	20	57	1.62
2260932--2260984	26	2.0	26	82	7	63	11	9	20	58	1.60
2264414--2264477	2	33.5	2	81	9	80	46	1	0	51	1.10
2265445--2265962	174	3.0	174	97	1	974	26	16	9	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265994--2266039	2	23.0	2	86	0	56	45	6	0	47	1.28
2267309--2267342	10	3.4	10	87	0	50	20	5	0	73	1.04
2272914--2273090	88	2.0	89	95	3	322	24	24	7	43	1.80
2277347--2278087	105	7.2	105	89	5	1065	33	26	18	21	1.96
2279442--2279960	174	3.0	173	97	1	979	26	16	9	47	1.77
2283271--2283312	3	14.3	3	95	5	77	30	0	0	69	0.89
2289650--2289762	58	1.9	59	82	5	140	39	14	13	32	1.84
2290137--2290184	15	3.1	16	79	11	55	52	0	4	43	1.20
2293525--2293576	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2293565--2293678	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
2293562--2293678	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
2294230--2294271	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
2294267--2294451	19	10.1	19	77	14	174	11	22	22	43	1.85
2294267--2294451	33	5.1	38	79	12	174	11	22	22	43	1.85
2294394--2294451	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
2296449--2296568	42	2.9	41	80	6	116	22	36	17	23	1.94
2296504--2296568	21	3.1	21	66	4	51	23	36	20	20	1.95
2297916--2297951	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2298054--2298107	20	2.8	19	91	5	90	46	20	20	12	1.83
2298185--2298235	16	3.1	18	67	21	56	13	23	17	45	1.84
2298116--2298238	33	3.8	33	86	6	187	14	23	19	42	1.88
2298109--2298238	65	2.0	66	95	1	235	16	23	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300517--2300541	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2300716--2300769	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
2301826--2301883	20	2.9	20	97	0	107	37	24	22	15	1.93
2301902--2301969	19	3.8	19	83	12	92	14	22	16	47	1.82
2302086--2302122	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2303995--2304042	20	2.5	19	83	6	69	35	16	27	20	1.94
2303984--2304051	19	3.5	19	76	4	55	42	19	20	17	1.89
2304042--2304099	14	3.9	14	75	16	62	48	24	17	10	1.78
2304026--2304104	32	2.4	33	93	2	133	46	22	18	11	1.81
2304111--2304206	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
2304133--2304190	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2304116--2304206	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
2304191--2304245	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2304727--2304771	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
2306088--2306130	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
2306409--2306452	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
2306620--2306734	20	5.7	20	79	5	97	23	18	24	33	1.96
2306723--2306815	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
2306662--2306796	41	3.3	41	84	6	150	18	22	21	37	1.94
2306723--2306815	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
2308313--2308583	141	1.9	140	82	5	341	32	17	22	26	1.96
2313714--2313761	22	2.2	22	84	0	60	27	10	12	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313819--2313856	17	2.2	17	100	0	76	55	10	13	21	1.67
2324237--2324288	24	2.2	24	82	0	59	48	21	11	19	1.80
2324253--2324317	24	2.7	25	90	4	98	35	20	20	24	1.96
2326963--2327134	91	1.9	90	83	9	224	29	16	24	29	1.97
2327493--2327527	17	2.1	17	94	0	61	42	14	8	34	1.76
2329759--2329838	22	3.6	22	76	5	90	23	23	26	26	2.00
2329737--2329857	43	2.8	42	75	11	120	23	23	27	26	2.00
2329763--2329857	21	4.4	21	75	9	77	24	21	26	28	1.99
2335327--2335396	26	2.7	26	100	0	140	28	22	24	24	1.99
2335443--2335481	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
2338860--2339266	139	2.9	141	84	3	482	34	18	21	25	1.96
2340020--2340090	35	2.0	36	94	2	126	23	26	14	35	1.93
2345031--2345086	24	2.3	24	96	0	103	30	16	16	37	1.90
2350850--2350880	13	2.4	13	88	0	53	25	12	16	45	1.83
2363165--2363194	15	2.1	14	93	6	51	10	0	0	90	0.47
2364557--2364817	28	9.2	29	78	10	247	40	21	6	31	1.78
2364577--2364817	29	8.4	30	76	15	210	39	22	6	31	1.79
2364834--2364862	13	2.3	13	94	5	51	20	24	37	17	1.93
2369495--2369530	18	1.9	19	88	5	56	66	8	8	16	1.42
2369615--2369685	20	3.3	21	84	11	92	54	15	9	19	1.68
2370257--2370306	24	2.0	25	84	3	66	32	0	6	62	1.20
2371240--2371322	31	2.7	30	87	9	114	30	33	25	10	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371470--2371524	24	2.3	24	90	6	85	47	18	10	23	1.80
2372365--2372424	27	2.2	27	84	3	75	23	13	18	45	1.84
2372384--2372441	27	2.1	27	83	0	71	24	12	17	46	1.81
2373018--2373055	13	2.9	13	84	11	51	44	18	15	21	1.86
2374284--2374349	20	3.2	20	93	2	114	34	12	31	21	1.90
2378774--2378800	8	3.4	8	100	0	54	51	11	14	22	1.73
2378799--2378888	46	2.0	46	93	0	153	35	20	16	27	1.94
2378799--2378935	46	3.0	46	80	2	114	33	20	16	29	1.94
2384490--2384625	59	2.3	59	78	8	152	31	16	19	32	1.94
2387054--2387092	13	2.9	13	92	3	60	15	20	20	43	1.88
2388023--2388070	16	2.9	16	84	6	60	37	4	29	29	1.76
2388673--2388749	32	2.4	33	89	6	113	42	36	6	14	1.71
2388940--2388998	24	2.5	24	88	0	82	20	15	18	45	1.85
2389061--2389167	24	4.5	24	95	0	187	43	17	20	17	1.88
2393870--2394051	94	1.9	94	84	4	240	25	11	19	43	1.84
2395754--2395791	20	1.9	20	88	0	58	36	5	21	36	1.76
2400849--2400890	15	2.9	15	85	3	59	52	0	23	23	1.47
2412423--2412558	35	3.9	35	80	1	155	26	18	20	34	1.96
2414714--2414773	24	2.5	24	100	0	120	40	5	21	33	1.75
2416952--2417051	31	3.2	31	72	10	89	15	25	28	32	1.95
2416953--2417114	62	2.6	62	81	3	157	15	25	27	30	1.96
2417031--2417114	31	2.7	31	88	0	114	16	25	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419207--2419272	21	3.1	21	72	10	62	48	15	4	31	1.65
2422440--2422567	35	3.6	35	77	2	148	32	19	16	32	1.94
2426403--2426640	120	2.0	120	86	1	334	19	33	8	38	1.83
2426403--2426654	60	4.2	60	84	1	281	19	32	9	38	1.83
2437898--2437950	26	2.0	26	85	7	72	47	0	1	50	1.12
2440288--2440361	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
2441286--2441312	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2443128--2443177	18	2.8	18	81	6	57	54	2	2	42	1.23
2444179--2444225	18	2.5	19	83	10	53	55	4	6	34	1.45
2455816--2455847	16	2.0	16	100	0	64	37	25	12	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!